|
|
|
GGGGCUGAUUUUGGAUUCGACGGAGUAUCUUGUUAUUUAAAGUGCAUGCCGAGGUGAGGCAGGCCUCGUAAAAAGCCUCAAAAGAUAAAUGCAAAUAAUACUACAUAUAGAGAAUCUGUUGCUUUAGCAGCUUAAAUCAGACUAAUAUUCUGAAGGUUCCCUCUCGUUUCAAUAUUUACUCUUAGAUAUUAAAAAAUAAAUAGAGAGGCCAUAUAAAUAAGAGUGCGCGUAAAUGCUUGCUUUUGGCUUAACGUUAAGUAUAAAAAGCUAGUUGGUUAGUGAUUGGUCUUGAUAUAUCUACGCCAAUUAAAUGUAAUUCAAGACCUAAGCAUGUAGGUUACUAAAAAUAAAAAGAAUUCUGGACGCGGGUUCGAACCCCGCCAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.(.(...(((((..(((((((((((((({{{{{{...)))))......}}}}}}...............................(((((((..(..((((..............))))..)..)..))))))((((((.(((.((((((.[[[[.[.)))))).)))........))))))...........]]]]]..((((.(..(((.aaaaaa))).).))))........AAAAAA..(((((.(....((.<<<<.<<<.))......))))))..........>>>.>>>>...))))).....))))..)))))..).).))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.((((((.(((((...((((((((((.....(((((.......((((((..............))))))........))))))))))))........)))...))))).((((..(((((((.(((((((((((((((((....((..((((((((((.((((((((....)))))))).......)))).))))))....)).....)))))..(((....)))..(((((..(((((....)))))....)))))..)))))))..)))))(((((((((((((.............)))))..)))))))).)))).)))))))...............)))))).))).(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........................................((((((.......)))))).................................................(((((....))))).....(((((.......)))))......((((((.....((((((((....))))))))............))))))..........................(((.((((((.(((((....)))))...)))))).)))............((((((((.((.................))...)))))))).......................................((((((....).)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..................((((((......(((((..............))))).........................................................................................................................................................................................................................................................))))))......................)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((..((((.(((((...(((((((((.....((((((..............))))))...................................((((.......))))......(((((.......)))))......((((((.(((.((((((........)))))).)))........))))))..........................(((.((((((..................)))))).)))............((((((((.........................))))))))...))))).....))))...))))).)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((...........((.(((((......((((..((((((.......))))))....................))))...................(((((((((((....))))).....(((((.......)))))))))))(((((((((..((((((((....))))))))........))).))))))..........................(((.(((((((((((((())))))).).)))))).)))....(((((((((((((((((((((.............)))))..))))))))..........))))))))..))))).)))))))).....(((((((())).)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((((((((......))))).............(((....[[[[[[.)))..........]]]]]]...............................(((((((((((....))))).....(((((.......)))))))))))((((((...........[[[[[[[[..................)))))).........]]]]]]]].(((((...(((.((((((.(((((....)))))...)))))).)))...[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[.))))).......]]]]]..]]]]]]]]..........]]]]]]]]].........)))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((.((((((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))................................(((((((((((....)))))......((((.......)))).))))))((((((((((.((((((((....))))))))...)))).....))))))..............((.(((......(((.((((((.(((((....)))))...)))))).)))......))))).(((((((((((((.((.......)).)))))..))))))))...)))))).....)))..)))))).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((.((((((..........................................................................((((.(((((....))))).....(((((.......))))).)))).((((((......(((((........))))).............))))))..........................(((.((((((.((((......))))...)))))).)))............((((((((.........................))))))))...................)))))).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((.((((((..(((((((((.(((((((((....)))).......)))))................................(((((.(((((....))))).....(((((.......))))).)))))((((((.....((((((((....))))))))............))))))..........((((((..((......))..)))))).(((((....))))).......((..........))....(((((((((((((.............)))))..))))))))...)))))).....)))..)))))).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((..............((((((....((((((((((((((((((.[[[[[[.......))))))...............................((((((((((((..)))))).....(((((.......)))))))))))..)))))..........((((((((....................]]]]]].......)))))))).((((..))))..((((((.((((((..))))))...))))))................((((((((.........................))))))))...))))))).........))))))...)))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......((((.(((.(((((......(((((..............))))).......(...(.................................((.(((.......)))..))...............((((((..(((.((((..........)))).))).........))))))..................((((((((............))))))))................(((((((((.(((........)))...)).))))))).................))..)))))......))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......((((.(((.(((((.(....(((((..............))))).......(...(.................................((.(((.......)))..))...............((((((..(((.((((..........)))).))).........))))))..................((((((((............))))))))................((((((((..(((........)))....).))))))).................)).))))))......))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((.((((((..((((...((((((((((((....)))).......))))).........((((......((((.........(((((.(((((....))))).....(((((.......))))).)))))((((((.(((.((((((((....)))))))).)))........)))))).............))))(((.(((..(((.((((((.(((((....)))))...)))))).)))...))))))...(((((((((((((.((.......)).)))))..))))))))...))))...)))))))..)))))).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((....)))((((((.((((.((((((..(((((((((.(((((((((....)))).......))))).....................(((....))).(((((((((((....))))).....(((((.......)))))))))))((((((((((.((((((((....))))))))...)))).....))))))..........(((((((.(((....))).))))))).(((((....)))))........................((((((((((((((.............)))))..)))))))).).)))))).....)))..)))))).))))))))))...((((((....).)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((.((((((...((((((..((((((.......))))))......(((((.............................((((.....(((((....))))).....(((((.......))))).......))))......((((((((....))))))))..............))))).............))))))......((((((.....(((((................(((((....)))))....(((((((((((((.............)))))..)))))))))))))..))))))......)))))).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((.((((((.((((.((((((..((((...((((((((((((....)))).......))))).........((((......((((.........(((((.(((((....))))).....(((((.......))))).)))))((((((.(((.((((((((....)))))))).)))........)))))).............))))(((.(((..(((.((((((.(((((....)))))...)))))).)))...))))))...(((((((((((((.((.......)).)))))..))))))))...))))...)))))))..)))))).))))))))))....))))))))))......))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........((....))..((((..((((.((((((....(((((.......((((((..............))))))........))))).......((((((.....(((((.(((((....))))).....(((((.......))))).)))))((((((.(((.((((((((....)))))))).)))........)))))).................(((.(((..(((.((((((.(((((....)))))...)))))).)))...))))))...(((((((((((((.((.......)).)))))..)))))))).....))))))........)))))).))))...((((.((.((((....)))))))))))))).)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((.((((((..((((...((((((((((((....)))).......))))).........((((......((((.........(((((((((((....))))).....(((((.......)))))))))))((((((.(((.((((((((....)))))))).)))........)))))).............))))(((.(((..(((.((((((.(((((....)))))...)))))).)))...))))))...(((((((((((((.((.......)).)))))..))))))))...))))...)))))))..)))))).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((..((..)....(((((((..))))((....))(((((((....).))))))....))).).(((((...((.(...).))....((..((((..(((...((((((..))))))...(((((((((...))))))).)))))((((((((((((.(.((((((((...)))))))).).))))))))))))...))))..))(((((..........))))).)))))((((((..))))))..(((((((((((..)))))).(((((((..))..........))))))))))..))))))).((((..((..))))))..((.(((..))).)))))......((.((((...).))))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((.((((((.........................................................................(((((.(((((....))))).....(((((.......))))).)))))...........((((((((....)))))))).............................................((.(((((..(((((....)))))....))))).)).............((((((((.........................))))))))...................)))))).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.((((.((((((((..(((((((..((((((((....)))).......(((((.............................((.(((((.(((((....))))).....(((((.......))))).))))).))....(((.((((((((....)))))))).)))..........)))))...........((((..((((....(((.((((((.(((((....)))))...)))))).))).......((((((((...((....))...)))))))).)))).))))...))))..)))))))..))).....))))).))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....((((....)))).....)))).......((((.(((.......))).(((..........)))............))))..............(((.....))).(((....))).((((..(((((.......)))))......((((((..........(((....))).((((....))))....)))))).........)))).((((..((((....))))...((((.....)))).)))).....(((((....)))))...(((................))).(((....))).....((((((......))))))...................((((.((.((((....))))))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).((((((....))).((((...(((.....)))...(((....<<<))).(((.>>>......))).....))))....(((..............(((.....))).(((....))).((((..(((((.......)))))......((((((..........(((....))).((((....))))....)))))).........))))..))).......((((.(((....(((((....))))).......(((....))).)))....(([[[[[[..........)).............]]]]]]{{{{))))..}}}}.....................((((.((.((((....)))))))))).))).... |
