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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00042



RNA: TMR_00042
Rfam family: tmRNA

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Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................(((((((((((((((...................................................................................................(((((((((((................)))))))))))................................................................(((((((...........................)))))))...))))))...))))))))).................................)))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((......((((((((((((((((((((.......)))))...............................................(.(((......)))).....((((((((((((((.......)))).))))..))))))..............((...(((((((((.........)))))))))...)).................(((....((((......))))....)))...........................)))))))...)))))))).....))))))))...............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((((.............((((((((.((((((((.......))))..............(((.......)))............(((.((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).........(((((((.......)))))))................)))..........)))).))))))))....))))))))....))).....................((((((.........................))))))........(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.((((((((((((((((((((.......))))).............(((.......)))....................((..(........).))....((((((((((((((.......)))).))))..))))))...............................(((((.....................)))))..((..(((....(((((....)))))....)))...))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(.((((((((..(((((...((((.....))))..............(((.......)))...........(((((((((...((..(............((.....))((((....(((((......(((.......))).......))))).......))))......)..)).....)))))))))..............(((((((....(((........)))....))))).))......................))))).....)))))))).)...))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((.(((..((((((((...((((()))))((((((((.((((((((.......))))((....))......(((.......)))...........(((((((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((.((...(((((((.......))))))).)).)))........))))).........)))).))))))))....))))))))....))).)).)))..............((((((.((((....))))............)))))).....((((((((.......))))).))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.............((((((((..(((.((((((((.(((((((((((.......))))).............(((.......))).....................(.(((......)))).....((((((((((((((.......)))).))))..))))))..............((...(((.(((((.(.....).))))).)))...)).............(((((((....(((((....)))))....))).))))......................))))))....))))))))..)))))))))))....((((.......))))..))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((...................(((((((((((((((.....)))).)))))......[[[[[))))))...]]]]]................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.[[[[[[)))).))))..)))))).........]]]]]].....(((.[[[[.)))(((........)))....]]]].....(((.............[[[[)))...]]]]....)))))))(((...[[[......))).((((....)))).]]].......((((.....))))..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((((..((((((..((((((..((((((((((.....)))).)))).............(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).))..))))))))))))..(((.((((.((.(((((.....................)))))..)))))))))...))))))))....(((((((..(((((....(((..((...(((......)))))..))).....)).)))..)))))))..(((((.......))))))))))))....
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((..((((((((((((((((((.((..((((...))))..((((.........((((.....)))).............((((((((((.((......))..((....(((((((((((((.......)))).))))..)))))..((((...))))..).)...((.(((((((....).))))).))).............((.....))..(((..((((((....))))))..)))....))).))))))).....))))...))))))))...)))))))).)))))))))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((((..((((((..((((((...(((((((((.....))))).))).............(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).)...))))))))))))..((..((((.((.(((((.....................)))))..)))))).))...))))))))....(((((((..(((((....(((...........(((....)))..))).....)).)))..)))))))..(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((((((............((((((((((((((((((((.[[[[[[[((((..)))).....(((.......)))...............(((((((.(((......))))))))))....))))))......(((..)))..........))))).......(((((((.......))))))).(((((.....................)))))..)))))))))...)))))))).]]]]]]].(((((((((..........((((((.((((....))))............)))))).......)))))))))...)))...)))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((..(((((((..((((((((..(((.((((((((((((((((((((.......))))).............(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))...........(..((...((...((((.........))))...))...))..)..........(((((((....((((......))))....))))).))......................)))))))...))))))))..))))))))))).....))))))))))))).............
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((...........))))).........(...(.....................((..(((......))).))...((((((.(((((((.......)))).)))...)))))).....................((((((((.......))))))))....................((((((((...(((........)))...)))))).))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((...((..(((((((..(((((.......((...............))..............(((.....................(.(((......)))).....(((((((((((((.........))).))))..)))))).................(.(((((((((.........)))))))))....)........................))).((((..(.((..........))..............)))))...))))).....)))))))...)).))))))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((((...(((....)))((((((((.((((...((..(((((...(((...((......(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).........)).)))...))))).((((.(((((....)))...))....))))..)).)))).))))))))....))))))))....)))..(((..((((.....((((.((((((.((((....))))..((......))))))))..)))).))))..))).........)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((((..((((((..((((((....((((((((.....))))).))).............(((.......)))...........[[[[[((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.(....))))).))))..)))))).....))))))))))))..(((.((((.((.(((((.........]]]]].......)))))..)))))))))...))))))))....(((((((..(((((....(((..........((((....)))).))).....)).)))..)))))))..(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((..................(((((((((.((((..((((.....))))........(((((.........)))))...........(((((((((.....((((...........(((((((((((((((.......)))).))))..)))))))........(((((((.......)))))))....))))...))))))))).........)))).)))))))))..(((((....)))))....))))))).......((((.((((((....((((............)))).))))))..))))..(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................((((((((((((((((((((.......))))).............(((.......))).......................(((......))).....(((((((....((((.......)))).......))))))).............(((.......((((.........)))).....................))).(((((....(((((....)))))....))))).........................))))))...)))))))))............................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((......((((((((.(((((((((((.......))))).......................(((...............((....(.(((......)))).....((((((.(((((((.......)))).)))...)))))).........))........(((..((((.........))))..))).............................))).((((..(.............................)))))...))))))....)))))))).....))))))))...............................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((((...(((....)))((((((((.((((...((..(((((...(((...((......(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).........)).)))...))))).((((.(((((....)))...))....))))..)).)))).))))))))....))))))))....)))..(((..((((.....((((.((((((.((((....))))..((......))))))))..)))).))))..))).........)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........(((..((((((((....((....)).((((((((.((((...((..(((((...(((...((......(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).........)).)))...))))).((((.(((((....)))...))....))))..)).)))).))))))))....))))))))....)))..(((..((((.....((((.((((((.((((....))))..((......))))))))..)))).))))..))).................)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((((((....))....(((((((((.((((...((..(((((...(((...((......(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).........)).)))...))))).((((.(((((....)))...))....))))..)).)))).)))))))))...))))))))....)))..(((..((((.....((((.((((((.((((....))))..((......))))))))..)))).))))..))).........)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(..)..((..))((.(((.((.(((((((((((..((((.((.(....((((........).)))...)))....((((.(((..)).)))))....((((((.(((......)))))))))...(((((((((...........)).))))..))))))))))))))))))))))).)).(..(((((((.(((........).)))))))))..)(((.((..((...))..)).))).((..))..(((((((...((((.(........).))).)....))))))).((((..)))).(...........).((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((((.((((((((...(..((((((((.((((((.((.......................................................))........................(((((.((((((((.......)))).))))...)))))..............((...(........................)....))............................((((...(..(.........)...............)))))...))))))....))))))))...).))))))))....))))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((((....(......).((((((((.((((.............................(((.......)))................((((((.(((......)))))))))......((((((((.......)))).)))).................(((((((.......))))))).............................)))).))))))))....))))))))....)))..(((..((((.....((((.((((((.((((....))))..((......))))))))..)))).))))..))).........)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((..(((.((((((((((((((((((((.......))))).............(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))..........((..((...((...((((.........))))...))...))..)).........(((((((....(((((....)))))....))))).))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..((((((((..((((((..((((((...(((((((((.....)))).)))))............(((.......)))................((((((.(((......)))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).....))))))))))))..(((.((((.((.(((((.....................)))))..)))))))))...))))))))....)))..(((..((((.....((((.((((((.((((....))))..((......))))))))..)))).))))..))).........)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((......))..))))).((((.......)))).((((.......)))).....)))))).((((......(((..........))).(((.((((((..((......)).))))))..(((((...((((.......))))..((((.....)))).......(((((((.......))))))).....)))))..))).....((((..((((.........))))..(((((....)))))......))))....................((((....))))..)))).....((((.....))))..(((((.......)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((((.......)).)))...[[[[[[(((((((((.....)))).)))))...))))))..]]]]]]..((((..........))))...(((((((..((......)).))))))).(((((((((((.((....))))).)))).......((((......(((((((<<<....)))))))....)))).....))))...((((..((((..{{{{{..))))..(((((....)))))......))))......}}}}}.....(((.((((....))))...........((((.....)))).)))(((..>>>..))).....))).....