|
|
|
GGGGAUGUUUUGGAUUUGACUGAAAAUGCUAAUAUUGUAAGUUGCAGGCAGAGGGAAUCUCUUAAAACUUCUAAAAUAAAUGCAAAAAAUAAUAACUUUACAAGCUCAAACCUUGUAAUGGCUGCUUAAGUUAGCAGAGAGUUUCGUUGAAUUUGGCUUUGAGGUUCACUUAUACUCUUUUCGACAUCGAAGCUUGCUUAAAAAUGUUUUCAAGUUAAUUUUUAGGGACUUUUGUACUUGAGAGCAAUUUGGUGGUUUGCUAGUAUUUCCAAACCAUAUUGCUUAAGUAAAAUGCUAGAUAAGCUUGUAGAAGCUUAUAAUAUUGUUUUUAGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCAUCUCCAUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((((.(((((((.(([[[.)).)).....]]]..........................(((((((.(...).)))))))(((((.....)))))..((((((.(..((.((.((.{{{{{{{)).)).))..)..)))))).......}}}}}}}(.(((((((((...<<<<<<<..))))))))).).......>>>>>>>.(((((...((((((((aaaaaaaaa.))))))))))))).......AAAAAAAAA....)))))....)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......((((..((.((((((((...(((((((((((((((((((...((((((..((..(((((.(((((......................(((((((.......)))))))..(((.(((((((..((((((((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))).(((((((((............)))))))))....)))))))))))))))..))))).)))))...)).))))))....(((.((((....)))).)))........)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))..))))))) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.((((((((((((((((.((((((...(((((.......((((...........))))........)))))...))))))...(((((((.......)))))))))))...((((((.(((..(((((.....(((((((.......))))))).....))))).((((....))))))).))))))....))))))).))))).......(((((..(((.((((((((((((.((((..((((((((((..............))))..))))))..)))).((((((((....))))))))...)))))))))))))))..)))))...)))...))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((((((((((((((.....))))...................................(((((((.......)))))))....((((......))))((((((.....(((((((.......))))))).....)))))).(((....)))............................................(((((..(((((((...((((((((..........)))))))))))))))))))).............))))))...)))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((....((((((((((((.((((((................................................(((((((.......)))))))...(((((......))))).((((.....((((((.........)))))).....)))).................................................................((((((.....((((((..........))))))..))))))...................))))))....)))))))))))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((((((((..(((((........((((.......((((((((.....................(((((((.......)))))))...((((........))))(((((...(.((((((.........)))))))....))))).............(((((..............)))))....))))))))............))))(((((...((((((((..........)))))))))))))....................))))).....))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((((((((((((((((((((...))))).................................(.(((((((.......))))))).)..((((......))))((((((.....(((((((.......))))))).....))))))((((....)))).....(((((((((............)))))))))........(((((..(((((((...((((((((..........)))))))))))))))))))).............))))))...)))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((......)))))).....(((((((((((((..(((.[[[[[......)))....]]]]]........................((((((((((....(((((......(((((......))))).(((((((((((((........((((.....)))).......)))))...)))))))).........[[[[[[[[[[[.......)))))........]]]]]]]]]]]...((((......[[[[[[[[[....)))).............]]]]]]]]]...)))))))))))))))))))))))...........(((((.......)))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((((((((((.(((((...)))))...................................((((((.......)))))).(((((((((((((.((((...((((((((((((...((...((((.....))))..))...))))))...))))))))))..(((.((((((((((((((.............))).))))))))))).))).((((((((..........))))))))...)))))))))....)))).....)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((((((((((................................................(((((((.......)))))))...(((((......))))).(((([[[[..((((...........))))......))))..........]]]].....(((((((((............)))))))))........(((((..(((((((...((((((((..........)))))))))))))))))))).............))))))...)))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((((((((((..(((.....)))...................................(((((((.......))))))).(.(((((......))))).(((((((..((((..........((.....)).........)))).....))))))).........(((((((((((....................))))))))))).....((((((((..........)))))))).........((.....)))......)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((.....[[[[[[[...[[[[[[[[[[[[(((((...(((((...)))))..................)))))...........[[[[[[[[[[((((((.........(((((......))))).((((((((.(((((((.......)))))))...................)))))))).........(((((((((((....................))))))))))).......))))))[[[[[[[[)))))).....(((((..)))))]]]]]]]]...]]]]]]]]]]..]]]]]]]]]]]]]]]]]]]...(((((.......)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.....(((...........)))......(..........................................((((.......))))((((((..(((..((((...........)))).)))...))))))..................((((((((..........))))))))..................((((((((((.(((...........)))...))))))))))................)..))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.(...(((...........)))......(..........................................((((.......))))((((((..(((..((((...........)))).)))...))))))..................((((((((..........))))))))..................(((((((((..(((...........)))....)))))))))................).)))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((((((((((...((((((..((..((((..(((((......................(((((((.......)))))))..(((.(((((((..((((((((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))).(((((((((............)))))))))....)))))))))))))))..)))))..))))...)).))))))....(((.((((....)))).)))........)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((((((((((.((((.....))))..................................(((((((.......)))))))...((((({{{{{.)))))..((((((...((((.......<<<<)))).>>>>................))))))......(((.((((((((((((((.............))).))))))))))).))).((((((((.....[[[[.))))))))...}}}}}....]]]].........)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((...(((((...(((((.............)))))........)))))...))))))..((((((((((((((((.........(((((......))))).(((((((((((((........((((.....)))).......))))))...))))))).........(((((((((((....................))))))))))).......))))))(((((((((.....................)))))))))...))))))))))............)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...(((((((((((((((((((...((((((..((..(((((.(((((......((............(.(((((((.......))))))).).(((((......))))).(((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))))).......((((((((((((((.............))).))))))))))).))))).)))))...)).))))))....(((.((((....)))).)))........)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))(((((((((...(((((((((((((((...(((((.............)))))........))).............((((((((((((((((........(((.(((((((..((((((((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))).(((((((((............)))))))))....)))))))))))))))........))))))(((((((((...........(((....))))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((((((((((((...(((((.............)))))........))).............((((((((((((((((....(((.(((.(((((((..((((((((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))).(((((((((............)))))))))....))))))))))))))).)))....))))))((((((((...........((((....))))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((..(..((..............))..))))((((...)))).((...((((((((.((.(......).))....(((((((((.((..))))))))).)).(((((((((.(....(((((...(.((((((........).))))))....))))).(((((..))))).(..)....(((.((((((((((((((.............))).))))))))))).)))..(((((((..........)))))))...)))))))))).(((((..((((((((((..)))))))))))))))..))))))))....))).)))))))...))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((((((((.((((((.................................................((((((.......))))))...............................................................(((....)))................................................................................................................))))))....))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((((((((((((((...(((((.............)))))........))))............((((((((((((((((....(((.(((.(((((((..((((((((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))).(((((((((............)))))))))....))))))))))))))).)))....))))))(((((((((...........(((....))))))))))))...)))))))))).))))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((......)))).))))..((((.....))))..(((((.............))))).........................(((((((.......)))))))...(((((......))))).((((...(((......)))..((((.....)))).))))...(((....))).(((((..............)))))......(((((..........))))).((((.....((((((((..........)))))))).((((....))))..))))..((((((((....))))))))......(((.....))).((((.......)))).))))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((......)))))...(((..((((((.....)))...(((((.............)))))................)))..{{{{(((((((.......))))))).))).(((..}}}})))..(((((...(((......)))..((((.....)))).))))).((((....))))...(((((.(((((......[[[[[.))))).(((]]]]].....)))..)))))...((((((((((..........))))))...((((....))))...)))).((((((((....))))))))......(((.....))).((((.......)))).))))))).... |