RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00348

RNA: SRP_00348
Rfam family: -

			GGGUGGGUUGGUGUGACUCCAGCCUGUAAAGCGUAUGCUACCCUUAAAAAAUAGGCAGUCGCGUAGAUCAAGGUAAACUGCGGUUGUCAUGUGUUGAGUGCCCUCCUACCAGGUACUGCUGCGGGGUCGUGGGUCCGACGAAGGUUGGAAUUUCGAUCUUGAUAAUGCAAUCUGCACUGCGUGAGGCCGGUAAACGGAACAGCGAAAAGGAUUCCAGCGGUAUGGUGCGUAGAUUCUGGGCGCGAGCAUGCGCUUCAGCCUCUGACUUGGUUCAAACGGUCCACUAUUUUUUUCCUCGAUCCUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((.(...).)))))))....((((()))))))))....((((.((..(((.(..(.((((((((....(((.(((...(((((.(...((((((..((((((.(((((((((((((((((.((.((((((....)))))).)).))))))))(...)..(((((....(.(((....(((.....)))....))).)..))))).)))))))))..)).)))).....))))))).))))).))).)))...)...))))))).....)..).))).)).))))..............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((((.((((..........(((((((((((..............((((..(((((..((....))..)).)))..)))).........((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).))))))))))).((((........)))).....)))))))............))))))..)))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((((..((.(((..(((((((((((...........(((((((((((((...............)))))))))).))).....((((((..((((...(((((((((((((((((....((((((....))))))....))))))))....(((..((((...(((.........)))..))))...)))..........))))))))).....)))).....)))))).)))))))))))))).)).(((......)))...))))))))).......)))..)))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((.......))))))))..(((((((((((..............(((((((((.................))))))))).........((((((..(((((..(((((((((((((((((.((.((((((....)))))).)).)))))))).......(((((.....((......(((.....)))....)).....))))).))))))))))....)))).....)))))).)))))))))))....................................................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.......)))))))...(((((((((((..............(((((((((.................))))))))).........((((((..(((((..(((((((((((((((((.((.((((((....)))))).)).)))))))).......(((((.............(((.....)))...........))))).))))))))))....)))).....)))))).)))))))))))....................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.......)))))))...((((((((((...............(((((((((........((.....))))))))))).........((((((..((((((.(((((((((((((((((.((.((((((....)))))).)).)))))))).......(((((....(.(((....(((.....)))....))).)..))))).)))))))))..)).)))).....))))))..))))))))))...)))..(((.((.......)))))..........................
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.......))))))))).(((((((((((....((.....((.((((((((((...............))))))))))..))...))((((((..(((((..(((((((((((((((((.((.((((((....)))))).)).)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))))))....)))).....)))))).)))))))))))....)........((..........)).........................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.......)))))))...(((((((((((...........(((((((..(((.................)))..)))).))).....((((((..((((...(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))))).....)))).....)))))).))))))))))).((((...[[[[.)))).....]]]]..........................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((((.......)))))))...(((((((((((..(((........)))(((.(((((.((.(((.(((...)))..))))))))))))).((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).))))))))))).((((........)))).......))).........................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.......)))))))...(((((((((((..............(((((((((.................))))))))).........((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).)))))))))))....................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..(((((((.......)))))))...(((((((((((..(((........)))(((.(((((.((.....((.....)).....)))))))))).((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....))))))))....((((...))))...(((....(((.....)))....)))..........)))))))))..)).)))).....)))))).))))))))))).((((........))))............................)......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..........((((....(((((((((((..............((((((((((...............)))))))))).........((((((..((((...(((((((((((((((((....((((((....))))))....))))))))...(((((........)))))....(((.....)))......[[[[[[[[[..))))))))).....)))).....)))))).)))))))))))(((...)))....))))....))))))))).............]]]]]]]]]
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((...(((..((((.......((((((((((..............((((..(((((..((....))..)).)))..)))).........((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).))))))))))((((...)))).)))).)))..))..)))))......................
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.......)))))))...(((((((((((..(((........)))(((.(((((.((.....(((...))).....)))))))))).(((((((.((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....))))))))....(((([[[))))...((((...(((.....)))..).))).....]]]..)))))))))..)).)))))....)))))).))))))))))).((((........))))..........................)))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.......))))))))).(((((((((((..............((((((((((...............)))))))))).........((((((......(((((.......((((((((....((((((....))))))....))))))))........)))))..(((((((..((((......((((............))))..))))....))))))).....)))))).))))))))))).((((........)))).....((((................))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((...(((..((((.......((((((((((..............((((..(((((..((....))..)).)))..)))).........((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).))))))))))((((...)))).)))).)))..))..)))))......................
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((.(((((.((((..........(((((((((((....((((...(((((((..(((((..((....))..)).)))..)))).))).))))((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).))))))))))).((((........)))).....))))))))).....))))).((......))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.......)))))((((.(((((((((((....((((...(((((((..(((((..((....))..)).)))..)))).))).))))((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).))))))))))).((((........))))...)))).)))))......................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......)).))).)))....((((((.((((.((....).).))).)..).))))..(((......)))((((((((.(((((...)).....((((...((((..)..))).))))((((..((((((......))))))..))))((..))..)))))).)))))((((.................).)))..((((((((.(((......))).....((.((.(((((.(((((....(((..)).)...).))))))))))).))..(...............))))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((...(((..(((.......(((((((((((..............((((..(((((..((....))..)).)))..)))).........((((((..((((((.(((((((((((((((((....((((((....))))))....)))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).)))))))))))............))).)))..))..)))))......................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((...(((..((((.......((((((((((..............((((..(((((..((....))..)).)))..)))).........((((((..((((((.((((((((((..(((((....((((((....))))))....)))))..).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)).)))).....)))))).))))))))))((((...)))).)))).)))..))..)))))......................
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.......))))))).....((((.((((..............)))).((((((..((....))..)).)))).....))))....((((((.........)))))).(((((....))))).((((((....))))))...((((.........((((........)))).(((((........((((............)))).(((.((((.(((((.........)))))..)))))))....))))).(((.((.......)))))..............))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((.aaaaaaa.))))..(((.....)))(((cccc..........)))CCCCAAA..((((..((....))..))))...........((((((.........)))))).(((((AAAA))))).((((((....)))))).(((((.........(((((....bbbb)))))....{{{{.....{{{{...BBBB)....}}}}.....[[[.))))]]]....}}}}((((......))))...((((...<<<..))))......>>>.................)))).....

---