RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00355

RNA: SRP_00355
Rfam family: -

			GCCGGAGCUCUCUGCUCUGUCACCUUCGGGGGCCGGCGCCUGUGAGCGGGGAAAGCCUGGACCAGCGGGGGUACUGCUGCGUUGACUUGGUGUUCUGCUUGGCGGUGCGUCCGUUCCGGCGGCGUCACUGUAGAGCGACGCUGGCGAGCGGUUAAUGCGUGGGAAACGGGUCAGGCCGGCAACGGAGCAGCCCACCUCGCGCGCGCCGCCGUUGCAGAAGCACACCGAGGAGCAUCCCAGUGCUCUGCGCCCCAGGCGUCGUCGCGAGCCGGCGCUCAAACUCGAUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.....)))))....(((..)))))).((((((.((..((((.(...((((((.......(((((((((.(((.((..(((((((((((((..((((((((((((((((.(.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((.(((....((((....(((....)))....)))).))))))))))))))))...)))))...)))))))))))))...))))))))).....))))))..).))))..)).))))))..............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((.....))))))......(((((....((((((.((..((((.((..((((((....((((((((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((..((((((.(.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...))))))))).))).)))))).)).))))..)).))))))....)))))....)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))......(((((....((((((.....((((.....((((((....((.(((((((((.(((.....(((((((((((((..((((((((..((((((..((((((((..........)))))).)))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..)))))))))))))))...)))))...))))))))..)))...)))))))))))...))))))....)))).....))))))....))))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((.....)))))).)....(((((....((((((.((..((((.((..((((((....((.(((((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((((((((((.(.(((((((.((....)).))))))).))))))).......(((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...)))))))))))...)))))).)).))))..)).))))))....))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.....)))))....((....))........((.((..((((.((..((((((....(((.((((((((.(((.....(((((((((((((.((((.(((((((((((..(.(((((((.((....)).))))))).).))))).....((..((.....((((....(((....)))....))))..)).)))))))).))))..)))))...))))))))..)))...))))))))..))).)))))).)).))))..)).))..................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....)))))....((....))))).((((((.((..((((.....((((((....((((((((((((.(((.((..(((((((((((((..(((((((((.(((((.((.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((.(((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))))))))...)))))...)))))))))))))...))))))))).))).))))))....))))..)).)))))).(((.......)))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((.....)))))).)....(((((....((((((.((..((((.((..((((((..(.((.(((((((((.(((..(..(((((((((((((.(((((((((((((((((.(.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((..((....((((..(.(((....)))..).))))..))))))))))))))))..)))))...)))))))).))))...))))))))))))..)))))).)).))))..)).))))))....))))).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))......(((((....((((((.....((((.....((((((....((((((((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((..((((((...(((((((..........)))))))..)))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...))))))))).))).))))))....)))).....))))))....))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))......(((((....((((((.((..((((.((..((((((....((((((.(((((.(((.....(((((((((((((.((((((((((.((((((.(.(((((((.((....)).))))))).)))))))......((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...)))))))))))...)))))).)).))))..)).))))))....))))).....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))...((.[[[))....((((((.((..((((.((..((((((....(((.((((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((..(((((.((.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...)))))))))))...)))))).)).))))..)).))))))......]]].....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))......(((((....((((((.((..((((.((..((((((....(((.((((((((.(((.....(((((((((((((.((((((((((.(((((.((.(((((((.((....)).))))))).)))))))......((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...)))))))))))...)))))).)).))))..)).))))))....))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...(((((((((.........((((.{{{{{{.)))).)))))))))..((((((..((((((.....))))))......(((((((((((((.((((((((((.((((((...(((((((..........)))))))..)))))).......(((((...........}}}}}}..........)))))[[[[[[))))))))))..)))))...))))))))((((((....))))))......)))))).....]]]]]]))))).................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((cc.cccccccc(.((((((([[[[(dddddddd(kkkkkkkk(fffffffff.....))))))).aaaaaaaaaaaa((.iiiiiiii)]]aaaaaaaaaaa]])))))))).(((bb..((((((h((.eeeeee(ggg.))AAAAAAAA((((....<<<FFFFFF<<<..)CCCCCCCC)))))FFFKKAAAAAAAAAAA((AAAAjj.....>>>.IIIIIIII....)H)))))))>>>)KKKDDDDD.)))BB)JJ)GGG.KKK)EEEECCDDDEE
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((.....))))........[[[[[))).((((((.((..((((.((..((((((....((((((((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((..(((((.((.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...))))))))).))).)))))).)).))))..)).))))))....]]]]].....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((.....))))))).....(((((....((((((.....((((.....((((((....(((.((((((((.(((.....(((((((((((((.((((((((((.(((((.((.(((((((..........))))))).)))))))......((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...)))))))))))...))))))....)))).....))))))....))))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))......(((((...(((((((((...((((((.....((((..((((((.....))))))......(((((((((((((.(((((((((((((((((((((.......((((......((((...............)))).....)))).....))))).))))))...............))))))))))..))))))...))))))).......))))..))))))....)))))))))....((((....))))...))))).....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((.....)))))).)....(((((....((((((.((..((((.((..((((((....((((((((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((..((((((.(.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...))))))))).))).)))))).)).))))..)).))))))....))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....)))...((.((....)))))))).(((.((..((((.((..((((((....((((((.(((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((..(((((.((.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...)))))))))))...)))))).)).))))..)).))).................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((.....)))))).)....(((((....((((((.((..((((.((..((((((...(((((.....)))))((((...(((((((((((((.(((((((((..(((((.((.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))((((((....)))))).)))).)))))).)).))))..)).))))))....))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...(..(((.((..(((..)))(((.((((((((.((((((((..(((.(((..(((((((((..)).)).)))))((((((((((((((..((((((((((((((((..((((((((.(((..))).))))))).)))))))......((((((..((((((((((((((..)))))))))))))))))))).)))).))))))))))))...))))))))......)))))))))))))..)))))))))))))))))..)..))))(((((..))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((.....)))))).)....(((((....((((((.((..((((.((..((((((....((..((((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((..(((((.((.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...)))))))).))...)))))).)).))))..)).))))))....))))).....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))......(((((....((((((.((..(((..((..((((((....((((((((((((.(((.....(((((((((((((.(((((((((..((((((.(.(((((((.((....)).))))))).))))))).....(((((((....((((....(((....)))....))))..))))))))))))))))..)))))...))))))))..)))...))))))))).))).)))))).))..)))..)).))))))....))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....)))).((((...(((.((((....)))).))).((((.....))))...((((((.....))))))...))))..((((.(((((...((((.....))))..((((((((..............((((....))))......(((((((....((((..................))))..))))))).))))))))..)))))....))))...((((((....)))))).((((.....)))).((((.((((....)))).....))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....))))))...........(((....))).(((..((((.....))))...((((((.....))))))...(((((.((((((((((...((((..[[[))))((((.(((((((..........)))))))]]]..((((......(((((.....))))).))))....))))....))))).......)))))......)))))..)))..((((((((((....)))))).((((.....))))......((((....))))...))))......

---