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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00047



RNA: TMR_00047
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((((.....((((.(((((((((((......(((((.......))))).(((((....)))))..................(((((.....))))).........(((((((.......)).)))))....(((((((....)))))))(((.(((((((((...))))))))).)))................................................)))))......)))))))))).....)))))))((((((((.......)))))..)))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((..........................................................................................................................................................................................................................................................))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....(((((.(((((((((((......((((.......)))).........................(.((.(((...........(((((.((.........((((.((((.....(((.............)))...)))).))))(((((((.......))))))).))....)))))........)))))).........................))))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.................(((((((.....((((.((((((((((((.....(((((.......))))).(((((....)))))............(..((.(((((.....)))))))......(((((((((.....))).))))))...(((((((....)))))))(((.(((((((((...))))))))).)))....................(((.......)))........).....))))))......)))))))))).....)))))))((((((((.......)))))..)))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....(((((.((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))).((((((...(((((.....)))))........(((((((((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))(((............))).))))..)))))....))))))...)))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....(((((.((((((((((.(((..(((((.......))))).(((((....)))))..........((((.(((.((((.....))))))).......((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).(((........)))....)))).)))))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((.((((((((((((.....(((((.......))))).(((((....)))))..................(((((.....))))).........................................................(((((((((...)))))))))...................................................))))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((.(((((((((((.(((..(((((.......))))).(((((....)))))..........((((....(((((.....))))).........((((((((.....))).)))))(...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).).......(((.((......)).))).................)))).)))))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..........(((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))).(((((((((((((((..((((((((.........(((((...))))).))))))))...((((((((..))))))))....(((((((((...))))))))).........)))).......)))))..................))))))...))))))......))))).........)))))))...(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((.(((((((((((.(((..(((((.......))))).(((((....))))).........((((((((.(((((.....))))))).......((((((((.....))).)))))....(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).........(((............)))................)))))))))))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....((((.((((((..((((.(((((((((.......))))).(((((....))))).........)))).))))............(((((((..(((((.......(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))........((((.......))))....)))))...)))))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.....(((((.((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))..((((((...(((((.....))))).........((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))..................))))))..)))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))(((((((.....(((((.(((((..((((.((((.((((.......))))..(((((....))))).........)))).))))............(((((((.....((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).(((........)))..........)))))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((.....((((.(((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))).(((((((..(((((.....)))))..).....(((((((((((((((.((.........(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))))).))))))(((.((......)).))).))))..)))))....))))))...))))))......))))))))).....))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((.((...((((((((((((..((....(((((...((((((((((...((((...(..)...((((((..))))))))))....))))))))))(((((.....)))))..(((((((((((((((.((((((((((.....))((((((((..))))))))....(((((((((...))))))))))))))))).(((..((..)..)..))).))))..))))).)))))).((.(.......)...)))))))...))..))))))))))..((((((...)..))))).))..)).)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((.(((.....((((.(((((((((((.(((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))..((((((.............................((.((..(((((...(((((....(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..)))))...)))))...)).))....................))))))...)))))......)))))))))).....))).)))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((.....((((.(((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))..((((((...(((((.....))))).........((((.(((.(((((...(((((....(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..)))))...)))))..))).))))..................))))))..)))))))......))))))))).....))..)))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........))))).........((((........)))).(((..(((((.......))))).(((((....)))))....))).....(((((((((((.....)))))..........((((.....)))).....)))))).(((((((....)))))))....((((((((.....)))))))).((((..............)))).(((.......)))......((((............))))...((((.............)))).(((((.......)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........))))).(((.....((((........)))).(((..(((((.......))))).(((((....)))))....))).....(((((((((((.....)))))..........((((.....)))).....)))))).(((((((....)))))))....((((((((.....)))))))).((((..............)))).(((.......)))(((...((((...[[[[[....)))).]].]]]...))).(((..{{{)))(((((.......)))))}}}.)))....