|
|
|
GGGGUUGACUGGUUUUGACAGCGGGCAGAAAUGGUGGGUAAGCAUGCAGUGCGUCGGUGAUUUGCACUUUAAUCUCAGUUAUCAAAAUUUUAUCUGGCGAAACUAAUUACGCUCUUGCUGCUUAAUCGAAUCAUAGUAGAUUAGCUUAAUCCAGGCACCAGGUGCCAGGACGAGACAUCACUCGGAAGCUGUUGCUCCGAAGCAUUCCGGUUCAGUGGUGCAGUUACAUCGGGGAUAGUCAGAAGUGGCCUUGCGCUUCUGAUGAAACUUUAAAGGAUAAGGCAGGAAUUGAUGGCUUUGGUUCUGCUCCUGCACGAAAAACUUAGGCAAAGAUAAGCAUGUAGAAAGCUUAUGAUUUCCUCGUUUGGACGAGGGUUCGAAUCCCUCCAGCUCCACUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........(((..((..(((((.((((((...((((((((((...aaaaaaa.)))))........AAAAAAA.............................(((((..(((.((((.(.(...).).)))))))....(((.(((((...))))).))))))))((((((((((((..(....{{{{{{.)..))))))....))))))........}}}}}}...((((((((((.[[[[.)))))))))).........]]]].....((((((.(.((...<<<<<..)).).))))))..............>>>>>....)))))......)))))).))))).))..)))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((((((((((.(((.(((((((.(((((.((((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).).)))))))).)))..))))).((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))).((((((((((((...((((.(((((((((((.((.((.....)).)).)))))..)))))).)))).....(((((.....)))))..))))).....))))))).))))))))))..))))).....(((.....((((((.........))))))((..(((((((....))))))).)).....))))))).))..))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.......))).(((..(((...((((((..((((((.(((((.........)))))....(((..(((((((((..........((((..........))))(((((((((.((((...........)))))))...((((.(((((...)))))..(((....(((((((((((((((..........))).)))))....)))))))..))).....((.....((((((((((......))))))))))....)).....))))..))))))..)))))))))..)))(((...((((...........))))...)))...)))))).....))))))....(((((((....))))))))))....)))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((........((((((((.........(((((.((.(.((((......................................................)))).)..)))))))((((...........)))).......(((.(((((...))))).))).....((((((.((((((((..........))).))))).....)))))).................((((((((((......))))))))))......................................))))))))..........)))..........((((((.........)))))).........((....))(((((.......))))).)))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............((((..(((((.(.............((((((.........)))))).......(((...............))).....................................................(((.(((((...))))).))).....(((((((((((((((..........))).)))))....))))))).................(((((((((........)))))))))..................((((((.(.((..((....)))).).))))))....................(((((.........)))))).))))))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.((......((((....((((....((((((.((((.(((...(((.....))).....(.((((...............)))).)..........)))..))))))))))......)))).........))))......)).)))))..............(((((((((((.(((..........)))..)))))....))))))..(((....((((((..(((((((((........))))))))).................(((((((.(.((..........)).).)))))).).................((((((.........))))))....))))))....)))(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((..(((.((((((((.........(((((.((((.((((.....................(((...............)))............)))).)).)))))))((((...........))))..(((..(((.((((((.)))))).))).))).(((((((((((((((..........))).))))))....))))))..........(((....((((((((((......))))))))))....)))..................((.........))))))))))))).....)))))).(((.....((((((.........)))))).....))).((....))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.[[[[[.)))....]]]]](((((...((((((.(((..((((.((((.....))))......((((...............))))...........))))...))))))))).....)))))(((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))))(((((((..(((.((((..(((((......))))).)))).((((((((((......))))))))))...........)))....[[[[[[.......)))))))......]]]]]].............(((...[[[[[[.))).....]]]]]](((((((((((.[[[))))))....))))).........]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((..(((.(((((((.(((((.((((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).).)))))))).)))..)))))(((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))))(((((((..((.(((((....((...(((.....(((....((((((((((......))))))))))....))).....)))...))..)))))))..))))))).)))))))))).....))))).)))......((((((.........))))))....(((......))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......((((.(((.((((((((........((((((.(((..((((..(((.....)))........(((.((.........)).)))............))))...))))))))).............................(((((...))))).........((((((.((((((((..........))).))))).....)))))).................((((((((((......))))))))))......................................)))))))))))....................((((((.........)))))).........((....))[[[[[..)))).]]]]]))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((..(((.(((((((.(((((.((((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).).))))))))).))..)))))(((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))))(((((((..(.((((((...((((......)))).......((((((((((......))))))))))....((...........))...)))))))..))))))).)))))))))).....)))))).))......((((((.........))))))....(((......))).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((......((((((((.................((((((.........))))))........(((((((((...........(((..........)))(((((((((((..................((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).))))))........)))))(((((((......[[[[[[....)))))))...((((((((((......))))))))))..................)))))).)))))))))....))))))))]]]]]]..)))))).(((.....((((((.........))))))....((((((((..))))))))........))).))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..(((((((.......((((.(((.((((((.........(((((................))))).........(......................((.((((.................................)))).))..............((((((..(((.((((........))))..)))......))))))...................(((((((........)))))))..................(((((((((..((..........))..))))))).)).................)..))))))....))).)))).....))))).)))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..(((((((.......((((.(((.((((((.(.......(((((................))))).........(......................((.((((.................................)))).))..............((((((..(((.((((........))))..)))......))))))...................(((((((........)))))))..................((((((((...((..........))...)))))).)).................).)))))))....))).)))).....))))).)))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((..(((.(((((((.....((..((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).)).))))))))..)).((((.(((.((((.((((.((((..((((((...(((.(((.((....))..((((.(((....))))))).....))))))....)))))).........(((....((((((((((......))))))))))....)))....)))).))))...))))....))).)))))))))))))).....)))))).(((.....((((((.........))))))((..(((((((....))))))).)).....))).))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((.((((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((...............)))).))........)))).).))))))))).))..)))))(((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))))(((((((..(.((((((..(((((......)))))......((((((((((......))))))))))....(((((.....)))))...)))))))..)))))))))))))))))))....)))))).))......((((((.........))))))....(((......))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((..(((((.((((((..((((((((((((.........))))))..((((..(((((((((..........((((..........))))....((((((.....((((......))))......((((..((((((..........((((......))))..(((((.((((....))))...)))))...))))))................((((((((((......))))))))))...........)))).))))))...)))))))))..)))).((((.................)))).......)))))).....)))))).))))))))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((..(((.(((((((......(..((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).).)))))))))..)..((((.(((.((((.((((.((((..((((((.(.(((.(((.((....))..(((((.((....))))))).....)))))).)..)))))).........(((....((((((((((......))))))))))....)))....)))).))))...))))....))).)))))))))))))).....)))))).(((.....((((((.........))))))((..(((((((....))))))).)).....))).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((.((((((((..(((.((((((((....((..((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).)).))))))))..))...((.(((.((((.((((.((((..((((((...(((.(((.((....))..(((((.((....))))))).....))))))....)))))).........(((....((((((((((......))))))))))....)))....)))).))))...))))....))).)).))))))))))).....))))))..))))...((((((.........)))))).....))).((..(((.(((((.......)))))....))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((....((((((..(((((.((((((..((((((((((((.........)))))).....................((((((((((..........)))).....(((((((..((((((.(((.((((.((((.((((..((((((.(.(((.(((.((....))..((((.(((....))))))).....)))))).)..)))))).........(((....((((((((((......))))))))))....)))....)))).))))...))))....))).))))))(((....)))........))))))).)))))))))))).....)))))).))))))))))).))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(....)))).((((((((((........))((.(((((.(.((((((.............((((.((......((..))..((((((((.(((..)).)..(..((((((((((((((((......)))))))))))).))).)..).)))))))).))))))...))).).))))))))))..(((((((((.((((...(...........)..))))......(((((((((..(..))))))))))((..((((........)))))).......))).)))))))))))))))(......)((((...((.((((((((((.(......))))))).))))))..))))....((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((.(((((((..(((....((((((.((((.((((......................................................)))).).)))))))))......)))..(.....((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).))))))...).(((((((...................................((((((((........))))))))................................))))))).))))))))))....................((((((.........))))))....(((((((....)))))))............))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((..(((.(((((((.(((((.((((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).).)))))))).)))..))))).((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))).((((((((((((...((((..((((((..((.((.((.....)).)).))..)..)))))..)))).....(((((.....)))))..))))).....))))))).)))))))))).....)))))).(((.....((((((.........))))))((..(((((((....))))))).)).....))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...........)))).(((((.......((((((......((((((.........)))))).((((....))))........)))))).(((..........))).....)))))..((((.(((......))).(((((......((((.....))))....((((......)))).)))))..((((....))))...)))).....((((......)))).((((..((((((((((......))))))))))....(((((.....)))))..((((((((.....))))))))..))))..((((....((((........))))......((((........)))).)))).((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((({{{..{{{{{.))))...}}}}}..}}}.(((..(((.....)))...((((.....))))...))).(((...............)))(((..........))).....(((((.[[[[[......)))))..((((((......((((.....))))....((((......)))).)))))).((((....))))...]]]]]...(((((......))))).(((..((((((((((......))))))))))......(((.....))).((((((.......<<<....<<<<<<))))))........((((>>>.....))))...>>>>>>.aaa.aaaa..)))AAAA......(((((.......))))).AAA....... |