|
|
|
GGUGAGCGUAACGUCUCGCUGUCACCUGAGUGGGGGUCGUCCGUUGGUGGCAGGAGAAUCGCGCUUCCCUGCCUGGCACCGGGUACAAGUGACAAUCUGCCCCUUGCAAGGCCGCAGUCUCCGGUGGGAUGGGGACGGAGGUCCCCAUCUCUCGGGUGAUGAUGAGACGCGCAACGCCUCAGGCUGGAAACAGAGCAGGGAAAAGUGUCCGCUGUGGCGCAGAGCAGGGAUCACAGAGUGUCACCCCGGCUGAACAGGGCAGGUGGAGGAGCUCCUCACACCGCGUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.((((..(..)..))))....((((..)))).)))..(.((..(.((........((((.......(.(.(....(((((.....((((((.((((.((((.((..((((((((((.((.(.(((((((((((....))))))))))).).)).)(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).)))))))))))....)..).)...)))).......)).)..)).).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...))))))....((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))....)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...))))...(((((((..(((((((.....(((((..((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....))))))))))))))))............((((....(((....(((....)))....)))....))))..)))))))).....))))))....))))..)))))))))).))....)))))))..((((....)))).))))...... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......)))))......(((......))).....(((.......(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))))).....))))))))))))))))))...).....)))))......)))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))).).((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).).......(((((......((.....(((....)))....)).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).))))((((((((....)))).))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................((((.....(((...(((.(((........((((..(((((....)))))..))))..............(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))).))).....))).......))))................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........))))..))))...((((((((..(((..........)))........(((.(((((((....(((((.....((((((.((((.(((.(((...((((((((..((.(.(((((((((((....))))))))))).).)).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..)))..))).)))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))).))((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))..)).))))(((((((((()))))).))))...... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...)).)).........(((.........))).....((.((.(.......((((..((((((((((((((((((.....((..((.(((((.(((((((.(.(((((((((((((.(((.(((((((....))))))).)))))))).).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))).))..))))))).)).)))).))))).)).))..))..)).).))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..(((((((....(((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..((((....)))).))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))).))..((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))))((.((((((((....)))).)))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((....((((.((((((((...(((((.....))))).))))))))))))...))))))..(((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).)))))(((((((....)))).)))....... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.....))))........(((..........))).))).((..((((.(((((((......(((((((((..((((.....((.((.((((((.(((((((.(((((((((.(((((..((((((((((....)))))))))).)).))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)..))))))))...))))).)).))))))))).....)))))))))))))..)........)))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))).)).(((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......((....((((....))..)).)).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))).)).((((((((....)))).))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))..(((((((....(((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((.....(((...)))....................))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..(((((..))))).))))...... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........)))..)))))....((((.....)))).(((((..(((((..((...((((((((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).)))))).)))))).)))))..)))))..... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................((.((((..........................((.....)).((((................((((.......(((((((....))......))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..................))))...............................)))).))................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......)))))))....(((......))).....((((((....(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).....))))))))))))))))))...).....)))))...))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......)))))))....(((......))).....((((((....(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).....))))))))))))))))))...).....)))))...))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..........)))).....(((......))).....(((.(.....(((((...(...(((.((((((((...((((...........(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).)))))).))..))))))))...)))))).....))))..)))))))).)))...).....)))))....).)))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((...(((((.((((((((.((.((((.....)))))))))))))))))).).))))))...((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).)....((([[[[[........)))..(((....)))...........]]]]].)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))).)))((((((((....)))).))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...))))))(((((.......(((((.....((((((.((((..((((((..((((......(((((.(((((((((((....))))))))))))))))......((((...........)))))))).........))))))......((((.((((........))))))))..)))).))))))))))).....)))))..((((((((....)))).))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((......))).....(((.......(((((......(....)..........................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...)))))).................................)))))......)))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))).))((((.....(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)))))).((((((((....)))).))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..))(((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))))((((((((....)))).))))...... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((((.((((.(((((((((.................))))))))))))))))))))))))(((((((((((((((.....((((((..(((..(((((...((((((((((((((((........)))))))((((.((((((......)).))))))))(((((((.(((((((((((..)))))))))))))).))))..)))))))).)....)))))....)))..))))))))))).))).)))).)))((((((((..))))).)))....... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................(.(....).).............(.......(...(..(.....(((..(.((....(...((...(....((((.((.....))....))))...)......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).......))......).))....)...))).....)..).).................................)... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))...... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((........)))...)))).....(((.....)))...((((..(((((.......(((((((((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....))))))).))))...)))))..))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((........)))).((((....))))..((((((....)))))).((((........)))).((((((....)))))).............((((..(((......)))...(((((.((((((((((......))))))))))))))).......(((...........))).((((((.......((((.............))))(((((.................)))))...)))))).....)))).((((((((....)))).))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((........)))...)))).....(((.{{{.)))...(((}}}......)))..(((.(((((((((....))))).((((........<<<<<))))..(((((((...[[[[.))))...((((((]]]])))))).bbbb..)))>>.....BBBB.........>>>..cccccc.........)))).......(((.((((aaaaa...))))))).......AAAAA...CCCCCC......))).((((((((....)))).))))...... |