RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00036

RNA: TMR_00036
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........(((.(((((((....((((((((((((((((.((((((.....(((.((((((((..(((((...)))))..............(((((..(((((..((...(((...((((((.....))))))..)))...))...)))))...)))))(((((((.........(((((((((......)))))))))......((((((((.......)))))))))))))))....)))..)))))))).(((((((((((.((((((......)))))).)).....))))).((((((((((((.............)))))))))))).......))))...))))))))))))....))))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.....((((((((((.((((...........................((((.....)))).............((((((..(((((.......(((...((((((.....))))))..)))........)))))...))))))...............(((((((((......)))))))))(((...((((((((.......))))))))...))...........)....................((((((......))))))..............((((((((((((.............)))))))))))).....................)))).....)))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((...((((................................................................................(((((.....))))).............................................(((((..........)))))........(((((((.........)))))))...............................................................................................................................)))).......))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.....)))))........((((((((((.(((((((((......))))............(((.......)))(((((.........(((((..(((((.......(((...((((((.....))))))..)))........)))))...)))))))))).(..........((((((((((......((((((((((...(((((((.........)))))))...))...........))))))))....((((........)))).)))))))))).........)....((((((((((((.............))))))))))))....................))))).....))))))))))...(((......)))(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((.((((((((.(..((((((((((((((((..(((((.(.................(((((...))))).............((((((..((((((.((...(((...((((((.....))))))..)))...)).).)))))...))))))...............(((((((((......)))))))))(((...((((((((.......))))))))...))...........)................((..((((((......))))))...)).........((((((((((((.............))))))))))))).))))).............))))))....))))))))))...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((......((((((((....((((((((((((((((..(((((.(((((.............(((((...)))))......(((((((((((....(((((.......(((...((((((.....))))))..)))........))))).......((((((((.........(((((((((......)))))))))......((((((((.......))))))))))))))))....(((((((..((((......((((..((((((......))))))...)))).....))))))))))).......)))))))))))......))))).))))).............))))))....))))))))))....)))))))).....((((...))))))).)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........(((.(((((((....(((((((((((((((.......)))))..((....)).((..(((((...))))).))...........(((((..(((((..((...(((...((((((.....))))))..)))...))...)))))...))))).((((((.......(((((((((((......)))))))))...)).((((((((.......))))))))))))))............((((((((((.(((((((.((((((......))))))..............((((((((((((.............))))))))))))...........)))))))))))).))))).))))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((.((((((((....(((((((((((({{{....{{....))...............((((.....))))........(((((((((((..(((((..((...(((...((((((.....))))))..)))...))...)))))...)))))....(((.........(((((((((......))))))))).[[...((((((((.......)))))))))))]].......................(((......<<<<))).......>>>>..............aaaaaaaaaaaa.......))))))AAAAAAAAAAAA....}}...............}}}......))))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((.((((((((....(((((((((((((((.......)))))...........((..(((((...))))).))...........(((((..(((((.......(((...((((((.....))))))..)))........)))))...)))))(((((((.......(((((((((((......)))))))))...)).((((((((.......)))))))))))))))...........((((((((((.(((((((.((((((......))))))..............((((((((((((.............))))))))))))...........)))))))))))).))))).))))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((..(((((.(((((.............(((((...)))))......(((((((((((....................(((((((((((((((.((((((((....................((((((((.........(((((((((......)))))))))......((((((((.......))))))))))))))))...)))))))).........)))))))))((((((......))))))............))))))............)))))))))))......))))).))))).............))))))....))))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((lll(((((((((..kkkkkkkkkk(nnnnnn.))))))))((((((jjjjjj(...eee((((((cc.)))))ddd..d(.<<<<<<<<<))))....aaa...aaaa)>>>>>>((((((((((.mmmmmmm...)KKKKKKKKKK....hhh((((((((..[[[(.ggggggggggggg)).ii.iii(bbbbbbb..(((((((({{{{{{{))))))))))))))))I>..}}}}}}}.NNNNNNI>I))))))))).))))ffGGGGGGGGGGCC))))))FFHHH.((((((((((((AAAA>DDDDEEEJ))))))))))))...........MMMMMMM)IIL.((((((((.AAA.)]]]..GGG.))))))))..BBBBBBBJJ.JJJ.LL)))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(...............).............(...(...................................................................................................((.((((......)))).)).......(((.((((.........)))).)))....................(((((((.................))))))).................((((((((((..(((........))).))))))))))................))..)))))).....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(...............)............((...(...................................................................................................((.((((......)))).)).......(((.((((.........)))).)))....................(((((((.................))))))).................((((((((((..(((........))).))))))))))................)))))))))).....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((.((((((((....((((((((((((((((.((((((.....(((((((..(((..(((((...)))))..............(((((..(((((..((...(((...((((((.....))))))..)))...))...)))))...)))))(((((((.......(((((((((((......)))))))))...)).((((((((.......)))))))))))))))....)))...))))))).((((..((((..((((((......))))))...)))).......((((((((((((.............)))))))))))).......))))...))))))))))))....))))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((.((((((((.(..(((((((((((((((.......)))))...............(((((...)))))..............(((((..((((((......(((...((((((.....))))))..)))......).)))))...)))))(((((((.........(((((((((......)))))))))......((((((((.......)))))))))))))))..........(((((((((((..((((((.((((((......))))))..............((((((((((((.............))))))))))))...........)))))).))))).))))))))))))))))...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........(((.(((((((....((((((((((((((((.((((((.....(((((((..(((..(((((...))))).............((((((..(((((..((...(((...((((((.....))))))..)))...))...)))))...))))))((((((.......(((((((((((......)))))))))...)).((((((((.......)))))))))))))).....)))...))))))).((((..((((..((((((......))))))...)))).......((((((((((((.............)))))))))))).......))))...))))))))))))....))))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((.((((((((....((((((((((((((((.((((((.((((.((....)).((..(((((...))))).))..............))))............(((...((((((.....))))))..)))......(((((((.......((((((((.......(((((((((((......)))))))))...)).((((((((.......))))))))))))))))...(((....((((((....((((........)))).....))))))..............((((((((((((.............))))))))))))...)))))))))).))))))))))))....))))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..(((((..)).)))(((..(((.((...((((.......))))....)).)))..))).(((((...)))))......((((((((((.....((((((((((((.(..).(.(((((((((.(..(((((.((((.....)))))))))))))))))..)).)......)))))(((((....)))))...(..((((((((((((.........))))))))))))((((((...))))))..))))))).)((((.((((......).)))))))...(((((...(((.......)))..))))))))))))))).....(((((((((.(((..(.(((.(((.(((.......))).))).))).)))).))))))).))((((...)))))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((.((((((((....(((((((((((((((...(((((.(((((.............(((((...)))))........(((((((((................(((...((((((.....))))))..)))....................((((((((.......(((((((((((......)))))))))...)).((((((((.......))))))))))))))))........................(((..((((((......))))))...)))........................)))))))))........))))).)))))..............)))))....))))))))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((.(((..(((....((((((((((((((((.((((((.....(((((((..(((..(((((...)))))..............(((((..(((((..((...(((...((((((.....))))))..)))...))...)))))...)))))(((((((.......(((((((((((......)))))))))...)).((((((((.......)))))))))))))))....)))...))))))).((((..((((..((((((......))))))...)))).......((((((((((((.............)))))))))))).......))))...))))))))))))....))))))))))....)))..))))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.....))).(((.......)))......(((((.......)))))......)))))))..((((.....)))).................(((((.((((.......))))..(((((.....))))).(((.....)))...)))))....(((.............))).((((((((......)))))))).......((((((((.......))))))))....(((....((((.....))))....((((........)))).)))..((((.............((((.(((....))).((((..(((((..((.....)).))))).)))).....))))..(((((.....))))).(((.....))).))))..(((((.......)))))...........

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