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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00361



RNA: SRP_00361
Rfam family: Plant_SRP

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........))).......(((....)))......((((((...((.((((((.((.(((.(((((((((...((((......(((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((((....)))))))).))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..))))...))))))))....).))))).)))..))).))...))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........)))))....(((....)))))).(((((..((..((((((((.....(((((((.(((((.(.(((((......(((((((((..((((.((((.((((.(((.((((((((((((....)))))))).)))).)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...))))).)))))).....)))))))......))))))))..))..)))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........)))))).(((((....)))...))((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((((..(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))))......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....)))))..))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))....))))))))))...))))))))..))).))))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))(...(((....)))..)..((((.(((..((..(((......(((..(((((((.((((((((..((..((((((.((..((((.((((((((.((((((.((((((((((....))))))).))).)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..)))).))....)))))))).)))))))))))))))......))).......)))..))..))).))))...
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...((((..))))..........(((..((((((((.....((((((((((((((..(((((......(((((((((((((((......))).....)))))((((((((....)))))))).................(((((...((((......(((....))).(((((...........)))))..))))....))))).)))))))...))))).)))))))))....)))))......))))))))..)))........
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((.((.(((((.(((..((((((((((.((((.(((..((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).)))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...))).)))))(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.(((((((((((((.(.(((((.(((..(((((((((((.(((.((((.((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).....(.(((((....(((((.(((......)))..)).)))....)))))))))).))))..))))))))...)))))))))))))).)))))))))....))))))))...))))))))..))).)))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))..(((((..((((((((...((((((.......(((((...((((((((.............)))))))))))))))))))..((((....((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))))).............((((...(((((.........(((((...........)))))..((((........)))).)))))..))))..)))).)))).)))).)))))((((...))))..............
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.((..(((((((((((((.(.((..(.(((..(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....)))))....))))))))))..))).)))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....((((.(((((((((((((......))).))))))..)).))...)))).....((((((((((((.((.(((((.(((..(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).))))..)))..)))))))...))))))))))))))).)))))))))....))))).))))).....)).(((.....)))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((...)))..))).....(((....)))))).(((((.(((..((((((((.(((.((((((((((((.((.((..(.(((..((((((((((.((((.(((..((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((.((...(((....)))..)))))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....))))))))...))))))))..))).)))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((((..(((...((((..(.(((((((........)))))))((........)).(((((((((...((........)).(((((((.((((((((((((.(((((.((((((.(((((....))))).).))))).)))))......((.(...)((.(...))).....))(((..)))..(((((..))))))))))))).)))))))).)))...(((....))).))))))))).....)))))....)))..)))).).)))).)))))
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..((.....))..))).(((.(((....)))))).(((((.(((..((((((((.....(((((((((((((.(.((..(.(((..((((((((((.((((.(((..((((((((.((((((((((((....)))))))).)))).)))).......(((((....(((...(((......))).....)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....)))))......))))))))..))).)))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..(((...)))..))).(((.(((....)))))).((..(.(((..(..(((((.(((.(((((((((((((.(.((..(.(((..(((((((((((.(((.(((..((((((((.((((((((((((....))))))).))))).)))).......(((((....(((((.(((......)))..)).)))....))))).))))..)))..)))))))...)))))))))))..)).)))))))))....))))))))...)))))..)..))).)..))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....)).))))))......((((..((((((((((...................)))))))))).))))....(((.......))).((((((....(((....((((....))))...(((......)))))).(((((.((((.....)))).((((.................)))).(((((...........)))))..))))).)))))).((((.((((....))))....(((((........)))))..)))).((((......))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.......[[[..[[[[[[[[.)))]].]]]]]]......(((....))).]]]......(((((............((((...(((((bbb..)))))....{{{{...((((....)))).((((((....)))))).{{{{BBB)..........(((((.}}}})))..}}}}.....<<<..<<<<<.....))))).>>>>>..aaaa..))))).AAAA.(((((....)))))..(((.....)))..>>>.(((.....)))..............