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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00051



RNA: TMR_00051
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..(((((((((((((..((((((((((((((............)))...........................(((........)))(((((....(((((.........)))))..(((((((..(((((.......))))).)..))))))............))))).(((((((((........)))))))))..................))))))....(((........))).................(((....)))........))))).....))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(.(((((((..((((((((((((((((((((((((((.(..(((((......))........((.(((((..........))))).)).......((((((....(((((((....)).)))))(.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)..........))))))(((((((((.(....).)))))))))...........)))...)))))))...((((.(((....))).............................))))..)))))))...))))))))..))))))))))))..)(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((....))).........(((.........(((.((((((...))))))..)))...((((((....(((((.........)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..))).............))))))...((((.(((....)))......(((........))).........))))..)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((..(((((((((((((((((((((((((.....)))))......................(((.((((((...))))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........))))))))).((((.............))))(((.....)))...((..(((.....(((........))).....)))..))...)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((((((((((((((((((((((((.............................((([[.[[[......)))]]]..]]....((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..................)))))).....................................................)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((..(((((((((((((((((((((((((.....)))))......................(((.((((((...))))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........))))))))).((((.............))))..............((..(((.....(((........))).....)))..))...)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..(((((((((((((((((..(((((((...(((((....................(((((..........)))))..........((((((....(((((.........)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((.[[[[[..)))))))))..)))))...........)))))))..(((..))))))))........(((((((.....................)))))))]]]]])))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((............)))..........(...(.................................((.((((.........)))).))((((((..(.((((.......)))).)...))))))....................(((((((........)))))))...................(((((((((..(((........)))...)))))))))...................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((..(((((((((((((((((((((((((.((.(((((.......................(((.(((((.....)))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..)))))..........)))))))...((((.(((....)))..........(((....))).........))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..(((((((((((((((((((((((((.....)))))......................(((.((((((...))))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((...[[[[))))){{{)))))))}}}.....]]]]))))))(((((((((........))))))))).((((.............))))..................(((.....(((.((...))))).....))).......)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((((((((((((((((((...((((...)))).........((((((.....(((((..........)))))..........((((((....(((((.........)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..((((.............))))..........................))))))......................))))))))...)))))))..))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((..((((((((((((((((((((((((((.(.(((((.......................(((.(((((.....)))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..((((((((.(((((.......))))).).)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..)))))..........)))))))...((((.(((....)))..(...((..(((....)))..))...).))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.(((.((((.......))))))).((((((((((((((((((((.((.(((((.................((.(((((..........))))).)).......((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..)))))..........)))))))...((((.(((....)))..........(((....))).........))))..)))))))...))))))))....)))))))).(((((((((.......)))).)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((..((((((((((((((((((((.((((.....))))(((..(...((((((.........((((((((.....)))))..((....((((((....(((((((....)).)))))..((((((((.(((((.......))))).).)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..((((.............))))))...))).(((....))).......))))))....(((....)))..)..))))))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((.((..)).......(((((((..)))).)))((((..)))).))))((.((((((((((((((........(((((.((...((((..(((.............))))))).(((...(((......).))....))))).))))).(((((.((((..))))))))).((((((....).)))))((((...((((((..((..........))..)))))).)((((((((.(..((........))..).)))).)))).((((((((..)))).))))((((..)))).))).)))))).).).))))))).)...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((..((((((((((((((((((((((((((.(..............................((.(((((.....)))))..))....((((((....(((((((....)).)))))..((((((((.(((((.......))))).).)))))))............))))))(((((((((........))))))))).................)))))))...((((.(((....))).............................))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((..((..(((((((((((((((((((((((((.((..(((.((.....................(((.(((((.....)))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........))))))))).........)))))...)))))))...((((.(((....)))..........(((....))).........))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((.((((.....)))).(((((..((((.((.....))))))...))))).)))))......(((.........(((..........))).(((....)))...........(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...))))))).......))).((((...(((((((((........)))))))))..((((.............))))....))))......((((.......(((((((.....................)))))))..(((.((........))))).))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((.....))))...(((((((((.....))))).((((.....))))..........(((((.......(((..........))).(((....))).....((((..(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...))))))).((((......((((..{{{{((((((..[[[[[.))))))....((((.....]]]]]...)))).....)))).......}}}}.....))))...............))))...((((....)))).....)))))..)))).(((....))).((((.......)))).)))))))....