|
|
|
GGGGGCGAUCGGUUUCGACGGUGACCUGUUCGCUGCAGGGAAGCGUGCCGAGAACGCCGGGUCCGCUCGUGGAUGACCCCGGCAAAAGAAUAAGUGCUAAAUCUAACCGCACUGAGUUCGCUCUCGCUGCCUGAUUUUUAGUCAGGAUUAACCAGUGAGCAGCCGCUCCGUUCACUCCUCCUCGUCUUUGGGAGGAUGCUGAGCGUCGUUUAGAAGACUUGCUGAUGCAGUUGAGCCUCAGGGCUGCAUCGGGACUUUAACUGCGGAUAUGCUCGCCAUCAGUUGUCUGCGACAUCGAUGGGGGCAGAAAAAUCGCCAACUUGGCCAGCAGACUACGCACGUAGAAGACUGUGGGUUCGGUCAUCGGACCGGGGUUCAAUUCCCCGCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((.(....((((((.....(((((((((...[[[[[[....))))........]]]]]]................................(((((((.......(((((((...))))))).......)))))))........((((((.((((((..{{{{{{.))))))...)))))).......}}}}}}....((((((((((.<.<<.<<.))))))))))..........>>.>>.>...(((..((((.((.aaaaaa...)).)))))))........................AAAAAA...))))).......))))))..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((....((((((((.....(((((((....((((((.((((..((((((((((....))))....))))))....(((..(((((...........)))))...)))..))))(((((((((((...))))))).....((((.(((((.((((..((((((.(((((((.......)))))))...))))))..(((..((((.....(((((((((((.........)))))))))))..))))))).))))...))))).(((((...((((...))))..))))).(((.........)))...)))).)))).......))))))......)))).)))..))))))))))))((((.......)))).))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((....((((((((......((((((....((((((.......(((((((((......)...)).))))))....((((.(((((...........)))))..))))((((((((((((((((.....))))))......))))))).)))(((((.....(.(((((((.......)))))))...))))))........(((.....(((((((((((.........)))))))))))..))).......(....(((((.(((((.(.((((...)))).))))))))))).............................)))))))......))))))....)))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((..........(..................((((((................)))))).........(((((...........)))))......((((((((((((((.........))))......))))))).)))............((((((.........)))))).........................(((((((((((.........))))))))))).................(((((.(((((....(.......)...))))))))))...........................................)........))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((......((((((....((((((.......((((((.(((....))).....)))))).........(((((...........)))))................((((((.....))))))........((((((((((((..((((((.(((((((.......)))))))...))))))................(((((((((((.........)))))))))))..........)))).).))))))).....((.((((((.....(......(((.........)))......)...)))))).))))))))......))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((....((((((((.(..(.((((((....((((((.......((((((((((....))...)).))))))....((((.(((((...........)))))..))))((((((((((((((((.....))))))......))))))).)))(((((.((..(.(((((((.......)))))))))).)))))..((...((((.(...(((((((((((.........)))))))))))).))))....))(....(((((.(((((.(.((((...)))).)))))))))(.((....)))((.....))....)).....)))))))......)))))))..))))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((....)))......(((((.[[[[)))))..]]]]..........((((((((((....))))....))))))...(((...[[[[[....)))....]]]]]((((..((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).)))).(((((.(((((((.[[[[[[)))))))...)))))........]]]]]]...((((((((((.[[[.......))))))))))..]]]...((((.(((.(((((.(((((...((((...))))..)))))))))).....)))((((...))))..)))).((((....))))..(((((......)))))...(((..[[[[)))....]]]].))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((....(((....(((((.....)))))....))))))))....((((((((..((...))..)).)))))).........(((((...........)))))((((..(((((((((((((((((...)))))))......))))))).))).))))((((((.((((((.((....))))))))...)))))).(((...((((.....(((((((((((.........)))))))))))..))))....)))....(((((.(((((...((((...))))..))))))))))........((((...))))(((....((((....))))....)))..((((((.....))))))((((......))))..))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((......((((((((......((((((....((((((.......((((((((...........)).)))))).........(((((...........)))))((....((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).[[))...(((.(((((((.......)))))))...)))]].................(((((((((((.........))))))))))).................(((((.(((((...((((...))))..))))))))))..............................))))))......))))))....))))))))..))((((.......)))).))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((....)).((((((((......((((((....(.((.........((((((((..((...))..)).)))))).........(((((...........)))))((((..(((((((((((((((((...)))))))......))))))).))).))))((((((.((((((.(......)))))))...))))))................((((((((((.....(....))))))))))).)))....))))))...(((((.(((((...((((...))))..))))))))))........((((...))))...(......(....).........).......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..))))((((((((......((((((....(((((((((((..(((((((((((..)))))....)))))).........(((((...........)))))........)))))((((((((((...)))))))........(((((((.((((..((((((.(((((((.......)))))))...))))))................(((((((((((.........)))))))))))..........))))...)))))))...)))..((((((........................((((...))))..))))))...))))))......))))))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.......((((.(((.((((((........(((((................))))).........(...(...........................((.((((.....................)))).))..........((((((..((((((.......))))))....))))))..................((((((((...........))))))))...................(((((.((((.(((..........))).)))))))))..........................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.(......(((((................))))).........(...(...........................((.((((.....................)))).))..........((((((..((((((.......))))))....))))))..................((((((((...........))))))))...................(((((.(((..(((..........)))..))))))))..........................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((....((((((((.(((((((((((.((((((.((.......((((((((((....))))....)))))).........(((((...........)))))..)).)))).)).)))((((((.....))))))......))))))))..((((..((((((.((((((.((....))))))))...))))))..((((..........((((((((((((.....))..))))))))))........((((.....(((((.(((((.((((....))))...))))))))))........(((.....)))..)))).((((....)))).)))).))))....))))))))))))((((.......)))).))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((....)))((((((((......((((((..(((.((.........((((((((...........)).)))))).........(((((...........)))))((((..(((((((((((((((((...)))))))......))))))).))).))))((((((.((((((.((....))))))))...))))))................((((((((((...........)))))))))).)))))..))))))...(((((.(((((...((((...))))..))))))))))........((((...)))).......((((.[[[))))......]]].....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((....((((.......)))).((((((...((((((((((....)))))....)))))....((((.(((((...........)))))..))))...((((((((((((((...)))))))......)))))))...((((..((((((.(((((((.......)))))))...))))))................(((((((((((.........)))))))))))..........))))...(((((.(((((.((((....))))...)))))))))).............))))))..((((.((((....))))....))))......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((....((((((((.(..(.(..(((....((((((.((((..((((((((((....))))....))))))....((((.(((((...........)))))..))))..)))).(((((((((.....))))))........(((((((.((((..(((((((((((((.((....)))))))).).))))))..(((..((((...(.((((((((((((.....))..)))))))))).)))))))).))))...)))))))...)))..((((((....((((.(..(((.((....)))))..)))))...))))))...))))))......)))..))..)))))))))))))((((.......)))).))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((((((..((.(((((..(((((.....)))))...((((((.(((...((((((((((....))))....))))))....((((.(((((...........)))))((((..((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).)))).))))....)))...((((((..((.(((((...))))).))..))))))...((((((((((((.....))..))))))))))........((((.....(((((.(((((.((((....))))...))))))))))........(((.....)))..)))).....)))))).....))))).)).)))...))))..)).(((........)))............ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((.(((((.(((((....(((.((((((..(((.((.((((((((((((((((((....))))....)))))).........(((((...........)))))..))))....((((((((((((.....))))))......))))))((((((((((.((....((((((.((....)))))))).)).))))(((........)))...((((.((......)).)))))))))).)))).)))))..))))))...(((((.(((((.((((....))))...)))))))))))))...))))).(((..(((.((((.((((....))))....)))).)))..)))..)))))))((((.......)))).))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((.((...((((((((((((((((.(((((....((((((.(.((((((........).)))))(((...)))....((((.(..........))))).)))))))...)))))))))...................))))))))))..))..((((((..(((((........).))))....)))))).))...)))).(((((((((..((((((((.(((...........))).))).)))))..)...(((((.(((((.(..(((...)))..)))))))))))(((..)))((((...))))))))))))((((..))))((.((((((....)))))).))..))))(((........))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((.(..(.(..(((.................((((((((((....))))....)))))).......................((((...((((..((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).))))((((((.((((((.(......)))))))...))))))................((((((((((((.....))..))))))))))..........))))...(((((.(((((...(((.....)))..))))))))))........(((.....))).......................)))..))..))))))))).....((.........))..))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((....((((((((.(....(..(((....((((((.(((...((((((((((....))))....))))))....((((.(((((...........)))))((((..((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).)))).))))....)))...((((((..((.(((((...))))).))..))))))...((((((((((((.....))..))))))))))........((((.....(((((.(((((.((((....))))...))))))))))........(((.....)))..)))).....))))))......)))..)...)))))))))))))((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((.......))))..(((((.....))))).......)))......((((((((((....))))....))))))....((((..((((...........)))).(((......)))....((((((.....))))))..........((((....)))).))))..(((((((.......)))))))..(((((.....)))))..(((.(((....))))))..(((....))).(((.............))).....(((..((((...((((....))))..((((............))))......))))..)))..((((....))))......(((((...((((....))))((((.......)))).....))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.<<<<<.))))..(((((.....)))))...((((..>>>>>)))).(((((......[[[[[))))).(((..........((((...]]]]]...)))).(((..aaaa)))))).((((((.....))))))......((((((((....)))).......(((((((.bbbbb.))))))).))))BBBB..(((.....))).(((....)))....((((....)))).....BAAAA.....((((.....(((((.(((((.((((....))))...))))))))))........(((.....)))..)))).((((....))))..(((((...{{{)))))....}}}.((((.......)))).))))))).... |