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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00335



RNA: SRP_00335
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((.................))))))...........................................................................((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))..................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((.....((((((..((((((((((((....))))))).)))))..((((((..((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))))...)))))))...)))).)))).....)))))).)))))).((....)).)))))))))))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................(((....))).....................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................(((((.(.(((((....(.((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....)).)......)))))....).))))).......................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...)))))))))).........((((.....)))).........((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((((((((.....)))))))...((((..............))))))).....((((((...((((((((((((((((...((((((((.(.((((((......((((((((((((((((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))))...))))))...))))))))...)))))).).)))))).)).)))))))))))).))))...)))))).))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((((((((...))))))))))........(((((.....)))))..).....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((..(.(((....)))..).))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(........................................................................(...((((((.........(((.((............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........)))))........))))))...).................)....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.......................................................(.......................................................((((((((((.(((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))..)))))...)))))...................................)...)).................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((...((((............)))).((((((((((..((((.....((((((.((((((((......((((((((((((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....))))))...))))))))...))).)))))))))))....))))..)))))).)))).)))))))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...))))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).)))))))))))).))))...)))))).))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((((((((.....)))))))))........(((((.....)))))........((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.........................................................((((((...(((((((.((.((((((..((.(((((.((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).).))))))))))..))))).)).))).))))...)))))).))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(................................................................................................................(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))).).....................................)).............))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..(((((((((((((((((..((((.....(((.................(((............................)))....)))................................................................................))))....)))))).)).))))))...)))..))).......................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...))))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((.....((((((..(((((((((((((..)))))))).)))))..((((((..(((((((.......((((((((((((((..((((((.(((((...(((((......)))))...............)))))...))))))....))))))...)))))))).....))))))).....)))))).))))))..........)))))))))))))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................(((((((.(((((.....(((((.......(((......((((((((((((((..(((((............((((....(((....)))....))))............)))))....)))))))...)))))))...))).......)))))....))))).)))))))....................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................((((....(((....)))....)))).............................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................(((.....(((....))).....))).............................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((((((((.....)))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))).)))).))).)))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))..))))))).)))...)))))).))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...))))))))))........(((((.....)))))........((((((.(.((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))).)))..))))))).))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((...((((((....((((((((((((....))))))).)))))...((((((.(((((((.......((((((((((((((..((((((.(((((...(((((......)))))...............)))))...))))))....)))))))...))))))).....)))))))))))))..))))))..............)))))))))))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................((((....(((....)))....)))).............................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................((((.....((((....(((....)))....))))...))))......................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((((((((.....)))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).))))...)))))).))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((........))))).(((((((.(((((.((.....))..))))).)))))))....((((((...((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).))))...)))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((((((((.....))))))))).......(((((((((...((((............)))).((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))).)))).))).)))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))..))))))).))).)))))))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((((...)))))))))..))......((((((..((((((((((.((((((((((((((..)))))))).)))))))))(((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((...).)))))))))).).))))).))).)))).)).)))))..)).)))))))))))))))))))..)).)))))))).)).(((..)))...)))))))).))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......................................(.(.....(..........)....)...)...(.(.((.(....(........(..(.............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))..........).)..............).......).))...)..)...))))))
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................(...........(((.....................))).....)......(..........(.....(..(......(.....((........((....)).........))...)......)...).......)........)..........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((....((((......))))......((((((((((..((((...((((((((.((((.(((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...)))..)))))))))).)).))))..)))))).)))).)))))))))))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......(...............)............((((.....)))).........((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((((((((.....))))))))).......(((((((((....((((......))))......((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).)))).)))))))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((...(((((((((.....))))))))).(((((...((((.....)))).((((..((((((((((((....))))))).))))).)))).....))))).))).........((((((........)).))))......(((((......))))).(((((((.((.......)))))))))...(((...(((....))).(((((......)))))...)))(((((((..................)))).)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((.<<<<<.))))))))..........>>>>>..(((((((aaaa..)))).((((((....))))))AAAA......))).((((((({{{{........))))))).(((...((((....))))...(((((...[[[))))).(((((((.((.......)))))))))..((((...(((....))).(((((.]]]..)))))...))))}}}}(((..........)))...)))...))))))