CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00049



RNA: TMR_00049
Rfam family: tmRNA

GGGGACGUUACGGAUUCGACAGGGACGGAUCGAGCUUGAGCUGCGAGCCGAGAGGCGAUCUCGUAAAAACGCACCUAAAUAUAACUGGCAAAUCUAACCAGAACUUAGCACUAGCUGCCUAAUUAGCGCAGCGAGCUCUUGCCCGCAUCGCCUAUGUGCCGGUUAAGAGCCCAUAACGAAGUAGGCUACGCUUGCGCCCCCGUCUGAGGGCGCAGGAAGAGACUCAUCAGACUAGCUCUCCUAGGGCCCGCCCGCAGGCACGAAGAUGAGCGAAACUAAAUAUGCAGGGCUACGCUCGUAGACGCUGAAGCAAUCGACGUUUCUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCGUCUCCAUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............((((((((......((((.(((..((((((((((.aaa.)))))......AAA.........................................(((((((....)).)))))..(..((((.((((((.{{{{{{)))).)).)..)))..)........}}}}}}.....((...((...<<<<<<)).....))..........>>>>>>..((((..((...(((.[[[[...)))....))..))))...............]]]]...))))).....))).))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))....((((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........)))))))..(((((((((........)))))))))....(.((((((......((((.....))))..(((....))).....)))))))........))))..)))))...)))))))...))).))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))....))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((((((..((((((((((..((((.....(((((.....(((............((((.........))))....((((....))))........)))..))))))))).((((.((((.....(((((((((.....((((.((....((..(((((..(((((((((........)))))))))....((....))....)))))))..))))))..)))....))))))..)))).(((..........))).))))...)))))))...)))..)))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..((((((.((.(((.........))).))..))))))....................(((((((((.(....).)))))))))......((((((...............(((....)))...........)))))).......................)))))))...))).))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.((((.((((((((((.((.........))...................................................(((((.........)))))..(((((((((.((((.......)))).))).))))))....................((((((..............))))))..................((((.......(((........)))........))))......................)))))))...))).))))...)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......((....(((((..(((....)))..................((((......((((.........))))...)))).....((((......)))))))))..(((((((.(((((.......))...))).)))))))....................(((((((((........)))))))))......((((((...((((.....))))((((........))).)...))))))............(.(((.(((((....)))).).))).)))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..((((((((..((((((((.(((((((((((((((.....)))))..........(((........((((.........)))).....)....(.((((((((()))).))))).)(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...............(..(.(((((((((.(....).)))))))))..).).((((((......(((......(((....)))...))).....))))))................)).....)))))))...))).))))..)))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((..[[[..))))))..(((((.....)))))(((((.....)))))..........]]]........((((.........))))...((((.....[[[[[)))).....]]]]]..(((((((...((((.[[[[[[))))....)))))))..........]]]]]]....(((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..((((............[[[[[[[..............))))..]]]]]]].............................(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((.((((((.......))).))).)))))))((...........))((...(((((((((........)))))))))...)).((((((......(((((...)))))..(((....))).....)))))).........))))..)))))...)))))))...))).))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..(((((([[[[(((.........))).....))))))....................(((((((((........)))))))))......................................................................]]]]...)))))))...))).))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........)))).....(((....(((((((....)).)))))..(((((((.((((((.......)))).)).)))))))..............)))...(((((((((........)))))))))......((((((......(((((...)))))..(((....))).....)))))).........))))..)))))...)))))))...))).))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((((((((...(((((((((((((.....))))).....................((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..)))...(((((((((((...((((((.......((((............))))...(((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...))))....((((..))))...)))))).......)))).........))).))))...))))))))......))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((............)))..........(...(........................((.((((.........)))).))(((((((((.((((.......)))).))).))))))......................(((((((........)))))))....................((((((((((.(((........)))..))))))))))..................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((............)))..........(...(........................((.((((.........)))).))(((((((((.((((.......)))).))).))))))......................(((((((........)))))))....................(((((((((..(((........)))...)))))))))..................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))....((((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).))).))))))...........)))))))..(((((((((........)))))))))......((((((......((((.....))))..(((....))).....)))))).........))))..)))))...)))))))...))).))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))....((((.((.(((((((....)).)))))..(((((((.((((((.......)))).)).)))))))............))))))..(((((((((........)))))))))......((((((......(((((...)))))..(((....))).....)))))).........))))..)))))...)))))))...))).))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((...((((.....(((((.....))))).....................((((.........))))....))))...))))......((((((..((((((....((((((((.((((((.....((((...)))).........))))))..((((((.......(((((.(((((......................(((((...))))).))))).))))).......)))))).........)))).))))...))))))...)))))).........))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))....((((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........)))))))..(((((((((........)))))))))....(.((((((......((((.....))))..(((....))).....)))))))........))))..)))))...)))))))...))).))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.(((.((((.......))))))).((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))....((((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........)))))))..(((((((((........)))))))))......((((((......((((.....))))..(((....))).....)))))).........))))..)))))...)))))))...))).))))....)))).)))).((((((((.......)))).)))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))....((((.((((((((((....)).)))))(.(((((((((.((((.......)))).))).)))))).).........)))))))..(((((((((........)))))))))....(.((((((......((((.....))))..(((....))).....)))))))........))))..)))))...)))))))...))).))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((..))...(..)(((((((..)))).)))((((..)))).))).)))))((..(((.(........).)).)..))((((.(...).))))..(.(((((((((..))).)))))).)((((((((((((.......))))..))).))))).(((......(((.(.(.((.(((((((((........)))))))))))....((((((...................((.............))))))))..((.(((......))).))((((..)))).)))))(((((.......))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))....((((.((.(((((((....)).)))))(.((((((.((.((((.......)))).))..)))))).)..........))))))..(((((((((........)))))))))......((((((......((((.....))))..(((....))).....)))))).........))))..)))))...)))))))...))).))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..(((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).......((.(((..((((..((((.........))))....((((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........)))))))..(((((((((........)))))))))......((((((......((((.....))))..(((....))).....)))))).........))))..)))))...)))))))...))).))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((...((((((.......))))))..(((((.....))))).((((.....)))).....)))).............((((.........))))....((((....))))........(((..((((((........)).))))....(((((.......((((............))))..(((.((((((........)))))).(((.(((.((.........))))))))...))).........)))))....(((((((....................)))))))...))).(((((.......))))).(((((((((.......)))).)))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((...((((((.......))))))..((((.<<<<..)))).((((aaa..)))).....)))).............((((.........))))............(((((((....)).))))).AAA>...>>>.((((.......)))).(((....((((............))))...(((((((((..{{{{{{)))))))))..(((.....)))}}}(((}}}..)))..))).((((............[[[[[[[..............))))..]]]]]]].......(((((.......))))).(((((((((.......)))).)))))......