CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00035



RNA: TMR_00035
Rfam family: tmRNA

GGGGAUGAUCGGUUUCGACGAUGUUAGUCGCGACAGGUGAAGCGGGCCGAGGAUGCAGAAUUAUCUCGUAAACGCUGUCUGCAAAACAAUAAGUGCCAAACAAACGCGCACUGACUUCGCUCUCGCUGCCUAAGCAGUAAGACAGUCCGUCAGCCCGGGAUUGCUAUCGUCCCGGUUCCUGGCGUCAUUAAGAUAGCCACUGCUGUUUACCUUCGUCAUUGGGGUGAACGGGACUCUUAGAUGACUGGGCCCGGAUCAGCUACUUGUUUGCAGGAUAGCUGGGGCCGAGAAAAUCCGACGCAAACUGCGCCCGGAGAAGCCCUGACAACACGACAUCGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCAUCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((...........(((((((......(.((((.....((((((((((.aaaaaa....))))).........AAAAAA.............................((((....(((.(((((....))))).))).))))((((((.(((((((.<<<<<<)))))))...)))))).......>>>>>>.....(((((((((([.[[[[[[.))))))))))........]]]]]].](((.............(.{{{{{{...)..)))...................}}}}}}...))))).......)))).).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((....)))(((((((....((((.((((((.(((((((((((.((((((..................))))))........(((((...........)))))..)))))...(((((((....)))))..))..))))))(((((((((((.......)))))))....(((((((.....))).))))..)))).))))))))))..(((((((...((((.......(((..((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))...)))...((((...)))))))).....)))))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((.((...(.(((((....(((((..((..(((.(.(((.(((((.....((((((((((.(((((...((((...........))))((((.....(((.(((((....))))).)))......))))..(((((((.......))))))).(((.(((((((((((((.........(((((((((((.......)))))))))))...)))).))))))...))).)))........)))))))).)))))))......))))).))).)...)))..))..))))).....).)))).)...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((.(......((((.....(((((......((((((..................))))))........(((((...........)))))((((......(.(((((....))))).)...))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))..................(((((((((((.......)))))))))))................(((((....((((((((((....)))).)))))))))))......................))))).......))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((............((....((((((......((((....((((.......(((((((...........(((((...........)))))............(((((....))))).))))))).((((((.(((((((.......)))))))...))))))......)))).....))))((((((((((.......)))))))))).................)))))).....)).....((...((((....(((((((...(.........).......)).)))))......))))...))...))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(..(((((((.((...(.(((((....(((((..((..(((.(.(((.(((((....(((((((((((.(((((..(((((...........)))(((((..(..(((.(((((....))))).)))..)...))))).(((((((.......))))))).(((.(((((((((((((...(....)(((((((((((.......)))))))))))...)))).))))))...))).)))....))..)))))))).))))))).)....))))).))).)...)))..))..))))).....).)))).)...))))))))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.....[[[[)))....]]]]...........(((((((((((...........)))))....[[[[)))))).........]]]]..........(((....[[[[.)))(((..((((....))))..))).]]]].(((((.(((((((.......)))))))...)))))((((((.............(((((((((((.......)))))))))))..[[[...))))))..(((((....((((((((((....)))).)))))))))))]]]....(((((((((...))))...[[[[[..................))))).(((((........))))).]]]]]....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(((.((((((((((.((((...((((...((((.(((......)))))))....)))).))))...........((.....))...)))).)))))).))).(((.(((((....))))).))).....((((((.(((((((.......)))))))...))))))(((((((((.........((((((((((.((....))))))))))))...)))).)))))((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))....((((.((((...))))..))))))))))((((..........))))..(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.........(((.......(((.............................................(((((...........))))).........((.(((((....))))).))......((((((.(((((((.......)))))))...))))))..................(((((((((((.......)))))))))))................(((((....((((((((((....)))).))))))))))).......[[[..(((.....))))))]]]......)))........))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(((.((((((((((.((((...((((...((((.(((......)))))))....)))).))))...........((.....))...)))).)))))).))).(((.(((((....))))).))).....((((((.(((((((.......)))))))...)))))).((...(((.........((((((((((.(......)))))))))))...)))....)).((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))....((((.((((...))))..))))))))))((((..........))))..(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..))))(((((((.((((.............(((((((((.((((((.......(((..)))...))))))........(((((...........)))))..))))).(((((((((....)))))....(((((((((((.(((((((.[[[[[[)))))))...)))))).......]]]]]].....(((((((((((.......)))))))))))...........)))))(((((....(((((((((((..))))).)))))))))))))))...((((.((((...))))..))))...)))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((..................)))))........(...(...........................((.((((....)))).)).......((((((.(((((((.......)))))))...))))))....................((((((((.........))))))))..................((((((((((....(((........))).))))))))))..................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(...(...........................((.((((....)))).)).......((((((.(((((((.......)))))))...))))))....................((((((((.........))))))))..................(((((((((.....(((........)))..)))))))))..................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((....((((.((((((.(((((((((((.((((((.......((....))...))))))........(((((...........)))))..))))).(((..((((....))))..)))..))))))(((((((((((.......)))))))....(((((((.....))).))))..)))).))))))))))..(((((((...((((.......(((..((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))...)))...(((.....))))))).....)))))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(((.((((((((((.((((...((((...((((.(((......)))))))....)))).)))).......................)))).)))))).))).(((.(((((....))))).))).....((((((.(((((((.(....))))))))...)))))).((((((((.........((((((((((.((....))))))))))))...))))).)))....(((((....((((((((((....)))).))))))))))).......((((.((((...))))..))))))))))((((..........))))..(((((......))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((....((((.(((((((((((..(((((...........))))).....(((((((...........(((((...........)))))............(((((....))))).........((((((.(((((((.......)))))))...))))))......)))))))..)))))..))))))))))..(((((((...((((...(((((....)))))))))..(((((((((((....)))).)))))))...........((((.((((...))))..))))...)))))))......)))))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((....((((.((((((.(((((((((((.((((((.......((....))...))))))........((((((........).)))))..))))).(((..((((....))))..)))..))))))(((((((((((.......)))))))....(((((((.....))).))))..)))).))))))))))..(..((((...((((.......(((..((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))...)))...(((.....))))))).....))))..)......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...((((((....(((((((.(((((.((...(((...(((((((((((.((((((.......((....))...))))))........(((((...........)))))..))))).(((..((((....))))..)))..))))))..))))).))))).)))))))))))))......(((....(((((((....)))))))......((..(((((((...((((.......(((..((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))...)))...(((.....))))))).....)))))))..))..))).)).((.(((((........))))).)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((....((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((.......((....))...))))))........((((((........).)))))..))))).(((..((((....))))..)))..))))))(((((((((((.......)))))))....(((((((.....))).))))..)))))))))))))))....(((((...((((....(..(((..((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))...)))..)(((.....))))))).....))))))))))))))).)))))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((((((...)))))...(((((((.(((((..((.......)).(((.(((((((((.((((((((((((......)))).(((((((((((((.(((((..(((((((((((((..)))))))))))))...))))).(((((((.......))))))).(((.((.((((((((((....((((.((................))))))(.(...))))))).)))))....)).))).)))).)))))))))))))).))).)))).))))).)))))).))))).)))....(((..)))..)..))))).)))))))(((.(((((........))))).))))).)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((....((((.((((((...................................................((((((........).)))))........(((..((((....))))..)))......(((((.(((((((.......)))))))...))))).......................))))))))))..(..((((...((((.......(((..((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))...)))...((((...)))))))).....))))..)......)))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((....((((.((((((.(((((((((((.((((((.......((....))...))))))........(((((...........)))))..))))).(((..((((....))))..)))..))))))(((((((((((.......)))))))....(((((((.....))).))))..)))).))))))))))..(..((((...((((.......(((..((.(((((....((((((((((....)))).))))))))))).))...)))...(((.....))))))).....))))..)......)))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.......)))).....((((.....)))).((((((.((((.((((((..................))))))........(((((...........)))))..))))......(((((....)))))......))))))....(((((((.......)))))))....((((............))))...((((((((((.........))))))))))...((((((....)))(((((....((((((((((....)))).))))))))))).)))...((((..............))))......((((..........))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..((((.......)))).......(((((((((..<<<<<..((((..{{{{{{.....))))...)).)))}}}}}}........(((((...........)))))....>>>>>...(((((....))))).....[[[[[..(((((((((((.......)))))))....((((............))))..)))).[[[[[[)))).....]]]]]]...]]]]]..(((....)))(((((....((((((((((....)))).))))))))))).......)))..(((.....)))...(((((....((((..........))))..(((((........))))).)))))....