RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00081

RNA: TMR_00081
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((((((......((((((....((...(((((.......(((((((...........)))))))........)).)))...))...))))))(((.((((((((..((.(((((.......((((((((.((((((((.........)))))))).......))))))...((((....)))).))...((((.......)))).)))))))..))))))))........((((((((...(((((((..(((((....)).))))))))))......(((..(((((((......)))..))))..)))......)))))))).)))...))))))))...)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................(((((((...........))))))).............................((((((.(((.........)))..))))))((((((.((((((((.........)))))))).......))))))............................(((((((((.........(((....)))......))))))))).............(((((((..(((..............))).)))))))............................(((((((((((((.......)))))..).)))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................................((((((.......(((...............)))...........(........)..........(((....(((.........))).....)))........................................................................................................................................................................))))))............................(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((.......(((.(.((((((((.....(((((((...........))))))).............................((((((.(((.........)))..))))))((((((.((((((((.........)))))))).......))))))................(((((..((((((........))))))...))))).............(........((((((...(((.........))).))))))......)............)))))...))).)..)))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................(.........(((((((...........)))))))...........).................((((((.(((.........)))..))))))((((((.((((((((.........)))))))).......))))))....(((....)))..............(((((((((.(..((((((((....)))))))))))))))))).....((((....(((((((..(((..............))).)))))))......))))..................(((((((((((((.......)))))..).)))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.......)))...((((((.........(((.(((.....(((((((...........)))))))........))))))........)))))).((((((.(((.........)))..))))))((((((.((((((((..[[[[[[.)))))))).......))))))........]]]]]]..............(((((((((....((((((((....)))))))).)))))))))..(((((((....[[[[[[[..[[[.)))))))......]]].]]]]]]]............((((((((.......)))))))).(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..(((.....((((((((((((((((........)))))..................(((((((((((...((((.....((((((.(((.........)))..))))))((((((.((((((((.........)))))))).......))))))...((((....))))......(((((.....)))))..)))))))))))))))...............................(((((((..(((..............))).)))))))..))))))).)))).....)))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((...((.....(((((((((((((((([[[[[[[.))))).....]]]]]]].............................((((((.(((.........)))..))))))((((((.((((((((.........)))))))).......))))))..........................................................................((((((.....{{{{{{......))))))...........}}}}}}...))))))).)))).....)).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((....((.....(((((((((((.((((........))))...................((((((((((...(((((.....((((((.(((.........)))..))))))((((((.((((((((.........)))))))).......))))))...((((....))))......(((((.....)))))..)))))))))))))))...............................(((((((..(((..............))).)))))))..))))))).)))).....))......))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..............(((((((((((([[[[[[[.))))).....]]]]]]]......(((((((((((((((((.......((((((..((((.............))))((((((.((((((((.........)))))))).......)))))).....))))))..................)))))).......)))))))))))...............................(((((((.......................)))))))..))))))).................)))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((.............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((((((.........)))))))........))))))..................(((((((.................))))))).......................((((((((.(((........)))..))))))))..............))..))))))....)))..))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((.............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((((((.........)))))))........))))))..................(((((((.................))))))).......................(((((((..(((........)))...)))))))..............)).)))))))....)))..))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..(((.....(((((((((((.(((((((((((...........)))))))......(((((((((...((((((......((((((..((((.((.......)).))))((((((.((((((((.........)))))))).......)))))).....))))))..........(((((.....)))))..)))))))))))))))........))))...................(((((((..(((..............))).)))))))..))))))).)))).....)))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..(((.....(((((((((((((((([[[[[[[.))))).....]]]]]]]......((((((((((...(((((.....((((((.(((.........)))..))))))((((((.(((((((((......).)))))))).......))))))...((((....))))......(((((.....)))))..)))))))))))))))................((((....))))...(((((((..(((..............))).)))))))..))))))).)))).....)))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..........(((((((((((.....(((((((...........)))))))......((((.....................(((((((((...................((((((.((((((((.........)))))))).......))))))........((((((((.....(((((.....)))))..)))))))))))))))))..................(((((.......((((((......))))))......)))))....)))).))))))).))))............)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..(((.....(((((((((((.(((((((((((...........)))))))......(((((((((((...((((....(.((((((..((((.((.......)).))))((((((.((((((((.........)))))))).......)))))).....)))))).)........(((((.....)))))..)))))))))))))))........))))...................(((((((..(((..............))).)))))))..))))))).)))).....)))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.(((..(((.....))).))))))))))((((((.((((.((((((...........)))))).......(((((((((((...((((......((((((..((((.((.......)).))))((((((.((((((((.........)))))))).......)))))).....))))))..........(((((.....)))))..)))))))))))))))........))))...................(((((((..(((..............))).)))))))..))))))....((..((((.......))))..)).(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..(((.....(((((((((((.(((((((((((...........)))))))......(((((((((...((((((....(.((((((..((((.((.......)).))))((((((.((((((((.........)))))))).......)))))).....)))))).)........(((((.....)))))..)))))))))))))))........))))...................(((((((..(((..............))).)))))))..))))))).)))).....)))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........)..((((((((((((((((((..(((((((..(..((..(((((.((......)))))))..)))..)).)).)))..).)))))))))..(((((((((((......).))).)))))))(((((((((((((.((.............))))))))).))))))..((.((..(((.(((((((((((((.((((((((.(((.((((((........).))))))))))))))).(((((((((((((......))))).)))))))).)))))))))))))).((......))..)))..))...))..))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..(((.....(((((((((((.((((.((((((...........)))))).......((((((((((....((((...................................((((((.((((((((.........)))))))).......)))))).....................(((((.....)))))..)))).))))))))))........))))..........................................................))))))).)))).....)))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((((..(((.....(((((((((((.(((((((((((...........)))))))......(((((((((((...((((......((((((..((((.((.......)).))))((((((.((((((((.........)))))))).......)))))).....))))))..........(((((.....)))))..)))))))))))))))........))))...................(((((((..(((..............))).)))))))..))))))).)))).....)))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((...((((.(((....))).((((.......))))......))))..(((((((...........))))))).........))))................((((((..................)))))).(((((..(((..........))).(((.......))).)))))....((((....))))......(((((.....))))).......((((((....)))))).(((((....((((....))))....((((((......)))))).......((((....((.......))..)))).)))))..........(((((.(((((.......)))))....)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((....)))))..(((....((((..cccccc(((((.bbbbbb.))))).....BBBBBB......................)))).............((((........{{{{.))))(((.....<<<<<<<)))}.....>>>>>>>........(((}}}....)))....((((......[[[[))))...]]]].....((((((((....))))))))..)))...((((....))))....((((((......))))))......((((....aaaa..))))CC...CCCC..AAAA.(((.....)))...(((((.......))))))))))))....

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