|
|
|
GCCGGGGAAUGUUGCGUCUCCCUGUCACCCGAGCGGGGGCUGAUGGAUGGAAGUUUCGCAUGAUACCGUCGGUCCAGUUCUCCUGCGUCGAUGGCGUGUCCGUUCUGAGCCUACAGUCGACAACGGCAUCUCCCUGACGGGAGGUGGUCGUAGUUGAUGAUUAAUCCGGGACCGCGUGAGGCAGUAACCUGAGCAGCGAAAACGGAUAGCUGCGGGCGGCAGACGGAUCGCAUGCCUGAGUGGGCGGCUGGGCCACCCGACGGGUCCUCUGCGAGGCAACCAACUGUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((..........)))))....((((..))))))).(((((.(((..((((((((.(.....(..((((((((.(.(((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.(((((..((..((....)).))..))))).))))(....).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...))))).)))))))))...........).).))))))))..))).)))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.((..(((((((((((((.(.((..(.(((..(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....)))))....))))))))))..))).))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...(((((((((((.......)))))))..))))..(((..((((((((.(((.((((.((((((((...(((((.(((..(((((((((((.(((..(((...((((((.((((((((((((....))))))).))))).))))))((....)).))).((((...(((......)))..(((((...........)))))..)))))))))))...)))))))))))))))..)))))))).....)))))))...))))))))..)))..)))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((........))).......(((....)))......((((((...((.((((((.((.(((.(((((((((...((((......(((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))))).))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..))))...))))))))....).))))).)))..))).))...)))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........)))))((.......))........((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((((..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))))......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....)))))..))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))....))))))))))...))))))))..))).))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((..........)))))).).(((....)))......(((.(((..((((((((.....((((((((((((.((.(((((.(((..((((((((((.((((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).)))).))))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....)))))......))))))))..))).))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..........)))))....(((....)))))).(((((..((..((((((((.....(((((((.(((((.(.(((((......(((((((((..((((.((((.((((.(((.((((((((((((....)))))))).)))).)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...))))).)))))).....)))))))......))))))))..))..))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..........)))))).(((((....)))...))((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((((..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))))......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....)))))..))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))....))))))))))...))))))))..))).))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((........))))))(...(((....)))..)..((((.(((..((..(((......(((..(((((((.((((((((..((..((((((.((..((((.((((((((.((((((.((((((((((....))))))).))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))).)))))))))))))))......))).......)))..))..))).))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((......[[[[)))))(((.(((....)))))).]]]]..(((..((((((((.....((((((((((((((..(((((......(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((......(((....)))....)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))...))))).)))))))....)))))))......))))))))..)))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((........)))))..(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.(((((((((((((.(.(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........)))))....(((....)))....(((((.(((..((((((((.....((((((((((((((..(((((.((...(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))))......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....)))))..))).))))..))))))))...)))))).))))))).)))))))))....)))))......))))))))..))).))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((....)))))).((.((.(((..((((.(((((((.(((((((((((((...((((....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))).)))))))))).).......((((....(((.((...(((....)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))).)))))..)))))))...).)))))))))..)).))))..))).)).)).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..........)))))(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.(((((((((((((.(.(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).)))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..........))))))...((((..))))..........(((..((((((((.....((((((((((((((..(((((......(((((((((((((((......))).....)))))((((((((....)))))))).................(((((...((((......(((....))).(((((...........)))))..))))....))))).)))))))...))))).)))))))))....)))))......))))))))..)))........ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........))))).((..(((....))).)).(((((((((..((.((((((.(..(((((((((((((...((((.....((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))))).))))))))).....(.(((((......((((...(((....)))..)).))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))...))))))))....))))).).)))..))).))..))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........))))).((..(((....))).)).(((((((((..((.((((((.(..(((((((((((((...((((.....((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))))).))))))))).....(.(((((......((((...(((....)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))...))))))))....))))).).)))..))).))..))))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((.((.(((((.(((..((((((((((.((((.(((..((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...))).)))))(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.(((((((((((((.(.(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).....(.(((((....(((((.(((......)))..)).)))....)))))))))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..........))))))..(((((..((((((((...((((((.......(((((...((((((((.............)))))))))))))))))))..((((....((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))))).............((((...(((((.........(((((...........)))))..((((........)))).)))))..))))..)))).)))).)))).)))))((((...)))).............. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((....))).................................((((((.....(((.......(((((((((...((((.((((((((.((((((..(((((((((....)))))))).)..)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))...))).....)))))).................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.((..(((((((((((((.(.((..(.(((..(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....)))))....))))))))))..))).))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....((((.(((((((((((((......))).))))))..)).))...)))).....((((((((((((.((.(((((.(((..(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).))))..)))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....))))).))))).....)).(((.....))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((...)))..))).....(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((.((.((..(.(((..((((((((((.((((.(((..((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....))))))))...))))))))..))).))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((..(((...((((..(.(((((((........)))))))((........)).(((((((((...((........)).(((((((.((((((((((((.(((((.((((((.(((((....))))).).))))).)))))......((.(...)((.(...))).....))(((..)))..(((((..))))))))))))).)))))))).)))...(((....))).))))))))).....)))))....)))..)))).).)))).))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................(.(..(.(.....((......(.(..............(.(..((..(((.(...............).........(......(((...((..........)).)))....)......)))..))...............).)............)...)..........))...).............)..)...).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..((.....))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.....(((((((((((((.(.((..(.(((..((((((((((.((((.(((..((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((...(((......))).....)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....)))))......))))))))..))).))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).((..(.(((..(..(((((.(((.(((((((((((((.(.((..(.(((..(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....))))))))...)))))..)..))).)..)).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....)).))))))......((((..((((((((((...................)))))))))).))))....(((.......))).((((((....(((....((((....))))...(((......)))))).(((((.((((.....)))).((((.................)))).(((((...........)))))..))))).)))))).((((.((((....))))....(((((........)))))..)))).((((......)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.......[[[..[[[[[[[[.)))]].]]]]]]......(((....))).]]]......(((((............((((...(((((bbb..)))))....{{{{...((((....)))).((((((....)))))).{{{{BBB)..........(((((.}}}})))..}}}}.....<<<..<<<<<.....))))).>>>>>..aaaa..))))).AAAA.(((((....)))))..(((.....)))..>>>.(((.....))).............. |