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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00347



RNA: SRP_00347
Rfam family: Metazoa_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................((.(((...((...((.((((...(((((.....))))).)))))).....((.....(((.((((.(.((((((....)))))).).)))).)))..(......)...))...))(((....(((....)))....)))...))).)).......................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))((...(((((((..((..((((((..(((((....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((...(((((....((((.......((((((..(((((....)))))..))))))((((((...........)))))).))))...(((...((((....(((....)))...))))...)))..))))).....)))))))..))))))))))))))))))))))))))))))...))....)))))))...))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).........................................(((((((....(((((((((((...............(((((((............((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))...............................(((....))).................))))))................)))))))..........)))))))))))))))))).............................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).(((((((((.......)))).)))))......(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...............((((...(((((((......((((..(((((((....(((((((((((...(((.........(((((((((.(((((.....((((......((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))...........)))).......)))))))...)))))))......))).)))))))))))))))))))))).........)))))))...))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..((..(...(((((((....(((((((((((.(.....((.(((..(((((((((.(((((.((.((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((.(......(((....(((....)))....)))....).))).))))).).))..)))))))...))))))))))))...).)))))))))))))))))).....)..))..)))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........))))))..(((((((....((..((..(((((((....(((((((((((.((.......((...(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))).))....)).))))))))))))))))))....))..))...))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......((....))(((((...(((((((....((((((..(((((((....(((((((((((.(.(((...((....(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...)))))))...)).))))))))))))))))))))))))))....))...)))))))...))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..........)))))....(((........))).....((((.......(((((((.(((((((....(((((((((((.(.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))..)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))).........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........))))....((((((((.......))))).))).......(((((...(((((((....(((((((((((.(.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).).)..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))...................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....))))))))..(((((((......((((((..(((((....(((((((((((...(((.........(((((((...(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))..............((((..(((....(((....)))....)))....))))..))))))......))))).....)))))))......))).)))))))))))))))))))))).........))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))....((((....))))(((...((((((((.((.((.((..(((((((....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((((.(((((.((.((((((..((.((((((.((((((....)))))).))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))....))....))))))..))..)))))))...)))))))..))))))))))))))))))))))))))..)).))))..).)))))))...)))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))....((........))(((...(((((((((....(((((..((((((....(((((((((((...(((.....((..(((((((((.(((((.((.((((((.((..((((((.((((((....)))))).))))))[[))((.......{{..))((]].(((....(((....)))....))).....))}}.))))))))....)))))))...)))))))))....))).))))))))))))))))))))))....))...)))))))...)))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((.((.(((.((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))).)))..))))))))...))))))))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).....)...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((((....)))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))).)))..)))))))...)))))))))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))....(((......))).((...(((((((..(...((((..(((((((....(((((((((((.(.(((...(((...(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...)))))))..))).))))))))))))))))))))))))))....)....)))))))...))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........{{{{{{{{(.....(((((....))))).....{{{{{{{.....{{{{...{{{{{{{....{{{{{{{{{{{..{{{{(((((((((...(((..)))............))))))))).((((((((..))))))))..((((((...............)))))).))))).....(((....)))}}}}(((....(((((.((((..))))......))))))}}}}}}}}......)))}}}}}}}}}}}}}}}}}}.........}}}}}}}}}}}.........
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......)))))......(((((((.......))).)))).........((((.((((((((.....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((((.(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))......)))))))...)))))))..))))))))))))))))))).)))))).......))))))................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((....(((.((((.(...).))))..)))....)).(((((...(((((((....(((((.(((((((.((..((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).))....)))))))...)))))))...)).))))))))).)))))))))))).....)))))...................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........)))))....(((((...).)))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........)))))....(((.(...)..))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((.....((((....(((....)))....))))...))))))))))))).))..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)................
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.[[[[.)))))))).......]]]]...(((((...(((((((..((..((((..(((((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...))....)))))))...))))).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))..............(((((...(((((((.....((((...(((((((....(((((((((((..((((..(((((......(((((..........(((((......((((((.((((((....)))))).))))))....))))).....(((((...)))))..)))))......)))))))))........((((..(((((............)))))))))........)))))))))))))))))).........)))))))))))...))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((((....)))))........................(((((((....(((((((((((...(((.........(((((((...(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))......))))).....)))))))......))).)))))))))))))))))).............................
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RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..........))).....(((.((((.......))))..))).......(((((...(((((((....(((((.(((((((..(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))...................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))((...(((((((.(..((((((((..(((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))...))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((..(((....)))...)).((((....))))..)))))).(((((((...((((((..(((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...)))...))))............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..((((((..(((((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..)))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.......).)))))).).((((((..))))))((...((((((((((((..((((((..(((..(..((((((((((((((..(((...))).(((((((((.(((((..(.((((((..((.(((((((((((((..)..))))))))))))))..((((..))))((..(((((((((((((((((..)))))))))))).).))))))))))))).....))))))))...)))))).......))))))))))))))))))))))))..)))))...)))))))...))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((............................................((............))...........))...(((...(((...(..(..(..(.......(((..(((((....(.((((.(...((((((.(((..........))).))))))..)........(.(((.(......(((....(((....)))....)))....).))))))).).).....))))))......)).......)................)..)..)....).).).....).).)..........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))...)..((((.......)))).((((....((.((..(...(((((((.....(((((.(.(.((.(((.((...(...((((((((.(((((....((((((((((.((((((..(.(.........).).)))))).))).).....(.(((.(......(((....(((....)))....)))....).))))))))).).....)))))))...)))))).)..))).)))).).)))))).))))))).....)..))...)).)))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))((...(((((((.(..(((((((..((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((...........)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))...))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......)))).....(((((((....((......(((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))........))...))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....(((((....))))))))..(((((((..((..((((..(((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...))....))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((((.......))).))))...((((((((....(((((....))))).....(((((..((....)).))))).))))))))......((((.......))))...(((((....))))).(((((.....)))))......((((.((((.....)))).(((((..((((.................)))).(((((............)))))..........)))))(((.....)))...........................))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))(((..((((........))))..(((((....)))))..))).(((bbb((((.<<<<<<..))))(((....>>>.>>>.))).((((..[[[)))).(((((....)))))(((..]]])))...........((((aaaaa))))...(((((..((((.AAA.......{{{{{.))))..((((......}}}}}.))))...........)))))(((.....)))...............))).AABBB.........