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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00073



RNA: TMR_00073
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((((((((((((((.((((((...(((((.......((((...........))))........)))))...))))))...(((((((.......)))))))))))...((((((.(((..(((((.....(((((((.......))))))).....))))).((((....))))))).))))))....))))))).))))).......(((((..(((.((((((((((((.((((..((((((((((..............))))..))))))..)))).((((((((....))))))))...)))))))))))))))..)))))...)))...)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((((((((((((.....))))...................................(((((((.......)))))))....((((......))))((((((.....(((((((.......))))))).....)))))).(((....)))............................................(((((..(((((((...((((((((..........)))))))))))))))))))).............))))))...)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((....((((((((((((.((((((................................................(((((((.......)))))))...(((((......))))).((((.....((((((.........)))))).....)))).................................................................((((((.....((((((..........))))))..))))))...................))))))....)))))))))))).)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((((((((..(((((........((((.......((((((((.....................(((((((.......)))))))...((((........))))(((((...(.((((((.........)))))))....))))).............(((((..............)))))....))))))))............))))(((((...((((((((..........)))))))))))))....................))))).....))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((((((((((((((((((((...))))).................................(.(((((((.......))))))).)..((((......))))((((((.....(((((((.......))))))).....))))))((((....)))).....(((((((((............)))))))))........(((((..(((((((...((((((((..........)))))))))))))))))))).............))))))...)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((......)))))).....(((((((((((((..(((.[[[[[......)))....]]]]]........................((((((((((....(((((......(((((......))))).(((((((((((((........((((.....)))).......)))))...)))))))).........[[[[[[[[[[[.......)))))........]]]]]]]]]]]...((((......[[[[[[[[[....)))).............]]]]]]]]]...)))))))))))))))))))))))...........(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((((((((.(((((...)))))...................................((((((.......)))))).(((((((((((((.((((...((((((((((((...((...((((.....))))..))...))))))...))))))))))..(((.((((((((((((((.............))).))))))))))).))).((((((((..........))))))))...)))))))))....)))).....)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((((((((..(((.....)))...................................(((((((.......))))))).(.(((((......))))).(((((((..((((..........((.....)).........)))).....))))))).........(((((((((((....................))))))))))).....((((((((..........)))))))).........((.....)))......)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((.....[[[[[[[...[[[[[[[[[[[[(((((...(((((...)))))..................)))))...........[[[[[[[[[[((((((.........(((((......))))).((((((((.(((((((.......)))))))...................)))))))).........(((((((((((....................))))))))))).......))))))[[[[[[[[)))))).....(((((..)))))]]]]]]]]...]]]]]]]]]]..]]]]]]]]]]]]]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((((((((.((((.....))))..................................(((((((.......)))))))...((((({{{{{.)))))..((((((...((((.......<<<<)))).>>>>................))))))......(((.((((((((((((((.............))).))))))))))).))).((((((((.....[[[[.))))))))...}}}}}....]]]].........)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....((((((...(((((...(((((.............)))))........)))))...))))))..((((((((((((((((.........(((((......))))).(((((((((((((........((((.....)))).......))))))...))))))).........(((((((((((....................))))))))))).......))))))(((((((((.....................)))))))))...))))))))))............)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(((((((((((((((((((...((((((..((..(((((.(((((......((............(.(((((((.......))))))).).(((((......))))).(((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))))).......((((((((((((((.............))).))))))))))).))))).)))))...)).))))))....(((.((((....)))).)))........)))))))...))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))(((((((((...(((((((((((((((...(((((.............)))))........))).............((((((((((((((((........(((.(((((((..((((((((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))).(((((((((............)))))))))....)))))))))))))))........))))))(((((((((...........(((....))))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((((((((((((...(((((.............)))))........))).............((((((((((((((((....(((.(((.(((((((..((((((((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))).(((((((((............)))))))))....))))))))))))))).)))....))))))((((((((...........((((....))))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((((..(..((..............))..))))((((...)))).((...((((((((.((.(......).))....(((((((((.((..))))))))).)).(((((((((.(....(((((...(.((((((........).))))))....))))).(((((..))))).(..)....(((.((((((((((((((.............))).))))))))))).)))..(((((((..........)))))))...)))))))))).(((((..((((((((((..)))))))))))))))..))))))))....))).)))))))...)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((((((((.((((((.................................................((((((.......))))))...............................................................(((....)))................................................................................................................))))))....))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((((((((((((((...(((((.............)))))........))))............((((((((((((((((....(((.(((.(((((((..((((((((((((((((((...((...((((.....))))...))..))))))...))))))).(((((((((............)))))))))....))))))))))))))).)))....))))))(((((((((...........(((....))))))))))))...)))))))))).))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((......)))).))))..((((.....))))..(((((.............))))).........................(((((((.......)))))))...(((((......))))).((((...(((......)))..((((.....)))).))))...(((....))).(((((..............)))))......(((((..........))))).((((.....((((((((..........)))))))).((((....))))..))))..((((((((....))))))))......(((.....))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((......)))))...(((..((((((.....)))...(((((.............)))))................)))..{{{{(((((((.......))))))).))).(((..}}}})))..(((((...(((......)))..((((.....)))).))))).((((....))))...(((((.(((((......[[[[[.))))).(((]]]]].....)))..)))))...((((((((((..........))))))...((((....))))...)))).((((((((....))))))))......(((.....))).((((.......)))).)))))))....