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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00067



RNA: TMR_00067
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..(((((((((.....((((....))))...)))))))))...((((((((((((........(((..............)))...))))))))......((((((((....))))))))..))))..((((((((....)))))))).))))((((..(((((((((....(((((........(((((....)))))...((((((((((..(((......((....((((((...((((.((((..((((........))))..))))...(((((((...((((........))))....)))))))....))))..))))))..))......)))..)))).))))))..)))))....)))))))))...))))...)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...((((((((.....((((....))))...))))))))........((((((((...............................))))))))......((((((((....))))))))........((((((((....))))))))((((.((......(((((....))))))).))))...(((((....)))))...(((((((((....((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).(((((((.(.((((........))))..).)))))))................................))).))))))........)))).(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(....(((..(((..(((((...........(((((((.................................)))))))......((((((((....))))))))..(((((.((((((........))))))(((((((......(((((....)))))......))).(((((....)))))...)))).)))))....(((((.........(((((.((((........)))).))))).........)))))..(((((((.(.((((........))))..).)))))))......................))))).....))).)))...).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..(((((((((..((.((((....)))).)))))))))))(....(.((((((((...............................))))))))..))(.(((((((((())))))))))..).....((((((((....))))))))((((.((......(((((....))))))).))))...(((((....)))))...((((((((((...((((((..(.....((((((.((((.(....).)))).)))))).......))))))).(((((((.(.((((.(.....)))))..).)))))))...............................)))).))))))........)))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((((((((.....((((....))))...))))))))).......[[[[[[[[.......)))))...................]]]]]]]]...(((((((((((....))))))))...((((.((((((((....))))))))))))....)))..(((((....))))).....(((..[[[[)))...]]]]((((((((((.(((.....)))..(((.....)))..))))...[[[[.)))))).............]]]]...(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]](((((.(((((......)))))....))))).(((.[[[[[)))...]]]]].)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((((..((.((((....)))))).)))))))))..))...((((((((........(((..............)))...)))))))).((((.((((((((....))))))))((.((((.((((((((....)))))))))))).))......(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).(((((((...((((.(.....)))))....)))))))..................(((......))).)))).)))))).))))..))))..(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................(((...((((.......(((........)))[[.....)).))...........((((((......]].))))))....((((((((....))))))))..........{{{))).((.(((}}}((((((.((......(((((....))))))).)))))).(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).(((((((...((((........))))....)))))))...............................)))).)))))).....))).))..(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((((.....((((....))))...)))))))))..))...((((((((...............................)))))))).((((.((((((((....))))))))((.((((.((((((((....)))))))))))).))......(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).(((((((...((((.(.....)))))....)))))))....((......))....(..........).)))).)))))).))))..))))..(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((((((....................))))))))).......((((((((........(((..............)))...))))))))))))..(((((((((..)))))))))((((....((((((..[[[[[[))))))))))..(((((..(((((....))))).....((((.(((((....)))))((((((...((((((......]]]]]]........))))))........))))))))))................))))).((((((((((((((((...........((((...)))).....)))))))......(((((......)))))..))))...)))))(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..((((((((..(((.((((....)))).))))))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...(((((((((((....))))))))((.((((.(((((((......))))))))))).)).)))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((.................((((((.((((........)))).))))))....(((((((....((....))..((((.[[[[[[[))))......(((......))).....]]]]]]]....))))))).)))).)))))).))))...)))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((((((..((.((((....)))))).))))))))).......((((((((........(((..............)))...))))))))(((((.((((((((....))))))))...((((.((((((((....)))))))))))).........(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).((((((((..((((.(.....)))))..).)))))))...(((......)))...(((......))).)))).)))))).))))..))))).((((((...).))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..((((((((..(((.((((....)))).))))))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...(((((((((((....))))))))((.((((.(((((((......))))))))))).)).)))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((.................((((((.((((........)))).))))))....(((((((....(((((((.(.((((........))))..).)))))))..........(((.....)))..))))))).)))).)))))).))))...)))).(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((((..((((((((..(((.((((....)))).))))))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...(((((((((((....))))))))((.((((.((((((((....)))))))))))).)).)))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((.................((((((.((((........)))).))))))....(((((((....(((((((...((((........))))....)))))))..........(((.....)))..))))))).)))).)))))).))))...)))))))(((......)))))).((.....)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((..(((....)))......((((.((((((.....((((......((((((((........((....)).......((....))))))))))...))))(((((((....)))))))))).))).))))....))))..))))).((.((.((((..(((((((((..(.(((((........(((((....)))))...((((((..(((.....)))......((((((((((((.(((((....((((((.(.........).))))))((....))..)))))(((((((((......))(((......))).....)))))))..)))..))))).))))))))))..))))).)..)))))))))...))))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..))))(((.((.(((..))).)))))((((((.(..(((((........)))))..)).)).)))(((..))).(((((((........).))))).)..(((((((((..)))))))))(((((((((((..((((((..)).(((((((((..((..))((((((..))))))..))))))))((((((..))))))..)..)))))))))))((((((...(..((((((((((((((((..)))))))))))))).))...).)))))).(((..))).((((..))))).)))....(((((((((..(..((..((((.(((((..(((..)))..)))))))))))..))))).)))))((((((.....)))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..((((((((...((.((((....)))).)).)))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...((.((((((((....))))))))((.((((.(((((((......))))))))))).))..))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((.....((((........((((((.((((........)))).))))))........))))...(((............(((((((..........(((......))).....)))))))..))).......)))).)))))).))))...)))).(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..((((((((..(((.((((....)))).))))))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...(((((((((((....))))))))((.((((.(((((((......))))))))))).)).)))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((..(((........)))..))))))........)))))).((((.((.....)).(((((((((......)).(((.....))).....))))))).)))).......)))).)))))).))))...)))).(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((.....))))).((((....))))........(((((........))))).........))))........((((((.........))))))....((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))...((((......(((((....))))).....((((....))))...)))).....)))))..(((..(((.....))).((((....)))).((((..........))))......))).(((....))).((((((((........))).((((((..((((...........)))).........(((((......)))))..)))))).))))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.........)))))).((((....))))..(((((((((((.aaaaa..))))).......AAAAA.........((((.........{{{{)))).}}}}(((((((....)))))))bbb(((((...(((((..<<<.))))).((((..((......(((((....)))))))..))))..(((((....)))))dddd.))))).......(((.....))).((((....))))DDD((([[[[)))D............]]]].(((ccc..)))..(((.((.CCC.))))).>>>...(((.....)))...............))))))........((((((..BBB))))))..(((((.......))))).))))))....