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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00017



RNA: TMR_00017
Rfam family: tmRNA

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................(((((...............))))).........((((....)))).........(..(((((((.........))))..).)))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))........................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((..((.......))..(((...(((((((((..((.((((((...............))))))........((((....))))..........(((((((......((..(((((.(((((.(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))......)))))..(((((((..(((......((((((....((((.........))))..)))))).......)))..))).))))....)))))..)).......)))))))......))..)))))))...))...))).))))....))))).(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((((((..((((((((......................................................................))))))))...(((((((..............................)))))))...............................(((((((.....................))))))).((((((((((((((........))))))))))))))....................)))))))..........................(((((.......)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((.............((((((((.....(((...(((.(((((......(((((...............)))))....................................((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))................................((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))....)))...)))....))))))))....................)))).))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((.......)))))))))).........(((......((((((.......)))))).......)))...........((((....))))...............((((.........))))........((((((((((..................)))))....)))))................................((((((.......................)))))).((((((((((.(((........))).)))))))))).....................................................(((((.......)))))...........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................................(((((......(((((...............))))).........((((....)))).........(((...((((.........))))....)))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))...................................................................((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))).....((((.............))))..(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(((...(((((((((.....((((((...............)))))).............................(((..(((((.........)))).)..)))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..........................(((((.((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))))))))...............)))))...))))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))))))))).....)...(((......((((((.(....))))))).......)))...........((((....))))..........(((((((((.........)))).....(.(((((((((((.......(.((....))))))))....))))))......)...(((....)))......((((((((((((.....................))))))).((((((((((.(((........))).)))))))))))))))..........................)))))....((..........((((((.......)))))..)))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.(.....(...(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........((...(((((.........)))))....))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..................((((....((((.......).)))....)))).................((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))))...)))...).....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.........[[[[[[[..........)))))........]]]]]]].((((((......[[[[.....))))))........((((....))))......]]]].....((((..[[[....))))..]]]..(((((((((((..(((...[[[[[)))..))))....)))))))..........]]]]]...((((.........[[[[[[[...[[[[.))))....]]]].]]]]]]].(((((((((..(((........)))..)))))))))...(((......[[[[[[[)))...]]]].]]]......(((....)))(((.[[[[[)))....]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))))).(((...)))...(((......((((((.......)))))).......)))...........((((....)))).........(((...((((.........))))....)))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))......(((.(((....))).))).......(((((((...((((.........)))).))))))).((((((((((.(((........))).))))))))))(((((((...(((((((((......)))).))...)))....)))))))....(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........................................(((((([[[[[..)))))).......]]]]].........((((....))))...............((((.........)))).......((((((.((((..((..........))..)))).....))))))................................(((((.......................)))))..((((((((((.(((........))).))))))))))..............................((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((.((...(((((((...((..(((....)))..)).((((((.((...)).....))))))..........))))))))).)))).(((((.(((((((((.((...)).))))).))))..((((((((((..(((........)))..)))))....)))))...................((((....(((.((....))))).....)))).................((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))......................................)))))...)))))..(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((.((((((...(((((...).))))......))))))..((((((...............))))))........((((....))))..((..(((.((((((((..........(((.....((.(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).....((...(((....)))..)).......(((((((...((((.........)))).))))))).((((((((((.(((........))).))))))))))....)............).......))))))))))))))..))...)))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((((......[[[[[[...........))))))).((((((...............))))))........((((....))))..........((((((((..........((((((((((.(((((.(((((...((((((((((...))).......)))))))...........(((..)))((((((((....(((((((.....................)))))))........]]]]]].....)))))))))))))....)))))............)))))..)))))))))))))..........)))))).(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((..((.(((.((((........((..(((....)))..))((((((...............))))))........((((....)))).........(((...((((.........))))....)))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..............)))).))).))..))..(((((((...((((.........)))).))))))).((((((((((.(((........))).))))))))))...(((...)))...((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.............((((((((...........((((((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....))....................(.(((((((((((..(((........)))..))))....))))))).)..................)))).........(((((.....................)))))...((((((((((.(((........))).))))))))))....................))))))...)))..........))))))))....((((.......)))).)))))......
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).)))......))))))..................((((((((................)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.(....(((..(((.((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((((.(((((.........)))))..))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))....................))))........((((((....((...........))..))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))....))))..)).)...))))))))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).)))......))))))..................((((((((................)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((......(((..(((.((((((((((.........)))))........((((..........(((....)))(((.......((((..((((.........))))...))))(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))................))).))))........((((((....((...........))..))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))....))))..)).....))))))))...............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((...........(((.((((((((((.........)))))........((((..........(((....)))..........(.....((((.........))))......)(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))....................)))).........((((.....(.............)...))))...(((((((((..(((........)))..)))))))))....................)))))....)))..........))))))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((.....(((.(((.((((.(((.....(((((......)))))...))).)))).)))...)))..........((((....))))..((..(((.((((((((..........((((((((((..((((((((((.((....))((....)).)))))....)))))(((...((...(((....)))..))..(((((.((((((...((((.........)))).))))))..(((((((((..(((........)))..))))))))))))))....)))....))))..)))))))))))))))))..))...)))))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((((...(((((...)).)))......))))))).((((((...............))))))........((((....))))......(((.((((((((..........((((((((((.(((((((((((..(((........)))..)))))....)))))).....((.(.(((....))).))).......(((((((...((((.........)))).))))))).((((((((((.(((........))).))))))))))................))))..))))))))))))))))).......)))))).(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.(((((((...((((......))))......))))))).((((((...............))))))........((((....))))...............((((.........)))).(((((.(((((.(((((........(((((...)))))......(((((..............((((((((..........(((((((...((((.........)))).)))))))...........)))).)))).))))).)))))....))))))))))..)))))..............((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.....(((...............)))(((((...............))))).........((((....))))...............((((.........)))).......(((((((((((..................))))....)))))))...........................(((..((((((.....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......))))....)))......))))))))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((..............(((..........)))..((((((((((((((.........)))))........((((.........((((....)))).........((....((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..))))....)))))))..................)))))).........(((((.....................)))))...((((((((((.(((........))).))))))))))....................)))))...))))......................................)))).))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((...(.(((.(((.((((.(((...(.(((((......))))).).))).)))).)))...)))).........((((....))))..((..(((.((((((((..........((((((((((..((((((((((..(((.(....).)))..)))))....)))))(((...((...(((....)))..))..(((((.((((((...((((.........)))).))))))..(((((((((..(((........)))..))))))))))))))....)))....))))..)))))))))))))))))..))...)))))).(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((((........((((...((((((.....((((((.((((((((.......))))))..........((.........((((....)))).........((....)).))......)).))))))....))))))))))....(((((.((....)))))))......)))))))...((...(((....)))..))..)))).((..(((((.((((((.(((..(((......((((.(((((((((..(((........)))..)))))))))..))))......(((((((......)))).)))..)))..)))..))))))..(((((.......)))))...))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((.(((.(((.(((.((((.(((...(.(((((......))))).).))).)))).)))...)))).........((((....))))))((..(((.((((((((..........((((((((((.(((((((((((.((....))((....)).)))))....)))))(((...((...(((....)))..))..((((((((((((...((((.........)))).))))))).(((((((((..(((........)))..))))))))))))))....)))..).))))..)))))))))))))))))..))...)))))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((.(((.............))(((...)))((((((((((((.((..))))))))((((((((.((..((..(..((((((..))))))..)..)))).))))(((((......).)))).(((((.(((((((((((.((((........))).)))))).(((((((((((.((.(.............).))).)))))).))))...).))))..))))))(..)..(......)))))......))))))((((..)))).(..(((((..)))))..))))))))....((((.........................))))(((((.....))))).)))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.((((((((..(........(.(..((((.((((.(((((.(((...((.((......((.........((((....)))).........)).)).)).))).....))).)).......)))).(.(.(((((.(((.((((......((.(((........)))...))....)))).......))).......)).))).)...).(.........(...((..(...((((((((((.(((........))).)))))))))).....)...))...)..)..)))))...)........)....))))))))....))))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((.....(((.....((((.(((.....(((((......)))))...))).)))).......)))..........((((....))))..((..(((.((((((((.........................................((....))..........................(((....)))...............................................(((((((((..(((........)))..)))))))))............................)))))))))))..))...)))))).(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(..((.(((.((((........((..(........)..)).(((((...............))))).........((((....)))).........(((...((((.........))))....)))(((((((((((..(((........)))..)))))....))))))..............)))).))).))..)...(((((((...(((...........))).))))))).((((((((((.(((........))).))))))))))...............((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((.....(((.....((((.(((.....(((((......)))))...))).)))).......)))..........((((....))))..((..(((.((((((((..........((((((((((.(((((((((((.((....))((....)).)))))....)))))).....((...(((....)))..))..(((((.((((((...((((.........)))).))))))..(((((((((..(((........)))..))))))))))))))...........))))..)))))))))))))))))..))...)))))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((.......)))..((((......)))).......))).(((((((((...............))))).........((((....))))........(((((..((((.........)))).............(((((..................)))))..))))).......))))....((((..((((.....((((.....))))......)))).((((((........))))))..)))).((((...(((((.....))))).....((((........))))..))))......((((((.........))))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((.......))))).(((......))).((((.....((((.aaaaaa....)))).......AAAAAA........((((....))))........))))...((((.........)))).(((((.....(((((......((((.((....)))))){{{{....))))).....)))))...}}}}.......(((((((([[[[[...))))...((((.......]]]]].))))<<<<<<..(((((...(((((.....))))).....((((........))))..))))).)))).(((((...>>>>>>)))))...(((((.......))))).))))))....