|
|
|
UGGGGCUCUGGUCCUCUCGCAACAAUAGCUCGUGAACUCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCGCAGCGUGUGACUUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGGGUCCCACCCUUUAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))))...)))))...))))))))))))).........
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....((((....(((....)))....))))..)))............................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((((((......(((.....((((....(((....)))....))))..))).......))).))).))))...)))))))))))))......... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((....)))......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((((((....)))))))))))................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((.(((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))))...)))))...)))))))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))))))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((...........)))).((((((....(((....)))......(((((........))))).))))))....)))))))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((.....(.............(......((((....(((....)))....))))...)................).......))).)................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((..((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))....)))))...)))))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))..))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((..)))))))))))).))))))))))))))))))))))).).)))))))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.....((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).)).)))))...))))))..)............. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....((((((((((((((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))).))).)))).).)))))).....))......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((((...(.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)....)))).)).))))).).)))))))).............. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((...........)))).(((((((((((((((..........)))........))))))...))))))....)))))))))))))......... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((...........................................................)).)))))......................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((...((((.......aaa.)))).((((((((((((..<<<<<.AAA.((.{{([[[[)))))))))}}))))))]]]]))))))))))))).>>>>>... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).)))).......................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).)))).......................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).))).))))...)))..))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((.....((([...(((((....(((....)))....))))]))))......)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((..((((............((((......))))...........((((...))))..))))....)))))...)))))))))))))......... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))..))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).))).)))).).)))..))))))))......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((((...).((((((((((((((..)))))))))))).)).).)))).)))).)).))))).).))))))))))))).(......) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(.((((.....((((....(((....)))....))))..)))....).................................)..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........(((...(((..((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..)))......))))....))).....)))...)............... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).))))).).)))..))))))))......... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))))))))))).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))...)))).)).)))))...)))..))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....))))..((((...........))))...(((......))).((((.......((((.((.......))))))..(((((.........)))))..)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....))))).((((...........))))..(((..[[[[[.)))........((((((........)))))......{{{{{)]]]]]...}}}}}.......... |