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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00357



RNA: SRP_00357
Rfam family: Bacteria_small_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..(((.(((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).)))))...)))..))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................(((....)))................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))........
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((...((((..(((......)))..[[[[[[....(((....)))......[[[[))))....]]]]...]]]]]]....)))))))))))))
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((((...((...(.((......((((....(((....)))....))))...)).)....))....)).)))).).)))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))....)))))...)))))))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((((((..))).))))))).)))))))))).)))).))).)))).).)))))))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.(((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).))))..))))).))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(.((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).)))).).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((..((((..((((..))))(((..)))(((((........[[[[[[[[.)))))...))))....)))))]]]]]]]]))))))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................(((((.....(((.....(((....))).....)))..))))).................................
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PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((.....(((....))).....)))........................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))..))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((.((((((((....((((....(((....)))....))))).))))))..))))).)).)))))...)))))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((..((((..((((((....((((......))))...............))))))...))))....)))))...)))))))))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((.................................(((....)))...................................)))))))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))...................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((....(((....)))....))))........................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).)))).).)))..))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((.(((((.....((((((..((((..))))..))))))..))))).)).)))).)).))))).).)))))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......................(((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))........................))..)).)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))...)))))).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..))))))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))))))))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))..))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....)))).((((((..(((((((....)).)))))...(((((.................)))))..)))....((((.....)))).)))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....)))).(((.....(((((((....)).)))))....((((............[[[[.)))).....]]]].((((.....)))).)))......