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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00030



RNA: TMR_00030
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((........(((.((((((.((((...((((((..(((.(((....((((..(((((((..............)))))))......((((...(((((......)))))..)))).))))...))))))...))))))))))...(((((((........(((....(((((((((((...........)))))))))))..((((.(((.(((((((((...........(((((((((....)))))).))).......)))))))))......(((((...........)))))..))).))))..))))))))))))))))))).(((((((((((....))))...((((((....)))))).)))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................(((....)))................((((((........)))))).....................(((((((((((......))))...))))))).....................................(((((((...(.(((((((((((...........)))))))))))...(((..(((((((((((((((((((............)))))))......((.....)))))))))))...)))(((((...........)))))......))).........)..)))))))............((......))..........(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....)))...........((((.((((((........))))))............................((((......)))).........................................((.......)).......(((((((((((...........)))))))))))...........((((((((((((((((............)))))))))...............)))))))...((((........)))).......(((((..........)))))....))))........................))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(..(((.(((..(.((((((((((((((........))))))....(((((((.................((((((...........))))))......((((((((........((((((........))..))))..))))))))..(((((...(((.....)))....)))))..........((((((((((((((((............)))))))).....((.....)).)))))))).......((((...........)))))))))))................)))))..))).)..))).)))...)..))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((.((((....)))).)))))(((......((((((........))))))...)))...............(((((((((((......))))...))))))).....((..((.......))..))...........(((((((((..((((((((((((((((.....))..)))))))))))..((((.((((((((((((((((((((...(....)...)))))))......((.....)))))))))))...)))(((((...........)))))....).)))).......))).))))))))).........((((....)))).........(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((............(((((.((((....)))).))))).........((((((.[[[[[[.)))))).......]]]]]]..............(((((......)))))......(((((..(((..(((.....)))..)))....(((((.....))))))))))(((((((((((...[[[[[[..)))))))))))........]]]]]].....((((((((...[[[[[[[[[)))))))).........]]]]]]]]].((((..[[[[[[))))..]]]]]]..(((.[[[[[..))).....]]]]]....(((((......)))))((((....))))...(((((.[[[[[)))))..]]]]].))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....((....))(((((.((((....)))).)))))((((...(.((((((.((...))))))))).)))).(((((.........(((((((((((......))))...))))))).((.(((..(((.....)))..))).)).))))).(((((((((..(((((((((((((((((...))))..))))))))))..((((.(((.(((((((((...((((.((..(((((......)))))..)).))))....)))))))))......(((((...........)))))..))).)))).......))).)))))))))..(((((((((((....))))...((((((....)))))).)))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............................................((((........[[)))).........(((..........(((((((((((......))))...))))))).....((..(((.....)))..))......)))....((((((......(((((((((((...........)))))))))))...........((((((((((((((((............))))))))...............))))))))...(((({{{{....))))...}}}}.......................))))))............]]..................(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((.((((....)))).))))).......(.((((((.(.....))))))))......(((((.........(((((((((((......)))))...))))))....(((..(((.....)))..)))....))))).(((((((((..(((((((((((((((((...))))..))))))))))..((((.(((.(((((((((.....((......(((........)))......))......)))))))))...(((((......)))))..........))).)))).......))).)))))))))...(((((.((((....))))...((((((....))))))..))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.....(((((.(((((..))))).)))))...((((((((....(((((((..............))))))).......(((((((((((......)))))...))))))....(((((((((................(((((.....))))).)))))))))))))))))..)))))).((((((....((((((.[[[[.[[[[[[[[[[[[[[[........))))))]]]]]]]...............]]]]]]]]..((((((......))))))...(((((.....((((............))))........)))))((((....))))...]]]]....)))))).........)))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.........((((.(((.((((((......(((((..................)))))..........(...(..................................................((.((((.....)))).))....((((((((((...........))))))))))....................((((((((............))))))))...................((((((((((.(((.............))).))))))))))........))..))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.........((((.(((.((((((.(....(((((..................)))))..........(...(..................................................((.((((.....)))).))....((((((((((...........))))))))))....................((((((((............))))))))...................(((((((((..(((.............)))..)))))))))........)).)))))))...))).))))..........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.((((..((((....))))..))))))..(((((((((.((..((((((((((((......(((((.........(((((((((((......))))...)))))))....(((..(((.....)))..)))....))))).(((((((((..(((((((((((((((((...))))..))))))))))..((((.(((.(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))).......)))))))))..((((((......)))))).........))).)))).......))).)))))))))....))))))))..............)))).))..)))))).)))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((.((((....)))).))))).......(.((((((.((...)))))))))......(((((.........(((((((((((.(...))))))...))))))....(((..(((.....)))..)))....))))).(((((((((..(((((((((((((((((...))))..))))))))))..((((.(((.((((((((((((((((............)))))))...............)))))))))..((((([[[[....)))))..]]]]...))).)))).......))).)))))))))...((((((((((....))))...((((((....)))))).)))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..(((((.((((....)))).))))).........((((((........)))))).))))).....(((((.....(((((((((((......)))))...))))))........(((((.....((((......))))...(((((((((.....(((((((((((...........)))))))))))...........(((((((((.............(((((((....)))))))..........)))))))))..((((((......))))))......(((((..........)))))..)))))))))..)))))..((((....))))..)))))..(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.((((..((((....))))..))))))..(((((((((...((((.((((..(((((((....(((.........)))...(((((......)))))..))))))..)..)))).)))).....((((((......(((..(((((((((..(((((((((((((((((...))))..))))))))))..((((.(((.(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))).......)))))))))..((((((......)))))).........))).)))).......))).)))))))))..).)).(((........))).....)).))))..)))))).)))..)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.......((.(((((((.(((.(((....))))))(((.....)))))))))).)).....((((((((......(((((.........(((((((((((......))))...)))))))....(((..(((.....)))..)))....))))).(((((((((..(((((((((((((((((...))))..))))))))))..((((.(((.(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))).......)))))))))......(((((...........)))))..))).)))).......))).)))))))))....)))))))).......)).(((((..(((.((.....)))))..)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((........(((.((((((((((....))).((.(.((((((..(.((((((.(.....))))))))...(((((((..........(((((((((((......))))...)))))))(((.((((.(((((..(((((((......(((((.....))))).((((((((((((((((((...))))..))))))))))(((((...((((..(((....)))..))))....))))))))))).))))).(((...)))))))).)))))))...((((...........))))))))))))))))).).))....)))))))))).(((((((((((....))))...((((((....)))))).)))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((.(((((((((.(((((((.....(.((((((((((...))))..((..)).((((((((((..(((((((..)........(((((..))))).....(((...)))..))))))..)..))))))))).)))))).).(((..))).(((..........))).(((((((((...............)))))))))((...((((((((((((((((((((((...........).)))))))...............))))))))...))).)))....))((((.(((.(((((..))))..))))))))..)))))))))).)).))))....(((........))).((((.(((...))))))).))).)))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.((((..((((....))))..)))))).....((((((...(((..((((..........................((((((((((......)))))...))))).....))))..))).....((((........((...(((((((((..((((((((((((((((.....)))..))))))))))..((((.((..(((((((((..........((.(((((((....)))))))))........))))))))).......((((...........))))....)).)))).......))).)))))))))....)).......................))))..))))))......)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((.((((..((((....))))..))))))..(((((((((.((..((((((((((((......(((((.........(((((((((((......))))...)))))))....(((..(((.....)))..)))....))))).(((((((((..(((((((((((((((((...))))..))))))))))..((((.(((.(((((((((.........(((.(((((((....)))))))))).......)))))))))......(((((...........)))))..))).)))).......))).)))))))))....))))))))..............)))).))..)))))).)))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((.....((((....))))..(((.....))).))))...(((((((..............))))))).............(((((......)))))....(((....))).(((((((.(((((....)).))).((((.....))))..))))))).(((((((...........)))))))......))).(((..(((((((((((..........))).((((((....))))))..........))))))))..((((((......))))))......(((((..........)))))....(((((......)))))((((....))))....)))...((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...(((...........)))(((....)))bbbbbb.))).BBB..(((((([[[[[[..))))))........]]]]]].......BBB...(((((......)))))....(((....))).(((((((.(((((....)).))).((((.....))))..)))))))...(((((...((((((.(((((...))))).......)))))).<<<<<<<.....)))))>>>.((((((....))))))..........>>>>.((((..aaaa))))....AAAA(((((..{{{{{..)))))...}}}}}....(((((......)))))((((....))))....((((.(((((.......)))))....))))...