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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00340



RNA: SRP_00340
Rfam family: Metazoa_SRP

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...))))))....((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))....))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...))))...(((((((..(((((((.....(((((..((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....))))))))))))))))............((((....(((....(((....)))....)))....))))..)))))))).....))))))....))))..)))))))))).))....)))))))..((((....)))).))))......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((......)))))......(((......))).....(((.......(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))))).....))))))))))))))))))...).....)))))......)))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))).).((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).).......(((((......((.....(((....)))....)).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).))))((((((((....)))).))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................((((.....(((...(((.(((........((((..(((((....)))))..))))..............(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))).))).....))).......))))...................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........))))..))))...((((((((..(((..........)))........(((.(((((((....(((((.....((((((.((((.(((.(((...((((((((..((.(.(((((((((((....))))))))))).).)).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..)))..))).))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))).))((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))..)).))))(((((((((()))))).))))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((...)).)).........(((.........))).....((.((.(.......((((..((((((((((((((((((.....((..((.(((((.(((((((.(.(((((((((((((.(((.(((((((....))))))).)))))))).).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))).))..))))))).)).)))).))))).)).))..))..)).).))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..(((((((....(((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..((((....)))).))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))).))..((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))))((.((((((((....)))).))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((.((((((((...(((((.....))))).))))))))))))...))))))..(((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).)))))(((((((....)))).))).......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.....))))........(((..........))).))).((..((((.(((((((......(((((((((..((((.....((.((.((((((.(((((((.(((((((((.(((((..((((((((((....)))))))))).)).))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)..))))))))...))))).)).))))))))).....)))))))))))))..)........)))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))).)).(((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......((....((((....))..)).)).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))).)).((((((((....)))).))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))..(((((((....(((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((.....(((...)))....................))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..(((((..))))).))))......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........)))..)))))....((((.....)))).(((((..(((((..((...((((((((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).)))))).)))))).)))))..))))).....
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................((.((((..........................((.....)).((((................((((.......(((((((....))......))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..................))))...............................)))).))...................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)))))))....(((......))).....((((((....(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).....))))))))))))))))))...).....)))))...))))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)))))))....(((......))).....((((((....(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).....))))))))))))))))))...).....)))))...))))))...
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..........)))).....(((......))).....(((.(.....(((((...(...(((.((((((((...((((...........(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).)))))).))..))))))))...)))))).....))))..)))))))).)))...).....)))))....).)))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...(((((.((((((((.((.((((.....)))))))))))))))))).).))))))...((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).)....((([[[[[........)))..(((....)))...........]]]]].)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))).)))((((((((....)))).))))......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...))))))(((((.......(((((.....((((((.((((..((((((..((((......(((((.(((((((((((....))))))))))))))))......((((...........)))))))).........))))))......((((.((((........))))))))..)))).))))))))))).....)))))..((((((((....)))).))))......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((......))).....(((.......(((((......(....)..........................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...)))))).................................)))))......)))...
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..))(((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))))((((((((....)))).))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((((.((((.(((((((((.................))))))))))))))))))))))))(((((((((((((((.....((((((..(((..(((((...((((((((((((((((........)))))))((((.((((((......)).))))))))(((((((.(((((((((((..)))))))))))))).))))..)))))))).)....)))))....)))..))))))))))).))).)))).)))((((((((..))))).))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................(.(....).).............(.......(...(..(.....(((..(.((....(...((...(....((((.((.....))....))))...)......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).......))......).))....)...))).....)..).).................................)...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((........)))...)))).....(((.....)))...((((..(((((.......(((((((((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....))))))).))))...)))))..))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((........)))).((((....))))..((((((....)))))).((((........)))).((((((....)))))).............((((..(((......)))...(((((.((((((((((......))))))))))))))).......(((...........))).((((((.......((((.............))))(((((.................)))))...)))))).....)))).((((((((....)))).))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((........)))...)))).....(((.{{{.)))...(((}}}......)))..(((.(((((((((....))))).((((........<<<<<))))..(((((((...[[[[.))))...((((((]]]])))))).bbbb..)))>>.....BBBB.........>>>..cccccc.........)))).......(((.((((aaaaa...))))))).......AAAAA...CCCCCC......))).((((((((....)))).))))......