|
|
|
GGGGGCGUACUGGUUUCGACGGGGGUUUAGAGUCAUUAGUGGCGAGCCGUGUUUAGCUUGGGAUCACGUAACAAACUGAGCAAUAAAUACAAACGCAAACGAUAAUUAUUCACUAGCUGCAGCGUAAUAGCACAGCUCGUUUCUCCUAGGCUUCCCACAGUCUAGACAGAAACGUCAUCUUAGUGGGGAACGUCUUAAGGCUGUCGCGACCUUAAGUUGUACAAUUGUGACUAGCUGAUCUUAAAACCCGUUGCUAGGUGUUAGGUAAAGCGAAAUUCUAAAGUAGCAACUACGCUCGUAGAAGCUGAUGGUGAAGGGCCUUCGGACAGGGGUUCGAUUCCCCUCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((((((((..(((((((.((aaa)).))................AAA...................................(((((.............)))))(((((((.(((((((<<<<<<)))))))..)))))))........>>>>>>..((.(((((((..{{{{{{{))))))).)).....}}}}}}}..(((....((..(.(..[[[[[[[).)....))...)))............]]]]]]]...))))).....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((((((((..(((..((((((.(((....(((((((((((((..............))))))..)))))))...))).............((((....((((((......(((((((((((((((((((((((......)))))))..(((.......)))....))))))))......)))))).))........)))))).....))))...)))))))))..)))))(((((((....(((((...........)))))..))))))).....)))).))))))...)))).((((...((((((....))))))...))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.(((((((((((((..............))))))..)))))))....................(((((((((..((......)).)))))(((((((.(((((((......)))))))..))))))).......))))....(((.(((((((.........))))))).))).............(((...((((..(((........)))..))))...)))......................))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((((.((((((....................................................................((.................)).(((((...((((((........))))))....))))).................................................................(((((.(((........))).)))))............................))))))....))))))))....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.............(((((((((...(((((((((..(((((((((.............))))..........(((...........................((((((((.(((.........))).....(((((((.(((((((......)))))))..))))))).....))))))))......(((((((.........))))))).................))).............(((((((....(((((...........)))))..)))))))...))))).....)))))))))...)))))))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(..((..(((((((((...(((((((((.((((((.(((((((((((((..............))))))..)))))))..................(((((((((((..((......)).)))))(((((((.(((((((......)))))))..))))))).......))))))(.(((.(((((((.........))))))).))).)...........(((...(((((.(((........))).)))))...)))......................))))))....)))))))))...))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((.......))).........(((((((((.((((((.(((((((((((((.....[[[......))))))..)))))))........]]]..............((((.[[[....))))...]]](((((((.......[[[[[[[.........)))))))........]]]]]]]....(((((((..[[[[[[[)))))))........]]]]]]]..(((...(((((.(((.[[[[[[[))).)))))...)))............]]]]]]]...))))))....)))))))))..((((...((((((....))))))...))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((...((((((..((.(((.((((((((.((((...(((((((((((((..............))))))..)))))))........................(((((..((......)).)))))(((((((.(((((((......)))))))..)))))))...(((((..(((.....)))))))).(((.(((((.....)))))))).)))).))))).)))))).))..))))))))))).((((......))))...(((((....(((......)))..))))).((((.(((.....))).))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.(((((((((((((..............))))))..)))))))...................(((((.((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..))))))).......))))).......(((((((.........))))))).................(((...(((.......[[[[[[[....[[)))...)))........]]..]]]]]]]...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((...((((((..(..((.(((((((((.((((...(((((((((((((..............))))))..)))))))....................(...(((((..((......)).)))))(((((((.(((((((......)))))))..)))))))..........)....((..(((((((.........)))))))..))....)))).))))).))))))..)..)))))))))))..(((......)))....(((((....((........))..))))).((((.(((.....))).))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.(((((((((((((..............))))))..)))))))...(((................(((((.((((((........((((((((((((((((((((......)))))))...................)))))))).(((((((.........)))))))................)))))...........)))))).....))))).....)))..........((((...))))))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((........(((((................))))).........(...(.......................((((..........)))).((((((..(((((((......)))))))...))))))..................((((((((.........))))))))................(((((((((...(((........)))...)))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((........(((((................))))).........(...(.......................((((..........)))).((((((..(((((((......)))))))...))))))..................((((((((.........))))))))................(((((((((...(((........)))...)))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((.((((((.(((((((((((.((((....(((.(((((((((....((..(((..((..((.............))....(((.....(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))....)))...))..)))..))..))))))))).))).)))).))))).))).))).))))))(((((((....(((((...........)))))..)))))))......))).))))))...)))).((((...((((((....))))))...))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((...((((((.....((.(((((((((.((((...(((((((((((((..............))))))..)))))))....................(((((((((.............)))))(((((((.(((((((......)))))))..))))))).......))))........(((((((.........)))))))........)))).))))).)))))).....))))))))))).((((......))))...(((((....(((......)))..))))).((((.(((.....))).))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((..........((((((((.........((((((............((((.........................))))............(((((((.(((((((......)))))))..)))))))....))))))..............(((((((((((...............))))))).)))))))))))).....(((((((....(((((...........)))))..)))))))...))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((((((((.((((((.((((((((((..(..............)..)))..)))))))....((..(((((.....(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))..(((.((((((((......).))))))).)))...))))).....(((...(((((.(((........))).)))))...)))..............))......))))))....)))))))))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.....(((((((..(((((..((((((((.((((....(((.(((((((((....((..(((..((..((.............))....(((.....(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))....)))...))..)))..))..))))))))).))).)))).))))).)))..))))).)))))))...))))...............(((.....((((..((((....))))..)))).....)))..))))).((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((..(..............)..)))..)))))))..........(((.....(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))....)))....)))(((.(((((.....)))))))).)))).))))).))).))).))))))(((((((....(((((...........)))))..))))))).....)))).))))))...)))).((((...((((((....))))))...))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..)..))))).....(((((((((((((...(((((..).(((((..........).))))..)))).(((((((((...((((((.......((((..))))(((((((((.(((......))))))..(((((((((((((((......)))))))).))))))).....)))))).......)(((((((.(......)))))))))))))..)))))).).)).))).)))))))))).(((((((...(((((((((...))))))))).)))))))(((((..))))).......(((((.((((.((..)).(((((((...)..))))).)))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((..(((......((((((((.((((...((((((((((..(..............)..)))..)))))))..................(((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......)))))))..((..(((((((.........)))))))..))....)))).))))).))).......))).(((((((....(((((...........)))))..)))))))......))).)))))).........(((...((((((....))))))...))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((.((((((..((((((((((.(((....((((((((((..(..............)..)))..)))))))...)))..(((((......((((((((((..((......)).)))).(((((((.(((((((......)))))))..)))))))......))))))...((..(((((((.........)))))))..))...))))).))))).))).))..))))))(((((((....(((((...........)))))..)))))))......))).))))))...)))).((((...((((((....))))))...))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((.(((....)))..)))).((((....)))).....((((((.((((((..............))))))...))))))..))))..............(((..((((........)))).(((((.((((((.(((((((......)))))))..))))))....((((....)))).........)))))..(((((.....)))))......))).(((((.................)))))...(((((...........)))))..((((..((((....))))..))))..(((((.(((...((((((....))))))...))))))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......)))))...(((((......((((....)))).((..{{{))..((((((...}}}........))))))...........(((.........(((((.....<<<<<....)))))....>>>>>))).))))).(((((......))))).(((((..(((.(((....)))aaa..)))AAA.bbb)))))....BBB..((((((((....)).)).)))).((((.........[[[[[)))).(((((...]]]]]...)))))..((((..((((....))))..)))).(((((((.....)))....(((((.......))))).......)))) |