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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00332



RNA: SRP_00332
Rfam family: Archaea_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(..(......(((((((((((((.(.(((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).))))...))))))...)))))))...).).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((.......))))).....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((.......))))))............................................(((.......)))..................................(.((.....)).)(((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))).........((((....(((....)))....)))).................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((........)))))....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.((....))..((((((((((((((((((((((..(((((..((((((((....))))))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).)))))))))...)))))).......))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((....((((((((....((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....))))).....))))))))))....))))))))....))).)))...)))))......)))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((...((.......))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(....((...(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..((((....)))........).))))))..)))))))))))))))))...))))))...))).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.......)))))....................................(((((((..((..(((...(((((((((....((((((((...........((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...))))))).......))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))..............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(..(......(((((((((((((.(.((((..(.(((((.((((((((......))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)..)))))...))))))...)))))))...).).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((...((.(....)))....)))))).)).))..))))(..(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((.(....((.(.(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..((((....)))........).))))))..)))))))))))))))))...)))))))..))).))))))))....)))))))))...)))..))..))))))))).)))))))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............))))))).......((.(.(......(.......(((((......((((((.((...(......((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....))))))))).))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...)..)).))))))......))))).......)......).).)).....)))))))..)
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((......(((...(((((((((....((((((((...........(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))))))))))))...))))))).......))))))))....)))))))))...)))......)))))))))..))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.(((((((((..((.......))..).)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((..(((.(...........)))).))))))..))))))))))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((((((((...(((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))(((((.[[[.((((....(((....)))....))))..)))))...]]])))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..(((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.(((((((.(.((((((((((...(((((((((.(((.....(((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))).))).)))).))))))))...))))))))..))))))))))))...))))))))))..))))))))).)))))))))..)))))..)).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((...((.......))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...(((((((((((((((...((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))..))))((((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))))))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....(((((((.((((((((((((((....(((...)))......[[[[[[(((....))))))))))))....)))))(((((((((....((((((((...........(((((((((((((((.]]]]]]..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))......((((((((((((((....(((...........)))..))))))..)))))))))))))))))...)))))).......))))))))....)))))))))...(((..))).)))))))....))))))))))
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((([...((((ffffffffff(.{{{{{{{..))))....<<<<<h[(cccccccccc(..aaaaaaaaaaaaaaaaa(...eeeeeeeee....)))[[[[.[[...(((..bbb(jjjjjjjjjjj(jj(ggggggggggg.(((((((((....)))))))))...ggggggg))))FFFFFFFFFF.ddd))))))...]EEEEE..]E]].]GG]GGGEEEHAAAAA)JJJJJJJJ)A}}}}}}}DDD.JJJAAAAAAAAA...AACCCCCCCGGGGGGG]))).CCC]>>>>>.GGGGGGJJBBB
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((....((((((((((.((......(((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))....))))))))....)))))))..)))))))....))))).....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((....((((((((....((((((((((.((......(((((((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...))))))))))))....))))))))....)))))))..)))))))....))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))).)))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.....(((((((((..((.(....)))..).)))))).)).....))))...(((((((((......(((...(((((((((....((((((((....(.((.(.(((((((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).))))).(((((((((((((...(((....)))..........))))))..))))))).))))))))...))))))))..))).))))))))....)))))))))...)))......)))))))))..))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..(((((((((((..((((....(((((..(((((....((((((........((((.(((((((........(((((((((((...))))))....)))))......))))))).)))).))))))...)))))..)))))....))))..((((....))))......)))))))))))....)))).......((((...............)))).(((((((.(((((....(((((......))))).......((((((........))))))))))))))))))))))))))))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((.....((((((.(....((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....)))))).........))))))....).)))))).....)).......)))).......)))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......(((((((.......)))))))..........)))).....)))).((((....(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.(((((........)))))....((((....(((....)))))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.(((((((((((...(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).)))))((((((((((((((...(((....))).((....)).))))))..))))))))))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((((...))..))))))...((((.((((....).)))))))...((.((((((((((.(((..(((((((((((((((((((((((((((.(..(.((...(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((..)..))))))))).))))).....((((((....((((((((((((..)))))))))))).)))))).)))).)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))..)).))))))))))))))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................(............)...(((((((((..((..((.....(((((((......(((((.(............((((.(.((((((((((.(((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))..))).)))))))....)..)))).......).)))))......))))))..)..))...))..)))))))))............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((.......(((((....................)))))........))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((....((.(.(((((.(((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))).).)).))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....((((((((......((...((((((((((((((((((((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))..))))))))....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.((((.(((((........)))))....((((..............))))))))..))))).(((((((((.......)))))))))....((((........))))..(((((.((((....)))).(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).(((.....)))...))))).........)))))..........(((((.((.....)))))))((((...(((((.........)))))......((((((........))))))..)))).((((....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..((((((((((.ddddd.)))))))...((((.....DDDDD....)))).)))...((((((((.(((((aaaaa..)))))(((((..bbb))))).....(((....{{{))).(((((.}}}......)))))BBBAA....AAA...(((((((((....)))).(((..[[[)))..<<<<<<.)))))...........(((...>>>>>>.)))...]]](((((.......ccccc....)))))CCCCC......((((((........))))))..))))))))..))))))))))