|
|
|
GGGGAUGAUCGGUUUCGACGUCGGACACUGCGACGGGAGAAGCGGGCCGAGAAUGUAGAGUCAUCUCGUUAAUGUCCUCUGCAAAACAAUAGGUGCUAAGUCUAAUAACCGCACCGAUUUCGCCCUCGCUGCCUGAUUAGGCCGAGCUGCGAAUCCGUCAGUCUAGAGUUGCUUCCACUCUAGGUCCUGGCGUCGCUUAGGGAGCCACUGCUUCAGAUAUUUGUUGAGGGUAUCUGAGGGACUUUUACUCAACUCCGUUCGUUGGUCCACAUGUUCGUGUGAGGGCCAGAACCUAAGAAACUACUUCACGAACUGCGCCCGGAGAAGUCCUGACAAUCUGCCGACGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCAUCUCCACCC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((.......(.(((((....((((((((((.aaaaaa....))))).........AAAAAA................................(((((....((((..((((....))))))))....)))))((((((.(((((((.{{{{{{)))))))...)))))).......}}}}}}.....((((((((((..[[[[[[.))))))))))........]]]]]]...((((............<<<<<<<.<.))))..................>.>>>>>>>...)))))......))))).)......))))))...(((((.......))))))))))))....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((.((...(((((((((((.....((((((....((((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))...................))))))))))).))))).)).)))).)))))..).))) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((((((((...((((((((....((((..(((((.(((((((................)))))))........(((((..............)))))..)))))..((((..((((....))))))))))))...)))))).))(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......(((((((((((.......))))))))))).........((((((((((((((((((...((.(((((((.(((((...............)).)))))))))))).....(((....))).........))))))))))).))))).)).))))..))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((......(((((.......)))))..................(((((((.(((.......)))..)))))))....(((.(((((..............))))).)))((((.((((..((((....))))))))..))))...((((((((((((((.......))))))))..))))))...................(((((((((((.....)))))))))))(((((((...........((((((((((((.(((......))).))))))...................))))))..........)))))))..........)))).....(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((.........((((.....(((((......(((((((................)))))))........(((((..............)))))((((................................))))((((((.(((((((.......)))))))...))))))..................((((((((((.........)))))))))).................(((...(((.((.(((......)))..))))).)))........................))))).......))))........))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((...((...(((((....(((((......(((((((.(((.......))).).))))))........(((((..............)))))...(((((.((((..............))))..)))))..((((((.(((((((.......)))))))...))))))...((((((..(((....(((((((((((.......))))))))))).......(((.(((.......)))))).(((((....)))))..))).....))))))...................)))))......))))).)).))...)))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((..((((((((.......)))))((................(((((((.(((.......)))..)))))))....(((.(((((...((......)).))))).)))((((.((((..(((((())))))))))..)))).))((((((((((((((.......))))))))..)))))))))........((....))(((((((((((.....)))))))))))(((((((........(((((((((((((((.((((....)))).))))))........((.......)))))))).......)))))))))).........))))).....(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((....)))((((.....[[[[))))......]]]]..((((..[[[[[[[.[[[))))...]]]..]]]]]]]........(((((..............)))))...(((((....(((((((....))))..))).)))))...(((((.(((((((.[[[[[[)))))))...)))))........]]]]]].....(((((((((((.[[[[[[)))))))))))........]]]]]].........((((((....[[[[[[[...))))))..................]]]]]]]......((((((.[[[[......))).)))..]]]](((((.......)))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((..(((((.......)))))...)))))((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((...((......)).)))))..))))))))..(((((((....))))..))).((((...((((((((((((((.......))))))))..))))))))))...((((.......((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))(((....))).........))))))))))).))))).)).))))..))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....................................((.......(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))....[[[))((((..((((....))))))))...]]]...((((((((((((((.......))))))))..))))))..................((((((((((((.....)))))))))))).......................((((((((((....))))..)))))).............................................................(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((..(((((.......)))))...)))))(((.(((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((...((......)).)))))..))))))))..(((((((....))))..))).((((...((((((((((((((.......))))))))..))))))))))....((........((((((((((((.....))))))))))))............(((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))(((....))).........))))))))))).))))......))...))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..))))(((((.......)))))......(((((.(((((.(((((((................)))))))........(((((..............)))))..)))))..((((..(((((..)))))))))...((((((((........((((((......((((((((.[[[[[...))))))))........((((((((((((.....))))))))))))..........))))))((((((((((.......(((((((..(((]]]]]..)))............)))))))......((((...(((..)))..))))))))))))))))))))))...)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((..................)))))........(...(..............................((.((((.............)))).))...((((((.(((((((.......)))))))...))))))....................((((((((.........))))))))..................(((((..(((..(((..........)))..))))))))...................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(...(..............................((.((((.............)))).))...((((((.(((((((.......)))))))...))))))....................((((((((.........))))))))..................(((((..((...(((..........)))...)))))))...................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((((((((.....((((((....(((((.(((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))...................))))))))))).))))).)).))))..))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((..(((((.......)))))...)))))(((.(((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).((((...((((((((((((((.(....)))))))))..))))))))))..............((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))(((....))).........))))))))))).))))).)).......))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((.........(((((....(((((.........((((((.(((((...((((((((.(((((......(((((..............)))))...(((((.((((..((((....))))))))..)))))..((((((((((((((.......)))))))))..)))))........(((((....))))).....))))).)))))))).)))))))))))...........((((((((((((((((....)))))..))))))...................)))))...)))))......)))))........))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((((((((.....((((((....((((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((..(....((((((((((((.....))))))))))))...........((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))...................))))))))))).))))).)..))))..))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((..((((((.((((((((((.....((((((....((((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))).((((((.........((((((((((((.....))))))))))))......................(((((((.(((......))).)))))))..))))))............))))))))))).((((.((((...............))))(((((.......)))))..))))..... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((((((((.....((((((....(((((.(((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....(((((......((((((((((((.....)))))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))(((....))).........))))))))))).))))).)))))))..))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((..)))....((.(........))).))))))).(((((..)..)))).(((((.(((.(......).))).))(((((..(.......)...))))).((((((((((((..(((((..)))))))))).)))))))((.((((((((((.((....))))))))..((((((..(........))))).....(((((((((.((..)))))))))))(((((((...(.((((.......))))...(((........))))(((((((...............(((..)))))).))))....))))))).)).).)))).))))...((((((...)..)))))))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((((((((.....((((((......(((..((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..)))).))).....((((....))))...........))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......((((((((((((.....))))))))))))...........((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))((......)).........))))))))))).)))))....))))..))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((((((((((.....((((((....((((((.((((.(((((((.(((.......)))..)))))))........(((((..............)))))..))))))))..(((((((....))))..))).))...))))))...(((((((.......))))))))))).)))))))....((((.......(((((((((..(.....)..))))))))).........((((((((((((((((((.(((((....))))).(((((((.....(((......)))......))).))))...................))))))))))).))))).)).))))..))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((..(((((.......)))))...)))..((((.((((.(((((((................)))))))........(((((..............)))))..)))))))).....((((....))))...((((((....)).)))).((((((.......)))))).((((.(((.((.......)))))......((((((((((.....)))))))))).))))......(((((.......)))))..(((((....))))).((((..............................))))(((((...........((((....)))).(((((.......)))))..))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.....)))))...((((.......)))).(((((...(((((((((..aaaaaa...)))))........AAAAAA.........(((((..<<<<........)))))......))))..(((((((....))))...((((((....)).))))((((((.((....))))))))..[[[)))...(((.]]].))).....((((((((((((.....))))))))))))>>>>.....(((((.......)))))..(((((....))))).((((................{{{{{.........))))...}}}}}........((((....)))).(((((.......)))))..))))).... |