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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00333



RNA: SRP_00333
Rfam family: Bacteria_small_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................((....(((....)))....)).............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))).))))))))........
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((....)))...................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))))))..)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((((....)))))))))))...........................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))...))))))))..))))))..))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((((.(((....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((..((((((....(((....)))....))))...)))).)))))))))..))))))).))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........(((((([[[[[....(((....)))(((....)))...((((........)))))))))).]]]]]....))))))))........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((...(((....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))).))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
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MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((.(((((.((((....))))(((((.(((....))).))))))))))))))))))).)))))).))))))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((((.(((.(((((.....((((....(((....)))....))))...))).))..))).)).))))))).).)))))))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((.(............((((....(((....)))....))))............).)))..))))))..))))))........))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.......((((....))))(((................))).....)))))))..))))))).))))))))........
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.(((.ccccc(bbbbb(..((((.[[[)))).<<<<..))aaa()))....{{{.AAA))>>>>B)BBBBC]]].)))))))).}}}CCCC
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...)))))...)))))).))))))...................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....(((....))).....)))...........................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.......((((....(((....)))....))))........)))))))))..))))))).))))))))........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((..................((((................))))....)))))))..))))))).))))))))........
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RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................(((.....(((.....(((....))).....)))...))).....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((....(((....)))....))))...........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(((((...(((...(((((((((((((..)))))))))))).).)))....)))))..)).))))....)))))))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......................(...(.((((....(((....)))....))))..............)......)........)).....))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((..((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....))))))...))))))...)))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))).))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.(((((((.((.((....((((....(((....)))....)))).....)).)))))))))..))))))).))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...............(((((...((((.((......))))))..((((((........))).)))...))))).((((....))))....))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..............((((((...(((....)))[[[[[[.....((((((........))).)))...))))))....]]]]]]......))).