|
|
|
GGCUCGGAAUCAUGCGAUCGCAACGCCUCAACCUUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAAUACGGGAUGCUUGCGAUAGGCGUGAUCUCCGGGUCACCCUCUG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((....(((....)))....))............................................. |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))).))))))))........ |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((....)))................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))........... |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((((((((((....)))))))))))........................................... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..))))))..))))))))........ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((((.(((....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........ |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((..((((((....(((....)))....))))...)))).)))))))))..))))))).))))))))........ |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........(((((([[[[[....(((....)))(((....)))...((((........)))))))))).]]]]]....))))))))........ |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((...(((....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))).))))))))........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))).))))))))........ |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((.(((((.((((....))))(((((.(((....))).))))))))))))))))))).)))))).))))))))........ |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((.(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))).)).))))))).).)))))))........ |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((.(((.(............((((....(((....)))....))))............).)))..))))))..))))))........)) |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.......((((....))))(((................))).....)))))))..))))))).))))))))........ |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................... |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((.(((.ccccc(bbbbb(..((((.[[[)))).<<<<..))aaa()))....{{{.AAA))>>>>B)BBBBC]]].)))))))).}}}CCCC |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))................... |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))................... |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....(((....))).....)))........................................... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))).))))))))........ |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((..................((((................))))....)))))))..))))))).))))))))........ |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.....(((.....(((....))).....)))...)))..................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((....(((....)))....))))........................................... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((..(((((...(((...(((((((((((((..)))))))))))).).)))....)))))..)).))))....)))))))........ |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......................(...(.((((....(((....)))....))))..............)......)........)).....)).... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))...)))))))........ |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........ |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...............(((((...((((.((......))))))..((((((........))).)))...))))).((((....))))....))). |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..............((((((...(((....)))[[[[[[.....((((((........))).)))...))))))....]]]]]]......))). |