|
|
|
GGGGACGUUCUGGAUUCGACAGGAAUAGGUCGAGCUUAAGUGGCGAGCCGAGGUGGCGAACUCGUUAAAACGCCAUCGCCAAUAACUGGCAAAGAAAACAACAACUUCGCAUUAGCUGCCUAAGCUAGCAAAUGCGGUUCCGCCCUCCAUCGCCCAUGUGGUAGGUGUCGGGACUCACUUUUAGUGGGCUACGCCUCUCACCCUCCGUCUGUGGGUGAAGGAAGAGAUUUAUCAGACUAGCCUUACGGAAGCCUGUCGCUGGGCUGAAGUAACGGCGAAAUGCGAAUACAGUGACUACGCUCGUAGAAGCUUAAGUACUCGUUAUUUCUGGACGUGGGUUCGAUUCCCACCGUCUCCAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(.((((((((..(((((((((..[[[[..))))......]]]]......................................((..(((........)))..))..((((((.(((((((.aaaaaa)))).)))...)))))).........AAAAAA.....((.((((((...<<<<<.)))))).))...........>>>>>..(((.(.....((((.{{{{{{{))))......).)))............}}}}}}}...))))).....)))))))).)...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..(((((((((((.((((((...(((((((............))))))).......(((((((...............(((((((.(((((....)).))).)))))))...((((.(((.((((((((((((..((((..(((.(((((.....))))).....)))..))))..))).).)))))))).))).........((((.(((((...((((....)))).))))).))))......))))...))).....))))......))))))....)))))))..)))))))))))))...(((((.......))))))))))....)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((.((.((......)....................((((.....))))..................(((((...(((....)).)...))))).((((((((((((((.......)))).))).).))))))...........((.((...((...((..(.(.....)...)))..))...)).)).....).)).))(((((....(((((....)))))....)))).)....................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.......)))))...(((((((((((...((((.((((...((((((...(((....)))...)))))).....))))................((((((..(((((....)).)))..))))))...)))).(((...(((((.(((((((((..((..(((.......)))((((((..(((.((((((.........)))))))))....((....))....))))))..))...)))))))))))))).((((((((((....((((...(((((((....)))).)))...))....))..)))))))))).)))..))))))))))).....))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...................................((((((..........................................................((((((((((((.......))))))))))))..............((((((..........................)))))).................................................................(((((((...........................)))))))...))))))..............................................))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((......((((((((.(((((((((((......)))))........................................................................((((((((((((((.......)))).))))..))))))..............((....(((.(((((.........))))).)))...)).............((.((((....(((((....)))))....))).).))......................))))))....))))))))......))))))))............................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..(((((((((((.((((((...(((((((............)))))))((((.....))))...............((((((((.(((((....)).))).)))))).........(((.((((((((.(((..((((......((((((...))))))..........))))..)))...)))))))).))).................(((((((...((((((....))))))...)))).)))........))............))))))....)))))))..)))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((.((((((((.((((((((((........)))).............(((.......))).................(((....((...........))....)))((((((.(((((((.......)))).)))...))))))...................((....((((.........))))...))..................(((.(((....(((((....)))))....)))..)))......................))))))....))))))))...)).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(.((((((((..(((((...(((((((............)))))))(((.......))).................((((((.((((.(...).)))).)))))).......(.(((.(((((((((.....((((......((((((...))))))..........)))).......))))))))).))).)...............(((((((...((((........))))...)))).)))......................))))).....)))))))).)...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.(((((((((((((..(((((((((((.((((((...(((((((......(....))))))))((((.....))))...............((((((((.(((((....)).))).))))))....(..(.(((.((((((((((((..((((..(((.((((((...)))))).....)))..))))..)))..))))))))).))).)...............(((((((...((((((....))))))...)))).)))).......))............))))))....)))))))..))))))))))))).........)))).)))...))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.............((((((((..(((.((((((((.(((((((((((......))))).............(((.......)))..........................(((....)).).........((((((((((((((.......)))).))))..))))))..............((...((....((((.........))))...))...)).............(((((((....(((((....)))))....))))).))......................))))))....))))))))...)))))))))))....((((.......))))..)))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.......))))).........(((...[[[[[[)))((((........))))......]]]]]].((((.....))))..................(((.[[[[)))....]]]]......(((....)))..(((.((((((((((((..((((..(((.((((((...)))))).....)))..))))..)))..))))))))).)))............(((..[[[[[[[...[[[[[)))...]]]]]...]]]].]]](((((((((.((((((..((((....))))..)))...))).))).)))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.((((((........)))))).......(((((((((.(((((((............)))))))((((.....))))..................((..(((((.....))))))).....))))).)))).(((.((((((((.(((..((((..(((.((((((...)))))).....)))..))))..)))...)))))))).))).........)))))...(((((((...(((((......)))))...)))).)))(((((((((.((((((..((((....))))..)))...))).))).)))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..(((((((((((.((((((...(((((((............)))))))((((.....)))).................((((((.(((((....)).))).))))))....((...[[[.[[[[[[[[.[[[..[[[[.))((.(((((.....))))).....))...]]]]..]]]...]]]]]]]].]]].................(((((((...((((((....))))))...)))).)))......................))))))....)))))))..)))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((..(((.((((((((((((((.((..(((...).))..((((.........((((.....)))).................(((.(((((.(.......)...((......((((((.((((((.(....))))))).))...))))..((((...))))...))...((.((((((((.....))))))))))............(((.....)))..(...((((((....))))))...).....))).)).)))......))))...))))))))...))))))))...))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(..((((((........)))))).......((((((((..(((((((............)))))))((((.....))))..................(((((.(((((....)).))).))))))))).)))).(((.((((((((.(((..((((..(((.((((((...)))))).....)))..))))..)))...)))))))).)))..........)......(((((((...(((((......)))))...)))).)))(((((((((.((((((..((((....))))..)))...))).)))).))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..((((((((((((((((.......(((((............)))))))))))...((((.................((((((((((((((....[[[[[.....)))))).((((.......(((((.(((((((((..((((.((((((...))))))...............))))((((((((.....................]]]]])))))))).)))))))))))))).........)))).))))))))..))))..(((((..)))))...))))))..)))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..............(((((((((..(((((((((((.((((((((((........)))).............((((.....)))).................((((((.(((((....)).))).))))))((((((((((((((.......)))).))).).)))))).(((.....)))..((...(((.((((((.........)))))))))...)).............(((((((...((((((....))))))...)))).)))......................))))))....))))))))..))))))))))))..............))))............. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((..(((.((((((((.(((((((((((......))))).......(((...(((.......))).................((((((.......................((((((..((((((.......)))).))....))))))((.......(((.....))).....((((.........))))....))))))))......)))..(((((((....(((((....)))))....))))).))......................))))))....))))))))...)))))))))))............................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......((((............)))).........(...(.......................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))).)))...))))))......................((((((((.......))))))))....................(((((((((..(((........)))..))))).))))..................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((..(((.((((((((((((((((((((......))))).......(((.((..........))...................((((...(((.......)))...)))).((((((((((((((.......)))).))))..))))))..............((....(((((((((((.....)))))))))))...)).............((.((......(((((....)))))......).).))................)))...)))))))...))))))))..).))))))))))............................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....((((............)))).........(...(.......................((.((((.......)))).))....((((((.(((((((.......)))).)))...))))))......................((((((((.......))))))))....................((((((((...(((........)))...)))).))))..................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((..(((.((((((((((((((((((((......))))).......(((.(((........)))...................((((...(((.......)))...)))).((((((((((((((.......)))).))))..))))))..............((....(((((((((((.....)))))))))))...)).............((.(((.....(((((....))))).....)).).))................)))...)))))))...))))))))..).))))))))))............................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((...((..(((((((..((((((((((......)))))..............................................(....(((.......)))....)...(((((((((((((.........))).))))..))))))....................(((((((((((.....)))))))))))..................((.((((....((((......))))....))).).))......................))))).....)))))))...).).))))))))............................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((.((((((..((.((((((...(((....)))...))))))...(((((((...............(((((((.(((((....)).))).)))))))...((((.(((.((((((((.(((..((((..(((.(((((.....))))).....)))..))))..)))...)))))))).))).........((((.(((((...((((....)))).))))).))))......))))...))).....))))..))..))))))....)))))))..)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((...((((((........)))))).[[[...((((((((..(((((((............)))))))((((.....))))..................(((((.(((((....)).))).))))))))).)))).(((.((((((((((((..((((..(((.((((((...)))))).....)))..))))..)))..))))))))).)))...........)))...(((((((...((((((....))))))...)))).)))(((((((((.((((((..((((....))))..)))]]]))).)))).))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.....((((((((.((((((...(((((((............)))))))((((.....))))...............((((((((....((((..(((((.......(((((((......(((((....)))))......))))))).....)))))))))..((((..((((((.........)))))).............((((.(((((...((((....)))).))))).))))......)))).))))))))............))))))....)))))))).....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........................((((((((.((((((((((........)))).............((((.....))))........................((((.......))))......(((((((....((((.......)))).......)))))))......................((((((.........))))))........................((((...((((((....))))))...))))..........................))))))....))))))))..................................))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((......((((((((.(((((((((((......)))))........................................................................((((((((((((((.......)))).))))..)))))).........((((.......((...((((.........))))...))..................((.((((....(((((....)))))....))).).))..................))))))))))....))))))))......))))))))............................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..(((((((((((.((((((..((.((((((...(((....)))...))))))...(((((((...............(((((((.(((((....)).))).)))))))...((((.(((.((((((((((((..((((..(((.(((((.....))))).....)))..))))..))).).)))))))).))).........((((.(((((...((((....)))).))))).))))......))))...))).....))))..))..))))))....)))))))..)))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.((((..(((((........))))).(((....((((.(((.((.((((((...(((....)))...))))))....)))))................(((((((.(((((....)).))).)))))))...)))).(((.((((((((((((..((((..(((.((((((...)))))).....)))..))))..)))..))))))))).))).))).....))))))..(((((((...(((((......)))))...)))).))).....((((.((((((..((((....))))..)))...))).))))...)))).((((((((.......)))).))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.((((((........))))))(((..(.(((((((((((((((((............)))))))((((.....))))................))(((((.(((((....)).))).)))))))))).))))(((.((((((((((((..((((..(((.(((((.....))))).....)))..))))..))).).)))))))).))).))).....)))))((((((((((...(((((......)))))...)))).)))(((((((((.((((((..((((....))))..)))...))).)))).))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..........)(((((((((..(((((((((((((((((((..)))(((((((......))))))).)))))..(((..(.(.(((((......))))).)).)))((((((..((((.(((..)))))))(((((((((...........)).))).).))).)((((((...))))))..((.(((.((((((.........)))))))))))...((.......))...((((((((((((((......)))))))))))).))(........))..))))(((((((..))))))))))))))..)))))))))))))...((((((...)..)))))))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((.(((((((....(..((((((((.((((((...((......................))..............................((((...((((.......))))...))))((((...(((((((.......)))).)))....))).)((.......((...((...(((....((..(.....).))....)))...)).............)).....))..(...(((((((.......((....((.....))..)).)))))))..)))))))....))))))))....)..)))))))....))))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((.(((((((.((((((.............................((((.....)))).................((((((.(((((....)).))).)))))).........(((.((((((((.(((..((((..(((.((((((...)))))).....)))..))))..)))...)))))))).)))............................................................................))))))....)))))))...))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((.((((((((((........)))).............((((.....)))).................((((((.(((((....)).))).))))))((((((((((((((.......)))).))).).))))))(((((...))))).((...(((.((((((.........)))))))))...)).............(((((((...(((((......)))))...)))).)))......................))))))....))))))))..))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..(((((((((((.((((((..((.((((((...(((....)))...))))))...(((((((...............(((((((.(((((....)).))).)))))))...((((.(((.((((((((.(((..((((..(((.(((((.....))))).....)))..))))..)))...)))))))).))).........((((.(((((...((((....)))).))))).))))......))))...))).....))))..))..))))))....)))))))..)))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.......)))...((((.....))))....)))..((((.((((((............)))))).((((.....))))................(((((((((((.....)))))....))))))....(((..((((.......))))..))).))))....(((.....))).(((.((((...(((((.........))))).(((.((............))..)))(((...(((((......)))))...)))..))))...(((((.....(((....))))))))..)))..(((((.....)))))..(((((((((.......)))).)))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((...{{{{))))).((((}}}}.)))).<<<<<<.(((.....))).....))))....>>>>>>.((((.....))))...(((..........((((((..(((((....)).))).......((((((......(((((....)))))[[[[[.)))))).(((.....)))(((((]]]]].((((((...bbbbb.))))))..............BBBBB))))).(((...(((((..aaaa)))))...)))..AAAA..)))))).........((((....))))........(((.....)))))).(((((((((.......)))).)))))...... |
