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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00034



RNA: TMR_00034
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((((((.(((((((.((((((..((((((.(((((((((((((((........)))).......(((((.....)))))......(((((((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))..))))..)))))...(((((((((((((......))))))))))).....))...((((((...((((((((....(((((....)))))))))))))...........))))))....))))))....)))))).....)))))))))))))....)))))))..).....))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.((((((((((((((.((((((((((((.(((...........((.....(((((.....))))).....))...(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))...))).))))))..(.((((((((((((......)))))))))))))........((((((...((((((((..(((((....)))))..))))))))...........))))))....))))))....))))))..).)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((((((((((((.((((((.............................(((.......)))...........(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))..................((((((((............))))))))...................((((((((..(((((....)))))..)))))))).....................))))))....))))))..).))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((((((.((((((..(((((((((((.(((........(((.......((((.......))))........(.(((((((.........))))))).)...((((((((((.......))))))))))..)))....))).))))))....((((((((((((......))))))))))))..........(((((...((((((((..(((........)))..))))))))...(...)...))))).....))))).....))))))....))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.((((((((((((((.((((((((((((.(((........(..((.....(((((.....))))).....)).).(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))...))).)))))).((.((((((((((((......))))))))))))))....((.((((((...((((((((..(((((....)))))..))))))))...........)))))).)).))))))....))))))..).)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.(((((((.((((((.(((((((((((((((........)))........(((((.....))))).......((((((((((.........))))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))..))))))))))....((((((((((((......)))))))))))).........((((((...((((((((..(((((....)))))..))))))))...........))))))....))))))....))))))....)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.(((((((.((((((.((((((((((((.(((..((....)).((.....(((((.....))))).....))...(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))...))).)))))).((((.((((((((((......))))))))))))))....((.((((((...((((((((..((((......))))..))))))))...........)))))).)).))))))....))))))....)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((.(((((((((((.(((((((.((((((.(((((((((((((([[........))........(((((.....)))))..........(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))...]]..))))))....((((((((((((......)))))))))))).........((((((...((((((((..((((......))))..))))))))...........))))))....))))))....))))))....))))))))))))))....{{{..)))).))}}}))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((.(((((((.(((((((.((((((.((((((((((((.(((...........((.....(((((.....))))).....))...(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))...))).)))))).((.((((((((((((......)))))))))))))).......((((((...((((((((..((((......))))..))))))))...........))))))....))))))....))))))....))))))))))))))..........))).)))..))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((((.(((((((.((((((....(((((((((((((..................(((((.....)))))......(((((((((((.........)))))))((((((((((((((..[[[[[[[))))))))).)))))..)))).]]]]]]]..)))))))))))))(((((((((((..))))..........)))))))..((((((((....((((((..))))))))))))))............((((((...))))))....))))))....))))))))))))))....((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......((..........)).........(...(...................(.((((...........)))).)(((((.(((.((((.........)))).)))..)))))...................((((((((..........))))))))...................((((((((((.(((........))).))))))))))................))..))))))....))).))))........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....((..........)).........(...(...................(.((((...........)))).)(((((.(((.((((.........)))).)))..)))))...................((((((((..........))))))))...................(((((((((..(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))).))))........)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.(((((((.((((((.((((((..(((((((........)))))))....(((((.....))))).....((((.(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))((((.((.....((.((((((((((((((......)))))))))))...........))).))..((((((((..(((((....)))))..))))))))....))))))....))))...))))))....))))))....)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.(((((((.((((((.((((((((((((.(((..................(((((.....)))))..........(((((((.........)))))))(((((((((((((((.(....))))))))))).)))))...))).)))))).((.((((((((((((......)))))))))))))).......((((((...((((((((..(((((....)))))..))))))))...........))))))....))))))....))))))....)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((((((.((((((.((((((..(((((((........)))))))....(((((.....)))))..........(((((((.........))))))).........(((((..(((((((((((......))))........)))))))...((((((((((((......))))))))))))...))))).((((((...((((((((..(((((....)))))..))))))))...........))))))....))))))....))))))....))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.((((((((((((((.((((((..(((((((........)))))))....(((((.....))))).....((((.(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))((((.((.....((.((((((((((((((......)))))))))))...........))).))..((((((((..(((((....)))))..))))))))....))))))....))))...))))))....))))))..).)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.............(((.(((((..(((((((((....(((((((((((..(((....(((........(((((.....)))))..(((.....(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))...)))......)))))))))))))))))((((((((((....)))..........)))))))...)))))))))))))))))...(((.((((((((((....)).....((((((...))))))....))))))..)).))).))))))).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.(((((((.((((((.(((((((((((((((........))))((.....(((((.....))))).....))((((((((((.........))))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))..)))).)))))....((((((((((((......)))))))))))).........((((((....(((((((..(((((....)))))..)))))))((....))....))))))....))))))....))))))....)))))))))))))).((....)))))).)))..))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..)))).((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(....(((((((((................)).))))))).(.((((((((.((........))))).(((((((((((((((.(......)))))))))).)))))).)))))).((((..))))((((((((((((..))))))))))))...))))))).(((((((..((((((((((((((......)))))))))))))).((..))..).))))))...).))))).)..))))))..).)))))))))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.(((((((.((((((.((((((.....((((........)))).......((((.......))))......(((.(((((((.........)))))))(((((((((((((((.......)))))))))).)))))...))).............((((((((((......))))))))))...........((((((...((((((((..(((((....)))))..))))))))...........))))))....))))))....))))))....)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((((((((((.(((((((.((((((.((((((((((((.(((...........((.....(((((.....))))).....))...(((((((.........)))))))((((((((((((((.........))))))))).)))))...))).))))))....((((((((((((......)))))))))))).........((((((...((((((((..((..(....)..))..))))))))...........))))))....))))))....))))))....)))))))))))))).........)))).)))..))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.....)))).((((((.......)))))).(((((((....(((((((........)))))))....(((((.....)))))..)).))))).((((((.........)))))).(((((((((((((((.......)))))))))).(((((...........))))).((((((((((((......)))))))))))).........((((.........))))..(((.(((....)))......((((....))))....(((((.....)))))..)))...))))).(((...((((....)))).(((.......)))))).)))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.....)))).(((((((.<<<.)))))))...........((((((((........))))>>>....(((((.....))))).))))((((.(((((((.........)))))))(((..((((((((((...cccc)))))))))).(((((...........))))).((((((((((((..[[[[))))))))))))..........]]]]...CCCC..aaa))))...AAA.bbb)))..BBB.(((.....)))....(((((.....)))))......(((((...{{{...((((....)))).{{{)))))..}}}}}}..))))....