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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00046



RNA: TMR_00046
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..............(((((((((..((((((((((((((((((.....((((.((((((((....(.(((..((((.....)))).(((.............((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))....)))..))).).)))).((((((((((......).)))))))))............))))..(((((((...(((((......)))))...)))).)))................))))..)))))))...)))))))).))))))))))))((((((((.......)))).))))))).).)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................((..(((((....)))))..((......)).....(((.......)))..................(((.....(((....)).)))).(..(((((.((((((.......)))))).)...)))))..........(..(.....................)..)..........................))(((((....(((((....)))))....))).))......................................................(((((((((.......))))).))))......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..((((((((((((((((((.....((((....(((((...........((((.....))))...............((((((..((((.....((((....((((((((((((((((.......)))))).(((.....((((.......))))....)))..((((((.........)))))))))).)))))).....))))))))((((...((((((....))))))...)))).)))))).))))).......))))..))))))))...))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................(((((((((..........................................................................................................(((((.........................)))))..................((((((...................)))))).................(((((((...........................)))))))............))))))))).................................)))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((((((.(((((((((((......)))))...................................................(.......).......((((((((((.((((.......)))).)))).))))))....................(((.(((((.........))))).)))..................(((((((....(((((....)))))....))))).))......................))))))....)))))))).....))))))))....................)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..(((((((((((((((((((((....)))...................((((.....))))..................(((.(((((.....))))))))((((((.((.((((((.......)))))).))..))))))...................(((((((((.(.....).)))))))))..................(((((((...((((((....))))))...)))).)))......................))))))...))))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((.(((((((((((((((.(((........)))..............(((.......))).................((((...(.........)..))))(((((..(.((((((.......)))))).)...)))))..........................(((.........)))........................(((..((....(((........)))....))...)))......................)))))))...))))))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((((.((((((((((......))))).............(((.......)))...................(((......(....((((((.((((((.((.((((((.......)))))).))..))))))....)))))).)......((.(((((((.........)))))))))..))).........(((((...(((...((((........))))...))))))))......................)))))....)))))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..(((((((((..(((((((((((((((((((((((......)))))(............((((.....))))..((..........))..(((.(((((.....))))))))((((((.((.((((((.......)))))).))..))))))................(..(((((((((.(.....).)))))))))..)...........((((...((((...((((((....))))))...)))))))).....)................))))))...))))))))).)))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((.((((((((.(((((((((((......))))).............(((.......)))........................(.(.....).)......(((((.(((((((((.......))))))))..))))))..............((...((....((((.........))))...))...)).............(((((((....(((((....)))))....))))).))......................))))))....))))))))..)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((...((((((........))))))..(((((((((((((((....)))).)))))...))))))...((((.....))))....)))))........((((.(((((.....)))))))))(((((....((((((..[[[[[)))))).....))))).........]]]]]......(((((((((...[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((((...((((((....))))))...)))).)))....((((........[[[[[[[[[))))..]]]]]]...]]]........((((.[[[[[))))...]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.((((((........)))))))).((((((((((((((....)))).))))))...))))....((((.....)))).................((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..))))).........((((((.....(((((((((.........))))))))).(((((.((((..(((..(((((((...((((((....))))))...)))).))).................((((((((......))))).)))))))))))))))((((....))))...)))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((((((([[((((....))))...)))...))))))...((((.....)))).................((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))....................(((((((((.........)))))))))..................(((((((...((((((....))))))...)))).)))...................((((]]........)))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((..(((.(((((((((((((((.(.((......))..(((((.........((((.....))))................(((((.(((((.....)))))))...(((((((.((((((.(....))))))).)).)))))..(((.....))).......((..((((((((.....)))))))).))..................(((((((...((((((....))))))...)))).)))......)))....).))))..))))))))...))))))))..))))))))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(.((((((........))))))).(((((((((((((((....))))).)))))...)))))...((((.....)))).................((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..))))).........((((((.....(((((((((.........))))))))).(((((.(..........(((((((...((((((....))))))...)))).)))...................((((((......)))))).........))))))((((....))))...)))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((.((((((((((((((((((((...)))))).......))))))(((((.....((((.((((.........((((((............((((.(((((.....)))))))))((((((...((((((.......))))))...................[[[[[[.....(((((((((.........))))))))).))))))....((((((...........))))))))))))))))...))))........))))).......(((((((((......))))))...)))..))))))))....))))))))).]]]]]])))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((..(((((((((..(((((((((((((((((((((((......))))).............((((.....)))).................((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))...........((((..........))))...((((((...................))))))..(((((((...(((((......)))))...)))).)))......................)))))))...)))))))).)))))))))))).....)))))))).......)))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((((((.(((((((((((......)))))......(((.........................................((((.............((((((.....((((.......))))......)))))).........(((.....)))............(((((.....................))))))))).((((....(((((....)))))....))))..))).....................))))))....)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((...........)))))........(...(........................((((.......)).))...((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))......................((((((((.......))))))))....................(((((((((..(((........)))..))))))).))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((..(((.((((((((((((((((((((......)))))........(((..................................(((...(.......)....)))((((((((((.((((.......)))).)))).))))))....................(((((((((((.....)))))))))))..................(((((((....((((......))))....))))).))................)))...)))))))...))))))))..)))))))))))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((...........)))))........(...(........................((((.......)).))...((((((.(((.((((.......)))).)))..))))))......................((((((((.......))))))))....................((((((((...(((........)))...)))))).))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((..(((.((((((((((((((((((((......)))))........(((............(.....................(((...(.......)....)))((((((((((.((((.......)))).)))).)))))).)............((....(((((((((((.....)))))))))))...)).............(((((((....(((((....)))))....))))).))................)))...)))))))...))))))))..)))))))))))...............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((...((.((((((((..((((((((((......)))))...................................................(.......).......((((((((((.(((.........))).)))).))))))....................(((((((((.........)))))))))..................(((((((....(((........)))....))))).))......................))))).....))))))))..)).))))))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((((((((((((((.....((((....(((((..........((((.....((.((((((.............((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))....)))).)).))......(((((((((.........))))))))).............)))).(((((((...(((((......)))))...)))).)))....))))).......))))..)))))))...)))))))).))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.((((((........))))))))(((((((((((((((....))))).)))))...)))))...((((.....)))).(((..........)))((((.(((((.....)))))))))(((((....((((((.(....))))))).....))))).........((((((.....(((((((((.........))))))))).(((((.((((.......(((((((...((((((....))))))...)))).))).................(((((((((...).)))))).))...)))))))))((((....))))...)))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.....(((((((((....(((((....))))).(((((...........((((.....))))...............((((((((((((......((((((.((((((....((((((.......)))))).....))))))....)))))).........(((((((((.........))))))))).............))))))..((((...((((((....))))))...)))).)))))).))))).........((((....)))).)))))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((...(((((((((((((((((((((((......))))).............((((.....)))).......................(((.......)))....((((((....((((((.......)))))).....))))))............(((....(((((((((.........))))))))).........))).........((((...((((((....))))))...))))..........................))))))...))))))))).))).))))))))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((((((.(((((((((((......)))))...................................................................((((((((((.((((.......)))).)))).)))))).........((((.......((...((((.........))))...))..................(((((((....(((((....)))))....))))).))..................))))))))))....)))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..((((((((((((((((((.....((((.(..(((((..........((((.....((.((((((.............((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))....)))).)).))......((((((((((......).))))))))).............)))).(((((((...(((((......)))))...)))).)))....)))))...)...))))..)))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....(((.(((((.((((((((((((.....(((((((((((((((....)))).))))))...)))))..((((.....((.((((((.............((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))....)))).)).))......(((((((((.........))))))))).............))))...........)))))))))))).((((......))))......))))).))).(((((((((......))))))...)))......))).((((((((.......)))).)))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((((((((((((((.....(((((((((((((....(.(((..((((.....))))((((.............((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))....)))).))).).)))).(((((((((.(.....).)))))))))............))))).(((((((...(((((......)))))...)))).)))................))))..)))))))...)))))))).))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(........)(((((((((..(((((((((((((((...(((((((((((((((((((((((.((.((......)).)))(.(((((......))))).)..(((((((.(.(((((((((((((((((((((((...........)))).)))))))))).).))).))))).((..))(((((((((.(......))))))))))((...))...)))).))))((((((((((((((......)))))))))))).)).)))))))))..).))))))).).)))).))))))))))))).)))))))))))...((((((.....)))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.(((((((....(..((((((((.(((((((((((......))))).......(..(.......(.....(.(...............(.......((.......))..)(..(((((....((((((.......))))...))..)))))....)...(((.(..(...(((...(((..(.....).)))...))).)........)...))).((.((((....(((((....)))))....))))..))....).)......)..).)...))))))....))))))))...)..)))))))....))))))).........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..(((((((((((.((((((......(((....................((((.....)))).................((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))....................(((((((((.........)))))))))..................(((((((...(((((......)))))...)))).)))................)))...))))))....)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((((((((((((......))))).............((((.....)))).................((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..)))))...........(.....)..(((((((((.........)))))))))..................(((((((...((((((....))))))...)))).)))......................)))))))...)))))))).))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..((((((((((((((((((.....((((.((((((((....(((....((((.....)))).................((((.(((((.....)))))))))(((((.((.((((((.......)))))).))..))))).........)))...)))).(((((((((.........)))))))))............))))..(((((((...(((((......)))))...)))).)))................))))..)))))))...)))))))).))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.(((((....(((((........)))))...(((((((((((((((....)))).))))))...)))))...((((.....))))....))))).......(((((.(((((.....))))))))))....))).(((..((((((....)).))))..))).((((.......)))).....((((.(((((.........)))))))))..(((((...(((((...(((((((...(((((......)))))...)))).)))..................((((....)))).((((.......))))...)))))..(((((.......))))).))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................