|
|
|
GCCUGGCUUAUUGCUGUAACUCUUGAGGCACGAGUGUGAACAUGAGGGUUUGUAUUGGGUCGGCGGUGCUCGGCGGCGCCUGUCUGCUAAAAUUCUGAGUCGGUUGCGCGCUUUUGUGUAAGCUUUAGAUCGCGACUGCUACGGCUAGGCGGACCGCUCCAGGCUGGCAACAGAGCAGGGAAUAGCUGACGCUCAGACUGACUAGCAAGACUGCAGAUGUAGCUUGAACCCGCUUCGACUUGAACUACAUUGUACCCACCAGGACAUGCUCGUAUUUCUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.....)))....(....)))))(.((((((((.((((...(..((((.(.((.(((...((..(....(((.((((((((((....(((((((((((((((..((...((....))...))..)))))))).......(.(((......(((....(((....)))....)))....))).).))))))).....)))).))...)))).))).)..))...))).......)).......).))))..).......)))).)))))))).).
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((.....))).........((((.(((((((((..(.((.((((.(((((..(((((..(.(((.((((((.((..(((((((......(((((.((((((((..((...((....))...))..)))))))))).)))...))))))).)).))..))))))).).((((.(((..((((((.....))).))).....((((.((((....))))))))..))))))))))))..)..))))....))))..)))..))))))))).)))).) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((....))))..))..))))(((((((((.......((((.(((((((((((((.((((((....)))))).((((((((....(((((((((((((((((....................)))).(((((...(((((..(((....)))...))))).....)))))....)))))))..)))))).....))))).))).........(((........))))))))))))..))))....)))).......)))))))))....... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((.(((((((((..(.((.((((.((((((((((((((((....((((.(((.((((((((((....(((((((((((((...((((....((.(((((..((..(((.(((((.......)))))..))))).))))).))....))))......)))))))..)))))).....)))).))))...)).))).))).)...))))..))))))))..))))....)))).).))..))))))))).)))).. |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........))))(((((((((..(.((.((((.((((((((((((((((......((.((..((((((((((....(((((((............((.((.....((..............((..(((..........)))..)).(((....)))...))......)).)).))))))).....)))).))))...))..)).))......))))..))))))))..))))....))))..)))..)))))))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................))).((((((((.......((((.......((((((.(((...(((((.(((.((((((((((....(((((((.(((((((..((..............))..)))))))..........(((......(((....(((....)))....)))....)))...))))))).....)))).))...)))).))).))).))..)))...))))))............)))).......))))))))........ |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.....))..........((((.(((((((((..(.((.((((.((((((((((((((((.(.(((((.(((.((((((((((..(.(((((((((((((..((((((.((((.(((((..((..(((.(((((.......)))))..))))).))))).))).)))))).)....)))))))..)))))).)...)))).))))...)).))).))).)).)))))..))))))))..))))....)))).).))..))))))))).)))).. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))...[[[[...))))..]]]]....(((..[[[[[[)))....(((.(((((((((....)))))).))).)))..]]]]]].((((((((....((((......))))........(((.(((((.[[[[[[)))))..)))(((...(((....))).....))).]]]]]].......))))))))..((((.((((....))))))))............((((.................))))................. |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........))))(((((((((....((.((((.((((((((((((...((((.((((((.((..(((((((......(((((.((((((((..((...((....))...))..)))))))))).)))...))))))).)).))..)))))).)).((((.(((...(((((...(((((.((........)).))).))...)))))....)))))))))))))))..))))....))))..))...)))))))))....... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....................))))(((((((((....((.((((.((((((((((((((((.....(((.((....(((.((((....((((((......................................((....))...................((....))...................)))))).....))))..))).......)).))).....))))..))))))))..))))....))))..))...)))))))))....... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........))))(((((((((....((.((((.(((((((((((((((((((...)...))...(((((((......(((((.((((((((..((...((....))...))..)))))))))).)))...)))))))...(((..(((........)))..)))..(((((.....))).))......((((.((((....))))))))...))))..))))))))..))))....))))..))...)))))))))....... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.............(((..)))..[[[[[[[[[.......[[[[.....[[[[[[[[[[[[[[[[[(((((((((((..................((((((((.((((......)))).......)))))))).......))))))..)))))))))))........]]]]]........((((...)))).........((((.(((((..)))))))))...]]]]..]]]]]]]]..........]]]].......]]]]]]]]]....... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))..........))))(((((((((.......((((.((((((((((((....(((.((((((.((..(((((((......(((((.((((((((..((...((....))...))..)))))))))).)))...))))))).)).))..)))))))...((((.(((..((((((.....))).))).....((((.((((....))))))))..)))))))))))))))..))))....))))...[[[[)))))))))...]]]] |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((([[[[.)))]]]]......))))(((((((((.......((((.(((((((((((((((((((...)))......(((((((......(((((.((((((((......................)))))))))).)))...)))))))...(((..(((........)))..))).(((((((...)))).))).....((((.((((....))))))))...))))..))))))))..))))....)))).......)))))))))....... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....................))))(((((((((.......((((.(((((((((((((........(((((....((((.((((...(((((...((((((((.((((......)))).......))))))))...(((((.((((...))))...))))).........)))))..)))).))))..............((((.((((....))))))))...))))))))))))))..))))....)))).......)))))))))....... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....))).........((((.(((((((((..(.((.((((.(((((..(((((..(.(((.((((((.((..(((((((......(((((.((((((((..((...((....))...))..)))))))))).)))...))))))).)).))..))))))).).((((.(((..((((((.....))).))).....((((.((((....))))))))..))))))))))))..)..))))....))))..)))..))))))))).)))).. |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....................))).(((((((((.......((((.(((((((((((((...(((.((((((.((..(((((((......(((((.((((((((..((...((....))...))..)))))))))).)))...))))))).)).))..)))))))....(((.(((..((((((.....))).))).....((((.((((....))))))))..)))))))))))))))..))))....)))).......)))))))))....... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....)))....(....)))))(((((((((..(.((.((((.(((((..(((((((..(((((((.((((...(((((((......(((((.((((((((..((...((....))...))..)))))))))).)))...)))))))))))))....((....)))))))(((..((((((.....))).))).....((((.((((....))))))))..)))))..)))))..)..))))....))))..)))..)))))))))....... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.....(((..)))((((..)))).).))(((((((((((.(..(((((((((..((((((((((((((((((.(.((...(((((.(((((....((((......))))...)...((..((((((..))).))))).)))))).)))....)).))))).))))).)))))))).)..))).))))))))))))))))))(((((((((..)...(......)....).))))))).......))))).).(........).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....))).........(((..(((((((((..(.((.((((.(((((..(((((((((.(.(((((.(((.((((((((((....(((((((.....((........(......)........)).................((......))..............................))))))).....))))).))...))).))).))).)).)))))..)))))..)..))))....))))..)))..)))))))))..))).. |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....))).........(((..(((((..((....((.((((.(((((..(((((((((.(((((((.(((...(((((((......(((((.((((((((..((...((....))...))..)))))))))).)))...))))))))))(((...(((....))).....)))...))))).)).............((((.((((....))))))))...))))..)))))..)..))))....))))..))...))..)))))..))).. |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....)))...((((.........))))..((((......)))).......(((((((((((......))))).(((((((..(((.........)))..((((....)))).((((..((..........))..)))).)))))))........))))))....((((..............)))).........((((...((((....))))..((((.....)))).((((.................))))...)))).......... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.....)))....(((...aaaa..))).((((......((((.(((.....<<<<)))..(((>>>>)))))))AAAA.(((((((.....[[[[)))..((((....)))).....)))).))))..(((((..{{{{.)))))...((((..}}}}.......)))).........(((.....)))..]]]].((((...((((....))))..((((.....)))).((((.................))))...)))).......... |