|
|
|
GGGGCUGAUUCUGGAUUCGACAAGAUUCACGAAACCCAAGGUGCAUGCCGAGGUGCGGUAGGCCUCGCUAAUAAACCGCAAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACGCACUGGCAGCUUAAUAACCUGCGCAGAGCCCUUCUACCCUAGCAUGCCUGUGUCCUAGGGAAUCGGAAGGUCAUCCUUCACAGGAUCGUGUGGAAGUCCUGCUCGGGGCGGAAGCAUUAAAACCAAUCGAGCUAGUCAAUUCGUGGCGUGUCUCUCCGCAGCGGGUUGGCGAAUGUAAAGAGUGACUAAGCAUGUAGUGCCAAGGAUGUAGUAAUUUUGGACGGGGGUUCAAAUCCCCCCAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((......(.((..(((((((((((((({{{{{{...))))).......}}}}}}.............................((.(((((((.........)))).))).))((((((...((........[.[[[.....))....)))))).........]]].]...((((....((((.aaaaa))))....))))..........AAAAA..(((((.((...(((.<<<.<<<)))....))))))).........>>>.>>>...)))))...))))..)).).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((..(((....)))..)).(((((...............))))).........((((....)))).........((..((((((.........)))).)..)))............................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.....((..(((((((((.....((((((...............))))))......(((((((....(((.....((((((.(((((((.........)))).)))...((((((.((((((((....))....))))))....))))))..(((((....))))).))))))..)))..((((((...((...........))..))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...........))))))).)))))))...))..)).....)))))))))...((((((....)))))).))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..................................(((((((...((((((...................................................)))))).........................((((((.............................))))))................................................................((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))))..........................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((...........(((.(((((......(((((...............)))))....................................((((.........)))).......(((((((((((.(((........))).))))...)))))))..............................((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))....)))..........))))))))....................))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.................................(.......((((((.......))))))........)............((((....)))).....((((((((.....((((..................(((((.((((((((......))..))))))....)))))(....)......((((...........))))(((((......................)))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).................)))).....)))).......))))...........(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.............(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........((.(..((((.........))))...).))((((((.((((................))))....))))))...............................(((........................)))...((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))...)))............))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((......(.((..(((((((((.....((((((...............)))))).............................((.(((((((.........)))).))).))(((((..((((((............)))))).....)))))..((((......)))).((((....((((......))))....)))).................((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))...))))..)).).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((..........))).)............(((......((((((.(....))))))).......)))...........((((....))))....((((((((((.((((((((....(..(..)......(((((.(((((((((....)))..))))))....)))))(....).....((((((.........))))))(((((....................)))))...((((((((((.(((........))).))))))))))...........)....))))).)))))))).......)))))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.......(...(((((((((......(((((...............))))).........((((....)))).........((...(((((.........)))))....))(((((((((((.(.((......)).).))))...))))))).................((((....((((......))))....)))).................((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))...)))...)......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((...[[[[...)))....]]]](((...)))....(((....[[[[[[.)))...........]]]]]]........((((....)))).....((((((.(((((((.........)))).)))..........((((((....[[[[[[..)))))).(((....))).......]]]]]]...))))))..(((..[[[[[[))).................]]]]]]..((((((((((.(((.....[[[))).)))))))))).........]]]..((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.(((.(((((.(((..(((.(((.((((((..(((.(((((.(((...))).....))))).........((((....)))).........((.(((((((.........)))).))).))........))).))))))......))).)))..)))(((((....)))))...))))).))).).))))).((((((...((...........))..))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))..............((((......)))).(((((.((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................................((((((.......)))))).....................((((....))))...............((([[[......[[))).......((<<<<<((((((....{{{{{{..))))))......<<))......>>}}}}}}......>>>>>..........]]((....))...................((((((((((.(((........))).))))))))))..................]]]...............................(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((.((...(((((((...((..(((....)))..))..(((((.((...)).....)))))...........))))))))).))))..((((.(((((((((.........))))).))))..((((((((((..(((......)).).)).)))..)))))..................((((...((((((....))))))...)))).................((((((((((.(((.(.....)))).)))))))))).....................................))))....)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.(((.(((((.(((..(((.(((.((((((..(((.(((((..((...))......))))).........((((....)))).........((.(((((((.........)))).))).))........))).))))))......))).)))..)))(((((....)))))...))))).))).)).)))).((((((...((...........))..))))))..((((((((((.(((........))).)))))))))).............................(((((.((......)))))))..(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((..........))))..)))...(((((((((((([[[[[[...))))).......]]]]]]......(((((((....(((.....((((((.(((((((.........)))).)))...((((((.((((((............))))))....))))))..(((((....))))).))))))..)))..((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...........))))))).)))))))...((((((.........))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((........((..(((((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((..((((((.........)))).))..))((((((.(((((((((....)))..))))))....))))))......(((((........)))))......((((((....................))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))...............))..))))))...)))..)).......)))))))...(((((........))))).......... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.............((((((((...........(((((..((..((..(((((...............))))).........((((....)))).....))..))....((((((((.................(((((.........(((.((....))...)))..)))))(((...............((((....((..........))....)))).................((((((((...(((........)))...)))))))).............)))))))).))).)))))..........))))))))....((((.......)))).))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((......(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((((((........))))))).....)))))).................((((((((..............)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((........(..(((.(((((..(((((((((..((...))......))))).........((((....))))((.......((((((((((.........)))).))))))(((((((((((.(((........))).))))...)))))))))..))...........((((.(........)...........)))).................((((((((((((((........))))))))))))))...............))..)))))....)))..).......))))))))............................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((((((........))))))).....)))))).................((((((((..............)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((........((.(((.(((((..(((((((((..((...))......))))).........((((....))))((.......((((((((((.........)))).))))))(((((((((((.(((........))).))))...)))))))))..))...........((((....(..(........))....))))..........(......((((((((((((((........)))))))))))))).............).))..)))))....))).)).......))))))))............................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((........(..(((.(((((......(((((...............))))).........((((....)))).........((((((((((.........)))).))))))(((((((((((.(((........))).))))...))))))).................((((.(........)...........)))).................((((((((((((((........))))))))))))))...................)))))....)))..).......))))))))............................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.....((..(((((((((..((..((.....((.((((((((...((((.........((((....)))).....(((((...((((((((..((..((((.((((....(((((((....((...((((((....((((.(((....)))..)))).))))))...)))))))))..)))).))))((....))..........))..)))).))))...))))).(((......))).))))))))))))..)).....))..))..))))))...)))..)).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.(((.(((((.(((..(((.(((.((((((..(((((((((.(((...))).....))))))........((((....))))....{{{{{...(((((((.........)))).)))...........))).))))))......))).)))..)))(((((....)))))...))))).))).)).)))).((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))..((((........[[[[.)))).]]]].(((((.((}}}}}.)))))))..((((((....)))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((......))))))......(((((((((((((.....((((((...............))))))......(((((((............(((((...(((((((((......((((((.....((((((.((((((............))))))....))))))..(((((....))))).))))))..(((((....)))))...................))))).))))...)))))..((((..((((...))))..))))..........))))))).)))))))..................))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((...........................(((((...............))))).........((((....)))).....(((((.....((((.........)))).......((((((.((((((............))))))....)))))).................((((....(((((....)))))....)))).................((((((((((.(((........))).))))))))))..............((((......))))........))))).)))))))............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(....)..((((((((...........(((((((((......(((((...............))))).......(((((......(((...............((((.........))))........((((((((((.(((........))).))))...)))))))))...............((((......................)))).................((((((((((.(((........))).)))))))))).............))))).)))))...))))..........))))))))....................))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((..((....((.(.((((....(((((..(((....)))..(.(((((.((((..(((((.......((.........((((....)))).........))..((((((((..((..((((.((((.(..(((((((....((...((((((....((((.(((....)))..)))).))))))...))))))))).))))).))))((....))..........))..)))).)))).....))))).))))..))))).))))))((((.((((..((.....))..))))....))))..)))).).))...))..)).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((......(((.(((.(((((.(((..(((.(((.((((((..(((.(((((.(((...))).....))))).........((((....)))).........((.(((((((.........)))).))).))........))).))))))......))).)))..)))(((((....)))))...))))).))).))))))..)))).((..(((.((.......((((....((((((((((((((.(((........))).))))))))))...............((..((((...))))..))....))))....))))..(((((........))))).))))).)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((..((....((.(.((((....(((((..(((....)))..(.(((((.((((..(((((.......((.........((((....)))).........))..((((((((..((..((((.((((.(..(((((((....((...((((((....((((.(((....)))..)))).))))))...))))))))).))))).))))((....))..........))..)))).)))).....))))).))))..))))).))))))((((.((((..((.....))..))))....))))..)))).).))...))..)).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((........))))).))))(((..)).)(..).((((((.((..)))))))).........(.(((((((..(..(((....).))..)(((((.(.((((((((......).)))).))))).((((((((((((((((....)))..)))))..)).)))))).(((((((..(((((((......).))))))((((....(((........).))...)))).(((((..............((((.((((.............))).))))).)))))(((.....)))..)))))))))))))))))))..(((((.((..)))))))))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((..(((((((..((........(.(..((((......(((((..((...))......))))).......((((((....(.(((........((.(((((((.........)))).))).)).(((((..(.............)............)))))...(..((.....(..(.((((....(.((.....)..))....))))...).....)..)).).((((((((((.(((........))).))))))))))...)))...)..)))))).)))))...)........))....))))))).....)))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((........))))).))...(((...........(((((.......)))))......................((((....))))....((((((....(((..........((((.((((....(((((((.....(...((((((....((((((((....)))..)))))))))))...).)))))))..)))).))))((....))...................(((((..((..(((........)))..))..)))))............................))).....)))))).....)))..(((((......))))).))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.(((.(((((.......((..(((....)))..)).(((((...............))))).........((((....)))).........((.(((((((.........)))).))).))((((((.((((((.((......)).))))))....))))))............))))).))).))).))).((((((...((...........))..))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))..............((((......)))).(((((.((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.....((..(((((((((..((..((.....((.((((((((...((((.........((((....)))).....(((((...((((((((..((..((((.((((....(((((((....((...((((((....((((((((....)))..)))))))))))...)))))))))..)))).))))((....))..........))..)))).))))...))))).(((......))).))))))))))))..)).....))..))..))))))...)))..)).....)))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....(((..((((..........))))......(((((.........((((((.((.....)).....))))))........((((....)))).........))))).((((.........)))).))).(((((....(((((((((....))))..))))).....(((((....))))).(((((((.....))..)))))...))))).............(((..((((........)))).((((.(((...((......))..)))..((((.............))))....))))...(((......))).)))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((.[[[[.......)))]]]].......((((.(((((((.bbbbbb....)))).......BBBBBB........((((....))))............<<<)))............((((((.((.......aaaaaa...)))))))).AAAAAA...>>>.(((....))).((((......))))...(((((....)))))....)))).....(((..((((..{{{{{.)))).((((.(((..(((.....)))..)))..((((......}}}}}..))))....))))...(((......))).)))..(((((.......))))).)))))).... |
