|
|
|
GGGGGCCCUGGUCCUCCCGCAACACUAGUUCGUGAACCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCGGAUGAUGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGGGUCUCC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))) |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((.(((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).)))))...)))..)))..... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))) |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((....)))................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))........ |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((((((....)))))))))))........................................ |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))) |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...))))))))))))) |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))))))) |
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((..(((......)))..[[[[[[....(((....)))......[[[[))))....]]]]...]]]]]]....))))))))))))) |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((...((...(.((......((((....(((....)))....))))...)).)....))....)).)))).).))))))))..... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...))))....)))))...))))))))))))) |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))) |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((((.....(((((((((((((..))).))))))).)))))))))).)))).))).)))).).))))))))))))) |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.(((((((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))).))).))))..))))).)))).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).))))))))..... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).)).))))).).)))).)....... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......(((((..((((..((((..))))(((..)))(((((........[[[[[[[[.)))))...))))....)))))]]]]]]]])))))))) |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))................................. |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................. |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))........................................ |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................. |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))........................................ |
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................ |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))........................................ |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))..)))))))) |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((.((((((((....((((....(((....)))....))))).))))))..))))).)).)))))...))))))))))))) |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((..((((..((((((....((((......))))...............))))))...))))....)))))...))))))))))))) |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.................................(((....)))...................................))))))))..... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))................................... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))........................................ |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))) |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).)))).).)))..)))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((.(((((.....((((((..((((..))))..))))))..))))).)).)))).)).))))).).))))))))))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......................(((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))........................))..)).).. |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((((..((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....))))....)))))...))))))....... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).))))).).)))..)))))))) |
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))) |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...))))))))))))) |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).)).)))))...)))..)))))))) |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....)))).((((((..(((((((....)).)))))...(((((.................)))))..)))....((((.....)))).)))...... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....)))).(((.....(((((((....)).)))))....((((............[[[[.)))).....]]]].((((.....)))).)))...... |