CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00368



RNA: SRP_00368
Rfam family: Metazoa_SRP

GCCGGGCGCUGUGGCGUGUGCCUGUAAUCCAGCUACUUGGAGGCUUGGGCUGUCGGAUCGCUUGAGUCCAGGAGUUCUGGGCUGCACUGAGCUAUGUCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGUAUCAAUAUGGUGUUCCUGGGGGAGCCUCGGAUCACCAGGUUGCUCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACCCCCGUGCCGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCGGUGCAGAACAGCCUGAACAACACAGCGAGACACAGUUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........))))))..(((((((....(((((...((.((((....(((..((((((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))))..))))))).)).....)))))...))))))).
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................(((((((((.(.((.(..(((((.....))))).).)).)..(((((....((((.(((((..((.(((....))).))..))))).))))(.((....)))..))))))))))))))(((....)))..............................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((....(((((...((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..((((((((((((((....(((((((...........((((((((.(((((.((....))))))).)))).))))(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))..))).))))....)))))))))))))))))))))))..)))))))....))..)))))...))))))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))....................................................(((((((((((((..............((((....))))....(((((((.....(((((((.((((((...)))))))))))))..............(((((.............(((....)))...........))))).))))))).............................)))))))))))))............................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((.((((.......))))..))).......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..............(((((....)))))..(((((((.........)))))))..((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((..(((.((......((....))..)).)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).....)))))))............
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))..................)))...((((((.(..(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.((...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))))))))).)..))))))))...)))))).)))))))))))))))..))))))).))..)).)))))..)))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........))))))..(((((((....(((((...((.((((....(((..((((((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.((((((.((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).((....))(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))))..))))))).)).....)))))...))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..((..........(((((....)))))(((((((((.........)))))))))((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).((....))(((((..(((.(((.....((....))).)).)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).))..)))))))............
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........))))......(..........).......(((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((........))((((....((((......)))).....)))).......(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((.[[[[[))))............]]]]].....)))..(((((((....(((((......((((....(((..((((((((.(((((.........((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((.......((((....(((....)))....))))....)))..)))))))....)))))))).)))........)))))))))))))..)))))))........)))))...))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))......((((.......)))).(((((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))((....)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.[[.....)))))).....((........)).)))(({{{{{{{....{{{{{.))((.((((....(((..((((((((.(((((.((...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))))))...)))))).)))))))))))))))..))))))).))...]]}}}}}...}}}}}}}.
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).)))....(((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((((....)))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).......((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...((((......)))).....(((((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))..(....).(((((......(((....((......))....)))....))))).)))))))....))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((([[[[[[[......(((.....(((((....))))))))[[[[[[[[[.............((((((...))))))[[[[[[[[.[[[[[......[[[[[[[...[[[[[...[[[[[[......(((((...((((((...))))))..)))))..(((((((.............((((((..))))))....))))))).........))))]]]]]]....]]]]].....]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]].]]]]]]]]]....]]]]]]]............
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((..(((..((.(((.(((((((.......))).)))).))).))..)))....((.((((....(((..((((((((.((((..((((...((((....))))....))))........(((((.(((.(((....))).))).)))))(((((((((.....))))).))))...............(((.((.((........)).)).))).............((((....)))).))))))))))))..))))))).))..)))))).............
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((....(((.((((.......))))..)))....)).(((((...(((((((....(((((.(((((((.((.((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((....((((((....))))))....))).)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)).))))))))).)))))))))))).....)))))...........
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........)))(((.((.(((((((.......))))).)).)).)))..((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))..(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....))))............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((....)..)))(((.((((((.(((.......))).).))))).)))..((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))..(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....))))............
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....((((......)))).(......((........)).)))..............((((...(((((((....(((((((((((((..((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))..(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....))))............
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((...)).)))))))...(((((....))))).....(((((((....(((((((....((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((......((((...........)).))........))))).)))))))....))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).....)).)))))...))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).....(((((((....(((((......((((.........((((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((.....(((((...((((((...))))))..)))))..............(((((...(((((....))))).................))))).)))))))....))))).....)))))))...))))))))))))).....))))........)))))...))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((((....)))))...........................((((.........((((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((((((...........(((....)))...........)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))).....)))))))...))))))))))))).....))))........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((......))....(((.((((.......))))..))).......(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))...........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((.(..(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))..)))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........))))...((..((((((.......))).)))..)))))).(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((((....))))))))..(..((((.(..(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))..)))))..).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((....(((((((..))))))((((..))))..(..)).(((..))).(((..(..(((.(((((((((.(((((.((.(..((((((((.(((((((..(((((.((((((((((..((.((((...))))))..)))))))))).(((..)))(((((...((((((..))))))...(..)((......)))))))..)))))..).))))))))).))).))..))))))))))))))))).))))))))..).)))).).)).))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.............................................(((.(.....).)..)).............)..((((((.......((.(.....((.((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((..((....))..))).))))).)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))).).....................).))...........).....)))))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))........((((.......)))).((((((.....(((((...((.((((.....((..((((((((.(((((...(...((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((.(((....))).))..))))).)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))).)..)))))))))))))..)).)))).)).....)))))....)))).))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((.(..(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))..)))))))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...((((......)))).....(((((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.((...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...))))))).)))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(..((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...((((((((((..(((((.(((..((....))..))).)))))..))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))..).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).(((.(((((....(((((.(((....))).(((((.((......)))))))....))))).((((....)))).)))))..((((.....)))).(((....))).(((.((....)))))..(((((.....)))))...(((((....)))))......))).(((.......((((.((......))..))))...(((((...........)))))......))).((((................)))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.[[[[[..))))))).......]]]]].....((((..(((...<<<<..)))..(((((((.....)))))))...(((({{{{{.....))))(((}}}}))).........((((.....)))).(((((((.....))).((((....))))aaa...))))..(((...(((((....)))))...(((AAA............))).)))((((.}>>>>..))))(((((...........))))).....)))).((((................)))).