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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00337



RNA: SRP_00337
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((((((((..........................................(......).......))))).))))..(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))..)))......................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((((((....((((.((......)))))).((((((....)).))))....))))))((((..((((((.((((((((.(((...((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))))...))))))))..))).)))))))))))...)))))))))))))))))..))))....))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................(((((...........)))))....................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................((.((.....((((.((((((((((.(....((((((((.(.((.......((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))....))..)))))))))....))))))))))))))).....)))).........
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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))........(((((.((..((((((.((((((((((...(.((((((((.((((((.....(((((((((((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))...))))))...)))))))))..))).))))))))))).)..))))))))))))))))..))))))).))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.........((((.((((....)))).))))...(((((((()))).))))......(((.((((..((((((.((((((((((.(.(.((((((((.((((((.(...(((((((((((((((((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))))))).))).))))))))))).).)))))))))))))))))..))))))).))))))
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(.........................................................................(...((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)................)....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..............((((...........))))........................((((.((...((((((.((((((((((.(....(((((((...((((..((..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))).))))...)))))))....)))))))))))))))))...)))))).))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((((((.((((....[[[[[[[[[[)))).....]]]...]]]]]]]....))))))((((..((((((.((((((((((.....(((((((((..((((.....((((.....((((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....))))))........))))..))))..)))))))))....))))))))))))))))..))))....))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..............((((.((......)))))).((((((....)).))))......(((((.((..((((((.((((((((((.(...(((((((((..((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..))))..)))))))))...)))))))))))))))))..))))))).))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...............((...(((((.(((.........)))....))))).))....((((.(((..((((((.(((((((((.((...(((((((((..((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..))))..)))))))))...)))))))))))))))))..))))))).))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.........................................................(((.(((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))).
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.........((((.((((....)))).))))...((((((....)).))))......((((.(((..((((((.((((((((((.(...(((((((((..((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..))))..)))))))))...)))))))))))))))))..))))))).))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((...........))))))..(((((...[[[[[...)))))........(((((.....((((((.((((((((((.....(((((((((..((((.....(((((((((((((((..((((((.(((((.....(((.......)))........]]]]]...)))))...))))))....))))))...)))))))))..))))..)))))))))....))))))))))))))))....))))).))))))
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................((((....((((((....((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...))))....))))))....)))).............................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((.....(((((((.cccccc(aaaaaa....))))))).)AAAAAA....bbb(CCCCCC..[[[[[[.[[[[[[[[.[[[[[[[[[)).(((((({{{{{{{.{{{{{{{{{{{{{{{..{{{{{{))))))..((((]]]]]]]]]((...)BBB<<<.))(((((((..(((}}}}}}.>>>}}}}}}})))}}}}}}}}.dddd...))))))).}}}}}}}]]]]]]]]]]]]]]..DDDD))))))))))
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((((((....((((.((......)))))).((((((....)).))))....))))))((((..((((((.(((((((((.((...(((((((((..((((.....((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))..))))..))))..)))))))))...)))))))))))))))))..))))....))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.........((((.((((....)))).))))...((((((....)).))))......((((.(((..((((((.((((((((((.(.(.(((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).)))))))))))..)))))))))))))))))..))))))).))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.........((((.((((....)))).))))...((((.........))))......(((((.....((((((.((((((((((.....(((((((((..((((.....(((((((((((((((..((((((.(((((.....((((..................))))...)))))...))))))....)))))))...))))))))..))))..)))))))))....))))))))))))))))....))))).))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................((((((((((...................................................................(((....)))....................................................................))))))))))......................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................((((.((((((((((.......(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))......))))))))))))))..................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.......(.((((.((((....)))).)))).).((((((....)).))))......(((((.((..((((((.(..(((((((.(...(((((((((..((((.....((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))))..))))..)))))))))...))))))))..)))))))..))))))).))))))
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((((((....((((.((......)))))).((((((....)).))))....))))))((((..((((((.(..((((((.((...(((((((((..((((.....((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))..))))..))))..)))))))))...))))))))..)))))))..))))....))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......))))).))).((((((((................))))))))((((..(((((.((((((((((.(((((((((((.(..((((((((.((((((((..).(((..)))((((((((((((((.((((((((((..((((((((((..))))))))))))))))))))...)))))).)).))))))...(((..)))..)))).)))))))))))).).)))))))))))))))))))))))))..)))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......(((.(..(((((.((..........))...)))))..........)...)))......(.........(.(.((((((......((((((((....((......(((((((((((((((((..(.(..((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....).).).))).)))))...))))))))...))....)))))))).....))))))))........).........))))))
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((.((.(((((.((..........))...))))).........))...))))(..(.(..((((((..(((((((((....(.(.((((((.((...(((...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...))))))))..)))..)))))))).)...).))))).))))))))))...).))...))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.........((((.((((....)))).))))...((((((....)).))))......(((..(((..((((((.(..((((((.((...(((((((((..((((.....((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))))..))))..)))))))))...))))))))..)))))))..))).))).))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..........(((.((((....)))).)))....((((.........))))......((((.(((..((((((.((((((((((.....(((((((((..((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))))))))..))))..)))))))))....))))))))))))))))..))))))).))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......(((((....((..(((((((.....((.....))....)))))))))..))))).((((..((((((.(..(..(((.((...(((((((((..((((.....((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))))..))))..)))))))))...)))))..)..)))))))..))))....))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((((((....((((.((......)))))).((((((....)).))))....)))))).(((.((((((..........))))))))).((((((...........))))))..(((.(((((.((((...(((((.....)).))).)))).....((((.((((.............))))..(((.....)))))))......(((.....))))))))...((((.((....)).....)))).))).))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))((((....((((.((......)))))).((((((....)).)))).....)))).((((.((((((..........)))))).((((aaaaa....))))...AAAAA...((((.(((.[[[[......)))....]]]]..........))))....((((........<<<<<))))...((((..>>>>>.....))))(((.....)))..{{{{..(((..((....)))))...)))).....}}}}.