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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00012



RNA: TMR_00012
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.(((((((.((....)).))))))).))).........((((((........)))))).....((((......))))....((((....))))..............(((((((....))))))).((((((((((((((..........))))))))............((((((((........(((((((((.....(....))))))))))....((((((..(((((((((.(.((((........))))..).))))).............)))).))))))................)))).))))..))))))(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....((((...(((((((((..((((((..((((...........))))(((((............)))))............)))))).((((((....))))))..................((((((((((....))))........((....))..))))))..((((((((((.........))))))))))...............((((((.((.(((........)))..)).))))))......................)))))...))))...))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((.(((()))).))))))).))))........((((((........))))))....((((((....))))))...((((....))))..............(((((((....))))))).((((((((((((((..........))))))))............((((((((.(......(((((((((.....((())))))))))))(...((((((..(((((((((.((((((.(.....))))).)).))))).............)))).))))))...)..........).)))).))))..))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((...[[[....)))))))..]]].(((((((((((((........))))))............)))).......[[[)))...]]]......(((((((.(((((((....))))))).(((...((((((((..[[[[[[[.))))))))...))).............]]]]]]]..((((((((((...[[[[..))))))))))........]]]]...((((((...((((...[[[[[))))....))))))..........]]]]]......................)))))))............(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((....))..)))))).)).((((((((((.(((((........)))))))).........))))))).....((((....))))..............(((((((....))))))).((((((((((((((..........))))))).............((((((((..((((..((((((((((.........))))))))))...)))).((((((.((((((.((((((........)))).)).))))))........((((.....)))).((.....))))))))..)))).)))).)))))))(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((((....))..)))))))...(((((((((.((((((........)))))))).........))))))).....((((....))))..............(((((((....))))))).((((((.(((((((..........)))))))..........(((((((((....((((..((((((((((.........))))))))))...)))).((((((.((((((.((((((........)))).)).))))))........((((.....))))..........))))))..)))).))))).))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((..........)))))))...(((((((...((((((........))))))...........))))))).....((((....))))..............((((((((..)))))))).(((((((....((((((((....(((((((.(((((((....(((..)))..((((((((((((((((((.........))))))))))..........)))......))))).........)))))))(((...)))..................)))))))....)))))))).............)))))))(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((.......((..(((.((((((......(((((.................))))).........(...(....................((.((((........)))).))((((((.(((.((((.......)))))))...........))))))...............((((((((.........)))))))).................(((((((((.(((........)))..)))))))))..................))..)))))).....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((......))..)))).(((((...((((.((....((((((........)))))).......................((((....)))).........))))))((((((....))))))......)))))...........((((.....(((((((.(((((((((((((....((((..((((((((((.........))))))))))...)))).((((((.((((((.((((((........)))).)).))))))........((((.....))))..........))))))..)))).)))))).)))...))))))).....)))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............((((....(((((....(((((((...((((((........))))))...........))))))).....((((....))))..............(((((((....))))))).....))))))))).......((((.....(((((((.((((...((((((((..((((..((((((((((.........))))))))))...)))).((((((............((((.....))))..((((.(((((.......((((.....))))))))).))))))))))..)))).))))..))))...))))))).....)))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((......))..)))).(((((...((((.((....((((((........)))))).......................((((....)))).........))))))((((((....))))))......)))))...........((((.....(((((((.(((((((((((((....((((..((((((((((.........))))))))))...)))).((((((.((((((.((((((........)))).)).))))))........((((.....))))..........))))))..)))).))))).))))...))))))).....)))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((((.((....)).))))))).))))..........((((((...((((....((((((...)))))).........((((....))))))))....))))))(((((((....))))))).((((((((((((((...(....).))))))))........((((((((((....((((..((((((((((.........))))))))))...)))).(((((((((((((.((((((........)))).)).))))))........((((.....))))........).))))))..)))).))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((.((.......))))))).))))....(..).((((((........)))))).((.(((((......))))).))...((((((.(((.............)))(((((..))))))))))).((.((((((((((((..)))))))))))))(..)(((.(..(((((((..((((.((......)).)))).(((((((((..(...((..(((((.((..((..((((((((((........))))(((...))).....)))..)))))..)))))))..))...))))))))))))).))))..))))).((((((.....)))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..((......))..)))..(((((................((((((...........((((((...)))))).........((((....))))........)))))).((((((....))))))......)))))...........((((.....(((((((.(((.(((((((((....((((..((((((((((.........))))))))))...)))).((((((.((((((.((((((........)))).)).))))))........((((.....))))..........))))))..)))).)))))..)))...))))))).....)))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((......))..)))).(((((...((((.((....((((((........)))))).......................((((....)))).........))))))((((((....))))))......)))))...........((((.....(((((((.(((((((((((((....((((..((((((((((.........))))))))))...)))).((((((.(((((..((((((........)))).))..)))))........((((.....))))..........))))))..)))).)))))).)))...))))))).....)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((....(((......))).((((......))))....))))...(((((......))))).(((((.((((((....))))))...((((....)))).....)))))....(((((((....)))))))..(((((.(((((((..........)))))))..........(((((..((((..((((..((((((((((.........))))))))))...))))..((((.....))))..((((........))))......))))........((((.....)))).((((.............)))).))))).))))).(((((.......)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......(((......)))(((.(((.....))).(((((.....[[[[..))))).]]]]..(((((.....))))).........((((....))))...((((.((((..(((((((....)))))))....(((..{{{{....{{{{)))(((}}}})))........)))).........}}}}.......)))).(((((....)))))...)))..((((((.(((.....)))...(((..<<<<<<<.)))..))))))..........((((.....)))).((((...aaaa......)))).AAAA.>>>>>>>(((((.......))))).))))))....