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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00062



RNA: TMR_00062
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((....((((((((.....(((((((....((((((.((((..((((((((((....))))....))))))....(((..(((((...........)))))...)))..))))(((((((((((...))))))).....((((.(((((.((((..((((((.(((((((.......)))))))...))))))..(((..((((.....(((((((((((.........)))))))))))..))))))).))))...))))).(((((...((((...))))..))))).(((.........)))...)))).)))).......))))))......)))).)))..))))))))))))((((.......)))).)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((....((((((((......((((((....((((((.......(((((((((......)...)).))))))....((((.(((((...........)))))..))))((((((((((((((((.....))))))......))))))).)))(((((.....(.(((((((.......)))))))...))))))........(((.....(((((((((((.........)))))))))))..))).......(....(((((.(((((.(.((((...)))).))))))))))).............................)))))))......))))))....)))))))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((..........(..................((((((................)))))).........(((((...........)))))......((((((((((((((.........))))......))))))).)))............((((((.........)))))).........................(((((((((((.........))))))))))).................(((((.(((((....(.......)...))))))))))...........................................)........))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((......((((((....((((((.......((((((.(((....))).....)))))).........(((((...........)))))................((((((.....))))))........((((((((((((..((((((.(((((((.......)))))))...))))))................(((((((((((.........)))))))))))..........)))).).))))))).....((.((((((.....(......(((.........)))......)...)))))).))))))))......))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((....((((((((.(..(.((((((....((((((.......((((((((((....))...)).))))))....((((.(((((...........)))))..))))((((((((((((((((.....))))))......))))))).)))(((((.((..(.(((((((.......)))))))))).)))))..((...((((.(...(((((((((((.........)))))))))))).))))....))(....(((((.(((((.(.((((...)))).)))))))))(.((....)))((.....))....)).....)))))))......)))))))..))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((....)))......(((((.[[[[)))))..]]]]..........((((((((((....))))....))))))...(((...[[[[[....)))....]]]]]((((..((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).)))).(((((.(((((((.[[[[[[)))))))...)))))........]]]]]]...((((((((((.[[[.......))))))))))..]]]...((((.(((.(((((.(((((...((((...))))..)))))))))).....)))((((...))))..)))).((((....))))..(((((......)))))...(((..[[[[)))....]]]].)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((....(((....(((((.....)))))....))))))))....((((((((..((...))..)).)))))).........(((((...........)))))((((..(((((((((((((((((...)))))))......))))))).))).))))((((((.((((((.((....))))))))...)))))).(((...((((.....(((((((((((.........)))))))))))..))))....)))....(((((.(((((...((((...))))..))))))))))........((((...))))(((....((((....))))....)))..((((((.....))))))((((......))))..)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((......((((((((......((((((....((((((.......((((((((...........)).)))))).........(((((...........)))))((....((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).[[))...(((.(((((((.......)))))))...)))]].................(((((((((((.........))))))))))).................(((((.(((((...((((...))))..))))))))))..............................))))))......))))))....))))))))..))((((.......)))).)))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((....)).((((((((......((((((....(.((.........((((((((..((...))..)).)))))).........(((((...........)))))((((..(((((((((((((((((...)))))))......))))))).))).))))((((((.((((((.(......)))))))...))))))................((((((((((.....(....))))))))))).)))....))))))...(((((.(((((...((((...))))..))))))))))........((((...))))...(......(....).........).......))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..))))((((((((......((((((....(((((((((((..(((((((((((..)))))....)))))).........(((((...........)))))........)))))((((((((((...)))))))........(((((((.((((..((((((.(((((((.......)))))))...))))))................(((((((((((.........)))))))))))..........))))...)))))))...)))..((((((........................((((...))))..))))))...))))))......))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((....((((((((.(((((((((((.((((((.((.......((((((((((....))))....)))))).........(((((...........)))))..)).)))).)).)))((((((.....))))))......))))))))..((((..((((((.((((((.((....))))))))...))))))..((((..........((((((((((((.....))..))))))))))........((((.....(((((.(((((.((((....))))...))))))))))........(((.....)))..)))).((((....)))).)))).))))....))))))))))))((((.......)))).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((....)))((((((((......((((((..(((.((.........((((((((...........)).)))))).........(((((...........)))))((((..(((((((((((((((((...)))))))......))))))).))).))))((((((.((((((.((....))))))))...))))))................((((((((((...........)))))))))).)))))..))))))...(((((.(((((...((((...))))..))))))))))........((((...)))).......((((.[[[))))......]]].....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((....((((.......)))).((((((...((((((((((....)))))....)))))....((((.(((((...........)))))..))))...((((((((((((((...)))))))......)))))))...((((..((((((.(((((((.......)))))))...))))))................(((((((((((.........)))))))))))..........))))...(((((.(((((.((((....))))...)))))))))).............))))))..((((.((((....))))....))))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((....((((((((.(..(.(..(((....((((((.((((..((((((((((....))))....))))))....((((.(((((...........)))))..))))..)))).(((((((((.....))))))........(((((((.((((..(((((((((((((.((....)))))))).).))))))..(((..((((...(.((((((((((((.....))..)))))))))).)))))))).))))...)))))))...)))..((((((....((((.(..(((.((....)))))..)))))...))))))...))))))......)))..))..)))))))))))))((((.......)))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..(((((((..((.(((((..(((((.....)))))...((((((.(((...((((((((((....))))....))))))....((((.(((((...........)))))((((..((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).)))).))))....)))...((((((..((.(((((...))))).))..))))))...((((((((((((.....))..))))))))))........((((.....(((((.(((((.((((....))))...))))))))))........(((.....)))..)))).....)))))).....))))).)).)))...))))..)).(((........)))............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((.(((((.(((((....(((.((((((..(((.((.((((((((((((((((((....))))....)))))).........(((((...........)))))..))))....((((((((((((.....))))))......))))))((((((((((.((....((((((.((....)))))))).)).))))(((........)))...((((.((......)).)))))))))).)))).)))))..))))))...(((((.(((((.((((....))))...)))))))))))))...))))).(((..(((.((((.((((....))))....)))).)))..)))..)))))))((((.......)))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((.((...((((((((((((((((.(((((....((((((.(.((((((........).)))))(((...)))....((((.(..........))))).)))))))...)))))))))...................))))))))))..))..((((((..(((((........).))))....)))))).))...)))).(((((((((..((((((((.(((...........))).))).)))))..)...(((((.(((((.(..(((...)))..)))))))))))(((..)))((((...))))))))))))((((..))))((.((((((....)))))).))..))))(((........)))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((.(..(.(..(((.................((((((((((....))))....)))))).......................((((...((((..((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).))))((((((.((((((.(......)))))))...))))))................((((((((((((.....))..))))))))))..........))))...(((((.(((((...(((.....)))..))))))))))........(((.....))).......................)))..))..))))))))).....((.........))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((....((((((((.(....(..(((....((((((.(((...((((((((((....))))....))))))....((((.(((((...........)))))((((..((((((((((((((((.....))))))......))))))).))).)))).))))....)))...((((((..((.(((((...))))).))..))))))...((((((((((((.....))..))))))))))........((((.....(((((.(((((.((((....))))...))))))))))........(((.....)))..)))).....))))))......)))..)...)))))))))))))((((.......)))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((((.......))))..(((((.....))))).......)))......((((((((((....))))....))))))....((((..((((...........)))).(((......)))....((((((.....))))))..........((((....)))).))))..(((((((.......)))))))..(((((.....)))))..(((.(((....))))))..(((....))).(((.............))).....(((..((((...((((....))))..((((............))))......))))..)))..((((....))))......(((((...((((....))))((((.......)))).....)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.<<<<<.))))..(((((.....)))))...((((..>>>>>)))).(((((......[[[[[))))).(((..........((((...]]]]]...)))).(((..aaaa)))))).((((((.....))))))......((((((((....)))).......(((((((.bbbbb.))))))).))))BBBB..(((.....))).(((....)))....((((....)))).....BAAAA.....((((.....(((((.(((((.((((....))))...))))))))))........(((.....)))..)))).((((....))))..(((((...{{{)))))....}}}.((((.......)))).)))))))....