CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00008



RNA: TMR_00008
Rfam family: tmRNA

GGGGGCGACCGGCUUCGACGCAGGUCGCGAAGCCUUCGGUGCAUGCAGAGCUGCGGUUCGCUCUUAAAACUGGUCGCAGAUUCAUAAUUGCCAACGACAGCAAUUACGCCCUCGCUGCUUAAGCAGUGAGCCCUCUGCCCGGAUUUGUCUGUGGAUCCGGAGCCGAAAGGCGCGCGGAGGGUCAUGAAACACGGAAUCGUGCGCAUUCUAGUCUGUGGGAUGCGUGCUAAAUUAAAGCAGAAUCGCCAUGUCGUCAUCCUGUCUGUCGGAGGGCGGUGCGGUUAAAGCCAAAAGACAAACUACGCAUGUAGAUCCGGUGGUCUAGGUACUGCGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((...........(((((.(..(...(((.((((..((((((((((aaaaaaa.))))).......AAAAAAA................................(((((((((..)))))))))(((((((.(((((((..[[[[[[))))))).(((....)))...)))))))........]]]]]].(.((((((((((((.{{{{)))))))))))).)........}}}}...(((.(..(....(((.<<.<<<<))).....).).)))...........>>>>.>>...))))).....)))).)))...)..))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((..((((((((((((..(((((((((...........)).)))((((((((((.((((..(((((..((((....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))).))..)).)))....(((((((((((.......)))))))))))....))))))).)))))))....))))...)))))..))))))).(((((((.......((...............))...((((((....)))))).)))))))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((..........)))))))..(((.((((((.((((........))))...............(((((.(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))............)))))(((((((((((.......)))))))))))........................(((..(((........)))..)))............................))))))....)))....................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................................((((..((............))......................(((((..........))))).....((((((((....))))))))...................................................................................................................((.........(((........))).........)).......................))))............................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((........(((..(((..(((((....((((((((.............))))))))......((((((........)))))).((((((((((((....)))))...(((((((((((((((........))))))).(((....)))..)))))))).((((...............(((((((((.....)))))))))((((.......)))).......)))).((.((.......)).)))))))))..((.......))...............))))).....)))..))).......)))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.((.....))))))))).(((((((((((......(((((((((..........(....).(((((.(((((((........)))))))....(((((((((())))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))............)))))((((((((((((.....))))))))))))(.......))).)))))))...((((((.(((........))).))))))..(((....))..............))))))))...))))....(...........)..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((..[[[.....))))))).........]]](((((..[[[[[.)))))...]]]]]......(((((.(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))............)))))((((((((((((.....))))))))))))..............((((((.[[[[....(((........))).))))))..(((....)))....]]]].(((.[[[[..((((((....)))))))))..]]]]...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.((.....))))))))).(((((......(((((........)))))....)))))((((((.....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))........((((....))))(((((((((.....)))))))))((((.......)))).((((((.((..((((.(((........))).))))))))))))...(((...((((...((((....))))........)))).))).))))))..(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((..........)))))))...)).((((((.(((([[[[[[..)))).........]]]]]]......(((((((........)))))))...(((((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))...............{{{{....(((.((.......)).))).))}}}}...........................))))))...........................(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.((.....)))))))))..((((......(((((........)))))....))))..(((((.....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))........((((....))))(((((((((.....)))))))))((((.......)))).((((((.(..(((((.(((........))).))))))))))))................(((......))).(......)........)))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((..........)))))))((((((....((((((((((((((.............)))))))).....(((((((........)))))))....(((((((((..)))))))))..))))))((((((((((..)))))))))).))))))..((((((((...................))))))))......((((((((.(((((((..............((((((...((((((.(((........))).)))))))))))).................))))))).((((((....))))))....))))))))(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((..(((.((((((......(((((...............)))))........(...(.....................((.((((....)))).)).((((((..(((((((........)))))))...............))))))...................((((((((.........))))))))...................((((((((((..(((........)))..)))))))))).................))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((..(((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((.((((....)))).)).((((((..(((((((........)))))))...............))))))...................((((((((.........))))))))...................(((((((((...(((........)))...))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.((.....))))))))).(((((((((((......((((((((((.((((..(((((..((......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))..)).)))....((((((((((((.....))))))))))))....))))))).)))))))..((((......((((((......))))))...(((....)))....))))......)))))))...)))).))))..............(((((.......))))).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((.((.....))))))))).(((((...((.(((((........)))))))..)))))((((((.(((((((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))...)))).((((....))))(((((((((.....)))))))))((((.......)))).((((((.(..(((((.(((.(.....)))).))))))))))))...(((..........((((....)))).............))).))))))..(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((((((..((((..((((((((((....(((((........)))))......((((.(((((....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))...)))))(((((((((....))))))))).))))....)))).))))))..................((((((((((((.....)))))))))))).......................))))...)))))..))))))).(((((((.......((((.........((((....))))......))))....)))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((..((......((((..((((((.(.(((.((((....((((((((((.((((..(((((..((......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))..)).)))....(..(((((((((.....)))))))))..)....))))))).))))))).(((....))).)))).)))).))))))..))))))..))))).............(((((.((((((....)))))).)...))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((((............))))))..((((.(((((((((((......((((((((((.((((..(((((..((......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))..)).)))....((((((((((((.....))))))))))))....))))))).)))))))..((((......((((((......))))))...(((....)))....))))......)))))))...)))).)).)).....)).(((.((.(((......)))))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((..((((((((((((..((((.(((....).))..........((((((((((((((..(((((.(((((((((.(((((((........)))))))((..((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))..........))))))).))))....)))))...))))).)).((((.......)))))))))))....))))...)))))..))))))).((((((((((....)))...................((((((....)))))).)))))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((......(((((((((.(.(((...)))((((((((..)))((.((((((.(((((((.(((((((.((..((((((((........))))))))..))((((((((..))))))))(((((((..((((((((......)))))))).((((..))))....))))))).......((((((...((......))...))))))...)))).))))))))))))).))).)).))))))).))))))))((((((((.(((((........))))).)))))))).(((......)))).))))).(((((((..))).))))((((((.....)))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............................................((((((((((.((((..(((((..((......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))..)).)))....(..(((((((((.....)))))))))..)....))))))).)))))))..........................................................................................(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((..((((((((((((..((((.((..(((((......(((((........)))))....)))))..)).(((((.(((((((........))))))).((.((((((((....))))))))((((((((((((((..(....)..)))))).(((....)))..)))))))).................(..(((((((((.....)))))))))..).........)).)))))......))))...)))))..))))))).((((((((((....)))...((((...((((....))))........))))..)))))))))..(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((.((.....)))))))))...((((..((((....))))...)))).........(((.(((((....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))...)))))((((((((......)))))))).)))....((((.................((((....)))).((((((((.....)))))))).((((.......))))....)))).((((......(((((((((....))))).))))............))))..((((....)))).((((.((((......)))))))).(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((.<<<..))..))).>>>.(((((.((((((...aaaaa))).....AAAAA........((((........bbbbbbb...)))).BBBBBBB.))).(((((((....))))))).[[[[[[[[((((((((......))))))))......)))))..]]]]]]]]........((((....)))).((((((((.....)))))))).((((.......))))...((((......(((..(({{{{{...))..))).(((((............}}}}}.....))))).((((((....))))))......))))..(((((.......))))).))))))....