RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00014

RNA: TMR_00014
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))(((((((((((....(((((...(((((((((((.(((((((................)))))))........(((((...........))))).........(((((.......)))))))))))..)))))....(((((....((....))..(((((((((((((..(((..((........((((((((((.........))))))))))......))........(((((..(((((((...((....))..)))))))))))).)))...))))))).))))))..))))).....)))))...)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((........((((.....((((.......(((((((....(........)..)))))))........(((((...........)))))(((((((..(((((.......)))))...)))))))((((((.((((((..........))))))...))))))..................((((((((((.........))))))))))..............(.(((((..(((((.................)))))))))).).....................)))).......)))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((....(((((....(((((.......((((((................)))))).........(((((...........)))))(((((((..(((((.......)))))...)))))))((((((.((((((..........))))))...))))))...........((.....((((((((((.........))))))))))................(((((..(((((((.............)))))))))))).............)).......)))))......)))))...)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(....)(.(((((((((((....((((((.((((.(.((((.(((......))))))).)..)))))..............(((((.((......)))))))(((((((..(((((.......)))))...)))))))((((((.((((((..((....))))))))...))))))..................((((((((((.........))))))))))..((((((.....((.(((((..(((((((.((((....)))))))))))))))).)).....(((())))...........)))))))))))...)))))))))))..)(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((....[[[)))...]]]..(((((.......(((...[[[[.[[[)))...]]]]]]]....(((...))).)))))....(((((...........)))))(((((((..(((((.......)))))...)))))))((((((.((((((...[[[[[[.))))))...)))))).......]]]]]](((....[[[[[[[[)))......]]]]]]]]((((((((((........(((((..(((((((.((((....)))))))))))))))).................[[[[[[[...))))))))))...]]]]]]].((((((.[[[[[))))))..]]]]]..........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))(((((((((((.(((((((....(((((.(((((.(((((((................)))))))........(((((.((......)))))))..))))).)).)))..)))))))...(((.((....((((((.((((((..........))))))...))))))...)).))).(((....)))((((((((.........)))))))).(((((((((..((.((.(((((..(((((((.((((....)))))))))))))))).))......(((....)))......))))))))))).....)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((((((({{{...((((...((((.(([[[[[[..))))))....))))]]]]]])))))....(((((.((......)))))))(((((((..(((((..}}}..)))))...)))))))((((((.((((((..........))))))...))))))....................((((((((.........))))))))((((((((((.....((.(((((..(((((((.((((....)))))))))))))))).))........................))))))))))....)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))((((((((((((((((...((..(((...(((...((......))..)))....))).))....)))))....(((((.((......)))))))(((((((..(((((.......)))))...)))))))((((((.((((((..........))))))...))))))...........((....)).((((((((.........))))))))((((((((((.....((.(((((..(((((((.((((....)))))))))))))))).))......((......))........))))))))))....)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
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PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((..................)))))........(...(...........................((.((((........)))).))....((((((.((((((..........))))))...))))))....................((((((((.........))))))))..................(((((..(((..(((...........)))..))))))))..................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(...(...........................((.((((........)))).))....((((((.((((((..........))))))...))))))....................((((((((.........))))))))..................(((((..((...(((...........)))...)))))))..................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((.(((((((....(((((.(((((..((((((......((....))..)))))).........((((.(((......)))))))..))))).)).)))..)))))))...(((.((....((((((.((((((..........))))))...))))))...)).)))...........((((((((.........)))))))).(((((((((.....((.(((((..((((((.(((((....)))))))))))))))).))......((.((....)))).....))))))))).....)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))((((((((((((((((......(((({{{((((.(([[[[[[..))))))....))))]]]]]])))))....(((((.((......)))))))(((((((..(((((.......)))))...)))))))((((((.((((((..........))))))...))))))..........(((....)))((((((((.........))))))))((((((((((........(((((..(((((((.((((....)))))))))))))))).........(((....)))...}}}..))))))))))....)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((....(((((....(((((......(((((((................)))))))........(((((...........)))))(((((((..(((((.......)))))...)))))))........(((((.....)))))...(((((((((((((.................((((((((((.........))))))))))...(((((........((((..(((((((.(((((....)))))))))))))))))))))..))))))).)))))).)))))......)))))...)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))((((((((((((((((.(.((.((((...(((.((((......)))))))....)))))).)..)))))....((((.(((......)))))))(((((((..(((((.......)))))...)))))))..(((((((((((..........))))))(((((((......)))))))......)))))((((((.........)))))).(((((((((((.....((.(((((..((((((.((..(....)..))))))))))))).))......((.((....)))).....)))))))))))...)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........((((((((((((....(((((..(((((((((((.((((...).)))))))...(.((((...((((((.((..((((.(((((..)))))))))((((((((((((((......).)))))).)))))))(.(((((((((((((...)))).))..(((((((((......))))))).))......(((((((((((...)))))))))))(((.((((......)..))))))..(((((((.(..........))))))))))))))))))))))))....)))).).)))))))....)))))...))))))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((.(((((((....((....(((((..((((((......((....))..)))))).........(((((.((......)))))))..))))).....))..)))))))...(((.((.(..((((((.((((((..........))))))...)))))).).)).)))....................................((((((((((.....((.(((((..(((((((.(..(....)..))))))))))))).))......((.((....)))).....))))))))))....)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((((.(((((((....(((((.(((((..((((((......((....))..)))))).........(((((.((......)))))))..))))).)).)))..)))))))...(((.((....((((((.((((((..........))))))...))))))...)).)))...........((((((((.........)))))))).(((((((((.....((.(((((..(((((((.(..(....)..))))))))))))).))......((.((....)))).....))))))))).....)))))))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((..........))))))).......(((((..((((.(((((.(((((((................)))))))........(((((.((......)))))))..)))))..(((((.......))))).))))...((((.((((((((((..........)))))).((((((......)))))).......)))).((((((.........)))))).((((.....(((.....))).)))).(((((((.((((....)))))))))))..(((.((.......)))))..(((((((..((.......))...)))))))...)))).(((((........))))).)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((...<<<<<..)))))...((((........cccc..((((..bbbbbbb....))))........BBBBBBB))))....(((((.((......))))))).((((((..(((((.......)))))...))))))CCCC((((((((((..........)))))).((((((......)))))).......)))).((((((..>>>>>..))))))..((((((((((...(((....[[[)))((((((.((((....))))))))))]]](((.((.......)))))..{{{{{{{...))))))))))...}}}}}}}.((((((.aaaa.))))))...AAAA..........

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