CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00064



RNA: TMR_00064
Rfam family: tmRNA

GGGGCUGAUUUAGGUUUCGACUGAAUGUCUUUGUGUUUGCAGUGCAUGUCGAGGGGAGAUAGGCCUCGUAAAAAAAUCUCAAAAAAUAAUUGCAAAAAAUAAAUAUAAUGAACCUGUUGCAUUAGCAGCUUAAUUGGGUUAAUAACCUAAAGGUUCCCUCUUAAUUUUUUUGUUACUCUUAACAAGAAAAUCAUUAUCUCAUAAGAGGUCUAUAAAUAAGAGCGCUCAUUAUAAAGUGCCUAACUCUAUAAUGAUAAGAAUAAAAAUUAGAGCUAAUUGAUUAAUUGACAUGAUCUUAAGUCAUUUUUCAAUAAAAUAUUAAAGAUCUAAACAUGUAGUAUCUGGAAAAUAUAAGAAUUCUGGACGCGGGUUCGAAUCCCGCCAGCUCCAUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.............(.((((.(.(.....(((...(((((((((((((.<<<<<...))))).......>>>>>.............................((((((.....((((((...........)))))).......))))))(((((((((((((((((..[[[.[.))))))))))..........)))))))..........]]]]...((((((..(.(.{{{{{{.).).))))))............}}}}.}}..(((((..((..(((..aaaa.a.a)))...))))))).......A.A.AAAA...)))))...)))....)))....).).)))).)...(((((.......))))))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..((((((.....)))..(((((((.((((((.((((((......(((((((((..........................................(((((.(((((....)))))....(((((((...))))))).))))).......((((((((((((....)))))))))))).............))))))))).......(((..((((((((.(((.....))).))))))))....(((....)))...)))..........)))))).((((((.(((.(((((.....)))))))).))))))..........))).)))..))))))).)))..))))).(((((.......))))))))))....))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((.(((((.........((((((((..(((..((((((((...(((((...............)))))......(((((((................(((((((((((....)))))....(((((((...)))))))))))))..(((((.(((((((((((....)))))))))))(((((((......((((.(((.......)))(((((........)))))....))))))))))))))))............)).))))).....)))))))).(((((.....((((((((((..((((.............))))..))).)))))))..)))))...))))))))))).))))).))...)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((.....((((((...(((.................)))))))))....))).))))))..........................................(((((((((((....)))))....((((((.....))))))))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))..........))))))).................((((((((.(((.....))).)))))))).....................................(((((..........................)))))..................................(((((((((.......)))))..).)))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(.((((.................((((((.........................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))....................)))).)...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(.(((..((((....(((.((((((((((.........(((((((((..............................................((((.......)))).......(((.....((((....))))..)))...((((((((((((....)))))))))))).............)))))))))............((((((((.(((.....))).)))))))).....................................((((((......(((.......))).....))))))...)))))...)).))).)))....)))).))).)...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((...(((((((...(((((..(((....)))).)))))))))))..)))).))))))..........................................(((((((((((....)))))....(((((((...)))))))))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))..........))))))).................((((((((.(((.....))).)))))))).....................................((((((.....((((.......))))....)))))).................(((..........)))((((((((((.......)))))..).))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((.[[[[))).....]]]]....(((((((.((((.[[[[[...))))........]]]]].............................(((((((((((....)))))....(((((((...)))))))))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))..[[[[....)))))))...]]]]((((..[[[[[..))))..]]]]]....(((((...................)))))...(((((.....((((..[[[[[[..))))....))))).........]]]]]]...)))))))............................(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((.(((((.((((((((......(((((.........)))))....................))))))))..))))).)))..(((((((((((....))))).....((((((...)))))).))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))..........)))))))((((.............((((((((.(((.....))).)))))))).............))))........((((..((....((((((.(((.(((((.....)))))))).))))))....))..)))).(((((((..........))))))).(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......................................................................................................(((((((((((....)))))....((((((.....)))))))))))).(((...((((((((((((....)))))))))))).............)))..................((((((((.(((.....))).))))))))......................((((......(((..[[[[[[..))).....))))..........]]]]]].............(((((((..........))))))).(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))......((((.((((((((......(((((.........)))))....................))))))))..)))).......(((((((((((....))))).....((((((...)))))).))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))..........))))))).................((((((((.(((.....))).)))))))).....................................(((((...((.((((.......))))))...))))).............(((((((..........))))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((.((((..(((((......((((((((......(((((.........)))))....................)))))))).............(((((((((((....)))))....(((((((...)))))))))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))..........))))))).................((((((((.............))))))))..........((((((..))))))........))))).......))))....................))))))))).........(((((((..........))))))).(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((......(((((...............))))).......(...(.......................................((.((((.......)))).))....((((((...(((.(((..........))).))).............)))))).................((((((((.............)))))))).....................((((((((((.(((..........)))))))))))))..............))..)))))).....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((.(....(((((...............))))).......(...(.......................................((.((((.......)))).))....((((((...(((.(((..........))).))).............)))))).................((((((((.............)))))))).....................(((((((((..(((..........))).)))))))))..............)).))))))).....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..((((((.....)))..(((((((.((((((.((((((......(((((((((..........................................(((((.(((((....)))))....((((((.....)))))).))))).......((((((((((((....)))))))))))).............))))))))).......(((..((((((((.(((.....))).))))))))....(((....)))...)))..........)))))).((((((.(((.(((((.....)))))))).))))))..........))).)))..))))))).)))..))))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))))))...(((((.(((((((([[[[[[(((((.........)))))....................))))))))..)))))......(((((((((((....)))))....(((((((...)))))))))))))(((((((((((((((((((....))))))))))))..........))))))).................((((((((.(((.....))).)))))))).....................(((((...........{{{{{{.{{{.{{{{{)))))}}}}}}}}.}}}}}}...]]]]]]....(((((((..........))))))).((((((....).))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((..((((................)))).((((((((..((((.(((((...((((..................))))..........((((((((....(((((....)))))....(((((((...)))))))..(((((((((((((((((((((((....))))))))))))..........)))))))...........))))..))))))))....))))).)))).................(((((....)))))......))))))))..............................))))))))).........(((((((..........))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..((((((.....)))..(((((((.((((((.((((((..((..(((((((((..........................................(((((.(((((....)))))....((((((.....)))))).))))).......((((((((((((....)))))))))))).............))))))))).......(((..((((((((.(((.....))).))))))))....(((....)))...)))......))..)))))).((((((.(((.(((((.....)))))))).))))))..........))).)))..))))))).)))..))))).(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..((((((.......)))))))))).(((((((.((((((.((((((......(((((((((..........................................(((((.(((((....)))))....(((((((...))))))).))))).......((((((((((((....)))))))))))).............))))))))).......(((..((((((((.(((.....))).))))))))....(((....)))...)))..........)))))).((((((.(((.(((((.....)))))))).))))))..........))).)))..))))))).......((((.(((((.......)))))....))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..((((((.....))).((((((((.(((((((((((((((((.......)))).......((((........(((((((................(((((((((((....)))))....((((((.....)))))))))))).((((((((((((((((((....))))))))))))....(((((....))))).......)))))).))((((((((.(((.....))).))))))))..........))))).........))))..)))))))((((((.(((.(((((.....)))))))).))))))..........))).)))..)))))))))))..))))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((((((..(((((((((.(((((....)))))))))..(((((((..))...)))))((((((..((((((((...))))).).))..))))))((((((((..))).))))))))))...((..))...).)))))))))))))).(((((((((((.....(((((((....((.((...)).))...)))))))(((.(((.(((((((((((......))))))(...(((((((.(...........).))))))).((((..))))....)(..).)))))....................))).))).(((((..))))).......)))))))))))....((((.((((((...)..)))).)...))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...(.(((.....))).((((((((.(((.....(((...........................................................(((((((((((....)))))....(((((((...))))))))))))).......((((((((((((....))))))))))))..................................((((((((.(((.....))).))))))))................................)))..((((((..((.(((((.....)))))))..))))))..............)))..)))))))).)...))))).(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((((...((((..((((....)))).))))))))).((((.(((((((((..........................................(((((.(((((....)))))....(((((((...))))))).))))).......((((((((((((....)))))))))))).............)))))))))......((((..((((((((.(((.....))).))))))))............(((((.((..(((((..(((((.(((((.....)))))...))))).....))))))).))))).......(..((..(((..........)))..))..)..))))...))))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((.......)))).(((..((((....)))).))).(((.......))).))))..((((..................))))................(((((.(((((....)))))....((((((.....)))))).)))))...((((.(((((((((((....))))))))))).....(((((....))))).......)))).(((((........)))))....(((((...................))))).(((((....)))))...((((.....)))).(((.....)))..((((..............)))).(((((((..........))))))).(((((.......)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.......))).((((..((((....)))).))))...((((.{{{{{...))))((((....}}}}}.........))))................(((((((((((....))))).....(((((.....))))).))))))...((((.(((((((((((....)))))))))))[[[[[(((((....))))).[[[[[.)))).(((((..]]]]].)))))....(((((.]]]]].............)))))......(((((...aaa.)))))....AAA.((((.....)))).((((..............)))).(((((((.......<<<))))))).(((((>>>....))))))))))))....