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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00382



RNA: SRP_00382
Rfam family: Fungi_SRP

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((.......)))..(.(((((...(((((((((((((((((((((((.(((........))).)))))))(((.((.(.....(((((((....)))))))..(((((.(.............).)))))..))))))...(((......(.((....((((((((.............((((((((((....)))))))))).)))))))).((((((((.(...(((((((((((........((((((((((..(((((.(((((((.(((((((.((....)))))))))...))))))))))))....((((((((...))))).))).(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).)))...)))))))...))))..)..))))))))......)).).)))))))..))...((.......)).((((((((((..((..(.(((.......))).)))..))))))))))......))))))))))...))))).)
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((....)).....(((((..(((((((((.((((...(((((((..((......))....))))))).((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))..((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((.(((((((((......((.((((((((((.((((.(..((((((((((((((.((....))))))..))))))))))..)))))........((((.((....))))))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))).)))..)))))))))))(((((.((.(.....).)).))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....))))..........(((((((....))))))).)))))))))..)))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).((((((.....(((((((((((((...(((((((..((......))....)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((.(((((((((.....((..((((((((((.((((((.(((((((((((((((.........)))))..))))))))))))))))........((((.((....))))))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))).)))))..)))))))))(((((...............))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....))))..........(((((((....))))))))))))))))..))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((....(((((((.......................................................................................................................................................((((((....))))))...........................(((.(((((((........(((((.((((...........((((...(((((.((....))))))).....)))).................................((((((((...((((....(((......)))....)))))))))))))))).)).)))...)))))))....))).........................................................................................................)))))))....)))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......)))......(((..(((((((((((.(....(((((((................)))))))............((((((((....)))))))).(((((.(((((......)))))))))).........(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((..((((((((((((((........((((((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((.((....)))))(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).)))...)))))))))...))..)))))))))).....(......).((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))......).............((((((....)))))))))))))))))..)))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......)))....(((((..((((((((((((((....((((((..((......))....)))))).(((.(((.....((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))..))))))....((((((.((((((.((((((((((.............((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.(...(((((((((((........((((((((((.((((((..((((((.(((((((.((....)))))))))...)))))).))))))........((((.((....)))))).(((((...(((((....(((......)))....))))))))))..))))))).)))...)))))))...))))..)..)))))))...............(((((((.....)))))))......))))))))))))........)))(((......))).(((((....))))).)))))))))))..)))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))....(((((..((((((((((((((...(((((((.(((......))..).)))))))(((((....((.((((((((....)))))))).(((((.(((((......)))))))))))).))))).(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((..((((((((((((((.(...(..((((((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((.((....)))))(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).))))).)))))))))...))..))))))))))....(((....)))((((((((.....)))))))).....))))))))))))))).....)))(((......)))((((((....)))))))))))))))))..)))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......)).......(((...(.(((((...............................................................................................................(........((...................................................................(..((((((.(((((......(((.((((((((((........((.(....((((.((.((....)))).))..))....)))................................(((((.....((((....(((......)))....))))..))))).))))))).)))..))))))))....)))..))))................................................)).......)..........................................))))).)...)))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).((((((....((((((((((((((...(((((((.(((........))).)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).((((((((((.(((((.(((((((((((((...)))....((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((.(((((((((.........((((((((((.((((.(((((((((((((((((.........))))..)))))))))))))))))............(((....)))..(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).)))....)))))))))(((((...............))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....)))............((((((....))))))))))))))))).))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).((((((....((((((((((.((((((...(((....))).))))))((((((((((.((......)).((((((((....)))))))).((((.........)))).......)))).)))))).((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.....(((((((((((....((.(((...(((((.((((((.(((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((.((....))))).((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).)))))))).))...)))))))...)))).....)))))))....(((....))).(((((((.....)))))))......))))))))))))))).........((......)).((((((....)))))).)))))))))).))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......)))....(((((..(((((((((((((((((.[[[[[........))))))((((]]]]].............((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))....)))).((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.....(((((((((((...........(((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((((.....)))))(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).......))))))))...))).....)))))))..............((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))....................((((((....)))))))))))))))))..)))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....))))......(....((((((((((((.....(((((((.(((......)))...)))))))....(...(((..((.......((...))))..(((((((.............)))))))))))((...........................................................................................((((((.(......(((.((((((((((.....((((.....(.(((((((.((....)))))))).....))))))..............................(((((((.(..(((((..((((......)))).).))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).........................................................................))............................)))))))))).).......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).((((((....((((((((((.((((((...(((....))).))))))((((((((((............((((((((....))))))))....(...................))))).)))))).(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.....(((((((((((....((.....(((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..))))))))))))))))).........(((.((....))))).((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).)))))))..))...))))))))...))).....)))))))....(((....))).(((((((.....)))))))......))))))))))))))).........((......)).((((((....)))))).)))))))))).))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...)))))...((((((..[[[[[[[[[[[((((((..............))))))((((((((((...((((.....(((((((((..)))))))))..........))))((((..)))).)))).)))))).(((((((((.((((((..(((((((((.............(((((((((((..))))))))))).)))))))))((((((((......((((((((((...........(((((((........(((((((((((((((.........))))..)))))))))))(((.......(((((((...))))))))))(((((((...(((((....(((......)))....))))))))))))))))))).......)))))))))).........)))))))).............((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))......))))))........(((((((..)))))))]]]]]]]]]]].........
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))......((((.....(((((.............................................................................................................................................................................................((...((((.(((((((........(((((.((((........((..(((...(((((.((....))))))).....)))..))...............................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))....................................................................................................))))).....))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....)))......((((.....(((((.............................................................................................................................................................................................((...((((.(((((((........(((((.((((........((..(((...(((((.((....))))))).....)))..))...............................((((((....((((..(.(((......)))..).)))).)))))).)))).)).)))...)))))))....))))...))....................................................................................................))))).....))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).((((((....(((((((((.((((...(((((((..((......))....)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).(((((((((.((((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((.(((((((((......((.((((((((((.((((.(((((((..((((((((.((....))))))..))))..)))))))))))........(((.(((....))))))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))).)))..)))))))))))(((((.((.((...)).)).))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....))))..........(((((((....))))))).))))))))).))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...))))).((((((....(((((((((((((((((...(((....))).))))))((((((((((............((((((((....))))))))....((.(((((......))))))))))).)))))).(((((((((.((((((.((((((((((.............((((((((((....)))))))))).))))))))))(((((((.....(((((((((((..........((((((((.(((((.((((((((((((((((.((....))))))..)))))))))))))))))........((((.((....))))))((((((...(((((....(((.(...))))....))))))))))).))))))).).....))))))))...))).....)))))))....(((....)))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))..(((...[[[..))).]]]((((((....))))))))))))))))).))))))..
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................(((((....)))))............................(((.(((............(((((.((((............(((...(((((.((....))))))).....)))...................................(((((......(((....(((......)))....)))...))))).)))).)).)))(.....))))....)))...........................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).((((((....(((((((((.((((...(((((((..((......))....)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((.(((((((((..(..(((....(((((((.((((.(..((((((((((((((.((....))))))..))))))))))..)))))........((((.((....))))))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))))))..)..)))))))))(((((.((.(.....).)).))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....))))..........(((((((....))))))).))))))))).))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.............)))).(.(((((((((((...(((((((((.((((((((((((((((((.(((.(((......))((((((((((..))))))))))((((......))))((((((((((...((((.(...(.(....))(((((....(((((((((((........)..((((((((((....))))))))))))))))))))...)))))...).))))..((........))).))))))))).((((((.(((((((((((((((.(((..)))))))..))))))))))))))))).......(((((.(((..)))))).)).(..)))))))).)))))))......(((((((((.(((((((..(.((.((..))((.......)).)))..)))))))(..............))))))))))...))))))))))...(((((...(..........)...)))))))).))))..(((((((..)))))))))))))))))).).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...)))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((.................(..............(.......................)...)....(((.......(..............(.............................(...(.(.................).).)..............(............)...)........).......))..)..........)))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).....((((..((((((((((.(((...(((((((..((......))....)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..((((((((((..((((((((..(.........(((((((.((((.(..((((..((((((((.((....))))))..))))..))))..)))))........(((..((....)).)))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))).....)..)))))))).(((((.((.(.....).)).))))).......))))))))))..............))))))))))))))).....)))...........(((((((....)))))))))))))))))..))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....)))).....((((..(((((((((.((((...(((((((..((......))....)))))))(((((.......((((((((....)))))))).(((((.(((((......))))))))))...))))).((((((((((.(((((.((((((((((((........)).((((((((((....)))))))))).))))))))))..(((((..(((.(((((((((..(..(((....(((((((.((((.(..((((..((((((((.((....))))))..))))..))))..)))))........((((.((....))))))((((((...(((((....(((......)))....))))))))))).))))))))))..)..)))))))))(((((.((.(.....).)).))))).......)))..)))))..............))))))))))))))).....))))..........(((((((....))))))).)))))))))..))))...