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| Reference structure (ext) |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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|
NanoFolder
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
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RNASLOpt
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[ FASTA input ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
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RNAfold
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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