RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00038

RNA: TMR_00038
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....((((..((((.((((((((((.[[[[...))))).........]]]].................................(((((((........)))))))((((((((((((...<<<<<<.)))))(((((.(((((....))))))))))))))))).......>>>>>>...((.(.((((((.aaaaaaaaa.))))))).))........AAAAAAAAA(((......(((((.{{{{{{{))))..).....)))............}}}}}}}...)))))....)))).))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((((((((((((.((.....))))))))..((((((((....(((((........)))))..........(((....)))..............(((((...))))).(((((........))))).))))))))..((..(((((((((((((((((((.(((((....))))))))))..(((((...(((((........((..(((((((((((...))))))))))).)).....)))))......)))))....)))))).(((....))).....))))))))....))...))))))))))......((.(((((((((((((.....))))))))(((((......)))))..))))).)).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................((....(((((........)))))........................((....))...........)).(((((((........)))))))((((((.(((((..........)))))(((((...............))))).)))))).........................................................................................................................................................................................
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Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....((((..(((.(((((((((((........)))))..............................................(((((((........)))))))((((((.....(..........)......((((..............))))..)))))).................(((((((((.............))))))))).................(((((((((..(((........)))...)))))))))......................))))))....))).))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((.((.....)))))))).(((((((((....(((((........))))).....................((((((.........))))))........(((((.......)))))))))))))).....(((((((((((((((((((.(((((....)))))))))).......((((.....(((....((..(((((((((((...))))))))))).))..............)))....)))))))))))................))))))).........))))))))))......((.((((((((((((.......)))))))(((((.......))))).))))).))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((.......(((..(....((((.(((((........)))))........................((....))................(((((........)))))(.((((((.(((((..........)))))(.......................).)))))).)........................(((.......)))...........................((..((....(((........))).....))..))........................)))).......).)))......))))))....(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....((((..((((.(((((......((((.................))))...........((((..................(((((((........)))))))((((((.(((((..........)))))(((((.(((((....)))))))))).))))))................((..((((((((.........)))))))).))....)))..)........(((....((((........))))......))).((((...........))))......)))))....)))).))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((.((.....)))))))).(((((((((....(((((........))))).....................((((((.........))))))........(((((.......))))))))))))))..(..(((((((((((((((((((.(((((....))))))))))).....((((((....(((.(((((..(((((((((((...))))))))))).)).........)))..)))...))))))))))))................)))))))....)....))))))))))......((.(((((((((((((.....))))))))(((((.......))))).))))).))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(....(((.((((.(((((((((((........)))))...............................................((((.(........).)))).((((((.((((((........))))))((.....(((......)))....)).))))))................((..(((((((((((...))))))))))).)).................((((((((...(((.........)))...))))))))......................))))))....)))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((..........)))))).(((((((((....(((((.[[[[...))))).........]]]]...............(((...[[[[)))..]]]]...(((((.......)))))))))))))).....(((((((((((((((((((.(((((....))))))))))..(((((...(((((............(((((((((((...)))))))))))........)))))......)))))....)))))).(((....))).....)))))))).........))))))))))..(((....[[[[[((((.....)))).)))....(((((........)))))]]]]].....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((..((((((.((.....)))))))).(((((((((.(((.((((........)))))))..(((.....)))...............(((.(((((...))))))))(((((.......)))))))))))))).))..)))))).((((((((((((.(((((....)))))))))).((((.(((.((((((((...(((((.((..((((((.(((.((((((((((((((...(((..((((....((((.....)))).)))).))))))))...))))).......)))).))).))))))..)).))).))....)))))))).)))))))....(((((......)))))))))).))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((.((.....)))))))).(((((((((....(((((........)))))......................(((.....[[[.[[[[)))..]]]]]]](((((.......)))))))))))))).....(((((((((((((((((((.(((((....))))))))))...........................(((((((((((...)))))))))))............................))))))................)))))))).........)))))))))).........(((((((((((.........))))))(((((.......)).)))))))).....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.................((((.....((((.(((.((((((((((((.....).)))))......................((((....)))).............((((((.(....).))))))(((((((..(((((((....))))))).((((.....((....))....)))).)))))))..............(((..(((((((((((...))))))))))).))....)............((((((((..((((........))))..).)))))))......................))))))....))))))))....)))........(((((.......))))))))))))....
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.((((((.((.....)))))))).(((((((((.((.(((((........)))))))...((.....))................(((.(((((...))))))))(((((.......)))))))))))))).((..(((((((((((((((((((.(((((....)))))))))).......................((..((((((((((.....)))))))))).)).....................................))))))....))))))))....))....))))))))).........(((((.(((((((.....))))))).(((((......)))))..))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((..........)))))).(((((((((....(((((........)))))....((((..))))....................(((((...)))))((((((........))))))))))))))).....((((((((((((((((((.((((((....))))))))))......((((((...........(((((((((((((((...))))))))))..................))))).))))))((((..)))).))))))....)))))))).........)))))))))).........(((((((((((((.....))))))))(((((.......))))).))))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....((((.((((((((((((((((........))))).................................(((.....)))..((((((..........))))))((((((.(((((((....))..)))))..(((.(((((....))))))))...))))))................((..(((((((((((...))))))))))).)).................(((.......)))..(((((((((((........))))...........)))))))...))))))...)))))))))....))))))))...(((((......))))).)))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..((((......(((.((((.(((((.(((((........)))))....................................................................((((((.((((((........)))))).(((.................)))..))))))....((((.............((((((.(.....)...))))))..............))))...(((((((....(((.(.....)))).....))))))).......................)))))....))))))).....))))..))....((((.......)))).)))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((......(((((...............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((..(((............)))...........................))))))..................((((((((.............))))))))..................((((((((((.(((........)))..))))))))))..................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........((..((((((((.....((((..(((.((((((.((((.((((.................))))...........(((....).)).......)...((((((..........))))))((((((......(.......).......(((((..............))))).))))))....(((..........(((((((((..((....)..).)))))))))...........))))))(((((((((..(((........)))...)))))))))......................))))))....))).))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(....................((.((((........)))).))((((((..(((............)))...........................))))))..................((((((((.............))))))))..................(((((((((..(((........)))...)))))))))..................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........((..((((((((.....((((..(((.((((((.((((.((((.................))))...........(((....).)).......)...((((((..........))))))((((((......(.......).......(((((..............))))).))))))....(((..........(((((((((..((....)..).)))))))))...........))))))(((((((((..(((........)))...)))))))))......................))))))....))).))))....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((.((.....)))))))).(((((((((.((.(((((........)))))))..(((.....)))...............(((.(((((...))))))))(((((.......)))))))))))))).....(((((((((((((((((((.(((((....)))))))))).........((((.....)))).....((((((((((([[[)))))))))))..............]]].......................))))))....)))))))).........)))))))))).........(((((((((((((.....))))))))((((((...).)))))..))))).....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((.((.....)))))))).(((((((((....(((((........)))))..........(((....)))..............(((((...))))).(((((........))))).))))))))).((..(((((((((((((((((((.(((((....))))))))))..(((((...(((((........((..(((((((((((...))))))))))).)).....)))))......)))))....)))))).(((....))).....))))))))....))...))))))))....((.((((.((((.((....)).)))))))).))..(((......)))))).((.....)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((.....)))))))).(((((((((....(((((........)))))..........(((....)))......((...((.(((((...)))))))((((........))))))))))))))).((..((((((((((((((((((.((((((....))))))))))..(((((...(((((.(.....)((..(((((((((((...))))))))))).)).....)))))......)))))....)))))).(((....))).....))))))))....))...)))))))))).........(((((((((((((.....))))))))(((((........))))))))))..)).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(.((.............))((((.(((((.((((((.(((((..))).)(((((((((((....)).......(((((((........).))))).)....(((((........)))))((((((((((((((((....)))..))))(((((.((((((..)))))))))))))))))))))))))).))).((((((((((((((((((...)))))))))))((((.((...))))))..)))).))).(((((((((((((.(((((........)))).).)).).)))))))))).)))))))...).))))))))..)))))..((..))((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(......((((((((.....((((.(..................................((...(.(..............................................................................................(.((...............................................(((.......................)))..(.(((..((((..(((........)))...))))..)))...)..................)).).)....))))))))....))))))))..)(((((.......))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((.((.....)))))))).(((((((((....(((((........)))))..............................(((.((((.....))))))).................))))))))).((..((((((((((((..((((..(((((....))))).)))).......................((..(((((((((((...))))))))))).))...........................)))).((......)).....))))))))....))...)))))))))).........(((((((((((((.....))))))))..................))))).....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....((((.((((((((((((((((........))))).....((....)).....................(((((...))))).(((((........)))))((((((((.(((((..........)))))(((((.(((((....)))))))))).))))))))..............((..((((((((((.....)))))))))).))........((....)).(((..((((.((((........))))..))))..)))..........(((.....))).))))))...)))))))))....))))))))...(((((......))))).)))))))....
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.((((((.((.....)))))))).(((((((((....(((((........)))))..................................((((.....)))).(((((........))))).))))))))).((((((((....)))).((((((((.(((....)))))))))))....)))).(((.....)))......((((((((((.....))))))))))......))))........((((...((((.((((........))))..))))..((((...........)))).(((..........))).((((.....))))..))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.<<<<<.))))).....>>>>>((((....(((.....)))..(((((...aaaaa)))))...(((.....((((......((((.........dddd)))).DDDD..[[[......)))).(((]]]..))).(((((..........)))))..))).(((((....))))){{{.{{{{.......(((.....)))))))..}}}}}}}..((((((.AAAAA..))))))...((((.((.......bbbbb..bbb.))))))...BBB....BBBBB.(((.............(((((((..........))).((((((((.....))))))))ccccc..)))).CCCCC..)))......

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