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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00057



RNA: TMR_00057
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((.(((((((((((((((((....((((((.(((..((((((.......(((...((((.......))))..)))......(((((((...))))))).))))))..))))))))))))).......(((((.(((......)))....(((((((((...............))))))..))).))))).....))))).))))))))..((((((............)))))).....))))..((((((...(((((((((((((...((((...((...((((((...........))))))...)).((((((....)))))).........))))))))))))))))))))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.(((((......((((.(.(((((((((.(.....(((..(((((.......))))).))).......(((((.....)))))).)))))).))))))).(((.....)))....)...))))).)))))))).....((((((.((.........)).))))))...(((((.......)))))...(((((((..((((((..(((...))).))))))......)))))))............(((((.......))))).........(((...........)))((((((....))))))........................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((......((..((((((((((((((((((.........))).)))).......(((((((((((....................(.(((.(((((((((.((..............)).))).......)))))).))).)((((((...............))))))...((((((....)).))))...(((((....((((((............))))))........)))))..))))))....(((((.......))))).)))))((((((...........))))))...)))))...))))))..))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((((((.(((((...((.((((.(.(((((((((.(.....(((..(((((.......))))).))).......(((((.....)))))).)))))).))))))(((((.....)))).))))).))))).)))))))))..((((((((.((.........)).)))))).))(((((.......)))))((.(((((((..((((((..(((...))).))))))......))))))).)).....))))(((((.......)))))........((((...........))))(((((....)))))(((.................)))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((.(((((...((((..(((.(((((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).))).)))(((((...)))))..)))).))))).))))))))).(((((((((...............)))))).)))(((..[[[[[[[)))......]]]]]]](((.[[[[.....)))......]]]].........((((((...((((((..(((((...((((..(((.(((((....)))))........((((((....))))))...))).(((...)))..)))))))))..)))))))))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........(((((((((.(((((...(((((((.(((..((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).))))))..))))))...............)))).))))).)))))))))))))((((((.((.........)).))))))...((((((....).)))))(((.((((((..((((((..(((...))).))))))......)))))))))((.((((((((((.....)))))).)))).)).(((....)))......((..((((((....))))))..))...(((.((((((((((....)))))).)))).))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.................................((((...(((((((((.......(((...............)))...........((((((.....)))))).)))))).))).))))...................................(((((((((.((.........)).))))))..)))((.........)).....(((((((...(((((...((...))..))))).......)))))))..((...((((((((..((................((((((...........))))))........(((......)))................))[[)))))))).))]].)))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.........(((((((((.(((((...(((((((.(((..((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).))))))..)))))).(((.....)))...)))).))))).))))))))).)))((((((.((.........)).))))))...((((((....).)))))...(((((((..((((((..(((...))).))))))......)))))))......(((((((((.....))))))).))...(((((....)))))....((..((((((....))))))..))....((.((((((((((....)))))).)))).))..)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((((((((((...(((((.(((...)))....))))).....(((((((((((((......(((((((...))))))).((((....(((.................)))(((((((((((...)))))(((((((((...............))))))..))))))))).....))))...(((((((..((((((..(((...))).))))))......)))))))..))))))....(((((.......)))))......))))))).............(((((((..)))))))))).))))))))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.......((((((..................)))))).......(...(........................(.((((.............)))).)((((((.((((.........))))............................))))))....................((((((((............)))))))).........................(((.......)))..............................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(......(((((..................))))).......((...(........................(.((((.............)))).)((((((.((((.........))))............................))))))....................((((((((............)))))))).........................(((.......)))..............................))))))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((.(((((((((((((.((((...((((((.(((..((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).))))))..)))))))))....))))...(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).))))).....))))).))))))))..((((((..(((...))).)))))).....))))..((((((...((((((..(((((...((((......(((((....)))))....((..((((((....))))))..))..............)))))))))..)))))))))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((........(((((((((.(((((...(((((((.(((.(((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).)))))))(((((...)))))..)))).))))).)))))))))))))((((((...............))))))...((((((....).)))))...(((((((.(((((((..(((...))).)))))).)....))))))).....((((((((((..[[[))))))).)))..(((((....)))))........((((((....)))))).......(((.((((((((((.]]])))))).)))).))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((...(((((........((((((......((((((............(((((.......)))))..........(((((((...))))))).)))))).....))))))...........(((((..(((((((...))))))).((((((...............))))))......))))).....)))))....((((...((((...))))...))))..)))))))))......((((((...((((((((((((...(((((......(((((....)))))........((((((....))))))..................))))))))))))))))))))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((.(((((((((((((.((((...((((((.(.(((((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).))))))))))....))))...(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).))))).....))))).))))))))..((((((..(((...))).)))))).....))))..((((((...((((((..(((((...((((......(((((....)))))....((..((((((....))))))..))..............)))))))))..)))))))))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((.(((((((((((((((((..(((...((((((.(.(((((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).))))))))))...........(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).))))))))..))))).))))))))..((((((..(((...))).)))))).))))...)).((((((...((((((..(((((...((((...((...((((((...........))))))...)).((((((....)))))).........)))))))))..)))))))))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((..........))))((.((..))))...))))))(.(((((.(((((((.............))))...((((((((((((((......)))))..))))))))).(((((((...................)))))).).))).(((((((((.((.(......))).))))))..)))..(((((((..((((.((((..))))).)))..))))))).((((((((((((((....(..(((((((......))))))))...))).))))))))))).((((........).)))(((((((..))))))).))))))...((...))(((..)))(((((...)..)))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((((((..((....((((((.(.(((((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).))))))))))...........(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).))))).))..))))).))))))))..((((((..(((...))).))))))...........((((((...((((((..(((((...((((........(((....)))..........((((((....))))))..................)))))))))..)))))))))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......((((((((((((((...(((((..((((.(((.....((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).))))))))).))))..))))).......(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).)))))......((((....(((((....)))))..)))).))))).)))))))))......((((((...((((((..(((((...((((......(((((....)))))....((..((((((....))))))..))..............)))))))))..)))))))))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((.......)))).(((..(((((....((((....)))).(((((.......((((((........)).))))...........((((((.....)))))).)))))..(((.((.((((.....)))))))))..)))))..((((........((((((...............))))))...(((((.......)))))......((((....)))).))))...)))..((((((.....))).))).((((.(((((((((.....)))))).)))...(((((....)))))..........((((....)))).(((.................)))..(((((.......))))).)))).)))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((<<<<<.....)))).(((......((((((((....))).bbbbbb.......bbbbbb))).....BB.BBBB.))))).....((((((.....)))))).BBBBBB..(((.((((((.....)))).)).))).((((((.....)))))).((((((.........>>>>>.))))))...((((((....)).)))).....((((((.(((.....)))....(((.aaa.)))....(((.AAA...))).((((((((((.......))))).{{{{..{{{{{)))))).....}}}}}.(((....))).((((.....)))).........}}}}..[[[.))))).]]]...))))))....