|
|
|
GGGGACGUUACGGAUUCGACAGGGAUGGAUCGAGCUUGAGCUGCGAGCCGAGAGGCGAUCUCGUAAACACGCACUUAAAUAUAACUGGCAAAACUAACAGUUUUAACCAAAACGUAGCAUUAGCUGCCUAAUAAGCGCAGCGAGCUCUUCCUGACAUUGCCUAUGUGUCUGUGAAGAGCACAUCCAAGUAGGCUACGCUUGCGUUCCCGUCUGAGAACGUAAGAAGAGAUGAACAGACUAGCUCUCGGAAGGCCCGCCCGCAGGCAAGAAGAUGAGUGAAACCAUAAAUAUGCAGGCUACGCUCGUAGACGCUUAAGUAAUCGAUGUUUCUGGACGUGGGUUCGACUCCCACCGUCUCCAUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......((((((((..((((((((((.aaa.)))))......AAA..................................................(((((((....)).)))))..(((((((.((((((.<<<<<<)))).)).)))))))........>>>>>>....(((((((((..{{{{{.)))))))))..........}}}}}..((((.......(((.[[[.[[[)))........)))).............]]].]]]...))))).....))))))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....((((...((.(((..((..((((((((((((((((((((((((((...(((((.......................(((.(((((.....)))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..((((((((.(((((.......))))).).)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..)))))...(......)))))))...((((.(((....)))..........(((....))).........))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))..)).(((.......))).)))).))).).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((((((((....(((.((....(((((............(((..(((((...)))))...)))...((((((.((((((((.........)))))..(((((((..(((((.......)))))...))))))).........)))))))))..)))))...(((((..............))))).)))))....))))))...((((.(((....)))......(((........))).........))))..)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((((((((.....(......................(((((..........)))))..........((((((....(((((((....)).)))))(.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)..........))))))(((((((((.(....).)))))))))............).....))))))...((((..((....))..............................))))..)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((..........................................................................(((((.........)))))..((((((((.(((((.......))))).).)))))))..................((((..................)))).................((.........(((........)))..........)).......................)))))))...))))))))...)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((((((((((((..((((((((((((((............)))...........................(((........)))(((((....(((((.........)))))..(((((((..(((((.......))))).)..))))))............))))).(((((((((........)))))))))..................))))))....(((........))).................(((....)))........))))).....))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(.(((((((..((((((((((((((((((((((((((.(..(((((......))........((.(((((..........))))).)).......((((((....(((((((....)).)))))(.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)..........))))))(((((((((.(....).)))))))))...........)))...)))))))...((((.(((....))).............................))))..)))))))...))))))))..))))))))))))..)(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((((((((((((((((((((((((((((....))).........(((.........(((.((((((...))))))..)))...((((((....(((((.........)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..))).............))))))...((((.(((....)))......(((........))).........))))..)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((..(((((((((((((((((((((((((.....)))))......................(((.((((((...))))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........))))))))).((((.............))))(((.....)))...((..(((.....(((........))).....)))..))...)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((((((((.............................((([[.[[[......)))]]]..]]....((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..................)))))).....................................................)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).(((((((..(((((((((((((((((((((((((.....)))))......................(((.((((((...))))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........))))))))).((((.............))))..............((..(((.....(((........))).....)))..))...)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((((((((((((((((..(((((((...(((((....................(((((..........)))))..........((((((....(((((.........)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((.[[[[[..)))))))))..)))))...........)))))))..(((..))))))))........(((((((.....................)))))))]]]]])))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((............)))..........(...(.................................((.((((.........)))).))((((((..(.((((.......)))).)...))))))....................(((((((........)))))))...................(((((((((..(((........)))...)))))))))...................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((............)))..........(...(.................................((.((((.........)))).))((((((..(.((((.......)))).)...))))))....................(((((((........)))))))...................(((((((((..(((........)))...)))))))))...................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((..(((((((((((((((((((((((((.((.(((((.......................(((.(((((.....)))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..)))))..........)))))))...((((.(((....)))..........(((....))).........))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((((((((((((((((((((((((.....)))))......................(((.((((((...))))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((...[[[[))))){{{)))))))}}}.....]]]]))))))(((((((((........))))))))).((((.............))))..................(((.....(((.((...))))).....))).......)))))))...))))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..((((((((((((((((((((...((((...)))).........((((((.....(((((..........)))))..........((((((....(((((.........)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..((((.............))))..........................))))))......................))))))))...)))))))..))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((..((((((((((((((((((((((((((.(.(((((.......................(((.(((((.....)))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..((((((((.(((((.......))))).).)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..)))))..........)))))))...((((.(((....)))..(...((..(((....)))..))...).))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((.((((.......))))))).((((((((((((((((((((.((.(((((.................((.(((((..........))))).)).......((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..)))))..........)))))))...((((.(((....)))..........(((....))).........))))..)))))))...))))))))....)))))))).(((((((((.......)))).)))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((..((((((((((((((((((((.((((.....))))(((..(...((((((.........((((((((.....)))))..((....((((((....(((((((....)).)))))..((((((((.(((((.......))))).).)))))))............))))))(((((((((........)))))))))..((((.............))))))...))).(((....))).......))))))....(((....)))..)..))))))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((.((..)).......(((((((..)))).)))((((..)))).))))((.((((((((((((((........(((((.((...((((..(((.............))))))).(((...(((......).))....))))).))))).(((((.((((..))))))))).((((((....).)))))((((...((((((..((..........))..)))))).)((((((((.(..((........))..).)))).)))).((((((((..)))).))))((((..)))).))).)))))).).).))))))).)...((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((..((((((((((((((((((((((((((.(..............................((.(((((.....)))))..))....((((((....(((((((....)).)))))..((((((((.(((((.......))))).).)))))))............))))))(((((((((........))))))))).................)))))))...((((.(((....))).............................))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..((..(((((((((((((((((((((((((.((..(((.((.....................(((.(((((.....)))))..)))...((((((....(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...)))))))............))))))(((((((((........))))))))).........)))))...)))))))...((((.(((....)))..........(((....))).........))))..)))))))...))))))))..)))))))..)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((.((((.....)))).(((((..((((.((.....))))))...))))).)))))......(((.........(((..........))).(((....)))...........(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...))))))).......))).((((...(((((((((........)))))))))..((((.............))))....))))......((((.......(((((((.....................)))))))..(((.((........))))).))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......((((.....))))...(((((((((.....))))).((((.....))))..........(((((.......(((..........))).(((....))).....((((..(((((((....)).)))))..(((((((..(((((.......)))))...))))))).((((......((((..{{{{((((((..[[[[[.))))))....((((.....]]]]]...)))).....)))).......}}}}.....))))...............))))...((((....)))).....)))))..)))).(((....))).((((.......)))).))))))).... |