|
|
|
GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAGCUACUUGGAGGCUUGGACCAGUGGAUGUCUUGAGAGCGGGAGUUCUGUGCCUGGUUGUGCUCAUGUUGACCGAGCGUCCGCAUCAAGCAUGGCGUCAACAUGGUUGAUUCUGAGGAGUCAGAGCCGACCAGGUUCGUCAAAGAGGGUCGGACCGGCCGAGGGCGGAAACGCAGCAGGCAAAAGUCCCCGCGUCAGCGCAGUGAUGGGAUAGCGCUCGCGAAUAAGCCGCCGGGUACAGCCCGCUCAAGAAACUCAGACCUGGUCCUUACCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((........))))))..(((((((....((..((..(((((((....(((((((((..((..((.((.((...(((((((((.(((((.((.((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))..(...)..(((.(......(((....(((....)))....)))....).))).))))))..))..)))))))...))))))).)))).)).)).))))))))))))))))....))..))...))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((......))))))))...(((((....)))))((...(((((((.(..((((((((..(((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))..................((((..(((....(((....)))....)))....))))..))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))...))...) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................((.(((...((...((.((((...(((((.....))))).)))))).....((.....(((.((((.(.((((((....)))))).).)))).)))..(......)...))...))(((....(((....)))....)))...))).))....................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((((....)))))((...(((((((..((..((((((..(((((....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((...(((((....((((.......((((((..(((((....)))))..))))))((((((...........)))))).))))...(((...((((....(((....)))...))))...)))..))))).....)))))))..))))))))))))))))))))))))))))))...))....)))))))...)).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......)))))))).........................................(((((((....(((((((((((...............(((((((............((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))...............................(((....))).................))))))................)))))))..........))))))))))))))))))............................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......)))))))).(((((((((.......)))).)))))......(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...............((((...(((((((......((((..(((((((....(((((((((((...(((.........(((((((((.(((((.....((((......((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))...........)))).......)))))))...)))))))......))).)))))))))))))))))))))).........)))))))...)))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..((..(...(((((((....(((((((((((.(.....((.(((..(((((((((.(((((.((.((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((.(......(((....(((....)))....)))....).))).))))).).))..)))))))...))))))))))))...).)))))))))))))))))).....)..))..))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((........))))))..(((((((....((..((..(((((((....(((((((((((.((.......((...(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))).))....)).))))))))))))))))))....))..))...)))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))......((....))(((((...(((((((....((((((..(((((((....(((((((((((.(.(((...((....(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...)))))))...)).))))))))))))))))))))))))))....))...)))))))...))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........)))))....(((........))).....((((.......(((((((.(((((((....(((((((((((.(.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))..)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..........))))....((((((((.......))))).))).......(((((...(((((((....(((((((((((.(.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).).)..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((((....))))))))..(((((((......((((((..(((((....(((((((((((...(((.........(((((((...(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))..............((((..(((....(((....)))....)))....))))..))))))......))))).....)))))))......))).)))))))))))))))))))))).........)))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))....((((....))))(((...((((((((.((.((.((..(((((((....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((((.(((((.((.((((((..((.((((((.((((((....)))))).))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))....))....))))))..))..)))))))...)))))))..))))))))))))))))))))))))))..)).))))..).)))))))...)))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((........)))))))....((........))(((...(((((((((....(((((..((((((....(((((((((((...(((.....((..(((((((((.(((((.((.((((((.((..((((((.((((((....)))))).))))))[[))((.......{{..))((]].(((....(((....)))....))).....))}}.))))))))....)))))))...)))))))))....))).))))))))))))))))))))))....))...)))))))...)))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((.((.(((.((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))).)))..))))))))...))))))))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).....)... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....((((....)))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))).)))..)))))))...)))))))))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))....(((......))).((...(((((((..(...((((..(((((((....(((((((((((.(.(((...(((...(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...)))))))..))).))))))))))))))))))))))))))....)....)))))))...)).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........{{{{{{{{(.....(((((....))))).....{{{{{{{.....{{{{...{{{{{{{....{{{{{{{{{{{..{{{{(((((((((...(((..)))............))))))))).((((((((..))))))))..((((((...............)))))).))))).....(((....)))}}}}(((....(((((.((((..))))......))))))}}}}}}}}......)))}}}}}}}}}}}}}}}}}}.........}}}}}}}}}}}......... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......)))))......(((((((.......))).)))).........((((.((((((((.....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((((.(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))......)))))))...)))))))..))))))))))))))))))).)))))).......))))))................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((....(((.((((.(...).))))..)))....)).(((((...(((((((....(((((.(((((((.((..((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).))....)))))))...)))))))...)).))))))))).)))))))))))).....)))))................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))........ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..........)))))....(((((...).)))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))........ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..........)))))....(((.(...)..))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((.....((((....(((....)))....))))...))))))))))))).))..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((..........)))).....(((.(...)..))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((...((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....)))))..)................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.[[[[.)))))))).......]]]]...(((((...(((((((..((..((((..(((((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...))....)))))))...))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((...).)))))))))..(((((....))))).....(((((((((.(.(((((..(((((((....(((((((((((.(.(((..(((((..(((((((((.(((((....((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))......)))))))...)))))))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))..).)))))))......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))..............(((((...(((((((.....((((...(((((((....(((((((((((..((((..(((((......(((((..........(((((......((((((.((((((....)))))).))))))....))))).....(((((...)))))..)))))......)))))))))........((((..(((((............)))))))))........)))))))))))))))))).........)))))))))))...))))). |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((((....)))))........................(((((((....(((((((((((...(((.........(((((((...(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))......))))).....)))))))......))).))))))))))))))))))............................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((...............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))......... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..........))).....(((.((((.......))))..))).......(((((...(((((((....(((((.(((((((..(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((((....)))))((...(((((((.(..((((((((..(((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))...)).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((..(((....)))...)).((((....))))..)))))).(((((((...((((((..(((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...)))...))))............ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..((((((..(((((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.......).)))))).).((((((..))))))((...((((((((((((..((((((..(((..(..((((((((((((((..(((...))).(((((((((.(((((..(.((((((..((.(((((((((((((..)..))))))))))))))..((((..))))((..(((((((((((((((((..)))))))))))).).))))))))))))).....))))))))...)))))).......))))))))))))))))))))))))..)))))...)))))))...)).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((............................................((............))...........))...(((...(((...(..(..(..(.......(((..(((((....(.((((.(...((((((.(((..........))).))))))..)........(.(((.(......(((....(((....)))....)))....).))))))).).).....))))))......)).......)................)..)..)....).).).....).).).......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((......))))))))...)..((((.......)))).((((....((.((..(...(((((((.....(((((.(.(.((.(((.((...(...((((((((.(((((....((((((((((.((((((..(.(.........).).)))))).))).).....(.(((.(......(((....(((....)))....)))....).))))))))).).....)))))))...)))))).)..))).)))).).)))))).))))))).....)..))...)).))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((......))))((...(((((((.(..(((((((..((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((...........)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))...)).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((......)))).....(((((((....((......(((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))........))...)))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....(((((....))))))))..(((((((..((..((((..(((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...))....)))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((((((.......))).))))...((((((((....(((((....))))).....(((((..((....)).))))).))))))))......((((.......))))...(((((....))))).(((((.....)))))......((((.((((.....)))).(((((..((((.................)))).(((((............)))))..........)))))(((.....)))...........................)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((((....)))))(((..((((........))))..(((((....)))))..))).(((bbb((((.<<<<<<..))))(((....>>>.>>>.))).((((..[[[)))).(((((....)))))(((..]]])))...........((((aaaaa))))...(((((..((((.AAA.......{{{{{.))))..((((......}}}}}.))))...........)))))(((.....)))...............))).AABBB......... |