|
|
|
CCACGCUAGGCGGGGGGCUGGCGGUCCCCUGUACCCGAAAUCCGCCGUACGCGGGGCCGAAUUCCCACCCGAGGCUCUUCGGGUCGGGAAACGGCGUGACUCGGGGGCGAUGAAGACCGGGUCCCACGCAACGGAACCCUGUGAACCUGGUCAGGCCCGGGAGGGAGCAGCCAUAAGCAGGUGUUUCCGUGUGCCGUGGGGGAGCCCGGUUGGAGCCUUCCGAUCAUGCACGCCCCGGUCCGGAGAAGUCGACGGUGGGUGCGUGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.............(((..(.(.(..(....)..).).)..))).............................((.(.(.((.(...((((......((..(......................(......(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).....).......)..)).........))))...).)).).).))...............................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((((((.....))))))))).......(((((((((....((((......))))......((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).)))).))))))))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((.................))))))...........................................................................((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))).................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((.....((((((..((((((((((((....))))))).)))))..((((((..((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))))...)))))))...)))).)))).....)))))).)))))).((....)).))))))))))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................(((....)))..................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................(((((.(.(((((....(.((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....)).)......)))))....).)))))....................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...)))))))))).........((((.....)))).........((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).)))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))....................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((((((((((.....)))))))...((((..............))))))).....((((((...((((((((((((((((...((((((((.(.((((((......((((((((((((((((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))))...))))))...))))))))...)))))).).)))))).)).)))))))))))).))))...)))))).))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((((((...))))))))))........(((((.....)))))..).....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((..(.(((....)))..).))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).)))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(........................................................................(...((((((.........(((.((............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........)))))........))))))...).................).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.......................................................(.......................................................((((((((((.(((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))..)))))...)))))...................................)...))................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((...((((............)))).((((((((((..((((.....((((((.((((((((......((((((((((((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....))))))...))))))))...))).)))))))))))....))))..)))))).)))).))))))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...))))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).)))))))))))).))))...)))))).)))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((((((.....)))))))))........(((((.....)))))........((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).)))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.........................................................((((((...(((((((.((.((((((..((.(((((.((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).).))))))))))..))))).)).))).))))...)))))).))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(................................................................................................................(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))).).....................................)).............)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((((((((((((((..((((.....(((.................(((............................)))....)))................................................................................))))....)))))).)).))))))...)))..)))....................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...))))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).)))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((.....((((((..(((((((((((((..)))))))).)))))..((((((..(((((((.......((((((((((((((..((((((.(((((...(((((......)))))...............)))))...))))))....))))))...)))))))).....))))))).....)))))).))))))..........))))))))))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................(((((((.(((((.....(((((.......(((......((((((((((((((..(((((............((((....(((....)))....))))............)))))....)))))))...)))))))...))).......)))))....))))).))))))).................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))....................................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................((((....(((....)))....))))............................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................(((.....(((....))).....)))............................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((((((.....)))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))).)))).))).)))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))..))))))).)))...)))))).)))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...))))))))))........(((((.....)))))........((((((.(.((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))).)))..))))))).)))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((...((((((....((((((((((((....))))))).)))))...((((((.(((((((.......((((((((((((((..((((((.(((((...(((((......)))))...............)))))...))))))....)))))))...))))))).....)))))))))))))..))))))..............))))))))))))))) |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................((((....(((....)))....))))............................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))....................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................((((.....((((....(((....)))....))))...))))...................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((((((.....)))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).))))...)))))).)))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((........))))).(((((((.(((((.((.....))..))))).)))))))....((((((...((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).))))...))))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((((((.....))))))))).......(((((((((...((((............)))).((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))).)))).))).)))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))..))))))).))).))))))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((((...)))))))))..))......((((((..((((((((((.((((((((((((((..)))))))).)))))))))(((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((...).)))))))))).).))))).))).)))).)).)))))..)).)))))))))))))))))))..)).)))))))).)).(((..)))...)))))))).)))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......................................(.(.....(..........)....)...)...(.(.((.(....(........(..(.............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))..........).)..............).......).))...)..)...)))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................(...........(((.....................))).....)......(..........(.....(..(......(.....((........((....)).........))...)......)...).......)........).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((....((((......))))......((((((((((..((((...((((((((.((((.(((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...)))..)))))))))).)).))))..)))))).)))).))))))))))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......(...............)............((((.....)))).........((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).)))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((((((.....))))))))).......(((((((((....((((......))))......((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).)))).))))))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...(((((((((.....))))))))).(((((...((((.....)))).((((..((((((((((((....))))))).))))).)))).....))))).))).........((((((........)).))))......(((((......))))).(((((((.((.......)))))))))...(((...(((....))).(((((......)))))...)))(((((((..................)))).)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((.<<<<<.))))))))..........>>>>>..(((((((aaaa..)))).((((((....))))))AAAA......))).((((((({{{{........))))))).(((...((((....))))...(((((...[[[))))).(((((((.((.......)))))))))..((((...(((....))).(((((.]]]..)))))...))))}}}}(((..........)))...)))...)))))) |