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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00007



RNA: TMR_00007
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((.((((((((((((.......................................(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((((..(((((.......)))))..)).))))))................(((((.(((((.......))))).)))))..........((....(((((((((((................)))))))))))....)).................))))...)))))))).)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((................((((..............................................................((((((..........))))))(((((............................)))))...........................................................................................................................))))...................)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((((.((((((((((((((((.........)))).....(.(((((...........((((.........))))....(((((((........)))))))((((((((..(((((.......)))))..)).))))))............((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).(((..((..(.(((((((((((................))))))))))).)..))....))).))))).)..)))))...))))))).))).))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(..((((((((..(((((.((((((((((((((((...(....))))).......(((((..........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((((..(((((.......)))))..)).)))))).......(....)..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((...(...........))))))))))))....))....))).)))))....))))...)))))))).))).)).)))))))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....((((((...........(((((((..............(((.[[[[[[.)))......]]]]]]...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((...((((...))))...[[[[[[[[.)))))).....(((....)))....]]]]]]]]........)))))))((((...))))........(((((((((((................))))))))))))))))).((((((.(((......)))[[[.[[[))))))..]]].]]]...(((((.[[[[[)))))..]]]]].))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.(((((((..(((((((..(((..((.((((((((((((((..........))))))...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).....(((....)))...))))))))))..)))..)))))))......))))).))......((((((((((................))))))))))))))))).............(((((..(((.(((........))).)))..)))))..(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..(((([[[..(((((((..(((.....((((((((((((((..........))))))...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((((..(((({{.......))))}})).))))))..................))))))))....)))..))))))).........)).)).....(((((((((((................))))))))))))))))).............(((((...((.(((........))).))]]])))))..(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((...(..(.(((((..(((((((..(((..((.((((((((((((((..........))))))...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((.....((((((((....))).))))))))))).....(((....)))...))))))))))..)))..)))))))......)))))..).....(((((((((((................))))))))))))...))..............(((...(((.(((........))).)))...)))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((...(((((..(((((((....((((..(((((((((((((([[[[[.....))))))...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((.....((((((.........)))))))))))).....((((..))))...))))))))...))))..)))))))......))))).........((((((((((................))))))))))))))))).........(((.........((((((.....(((((........)))))..]]]]]..))))))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((............)))))........(...(.....................((.((((......)))).)).((((((((..((((.........)))).))..)))))).................((((((((...........)))))))).................((((((((((..(((.........))).))))))))))...................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..(((((((..(((((((..(((..((.((((..((..((....))..((((((..((...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((.....((((((((....))).))))))))))).......))..)).))))))..))))))..)))..)))))))......))))).)).....(((((((((((................)))))))))))))))))....(((.((((.(((((..(((.(((........))).)))..))))).))))..))).........)))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((((((..((((((((((((....((((....))))........(((((..........(((((.........)))))...((((((((......))))))))..((((.......((((((((((....(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......)))))...((((...))))..))))))))...))))))))..)))))))))....)))))...)))))......)))).)))))....)))))...)))))))(((((........))))))))))..)))).))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(..((((((..(((((((..(((((((..(((..((.((((((((..((....))..((((((..((...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).......))..)).))))))))))))))..)))..)))))))......))))).)).....(((((((((((................)))))))))))))))))....(((.((((.(((((..(((.(((........))).)))..))))).))))..))).......).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((..((((((..(((((((..(((((((..(((..((.(((((((((.((....))......((..((...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).......))..))....)))))))))))..)))..)))))))......))))).)).....(((((((((((................)))))))))))))))))...(((((...((((........))))...)))))))).))...)).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((((..(((((((..(((((((..(((..((.((((..((((((((..........))))))........(((.(((..((......))((....((((((((......))))))))((((((.....((((((((....))).))))))))))).......)).))).))).))..))))))..)))..)))))))......))))).)).....(((((((((((................)))))))))))))))))....(((((((......)).(((.(((........))).)))))))).)))(((((.......))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))(((((((((((..(.(((((((((..)))...(((((..)))))......((((.((...........((((((((((.(((.((((((((((((((((..))))))))))((((..(((...((((((((..))).))))))))))))..((((.(((((((((.((((((((((......)).))).)))))....((((..)))).).))))))))))))..((.(((((..)))))))))))))....((..))))).)))))))).)).)))))).)))))))..).))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..(((((((..(((((((..(((..((.((((..((..((....))......((..((...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((.....(((((.((....))..))))))))))).......))..)).....))..))))))..)))..)))))))......))))).)).....(((((((((((................))))))))))))))))).............((((...(((.(((........))).)))...))))...................)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..(((((((..(((((((..(((..((.((((..((..((....))..((((((..((...........(((((.........)))))...((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).......))..)).))))))..))))))..)))..)))))))......))))).)).....(((((((((((................)))))))))))))))))....(((.((((.(((((..(((.(((........))).)))..))))).))))..))).........)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...((((((.....))))))....(((((........)))))..((((....)))).....))))).............(((((.........)))))...((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).))))....(((.....(((((.....))))).((((((...((....))...)))))).((((.......)))).))).....((((((((......)))).))))............(((......))).((((.......(((((........))))).(((((.......)))))...))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.[[[[[..)))).....]]]]].((((........))))bbbbb((((((..........))))))...........(((((.........)))))...((((((((......)))))))).(((((...(((.{{{{)))......}}}}..))))).(((.....aaaaa))).......((((..AAAAA))))....(((.....)))..(((...(((((((((((....<<<<........)))))))))))..............(((......))).((((>>>...))))>)))......((((((....)))))).))))....BBBBB....