|
|
|
GGGGGUGCCCUGGUUUCGACGGGUUGCUAGAAGUUUUGUGGGCGUGUCCAGGCUGGUGUCCAAGGUCCUGGUUAAAAGGAGACCAAACCAUAAUUGCAGAAUCUAAUUUUGCUCCAGCUAUGGCCGCUUAAUUUAAUUAACGCCGCCGCUUUAAGUAGCUUGAGGGGUUAGCAUCCAAUAAACAGAAGCUAACAUCCCAGUGGUAACAACUGGCUAACUUGUUACGCAGCAACUGCCAUGCAAUGCUGUUGAAAAAACAAGUGGGGUUUGUCGAGUUCGCGUAAUUCGAACAGUCUUGUCUUCUGACGAUAAAUGAAGACUACGCACGUAGUCCGCACUAUGGAAAUCAACUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCACCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.(....((..((((((((((((((((..aaa.aaa.....)))))......AAA.AAA...........................................((((.....)))).......(.(((..((.........[[[[[[.))...........))).)...................]]]]]]......((..(((((({{{.........))))))..))......}}}...(......((..(...<<..<<...)...))......)............>>..>>...)))))...))))))..))....).)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((.(((((((((((((((((....((((((.(((..((((((.......(((...((((.......))))..)))......(((((((...))))))).))))))..))))))))))))).......(((((.(((......)))....(((((((((...............))))))..))).))))).....))))).))))))))..((((((............)))))).....))))..((((((...(((((((((((((...((((...((...((((((...........))))))...)).((((((....)))))).........)))))))))))))))))))))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.(((((......((((.(.(((((((((.(.....(((..(((((.......))))).))).......(((((.....)))))).)))))).))))))).(((.....)))....)...))))).)))))))).....((((((.((.........)).))))))...(((((.......)))))...(((((((..((((((..(((...))).))))))......)))))))............(((((.......))))).........(((...........)))((((((....))))))........................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......((..((((((((((((((((((.........))).)))).......(((((((((((....................(.(((.(((((((((.((..............)).))).......)))))).))).)((((((...............))))))...((((((....)).))))...(((((....((((((............))))))........)))))..))))))....(((((.......))))).)))))((((((...........))))))...)))))...))))))..))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((((((((((.(((((...((.((((.(.(((((((((.(.....(((..(((((.......))))).))).......(((((.....)))))).)))))).))))))(((((.....)))).))))).))))).)))))))))..((((((((.((.........)).)))))).))(((((.......)))))((.(((((((..((((((..(((...))).))))))......))))))).)).....))))(((((.......)))))........((((...........))))(((((....)))))(((.................)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.(((((...((((..(((.(((((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).))).)))(((((...)))))..)))).))))).))))))))).(((((((((...............)))))).)))(((..[[[[[[[)))......]]]]]]](((.[[[[.....)))......]]]].........((((((...((((((..(((((...((((..(((.(((((....)))))........((((((....))))))...))).(((...)))..)))))))))..))))))))))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........(((((((((.(((((...(((((((.(((..((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).))))))..))))))...............)))).))))).)))))))))))))((((((.((.........)).))))))...((((((....).)))))(((.((((((..((((((..(((...))).))))))......)))))))))((.((((((((((.....)))))).)))).)).(((....)))......((..((((((....))))))..))...(((.((((((((((....)))))).)))).))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.................................((((...(((((((((.......(((...............)))...........((((((.....)))))).)))))).))).))))...................................(((((((((.((.........)).))))))..)))((.........)).....(((((((...(((((...((...))..))))).......)))))))..((...((((((((..((................((((((...........))))))........(((......)))................))[[)))))))).))]].))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........(((((((((.(((((...(((((((.(((..((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).))))))..)))))).(((.....)))...)))).))))).))))))))).)))((((((.((.........)).))))))...((((((....).)))))...(((((((..((((((..(((...))).))))))......)))))))......(((((((((.....))))))).))...(((((....)))))....((..((((((....))))))..))....((.((((((((((....)))))).)))).))..))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((((((((...(((((.(((...)))....))))).....(((((((((((((......(((((((...))))))).((((....(((.................)))(((((((((((...)))))(((((((((...............))))))..))))))))).....))))...(((((((..((((((..(((...))).))))))......)))))))..))))))....(((((.......)))))......))))))).............(((((((..)))))))))).))))))))..)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.......((((((..................)))))).......(...(........................(.((((.............)))).)((((((.((((.........))))............................))))))....................((((((((............)))))))).........................(((.......)))..............................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(......(((((..................))))).......((...(........................(.((((.............)))).)((((((.((((.........))))............................))))))....................((((((((............)))))))).........................(((.......)))..............................))))))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((.(((((((((((((.((((...((((((.(((..((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).))))))..)))))))))....))))...(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).))))).....))))).))))))))..((((((..(((...))).)))))).....))))..((((((...((((((..(((((...((((......(((((....)))))....((..((((((....))))))..))..............)))))))))..))))))))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........(((((((((.(((((...(((((((.(((.(((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).)))))))(((((...)))))..)))).))))).)))))))))))))((((((...............))))))...((((((....).)))))...(((((((.(((((((..(((...))).)))))).)....))))))).....((((((((((..[[[))))))).)))..(((((....)))))........((((((....)))))).......(((.((((((((((.]]])))))).)))).))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((((((((...(((((........((((((......((((((............(((((.......)))))..........(((((((...))))))).)))))).....))))))...........(((((..(((((((...))))))).((((((...............))))))......))))).....)))))....((((...((((...))))...))))..)))))))))......((((((...((((((((((((...(((((......(((((....)))))........((((((....))))))..................)))))))))))))))))))))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((.(((((((((((((.((((...((((((.(.(((((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).))))))))))....))))...(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).))))).....))))).))))))))..((((((..(((...))).)))))).....))))..((((((...((((((..(((((...((((......(((((....)))))....((..((((((....))))))..))..............)))))))))..))))))))))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((.(((((((((((((((((..(((...((((((.(.(((((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).))))))))))...........(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).))))))))..))))).))))))))..((((((..(((...))).)))))).))))...)).((((((...((((((..(((((...((((...((...((((((...........))))))...)).((((((....)))))).........)))))))))..))))))))))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((..........))))((.((..))))...))))))(.(((((.(((((((.............))))...((((((((((((((......)))))..))))))))).(((((((...................)))))).).))).(((((((((.((.(......))).))))))..)))..(((((((..((((.((((..))))).)))..))))))).((((((((((((((....(..(((((((......))))))))...))).))))))))))).((((........).)))(((((((..))))))).))))))...((...))(((..)))(((((...)..)))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((((((((((..((....((((((.(.(((((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).)))))).))))))))))...........(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).))))).))..))))).))))))))..((((((..(((...))).))))))...........((((((...((((((..(((((...((((........(((....)))..........((((((....))))))..................)))))))))..))))))))))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......((((((((((((((...(((((..((((.(((.....((((((.......(((..(((((.......))))).)))......(((((((...))))))).))))))))).))))..))))).......(((((.(((......)))....(((((((((.((.........)).))))))..))).)))))......((((....(((((....)))))..)))).))))).)))))))))......((((((...((((((..(((((...((((......(((((....)))))....((..((((((....))))))..))..............)))))))))..))))))))))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((.......)))).(((..(((((....((((....)))).(((((.......((((((........)).))))...........((((((.....)))))).)))))..(((.((.((((.....)))))))))..)))))..((((........((((((...............))))))...(((((.......)))))......((((....)))).))))...)))..((((((.....))).))).((((.(((((((((.....)))))).)))...(((((....)))))..........((((....)))).(((.................)))..(((((.......))))).)))).)))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((<<<<<.....)))).(((......((((((((....))).bbbbbb.......bbbbbb))).....BB.BBBB.))))).....((((((.....)))))).BBBBBB..(((.((((((.....)))).)).))).((((((.....)))))).((((((.........>>>>>.))))))...((((((....)).)))).....((((((.(((.....)))....(((.aaa.)))....(((.AAA...))).((((((((((.......))))).{{{{..{{{{{)))))).....}}}}}.(((....))).((((.....)))).........}}}}..[[[.))))).]]]...)))))).... |