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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00353



RNA: SRP_00353
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((((.((((((((((....(((((((...((((((((((((((((((((((...((((((((((((..........))))......)))))))).(((((.((.((((.......))))))))))).))))))))).....))))))).)))))).....((((....(((....)))....))))...........)))))))))))))).)))..((((((....)))).))....))))).((..(((....)))..))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.....))))))...................((((((.((((.((((.(((((....((.(((((((((.(((.....(((((((((((((......((....((((((.((((.((((.((....)).)))).)))))))))).....))...(((((((((.....(((....))).....))...........)))))))...)))))...))))))))..)))...)))))))))))...))))))))).)))).))))))...
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...))))))....((....)))))).(..((((((.((((.((((.(((((....(((.((((((((.(((.((..(((((((((((((..((..(((((((((((.(((((.((((.((....)).)))).)))))))))).....((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))))))..))...)))))...)))))))))))))...)))))))))))...))))))))).)))).))))))..)
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....))))))....((....)))).....((((((.((((.((((.(((((....(((.((((((((.(((..(..(((((((((((((.(...(((..(.((((((.((((.((((.((....)).)))).)))))))))).)...)))..(((((((.((.((((((....))).........)))...)).))))))))..)))))...)))))))).))))...)))))))))))...))))))))).)))).))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...))))))............))))....((((((.((((.((((.(((((....((((((((((((.(((.....(((((((((((((.(((..((((((((((((.((((.((((..........)))).))))))))))........(((.....((((....(((....)))....)))).)))...))))))..)))..)))))...))))))))..)))...))))))))).))).))))))))).)))).))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.....)))))).((((..(((((.....)))))(((.((((.((((.(((((....((((((.(((((.(((.....(((((((((((((.(((..(((((.((((((.((((.((((.((....)).)))).)))))))))).......(.((((...((((....(((....)))....)))).)))).).)))))..)))..)))))...))))))))..)))...)))))))))))...))))))))).)))).))).)))).
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.....)))))).((((...((((.....))))((((.((((.((((.(((((....(((.((((((((.(((.....(((((((((((((.(((..(((((.((((((.((((.((((.((....)).)))).)))))))))).......(.((((...((((....(((....)))....)))).)))).).)))))..)))..)))))...))))))))..)))...)))))))))))...))))))))).)))).)))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...)))))......((((((((((....(((((((.........(((...))))))))))(((((((.(((.....(((((((((((((.....((((((.(((((.(((((.((((..........)))).)))))))))).....((((([[[[[[[.......(((....))).....)))))..))))))]]]]]]]...)))))...))))))))..)))...)))))))....)))))...........)))))))))).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((...))))))).........(((((...((((((...))))))..(((((((...((((((...)))))).......(((((((...(((((..(((((...(((((.(((((.((((..........)))).))))))))))..........(((((((.........((((...........)))).......)))))))..))))))))))))))))).......))))))).....)))))....((((((....))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.....)))).....((....))))))....((((((.((((.((((.(((((....((((((((((((.(((.....(((((((((((((.(((..(((((.((((((.(((..((((.((....)).))))..))))))))).....(..(((.....((((....(((....)))....)))).)))..).)))))..)))..)))))...))))))))..)))...))))))))).))).))))))))).)))).))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((((.....)))))..........(((((....(((((((((((....)).)).....))))))).((((((.(((.....(((((((((((((.(((..(((((.((((((.(((..((((.((....)).))))..))))))))).....((((((.....((((....(((....)))....)))).)))))).)))))..)))..)))))...))))))))..)))...)))))).....)))))....)).(((....))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....)))))....((....))))))....((((((.((((.((((.(((((....((((((((((((.(((.....(((((((((((((.(((..(((((((((((.((((..((((.((....)).))))..))))))))).....(..(((.....((((....(((....)))....)))).)))..)))))))..)))..)))))...))))))))..)))...))))))))).))).))))))))).)))).))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((........)).).))))))(((((...(((((((.((.............)))))))))((((((.......))))))(((..)))((((((.(((((.((((((.((.((.(.(((((((((((.(((((..)))).)))))))))))))((((((((((((((.(((((((..)))).)).).)))).))))))))))........))))))))))((((..(((..))))))))))))))))))(((......).)))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((...))))).....((....))))))....((((((.((((.((((.(((((....((...(((((((.(((.....(((((((((((((.(((..(((((((((((.((((..((((.((....)).))))..))))))))).....(..(((.....((((....(((....)))....)))).)))..)))))))..)))..)))))...))))))))..)))...)))))))..))...))))))))).)))).))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.....)))).....((....))))))....((((((.(((..((((.(((((....((((..((((((.(((.....(((((((((((((.(((..(((((.((((((.(((..((((.((....)).))))..))))))))).....(..(((.....((((....(((....)))....)))).)))..).)))))..)))..)))))...))))))))..)))...))))))..).))).)))))))))..))).))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((.....)))(((.......))).)))....(((.......))).((((...((((........))))....)))).((((.............))))..((((.((((.......)))).(((((....(((((....)))))...........(((((((.((((......))))...((((......))))...)))))))..)))))..))))...(((......)))........((((.....))))((((....))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.....))))))..(((((((..bbb))).((((.....)))).((((...((((........)))).(((.....)))..(((..{{{))).....))))...((((...}}}B)))).....BB)(((.....)))...(((((...<<<<<...)))))((((.>>>..))))....[[[>>))).]]].(((((((((((.aaaaaa.......)).)))))..........AAAAAA......))))((((....))))....