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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00076



RNA: TMR_00076
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((.((...(((((((((((.....((((((....((((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))...................))))))))))).))))).)).)))).)))))..).)))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((((...((((((((....((((..(((((.(((((((................)))))))........(((((..............)))))..)))))..((((..((((....))))))))))))...)))))).))(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......(((((((((((.......))))))))))).........((((((((((((((((((...((.(((((((.(((((...............)).)))))))))))).....(((....))).........))))))))))).))))).)).))))..)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((......(((((.......)))))..................(((((((.(((.......)))..)))))))....(((.(((((..............))))).)))((((.((((..((((....))))))))..))))...((((((((((((((.......))))))))..))))))...................(((((((((((.....)))))))))))(((((((...........((((((((((((.(((......))).))))))...................))))))..........)))))))..........)))).....(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((...((...(((((....(((((......(((((((.(((.......))).).))))))........(((((..............)))))...(((((.((((..............))))..)))))..((((((.(((((((.......)))))))...))))))...((((((..(((....(((((((((((.......))))))))))).......(((.(((.......)))))).(((((....)))))..))).....))))))...................)))))......))))).)).))...)))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..((((((((.......)))))((................(((((((.(((.......)))..)))))))....(((.(((((...((......)).))))).)))((((.((((..(((((())))))))))..)))).))((((((((((((((.......))))))))..)))))))))........((....))(((((((((((.....)))))))))))(((((((........(((((((((((((((.((((....)))).))))))........((.......)))))))).......)))))))))).........))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((....)))((((.....[[[[))))......]]]]..((((..[[[[[[[.[[[))))...]]]..]]]]]]]........(((((..............)))))...(((((....(((((((....))))..))).)))))...(((((.(((((((.[[[[[[)))))))...)))))........]]]]]].....(((((((((((.[[[[[[)))))))))))........]]]]]].........((((((....[[[[[[[...))))))..................]]]]]]]......((((((.[[[[......))).)))..]]]](((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..(((((.......)))))...)))))((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((...((......)).)))))..))))))))..(((((((....))))..))).((((...((((((((((((((.......))))))))..))))))))))...((((.......((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))(((....))).........))))))))))).))))).)).))))..)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....................................((.......(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))....[[[))((((..((((....))))))))...]]]...((((((((((((((.......))))))))..))))))..................((((((((((((.....)))))))))))).......................((((((((((....))))..)))))).............................................................(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..(((((.......)))))...)))))(((.(((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((...((......)).)))))..))))))))..(((((((....))))..))).((((...((((((((((((((.......))))))))..))))))))))....((........((((((((((((.....))))))))))))............(((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))(((....))).........))))))))))).))))......))...)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..))))(((((.......)))))......(((((.(((((.(((((((................)))))))........(((((..............)))))..)))))..((((..(((((..)))))))))...((((((((........((((((......((((((((.[[[[[...))))))))........((((((((((((.....))))))))))))..........))))))((((((((((.......(((((((..(((]]]]]..)))............)))))))......((((...(((..)))..))))))))))))))))))))))...))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((..................)))))........(...(..............................((.((((.............)))).))...((((((.(((((((.......)))))))...))))))....................((((((((.........))))))))..................(((((..(((..(((..........)))..))))))))...................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((((.....((((((....(((((.(((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))...................))))))))))).))))).)).))))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((..(((((.......)))))...)))))(((.(((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).((((...((((((((((((((.(....)))))))))..))))))))))..............((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))(((....))).........))))))))))).))))).)).......)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.........(((((....(((((.........((((((.(((((...((((((((.(((((......(((((..............)))))...(((((.((((..((((....))))))))..)))))..((((((((((((((.......)))))))))..)))))........(((((....))))).....))))).)))))))).)))))))))))...........((((((((((((((((....)))))..))))))...................)))))...)))))......)))))........))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((((.....((((((....((((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((..(....((((((((((((.....))))))))))))...........((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))...................))))))))))).))))).)..))))..)))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((((.....((((((....(((((.(((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....(((((......((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))(((....))).........))))))))))).))))).)))))))..)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((..)))....((.(........))).))))))).(((((..)..)))).(((((.(((.(......).))).))(((((..(.......)...))))).((((((((((((..(((((..)))))))))).)))))))((.((((((((((.((....))))))))..((((((..(........))))).....(((((((((.((..)))))))))))(((((((...(.((((.......))))...(((........))))(((((((...............(((..)))))).))))....))))))).)).).)))).))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((((.....((((((......(((..((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..)))).))).....((((....))))...........))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......((((((((((((.....))))))))))))...........((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))((......)).........))))))))))).)))))....))))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((((((((((.....((((((....((((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......(((((((((..(.....)..))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))...................))))))))))).))))).)).))))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((..(((((.......)))))...)))..((((.((((.(((((((................)))))))........(((((..............)))))..)))))))).....((((....))))...((((((....)).)))).((((((.......)))))).((((.(((.((.......)))))......((((((((((.....)))))))))).))))......(((((.......)))))..(((((....))))).((((..............................))))(((((...........((((....)))).(((((.......)))))..)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.....)))))...((((.......)))).(((((...(((((((((..aaaaaa...)))))........AAAAAA.........(((((..<<<<........)))))......))))..(((((((....))))...((((((....)).))))((((((.((....))))))))..[[[)))...(((.]]].))).....((((((((((((.....))))))))))))>>>>.....(((((.......)))))..(((((....))))).((((................{{{{{.........))))...}}}}}........((((....)))).(((((.......)))))..)))))....