|
|
|
GGGGGUGAACUGGCUUCGACUUUGAAGCGAGCCUCUCAGUAGCGAGCUGAGGGUCCUAGGGCCUCAUUAAAAACGUAGGAAAAAAAAGAUAACUGCCAAACCUAAAUUGGCCGUAGCAGCUUAAUUGUUGCUCGUCGACUAUCGGGGUUCCCACCUCGGAUAGUAUCGGCGUCGAAAUGUGGGAUGCUAAGUUAGUUUACCGGCUAGCUUUCAAGAUUUAAGGUAAAAACUAUUGAGAAUUUGUUUCUGGUGACUCUCUCAAUAGUAUUUCACCAGAUGCGCUCGGAGAAGCUGUUAGGUAGCUUAAAAGGACCGGGGUUCGACUCCCCGCACCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((.((((...(((..((((..((((((((((.aaaaa...))))).........AAAAA................................(..(..(......)..)..)((((((((((((((<<<.<...))).)))))..))))))..>.>>>.(.(((.(((.((((..[[[[[[))))))).))).).......]]]]]].(((((...(.(...(..{{{{{{{{..)).)..)))))...}}}}}}}}...))))).....))))..)))..)))).))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((....))))))((((((((((((.....))))))((((((....(((.((.......)))))......(((...((((((((.......)))))..(((((((((.....(((..((((((((((((((((....))))))).)))..)))))).)))....((((.(((.(((((((((....)))))))))...........(((.(((((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).)))....)))))))...))))))))))))..)))...)))))).)))))).........))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((......)))))...(((((((((.....)))))))(((....)))..............................(.(((((.......))))).).((((.(((..........((((((((((((((((....)))))).))))..)))))).........))).))))(((((((((....)))))))))...........(((.((.((((((((((..................)))))))))).))..))).......................))..............(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((......)))))......(((((.......))))).((((......................................(((((.......)))))...((((((......))))))((((((((((((((((....)))))).)))))..))))).................(((((((........)))))))...........((.....((((((((((....(..........)..))))))))))......))...................................))))(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((((...(((..((((..(((((.(.(((((....)))))..)..........................((((.................((((((......))))))(((((((((((((((......))))).))))..))))))..................((((((((....))))))))............)))..)..................((((((((................))))))))...))))).....))))..)))..))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((....))))))..((((((((((.....))))))(((((())))))............................((.(((((.......))))).))((((.(((.(((......((((((((((((((((....)))))).))))..))))))....)))..))).))))(((((((((....)))))))))...........((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).)))......................)))).............(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))...[[[[.))))........]]]]((((((.((((...........((((..............))))............))))..((((((......))))))((((((((((((((((....))))).)))))..))))))........))))))((((.(((..[[[[[[))))))).............]]]]]].((((((((((.......[[[[[[[[...))))))))))...]]]]]]]]...........((((((.....))))))....(((..[[[[)))....]]]].))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.((((((....)))))).)).((((((((.....))))))))(((.((.((.((.............................(((((.......)))))((.((((((......))))))))...(((((((((((....))))).))))))...((((((.........)))))).((((((((....))))))))............((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).))).)).)).)).))).((((((.....))))))........(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((([[......)).]].))).((((((.....))))))((((((.....................................(((((.......)))))...((((((((..........((((((((((((((((....)))))).)))))..))))).................(((((((((....)))))))))...........(((....((((((((((....(((......)))..)))))))))).....)))..............))))))))............))))))((((.......)))).))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.((((((....)))))).)).((((((((.....))))))))(((.((.((.((............(..............).((((.........))))((.((((((......))))))))...(((((((((((....)))))).)))))...((((((.........)))))).((((((((....))))))))............((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).))).)).)).)).))).((((((.....))))))........(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......((((((..))))))(((((((((((((.....))))))))(((((.((((............((((.....................))))....))))..((((((......))))))((((((...(((((((....)))))))......))))))........)))))....(((((((((....)))))))))..................((((((((((.......[[[[[[[[...))))))))))...]]]]]]]]...)))))...(((((((...)))))))........(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((.................)))))..........(.....................((.((((.....)))).)).((((((.(((((((........)))).)))...)))))).................(((((((........)))))))..................((((((((((.(((.........)))..))))))))))...........)..))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((.................)))))..........(.....................((.((((.....)))).)).((((((.(((((((........)))).)))...)))))).................(((((((........)))))))..................(((((((((..(((.........)))...)))))))))...........).)))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............)))).(((((((((..(((..((.((((.(((((((((((....)))))).)))))...((((((.........))))))((((((((......))))))))...........((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).))).)))).)).)))..)))))))))...........))))))((((.......)))).))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((....))))))....((((((((.....))))))))(((......................................(((((.......)))))((.((((((......))))))))...(((((((((((....)))))).)))))...((((((.........))))))(((((((((....)))))))))...........((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).)))..........))).((((((.....))))))........(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((.((((..((((..((((..(((((.....((((((.((((...........((((..............))))............))))..((((((......))))))((((((...(((((((....)))))))......))))))........))))))...(((((((((....)))))))))..................((((((((((..................))))))))))..............))))).....))))..)))).)))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............))))..(((.(((((((.(((.(((....(((((((((((....))))).))))))....(((((.((((.((..(.((((.((..(....)..)))))))..))..))))..((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).))).))))).....))).))).))))))).)))....))))))((((.......)))).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((...((.((((((....)))))).))..(((((((((..((((.((.((((((.((((...........((((..............))))............))))...(((((......))))).((((((((((((((((....))))).)))))..))))))........)))))).)).))))..((((((......((....))......))))))..))))))))).......((((((((....((....))....)))))))).)).)).((..((((((.....))))))...(((..(((((.......)))))..)))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............)))).(((((((((..(((..((.((...(((((((((((....)))))).)))))..))(((((.((((.((..(.(((.(((..(....)..)))))))..))..))))..((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).))).))))))).)))..)))))))))...........))))))((((.......)))).))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((.(((.(((..))))))))).(((((((...)))))))(((((((((((((((((..((.(.(((((((...............)))))))).))...((.((((((......)))))))).((.(((((((((......)))).)))))...)).(....))))).))))..))).((((((((((((((.(((((.(((.....)))..(((.(((((((((...(...........)....))))))))).)))..(((..)).).((..)))))))))).)))))))))))))))))(((((...))))).).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............))))...((.(((((((.(((.(((....(((((((((((....)))))).)))))....(((((.......(..(.(((..((..(....)..)).))))..).........(((((..((((((((((....(((......)))..))))))))))..)).))).))))).....))).))).))))))).)).....))))))((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............)))).(((((((((.....(((..((((((((((((((((....))))).)))))..)))))).)))....((((.(((.((((((((......))))))))...........((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).)))....)))))))...)))))))))...........))))))((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......((((((....)))))).......(((((.....))))).((((....))))...........((((..............))))...)))).....(((...((((((......)))))).))).(((((((((((....))))).))))))...((((((.........)))))).(((.(((......))).(((((........)))))....))).((((((..................))))))..(((((......)))))....((((.(((((.....))))).........(((((.......)))))...)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......[[[[[[))).]]]]]]..(((.((((((.{{{.))))))))).....((((...........((((..............))))............))))..((((((......))))))}}}...aaaaaaaaaa.)))AAAAA.AAAAA....((((((.....<<<<))))))..((((((......))))))((((((......bbbb..bbbb..))))))....BBBB.((((((...cccc....cccc.)))))).CCCC.....CCCC.((((.....))))..........(((((.......))))).BBBB>>>>.. |