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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00028



RNA: TMR_00028
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((((((..(((..((((((.(((....(((((((((((((..............))))))..)))))))...))).............((((....((((((......(((((((((((((((((((((((......)))))))..(((.......)))....))))))))......)))))).))........)))))).....))))...)))))))))..)))))(((((((....(((((...........)))))..))))))).....)))).))))))...)))).((((...((((((....))))))...)))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.(((((((((((((..............))))))..)))))))....................(((((((((..((......)).)))))(((((((.(((((((......)))))))..))))))).......))))....(((.(((((((.........))))))).))).............(((...((((..(((........)))..))))...)))......................))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....((((((((.((((((....................................................................((.................)).(((((...((((((........))))))....))))).................................................................(((((.(((........))).)))))............................))))))....))))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.............(((((((((...(((((((((..(((((((((.............))))..........(((...........................((((((((.(((.........))).....(((((((.(((((((......)))))))..))))))).....))))))))......(((((((.........))))))).................))).............(((((((....(((((...........)))))..)))))))...))))).....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))).))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(..((..(((((((((...(((((((((.((((((.(((((((((((((..............))))))..)))))))..................(((((((((((..((......)).)))))(((((((.(((((((......)))))))..))))))).......))))))(.(((.(((((((.........))))))).))).)...........(((...(((((.(((........))).)))))...)))......................))))))....)))))))))...))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.......))).........(((((((((.((((((.(((((((((((((.....[[[......))))))..)))))))........]]]..............((((.[[[....))))...]]](((((((.......[[[[[[[.........)))))))........]]]]]]]....(((((((..[[[[[[[)))))))........]]]]]]]..(((...(((((.(((.[[[[[[[))).)))))...)))............]]]]]]]...))))))....)))))))))..((((...((((((....))))))...)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((...((((((..((.(((.((((((((.((((...(((((((((((((..............))))))..)))))))........................(((((..((......)).)))))(((((((.(((((((......)))))))..)))))))...(((((..(((.....)))))))).(((.(((((.....)))))))).)))).))))).)))))).))..))))))))))).((((......))))...(((((....(((......)))..))))).((((.(((.....))).))))..(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.(((((((((((((..............))))))..)))))))...................(((((.((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..))))))).......))))).......(((((((.........))))))).................(((...(((.......[[[[[[[....[[)))...)))........]]..]]]]]]]...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((...((((((..(..((.(((((((((.((((...(((((((((((((..............))))))..)))))))....................(...(((((..((......)).)))))(((((((.(((((((......)))))))..)))))))..........)....((..(((((((.........)))))))..))....)))).))))).))))))..)..)))))))))))..(((......)))....(((((....((........))..))))).((((.(((.....))).))))..(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.(((((((((((((..............))))))..)))))))...(((................(((((.((((((........((((((((((((((((((((......)))))))...................)))))))).(((((((.........)))))))................)))))...........)))))).....))))).....)))..........((((...))))))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((........(((((................))))).........(...(.......................((((..........)))).((((((..(((((((......)))))))...))))))..................((((((((.........))))))))................(((((((((...(((........)))...)))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((.((((((.(((((((((((.((((....(((.(((((((((....((..(((..((..((.............))....(((.....(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))....)))...))..)))..))..))))))))).))).)))).))))).))).))).))))))(((((((....(((((...........)))))..)))))))......))).))))))...)))).((((...((((((....))))))...)))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((...((((((.....((.(((((((((.((((...(((((((((((((..............))))))..)))))))....................(((((((((.............)))))(((((((.(((((((......)))))))..))))))).......))))........(((((((.........)))))))........)))).))))).)))))).....))))))))))).((((......))))...(((((....(((......)))..))))).((((.(((.....))).))))..(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((...(((((((((.((((((..........((((((((.........((((((............((((.........................))))............(((((((.(((((((......)))))))..)))))))....))))))..............(((((((((((...............))))))).)))))))))))).....(((((((....(((((...........)))))..)))))))...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.((((((((((..(..............)..)))..)))))))....((..(((((.....(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))..(((.((((((((......).))))))).)))...))))).....(((...(((((.(((........))).)))))...)))..............))......))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.....(((((((..(((((..((((((((.((((....(((.(((((((((....((..(((..((..((.............))....(((.....(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))....)))...))..)))..))..))))))))).))).)))).))))).)))..))))).)))))))...))))...............(((.....((((..((((....))))..)))).....)))..))))).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((..(..............)..)))..)))))))..........(((.....(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))....)))....)))(((.(((((.....)))))))).)))).))))).))).))).))))))(((((((....(((((...........)))))..))))))).....)))).))))))...)))).((((...((((((....))))))...)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..)..))))).....(((((((((((((...(((((..).(((((..........).))))..)))).(((((((((...((((((.......((((..))))(((((((((.(((......))))))..(((((((((((((((......)))))))).))))))).....)))))).......)(((((((.(......)))))))))))))..)))))).).)).))).)))))))))).(((((((...(((((((((...))))))))).)))))))(((((..))))).......(((((.((((.((..)).(((((((...)..))))).))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.(((..(((......((((((((.((((...((((((((((..(..............)..)))..)))))))..................(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))..((..(((((((.........)))))))..))....)))).))))).))).......))).(((((((....(((((...........)))))..)))))))......))).)))))).........(((...((((((....))))))...))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((.((((((..((((((((((.(((....((((((((((..(..............)..)))..)))))))...)))..(((((......((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......))))))...((..(((((((.........)))))))..))...))))).))))).))).))..))))))(((((((....(((((...........)))))..)))))))......))).))))))...)))).((((...((((((....))))))...)))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.((((.(((....)))..)))).((((....)))).....((((((.((((((..............))))))...))))))..))))..............(((..((((........)))).(((((.((((((.(((((((......)))))))..))))))....((((....)))).........)))))..(((((.....)))))......))).(((((.................)))))...(((((...........)))))..((((..((((....))))..))))..(((((.(((...((((((....))))))...)))))))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))...(((((......((((....)))).((..{{{))..((((((...}}}........))))))...........(((.........(((((.....<<<<<....)))))....>>>>>))).))))).(((((......))))).(((((..(((.(((....)))aaa..)))AAA.bbb)))))....BBB..((((((((....)).)).)))).((((.........[[[[[)))).(((((...]]]]]...)))))..((((..((((....))))..)))).(((((((.....)))....(((((.......))))).......))))