RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00354

RNA: SRP_00354
Rfam family: -

			GCCGGAGCGACUGCUCUGUUACCCUUUCGGGGGCCGGGUCCGCUUAGCGGGGACUUCUUGGACAAGCGAGGGUUCUGACGCGUUGACUUGGUGUUCUGCUUGGUUGCGUGUCGGCUGCGGCGACGUCCCUGCAGAGGGACGUGGCCGGGCCGUUGAUGCGGAGGGAACGGGUCAGGCCGGCGACGGAGCAUCCCACCUUGCGCACGUUCCCGUUGCAGAAGCACACCGAGGAGCAUCUCAGGGCUUGAGCCCCAAGUGUCGUCGCGAGGCGGUCCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((....)))))....(((....)))))).(((.((((((.((((.(..(..((.(....((..(((((((((.((.((..(((((((((((((..((..(((((((((((..(((.((((((((....)))))))).))).))))).....(((.(((....(((.....(((....))).....))).))))))))))))..))...)))))...))))))))))))...)))))))))..))..).)).).).)))).)))))).)))...
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((....))))))...(((.....)))...(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((...(((..(((((((((((((.(((..(((...(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))....((((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...)))))))).)))...)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).)))..)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...((((....))))..(((.(((((..(((..(((..(((((....((..(((((((((...((...(((((((((((((....((((((..(((((.((((..(((((((....)))))))..)))))))))...)))))).(((((((.......(((....))).(((........)))...)))))))...)))))...))))))))..))...)))))))))..)).))))).)))..)))..))))).)))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...(((....)))....(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((...(((..(((((((((((((......(((...(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))....)))((.(((((((.(..((((((....))).........)))....).))))))).)))))))...)))))))).)))...)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((....)))))......................((((((.((((.(((..(((((....((..((((((((..((.....(((((((.(((((..((..(((((((((((..(((..((((.((....)).))))..))).)))))................(((.....(((....))).....))).......))))))..))...)))))....)))))))..))....))))))))..)).))))).))).)))).)))))).......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....)))))....(((....)))))).(((.((((((.((((.(((...((((....((..(((((((((.((.((..(((((((((((((..((..((((((((((..((((.((((((((....)))))))).)))).)))).....(((.(((....(((.....(((....))).....))).))))))))))))..))...)))))...))))))))))))...)))))))))..)).))))..))).)))).)))))).)))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...((((....))))..(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((.(.(((..(((((((((((((......(((((.(((((.((((.((((((((....)))))))).))))))))).).))))((.(((((((.(((((((((....))).........))).).)).))))))).)))))))...)))))))).))).).)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....)))))....(((....)))))).(((.((((((.((((.(((..(((((........(((((((((...(((..(((((((((((((.(((..(((((((((((.((((.((((((((....)))))))).))))))))).........((((...(((.....(((....))).....))).))))..))))))..)))..)))))...)))))))).)))...))))))))).....))))).))).)))).)))))).)))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....)))))....(((....)))))).(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((.((.....(((((((((((((.(((..(((((.(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))......((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...))))))))..))...)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...(((......)))..(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((...((...(((((((((((((..((..(((((.(((((.((((.((((((((....)))))))).))))))))).........((((...(((.....(((....))).....))).))))...)))))..))...)))))...))))))))..))...)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...(((.....)))...(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((...((...(((((((((((((.(((..(((((.(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))......((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...))))))))..))...)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..)))))))..........((((((((..(((((...))))).....(((((.(((((......(((((........(((((((((((((.......(((((((((..((((.((((((((....)))))))).))))....)))))))))..(((((((...((((...[[[[[[...........))))....)))))))...)))))...)))))))).......))))))))))....)))))...]]]]]]....))))))))..
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((c(..((((((((gg((((e((ffffffff..ffff(.[[[[[[[[[j((dddd(..kkkk))J))E.{{{{.{{{(.hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh.)))))ggggggggggggg(aaa.aaaa.HHHHHHHHHHHH))))GK.GKKKDGGGG..ii(iiiiii(<<<))))))C)).)II.AAAAGHHH..GDDD)]]]]].HHH.]]HHHHHHH}G]AAA}}}}}}GIIIIII>>>G]FFFGGGG))))))...FFFFFFFFF)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...(((.....)))...(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((..((((...(((..(((((((((((((.(((..(((...(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))....((((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...)))))))).)))...))))..)))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...(((.....)))...(((.((((((.((((.(((..(((((........(((((((((...(((..(((((((((((((.(((..(((((.(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))((((.....[[[[...[[[)))).(((....))).....]]].]]]]...)))))..)))..)))))...)))))))).)))...))))))))).....))))).))).)))).)))))).)))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...........((((((((((((...((((((((((...........((((((((((((...(((((.(((((((((((......((((((..(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))...))))))..))))))..))))).))))).))))))......))))))....))))))))))............((((....)))).))))))).)))))....((((((....))))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...(((.....)))...(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((...(((..(((((((((((((.(((..(((...(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))....((((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...)))))))).)))...)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((....)))))..........(((...))))).((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((...(((..(((((((((((((.(((..(((...(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))....((((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...)))))))).)))...)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....)))))....(((....)))))).(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((..((((...(((..(((((((((((((.(((..((((..(((((.((((.((((((((....)))))))).))))))))).....(((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...)))))))).)))...))))..)))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((.((((((((.(((((((((..)))))..((((((.((....))))))))(((((.(..)((((((((((((...(((.((((((((...((((((.........(((((.(((..(((((((((..)))))))))..))))))))(..)((((((((((((((((.....(....)(..)(((........))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))))))))))..))))).....))))))).))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...(((.....)))...(((.((((((.((((.(((..(((((....((..(((((((((...(((..(((((((((((((.(((..((((..(((((.((((.((((((((....)))))))).))))))))).....(((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...)))))))).)))...)))))))))..)).))))).))).)))).)))))).)))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((....))))))...((((....))))..(((.((((((.(((..(((..(((((....((...((..((((...(((..(((((((((((((.(((..(((...(((((.((((.((((((((....)))))))).)))))))))....((((.((((...(((.....(((....))).....))).)))).)))))))..)))..)))))...)))))))).)))...))))..))...)).))))).)))..))).)))))).)))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((....)))).....((((....)))).)))..(((.....))).((((.((((......))))))))..(((((.........)))))..(((.(((.....((((....)))).((((((((....))))))))(((((..((((....))))......)).)))..))).((((((((((................))).)))))))...))).(((.(((......))).((((....))))...))).((((....))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((....)))).....(((..[[[)))..)))((((.((....)))))).(((((......)))))....]]]((((.<<<<..(((..aaa)))....)))).((((....)))).((((((((....))))))))((((...((((({{{{{...{{{)))))}}}})))).((((.((.}}}}A...)))))).......AA>.....>>>.((((...(((......))).((((....))))...))))((((....))))........

---