|
|
|
GGCGGCGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCGGAAACCGUCGAUACGCCGGGGCCGAAGCCCGGGGGGCGGUUCCCGAAGCCGUUCCCGGAAGCCGGGGCACAACGGUGAUCCCUCGUCCCACGGGGCCGGCGGUGGGCGGGGUCCGGCUGGAGGGCCGGGCUAACGCCCUUUGCCCGCCGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGGCGGGACGUUCGGCGCUCGUGGGGUAGCGGGGGUGAGCGAGCCCCGGUGGAAGGGGACGGUGGAGGGUCCCCACCCCCGGGCGCGCCCGCCGCC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(..(......(((((((((((((.(.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...)))))))...).).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((.......))))).....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((.......))))))............................................(((.......)))..................................(.((.....)).)(((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))).........((((....(((....)))....))))................................................................................................. |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((........)))))....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.((....))..((((((((((((((((((((((..(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).)))))))))...)))))).......))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((....((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....))))).....))))))))))....))))))))....))).)))...)))))......))))))).. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((..((.((((((((...((.......))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(....((...(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..((((....)))........).))))))..)))))))))))))))))...))))))...))).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......)))))....................................(((((((..((..(((...(((((((((....((((((((...........((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...))))))).......))))))))....)))))))))...)))..))..))))))).............. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(..(......(((((((((((((.(.((((..(.(((((.((((((((......))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)..)))))...))))))...)))))))...).).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((..((.((((((((...((.(....)))....)))))).)).))..))))(..(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(....((.(.(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..((((....)))........).))))))..)))))))))))))))))...)))))))..))).))))))))....)))))))))...)))..))..))))))))).))))))))))) |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............))))))).......((.(.(......(.......(((((......((((((.((...(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)..)).))))))......))))).......)......).).)).....)))))))..) |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((......(((...(((((((((....((((((((...........(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))))))))))))...))))))).......))))))))....)))))))))...)))......)))))))))..)))))))))) |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((..((.(((((((((..((.......))..).)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..(((.(...........)))).))))))..))))))))))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))(((((.[[[.((((....(((....)))....))))..)))))...]]])))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.(.((((((((((...(((((((((.(((.....(((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))).))).)))).))))))))...))))))))..))))))))))))...))))))))))..))))))))).)))))))))..)))))..)). |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((..((.((((((((...((.......))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((...((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))..))))((((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))))))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((((.((((((((((((((....(((...)))......[[[[[[(((....))))))))))))....)))))(((((((((....((((((((...........(((((((((((((((.]]]]]]..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))......((((((((((((((....(((...........)))..))))))..)))))))))))))))))...)))))).......))))))))....)))))))))...(((..))).)))))))....)))))))))) |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((([...((((ffffffffff(.{{{{{{{..))))....<<<<<h[(cccccccccc(..aaaaaaaaaaaaaaaaa(...eeeeeeeee....)))[[[[.[[...(((..bbb(jjjjjjjjjjj(jj(ggggggggggg.(((((((((....)))))))))...ggggggg))))FFFFFFFFFF.ddd))))))...]EEEEE..]E]].]GG]GGGEEEHAAAAA)JJJJJJJJ)A}}}}}}}DDD.JJJAAAAAAAAA...AACCCCCCCGGGGGGG]))).CCC]>>>>>.GGGGGGJJBBB |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((....((((((((((.((......(((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))....))))))))....)))))))..)))))))....)))))..... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((....((((((((((.((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))....))))))))....)))))))..)))))))....)))))..... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.....(((((((((..((.(....)))..).)))))).)).....))))...(((((((((......(((...(((((((((....((((((((....(.((.(.(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).))))).(((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))).))))))))...))))))))..))).))))))))....)))))))))...)))......)))))))))..)))))))))) |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((..(((((((((((..((((....(((((..(((((....((((((........((((.(((((((........(((((((((((...))))))....)))))......))))))).)))).))))))...)))))..)))))....))))..((((....))))......)))))))))))....)))).......((((...............)))).(((((((.(((((....(((((......))))).......((((((........)))))))))))))))))))))))))))) |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(....((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....)))))).........))))))....).)))))).....)).......)))).......))))..... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......(((((((.......)))))))..........)))).....)))).((((....(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))...... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.(((((........)))))....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.(((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((...(((....))).((....)).))))))..))))))))))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......((((((((...))..))))))...((((.((((....).)))))))...((.((((((((((.(((..(((((((((((((((((((((((((((.(..(.((...(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((..)..))))))))).))))).....((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))).)))).)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))))))))))))))))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................(............)...(((((((((..((..((.....(((((((......(((((.(............((((.(.((((((((((.(((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))..))).)))))))....)..)))).......).)))))......))))))..)..))...))..)))))))))............ |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((.......(((((....................)))))........))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.(((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..)))))))))) |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.((((.(((((........)))))....((((..............))))))))..))))).(((((((((.......)))))))))....((((........))))..(((((.((((....)))).(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).(((.....)))...))))).........)))))..........(((((.((.....)))))))((((...(((((.........)))))......((((((........))))))..)))).((((....))))... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((.ddddd.)))))))...((((.....DDDDD....)))).)))...((((((((.(((((aaaaa..)))))(((((..bbb))))).....(((....{{{))).(((((.}}}......)))))BBBAA....AAA...(((((((((....)))).(((..[[[)))..<<<<<<.)))))...........(((...>>>>>>.)))...]]](((((.......ccccc....)))))CCCCC......((((((........))))))..))))))))..)))))))))) |