|
|
|
GGGAUUGUUAAGGAUUCGACAGGGGAAAAUAGUAUAAGACAUGAUACUCGUAAAGCAUACGUUACAUGCUAAGUUAAAUAUAACUAACAACGAAUUACAAGUAGCCUAGUUAAUAGGUGCCAAAACAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAAACAAGUGUCUAUAUGAAAGUCUUCUGGACGCGGGUUCGACUCCCGCCAGUUCCAUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......((((.......(((((((((.....)))).................................................................(.(((.(.....((.(...{{{{{{{.............).)).....).))).)...........}}}}}}}...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]....)))))...))))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....(((((.((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))..((((((...(((((.....))))).........((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))..................))))))..)))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))...).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.((((((.....((((..(((((.......))))).(((((....)))))....))))...............(((....(((((((..(((((..(((..(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...))))).....)))...(((........)))..)))))...))))))).)))..)))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((((.....((((.(((((((((((......(((((.......))))).(((((....)))))..................(((((.....))))).........(((((((.......)).)))))....(((((((....)))))))(((.(((((((((...))))))))).)))................................................)))))......)))))))))).....)))))))((((((((.......)))))..)))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((..........................................................................................................................................................................................................................................................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....(((((.(((((((((((......((((.......)))).........................(.((.(((...........(((((.((.........((((.((((.....(((.............)))...)))).))))(((((((.......))))))).))....)))))........)))))).........................))))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.................(((((((.....((((.((((((((((((.....(((((.......))))).(((((....)))))............(..((.(((((.....)))))))......(((((((((.....))).))))))...(((((((....)))))))(((.(((((((((...))))))))).)))....................(((.......)))........).....))))))......)))))))))).....)))))))((((((((.......)))))..))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....(((((.((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))).((((((...(((((.....)))))........(((((((((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))(((............))).))))..)))))....))))))...)))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....(((((.((((((((((.(((..(((((.......))))).(((((....)))))..........((((.(((.((((.....))))))).......((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).(((........)))....)))).)))))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.((((((((((((.....(((((.......))))).(((((....)))))..................(((((.....))))).........................................................(((((((((...)))))))))...................................................))))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.(((((((((((.(((..(((((.......))))).(((((....)))))..........((((....(((((.....))))).........((((((((.....))).)))))(...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).).......(((.((......)).))).................)))).)))))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..........(((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))).(((((((((((((((..((((((((.........(((((...))))).))))))))...((((((((..))))))))....(((((((((...))))))))).........)))).......)))))..................))))))...))))))......))))).........)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((.(.(((............((((.........))))...........(...(...............((.((((.....)))).)).....(((.((((..........))))..)))...........................(((((((..................))))))).........................................).).....))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((.(.(((........(...((((.........))))..........((...(...............((.((((.....)))).)).....(((.((((..........))))..)))...........................(((((((..................))))))).........................................).)))...))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((.....((((.(((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))..((((((...(((((.....))))).........((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))..................))))))..)))))))......))))))))).....))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.(((((((((((.(((..(((((.......))))).(((((....))))).........((((((((.(((((.....))))))).......((((((((.....))).)))))....(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).........(((............)))................)))))))))))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((((.((((((..((((.(((((((((.......))))).(((((....))))).........)))).))))............(((((((..(((((.......(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))........((((.......))))....)))))...)))))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....(((((.((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))..((((((...(((((.....))))).........((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))..................))))))..)))))))......))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))(((((((.....(((((.(((((..((((.((((.((((.......))))..(((((....))))).........)))).))))............(((((((.....((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).(((........)))..........)))))))......)))))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((.....((((.(((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))).(((((((..(((((.....)))))..).....(((((((((((((((.((.........(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))))).))))))(((.((......)).))).))))..)))))....))))))...))))))......))))))))).....))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((...((((((((((((..((....(((((...((((((((((...((((...(..)...((((((..))))))))))....))))))))))(((((.....)))))..(((((((((((((((.((((((((((.....))((((((((..))))))))....(((((((((...))))))))))))))))).(((..((..)..)..))).))))..))))).)))))).((.(.......)...)))))))...))..))))))))))..((((((...)..))))).))..)).)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((.(((.....((((.(((((((((((.(((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))..((((((.............................((.((..(((((...(((((....(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..)))))...)))))...)).))....................))))))...)))))......)))))))))).....))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((.....((((.(((((((((((((((..(((((.......))))).(((((....)))))....)))..((((((...(((((.....))))).........((((.(((.(((((...(((((....(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..)))))...)))))..))).))))..................))))))..)))))))......))))))))).....))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........))))).........((((........)))).(((..(((((.......))))).(((((....)))))....))).....(((((((((((.....)))))..........((((.....)))).....)))))).(((((((....)))))))....((((((((.....)))))))).((((..............)))).(((.......)))......((((............))))...((((.............)))).(((((.......)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........))))).(((.....((((........)))).(((..(((((.......))))).(((((....)))))....))).....(((((((((((.....)))))..........((((.....)))).....)))))).(((((((....)))))))....((((((((.....)))))))).((((..............)))).(((.......)))(((...((((...[[[[[....)))).]].]]]...))).(((..{{{)))(((((.......)))))}}}.))).... |