|
|
|
GGGGCCGAUCCGGAUUCGACGUGGGUCAUGAAACAGUUCAGGGCAUGUCGAGCACCAGUACGCUCGUAAAACCACUGGAAACAAUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGCAACUCCCGUAAGGGAGCCAUCGCCUAAAGGGGCAACCCUUGAACCGCAGCAGUGUUAUUCACAAGGAAUCGGUCUGCGCUGGGGUCACACGGUUCAGGCUUAAAUUACGUGAAUCGCUUCGGUCCGGCCCGUUGAUCGGCUAAGUCCGGGGUUAAAUCCAAAUAGAUCAACUAAGCAUGUAGAACUGACUGCGGAGGGCUUGCGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCGGCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(....(((.((((..((((((((((.[[[[[..))))).......]]]]]..................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..<<<<<<))))))((((.........(((((....)))))............((((....))))...)))).)))))).......>>>>>>....(((((.((((.{.{{{{.)))).))))).........}}}}.}..((((((.(.((((.aaaaaaa))))..).)))))).............AAAAAAA...))))).....)))))))...).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..(((((((((.....((((....))))...)))))))))...((((((((((((........(((..............)))...))))))))......((((((((....))))))))..))))..((((((((....)))))))).))))((((..(((((((((....(((((........(((((....)))))...((((((((((..(((......((....((((((...((((.((((..((((........))))..))))...(((((((...((((........))))....)))))))....))))..))))))..))......)))..)))).))))))..)))))....)))))))))...))))...))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((...((((((((.....((((....))))...))))))))........((((((((...............................))))))))......((((((((....))))))))........((((((((....))))))))((((.((......(((((....))))))).))))...(((((....)))))...(((((((((....((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).(((((((.(.((((........))))..).)))))))................................))).))))))........)))).(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((................(((((((((((........)))))........................(......)..............(((((((......))))))).((((((.((((((........))))))((......................................................)).))))))..................((((.((((........)))).)))).................(((((((.(.((((........))))..).)))))))......................)))))).................))))))....(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(....(((..(((..(((((...........(((((((.................................)))))))......((((((((....))))))))..(((((.((((((........))))))(((((((......(((((....)))))......))).(((((....)))))...)))).)))))....(((((.........(((((.((((........)))).))))).........)))))..(((((((.(.((((........))))..).)))))))......................))))).....))).)))...).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..(((((((((..((.((((....)))).)))))))))))(....(.((((((((...............................))))))))..))(.(((((((((())))))))))..).....((((((((....))))))))((((.((......(((((....))))))).))))...(((((....)))))...((((((((((...((((((..(.....((((((.((((.(....).)))).)))))).......))))))).(((((((.(.((((.(.....)))))..).)))))))...............................)))).))))))........)))).(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.(((((((((.....((((....))))...))))))))).......[[[[[[[[.......)))))...................]]]]]]]]...(((((((((((....))))))))...((((.((((((((....))))))))))))....)))..(((((....))))).....(((..[[[[)))...]]]]((((((((((.(((.....)))..(((.....)))..))))...[[[[.)))))).............]]]]...(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]](((((.(((((......)))))....))))).(((.[[[[[)))...]]]]].))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((.(((((((((..((.((((....)))))).)))))))))..))...((((((((........(((..............)))...)))))))).((((.((((((((....))))))))((.((((.((((((((....)))))))))))).))......(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).(((((((...((((.(.....)))))....)))))))..................(((......))).)))).)))))).))))..))))..(((((......))))).))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........................(((...((((.......(((........)))[[.....)).))...........((((((......]].))))))....((((((((....))))))))..........{{{))).((.(((}}}((((((.((......(((((....))))))).)))))).(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).(((((((...((((........))))....)))))))...............................)))).)))))).....))).))..(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((.(((((((((.....((((....))))...)))))))))..))...((((((((...............................)))))))).((((.((((((((....))))))))((.((((.((((((((....)))))))))))).))......(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).(((((((...((((.(.....)))))....)))))))....((......))....(..........).)))).)))))).))))..))))..(((((......))))).))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((((((....................))))))))).......((((((((........(((..............)))...))))))))))))..(((((((((..)))))))))((((....((((((..[[[[[[))))))))))..(((((..(((((....))))).....((((.(((((....)))))((((((...((((((......]]]]]]........))))))........))))))))))................))))).((((((((((((((((...........((((...)))).....)))))))......(((((......)))))..))))...)))))(((((.......)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((......(((((..............))))).........(...(.....................((.((((....)))).))..((((((..((((..........))))............................................................))))))..................((((((((..........)))))))).................((((((((((.(((........)))..))))))))))..................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((..(((.((((((.(....(((((..............))))).........(...(.....................((.((((....)))).))..((((((..((((..........))))............................................................))))))..................((((((((..........)))))))).................(((((((((..(((........)))...)))))))))..................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..((((((((..(((.((((....)))).))))))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...(((((((((((....))))))))((.((((.(((((((......))))))))))).)).)))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((.................((((((.((((........)))).))))))....(((((((....((....))..((((.[[[[[[[))))......(((......))).....]]]]]]]....))))))).)))).)))))).))))...)))).(((((.......)))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......(((((((((..((.((((....)))))).))))))))).......((((((((........(((..............)))...))))))))(((((.((((((((....))))))))...((((.((((((((....)))))))))))).........(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((.((((........)))).))))))........)))))).((((((((..((((.(.....)))))..).)))))))...(((......)))...(((......))).)))).)))))).))))..))))).((((((...).))))).))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..((((((((..(((.((((....)))).))))))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...(((((((((((....))))))))((.((((.(((((((......))))))))))).)).)))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((.................((((((.((((........)))).))))))....(((((((....(((((((.(.((((........))))..).)))))))..........(((.....)))..))))))).)))).)))))).))))...)))).(((((.......)))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((((..((((((((..(((.((((....)))).))))))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...(((((((((((....))))))))((.((((.((((((((....)))))))))))).)).)))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((.................((((((.((((........)))).))))))....(((((((....(((((((...((((........))))....)))))))..........(((.....)))..))))))).)))).)))))).))))...)))))))(((......)))))).((.....)). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..(((....)))......((((.((((((.....((((......((((((((........((....)).......((....))))))))))...))))(((((((....)))))))))).))).))))....))))..))))).((.((.((((..(((((((((..(.(((((........(((((....)))))...((((((..(((.....)))......((((((((((((.(((((....((((((.(.........).))))))((....))..)))))(((((((((......))(((......))).....)))))))..)))..))))).))))))))))..))))).)..)))))))))...)))))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..))))(((.((.(((..))).)))))((((((.(..(((((........)))))..)).)).)))(((..))).(((((((........).))))).)..(((((((((..)))))))))(((((((((((..((((((..)).(((((((((..((..))((((((..))))))..))))))))((((((..))))))..)..)))))))))))((((((...(..((((((((((((((((..)))))))))))))).))...).)))))).(((..))).((((..))))).)))....(((((((((..(..((..((((.(((((..(((..)))..)))))))))))..))))).)))))((((((.....))))))))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..((((((((...((.((((....)))).)).)))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...((.((((((((....))))))))((.((((.(((((((......))))))))))).))..))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((.....((((........((((((.((((........)))).))))))........))))...(((............(((((((..........(((......))).....)))))))..))).......)))).)))))).))))...)))).(((((......))))).))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..((((((((..(((.((((....)))).))))))))))).......((((((((........((....)).......((....))))))))))...(((((((((((....))))))))((.((((.(((((((......))))))))))).)).)))..(((((....))))).....((((.(((((....)))))...((((((((((...((((((........((((((..(((........)))..))))))........)))))).((((.((.....)).(((((((((......)).(((.....))).....))))))).)))).......)))).)))))).))))...)))).(((((......))))).))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((.....))))).((((....))))........(((((........))))).........))))........((((((.........))))))....((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))...((((......(((((....))))).....((((....))))...)))).....)))))..(((..(((.....))).((((....)))).((((..........))))......))).(((....))).((((((((........))).((((((..((((...........)))).........(((((......)))))..)))))).))))).((((.......)))).))))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.........)))))).((((....))))..(((((((((((.aaaaa..))))).......AAAAA.........((((.........{{{{)))).}}}}(((((((....)))))))bbb(((((...(((((..<<<.))))).((((..((......(((((....)))))))..))))..(((((....)))))dddd.))))).......(((.....))).((((....))))DDD((([[[[)))D............]]]].(((ccc..)))..(((.((.CCC.))))).>>>...(((.....)))...............))))))........((((((..BBB))))))..(((((.......))))).)))))).... |