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GGGGCUGUUUUUGGAUUCGACAAAGUUAUCAAAAAAGUAAAGUGCAUGCCGAGGAACGGUUUGCCUCGAUAAAAAACCGUAAAAAAAUAGCUGCAAAUAAUAAACAAAACUACGCUUUAGCAGCUUAAAAAACUGUAUAAAGCCCUUUCAUCUCUGACUUCUCUCUUGAGAACGAGAAAUUUUUAAGAAAGGCCGACAUUUAAAGAGAAAAAUGUGAGCACUAUGCUUGAUAGUGACACAAAAUUAAUUUUUCAAGCUAUAAGCUUAAAAUGAGUUUUUCCAAAUUAAGCAAUGAAAAAAUAAAGAAAAACUAAGCAUGUAGUAUCUUUAUUUAUAGAAAUUUUGGACGCGGGUUCAAAUCCCGCCAGCUCCAAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).................(((((((......(((((((...........))))))).......................................................................................................................................................................((((((.........((((((................))))))..............))))))....)))))))...........................(((((.......)))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.................((((((......(((((...............))))).......................................((((.........))))........(((.........................................)))...........................................................................................................................))))))...................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.......(((((((((((((((......(((((((...........))))))).................................((((((((((.........)))).))))))((((((.((((....(((((....))))).)))).........))))))...((((((........))))))..(((((((.....)))))).)............(((.((((.....)))).)))..((((((((........................))))))))..)))))...)).)))))))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.......)..................................(((((((...........)))))))..)))))))))).....................((((((((((.........)))).))))))((((((.((((....(((((....))))).)))).........))))))..............((((((((((..((((((.....)))))).)))).......))))))((((.....))))(..................)...........(((((((((...((((......)))).))))))))).......(((((((((((((.......)))))..).))))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.......))).............(((.(((((..........(((((((...........))))))).................................((((((((((.........)))).))))))((((((.((((....(((((....))))).)))).........))))))...((((((........))))))..))))).)))..............((((....(((..(((((...))))))))....))))..(((((.............(((((((((...((((......)))).)))))))))........)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((.(((((((.......(((((((((((((((......(((((((...........)))))))........((((((.........................))))))..................((((((.((((....(((((....))))).)))).........))))))....(((((.....((((((((((..((((((.....)))))).)))).......))))))(((((...))))).)))))((((((((........................))))))))..)))))))....)))))))).....)))))))....))))))))))......))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(.........(((((((........((...(((.(((((..((..((((((.............)))))).........((((....))))............((((((((((.........)))).))))))(((((((((((..(((.........)))..)))))........)))))).................(..(...........((((((..((..............)).))))))....(((((((.(((........))).)))))))).)................))..))))).....)))...))......))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((.(....(((((...............)))))........(...(........................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((.........)))).)))..........))))))....................(((((((..............)))))))...................(((((((((.(((........))).))))))))).................)).))))))).....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((........((...(((.(((((...(((((((((.............)))))).........((((....))))............((((((((((.........)))).))))))(((((((((((..(((.........)))..)))))........)))))).....))).........(..(...........((((((.....................))))))....(((((((.(((........))).)))))))).)....................))))).....)))...))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((.(((((((.((....((((((((((((((((((((.[[[[[[[.))))).....]]]]]]]......((((((.....................((((((((((.........)))).))))))((((((.((((....(((((....))))).)))).........))))))..............((((((((((..((((((.....)))))).)))).......)))))).))))))..((((((..((........))..))))))........................)))))))....))))))))...)))))))))....))))))))))......))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((..........((((..........................(((((((...........)))))))................)))).........(((.......((((.........)))).......((((((.((((...................)))).........))))))....................(((....(((((.....)))))...)))......................((((((...(((...)))....))))))...................((((......))))...........)))....)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((......(((...........)))..(((.((((((((((.........)))))........((((.........((((....))))............((.(((((((.........)))).))).))(((((((((((..(((.........)))..)))))........)))))).....................))))........(((((.....................)))))...(((.(((((.(((........))).))))).))).....................))))).....)))..............)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((.(((((((.((....(((((((((((((((..((..(((((((...........)))))))......((((((.....................((((((((((.........)))).))))))((((((.((((....(((((....))))).)))).........))))))..............((((((((((..((((((.....)))))).)))).......)))))).))))))..((((((..((........))..))))))....................))..)))))))....))))))))...)))))))))....))))))))))......))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((...((((((.........(((((.....(((((.(((((..(((.....(((((((...........)))))))..((((((.........................((((((((((.........)))).)))))).......((((....(((((....))))).)))).))))))......)))..((((((........))))))..))))).)))))....)))))..((((((...((((.((((.....))))))))..))))))))))))...))).......(((((((((...((((......)))).))))))))).......))(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((.........(((((.....(((((.(((((..(((((((.(((((((...........))))))).................................((((((((((.........)))).))))))))))...((((....(((((....))))).)))).............)))..((((((........))))))..))))).)))))....)))))..((((((...((((.((((.....))))))))..)))))))))))).............(((((((((...((((......)))).)))))))))...............(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(......)..).))))))).((((((((..).((((((......).)))))((((((((((.(((((..........)))))).)))))))))..)))))))(((((......).))))....)))))).((......)).(((((.((..))...))))).(((((((((((((((..(((((.((((.(((((((((.((((((.......)))))))))..(..).)))))).........).))).)))))))))))))(((........)))...(((((((((...(((..((..))))).))))))))))))))))(((((((.(((((.((..)))))).)...))))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((.(((((((...(.........((..(((((......(((((..((...).).....))))).......(((.(.....(.((.........((...........(((........(..(...(((.(((..((((....(((........))).))))........)))..))).)....)....))).....))..........((((((.................)....)))))..(....((((..((........))..)).))..).......))...)...).))).)))))......))...).......)))))))....))))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((.............................(((((((...........))))))).................................((((((((((.........)))).)))))).......((((....(((((....))))).))))...................((((..........))))........................................(((.....)))..........................................................................))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.......)))...................(((((((..((..(((((((...........))))))).................................((((((((((.........)))).))))))((((((.((((...((.........))...)))).........))))))................................((((((.....................)))))).....((((((..((........))..))))))....................))..)))))))...........................(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((....(((((((((((((((..((..(((((((...........)))))))......((((((.....................((((((((((.........)))).))))))((((((.((((....(((((....))))).)))).........))))))..............((((((((((..((((((.....)))))).)))).......)))))).))))))..((((((..((........))..))))))....................))..)))))))....))))))))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...((((.......)))).((((.......))))..((((.((((.....)))).(((..............)))..........))))......(((...........))).((((.((....))))))....))))).....((((....(((((....))))).))))....(((....))).(((.(((((........))))).((((.....))))..((((........)))).((((((((((.....)))........((((.........))))..)))))))..(((((...((((......)))).))))).(((....)))...)))..(((((.......)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((.......)))..((((.......))))..((((.(((((((..[[[[[[.))))).....]]]]]]..........)))))).......)))........((((((((((.........)))).)))))).(((((.<<<<<...(((((....))))).(((.....)))..)))))....((((((..>>>>>.))))))((((.....))))..((((........)))).((((((((((.....))).((((....)))){{{{{{........)))))))..(((((...((((......)))).))))).(((....))).}}}}}}.(((((.......))))).)))))).... |
