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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00055



RNA: TMR_00055
Rfam family: tmRNA

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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((..(((.(((((((.(((((.((((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).).))))))))).))..)))))(((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))))(((((((..(.((((((...((((......)))).......((((((((((......))))))))))....((...........))...)))))))..))))))).)))))))))).....)))))).))......((((((.........))))))....(((......))).(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(((.(((((((.....((..((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).)).))))))))..)).((((.(((.((((.((((.((((..((((((...(((.(((.((....))..((((.(((....))))))).....))))))....)))))).........(((....((((((((((......))))))))))....)))....)))).))))...))))....))).)))))))))))))).....)))))).(((.....((((((.........))))))((..(((((((....))))))).)).....))).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((.((((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((...............)))).))........)))).).))))))))).))..)))))(((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))))(((((((..(.((((((..(((((......)))))......((((((((((......))))))))))....(((((.....)))))...)))))))..)))))))))))))))))))....)))))).))......((((((.........))))))....(((......))).(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((..(((((.((((((..((((((((((((.........))))))..((((..(((((((((..........((((..........))))....((((((.....((((......))))......((((..((((((..........((((......))))..(((((.((((....))))...)))))...))))))................((((((((((......))))))))))...........)))).))))))...)))))))))..)))).((((.................)))).......)))))).....)))))).))))))))))).....(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((....((((((..(((((.((((((..((((((((((((.........)))))).....................((((((((((..........)))).....(((((((..((((((.(((.((((.((((.((((..((((((.(.(((.(((.((....))..((((.(((....))))))).....)))))).)..)))))).........(((....((((((((((......))))))))))....)))....)))).))))...))))....))).))))))(((....)))........))))))).)))))))))))).....)))))).))))))))))).))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(....)))).((((((((((........))((.(((((.(.((((((.............((((.((......((..))..((((((((.(((..)).)..(..((((((((((((((((......)))))))))))).))).)..).)))))))).))))))...))).).))))))))))..(((((((((.((((...(...........)..))))......(((((((((..(..))))))))))((..((((........)))))).......))).)))))))))))))))(......)((((...((.((((((((((.(......))))))).))))))..))))....((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((.(((((((..(((....((((((.((((.((((......................................................)))).).)))))))))......)))..(.....((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).))))))...).(((((((...................................((((((((........))))))))................................))))))).))))))))))....................((((((.........))))))....(((((((....)))))))............)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((((..(((.(((((((.(((((.((((((((.((((.((((.((((.....))))....((((((.((.........)).)))).))........)))).).)))))))).)))..))))).((((..((((((..(((.(((((...))))).)))((((......)))).)))))))))).((((((((((((...((((..((((((..((.((.((.....)).)).))..)..)))))..)))).....(((((.....)))))..))))).....))))))).)))))))))).....)))))).(((.....((((((.........))))))((..(((((((....))))))).)).....))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...........)))).(((((.......((((((......((((((.........)))))).((((....))))........)))))).(((..........))).....)))))..((((.(((......))).(((((......((((.....))))....((((......)))).)))))..((((....))))...)))).....((((......)))).((((..((((((((((......))))))))))....(((((.....)))))..((((((((.....))))))))..))))..((((....((((........))))......((((........)))).)))).((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((({{{..{{{{{.))))...}}}}}..}}}.(((..(((.....)))...((((.....))))...))).(((...............)))(((..........))).....(((((.[[[[[......)))))..((((((......((((.....))))....((((......)))).)))))).((((....))))...]]]]]...(((((......))))).(((..((((((((((......))))))))))......(((.....))).((((((.......<<<....<<<<<<))))))........((((>>>.....))))...>>>>>>.aaa.aaaa..)))AAAA......(((((.......))))).AAA.......