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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00010



RNA: TMR_00010
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((((...(((..((((..(((((.(.(((((....)))))..)..........................((((.................((((((......))))))(((((((((((((((......))))).))))..))))))..................((((((((....))))))))............)))..)..................((((((((................))))))))...))))).....))))..)))..))))..)))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((....))))))..((((((((((.....))))))(((((())))))............................((.(((((.......))))).))((((.(((.(((......((((((((((((((((....)))))).))))..))))))....)))..))).))))(((((((((....)))))))))...........((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).)))......................)))).............(((((.......))))))))))))....
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((..))))))(((((((((((((.....))))))))(((((.((((............((((.....................))))....))))..((((((......))))))((((((...(((((((....)))))))......))))))........)))))....(((((((((....)))))))))..................((((((((((.......[[[[[[[[...))))))))))...]]]]]]]]...)))))...(((((((...)))))))........(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((.((((..((((..((((..(((((.....((((((.((((...........((((..............))))............))))..((((((......))))))((((((...(((((((....)))))))......))))))........))))))...(((((((((....)))))))))..................((((((((((..................))))))))))..............))))).....))))..)))).)))).))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............))))..(((.(((((((.(((.(((....(((((((((((....))))).))))))....(((((.((((.((..(.((((.((..(....)..)))))))..))..))))..((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).))).))))).....))).))).))))))).)))....))))))((((.......)))).)))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............)))).(((((((((..(((..((.((...(((((((((((....)))))).)))))..))(((((.((((.((..(.(((.(((..(....)..)))))))..))..))))..((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).))).))))))).)))..)))))))))...........))))))((((.......)))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((.(((..))))))))).(((((((...)))))))(((((((((((((((((..((.(.(((((((...............)))))))).))...((.((((((......)))))))).((.(((((((((......)))).)))))...)).(....))))).))))..))).((((((((((((((.(((((.(((.....)))..(((.(((((((((...(...........)....))))))))).)))..(((..)).).((..)))))))))).)))))))))))))))))(((((...))))).).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............))))...((.(((((((.(((.(((....(((((((((((....)))))).)))))....(((((.......(..(.(((..((..(....)..)).))))..).........(((((..((((((((((....(((......)))..))))))))))..)).))).))))).....))).))).))))))).)).....))))))((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.((((((....)))))).))...((((((.....))))))((((((..((((...........((((..............))))............)))).(((((((((.....(((..((((((((((((((((....))))).)))))..)))))).)))....((((.(((.((((((((......))))))))...........((((((.((((((((((....(((......)))..)))))))))).))).)))....)))))))...)))))))))...........))))))((((.......)))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((......((((((....)))))).......(((((.....))))).((((....))))...........((((..............))))...)))).....(((...((((((......)))))).))).(((((((((((....))))).))))))...((((((.........)))))).(((.(((......))).(((((........)))))....))).((((((..................))))))..(((((......)))))....((((.(((((.....))))).........(((((.......)))))...))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......[[[[[[))).]]]]]]..(((.((((((.{{{.))))))))).....((((...........((((..............))))............))))..((((((......))))))}}}...aaaaaaaaaa.)))AAAAA.AAAAA....((((((.....<<<<))))))..((((((......))))))((((((......bbbb..bbbb..))))))....BBBB.((((((...cccc....cccc.)))))).CCCC.....CCCC.((((.....))))..........(((((.......))))).BBBB>>>>..