|
|
|
GGGGCUGUUUUUGGAUUUGACAAAAUUAUCAACAAAGUAAAGUGCAUGCCGAGGAACGGUUUGCCUCGAUAAAAGCCGUAAAAAAAUAAUUGCAAAUAAUAAACAAAACUACGCUUUAGCAGCUUAAAAAACUGAAUAAAGCCCUUCCUUCUUAUCCUCCUUCUCUUAGGAUGAGAAAACAGGAAGGUCAGAAAAAGAGAAAAACGUGGAUAUCAAGCUUGACGAUAACACGAAGUAGUUUUUUCAAGCUAUAUACCUAAUAUGUGUUUUUCCAAAUUAGGUAAUGAAUUCAAUAAAGAAAAAACUAAGCAUGUAGGGCUUUAUUAGUAGAAAUUUUGGACGCGGGUUCGAAUCCCGCCAGCUCCAAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.(.....((...((((.((((((((((.<<<<<<..))))).....>>>>>>.................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((.(....{{.{.{..)..)))))....))))))).......}.}.}}....((((..((((.aaaaaaa.)))).))))...........AAAAAAA.(.((.....(.((.[[[[[[[))....).....)).).........]]].]]]]...)))))....))))..))....).)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(..(.(((((.......))))).)..).......(...((....))...)..((((((............)))))).........((((....))))............((((((.(((.........)))..))))))(((((((((((..(((.........)))..)))))....))))))...................................................................................................................................((..(............).))..((((.........))))........... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((((........((..((((((.((((((....(((((((....)).)))))...(((((.(((......((.(((....)))))........)))))))).))).))).....(((((.((((((((((((((((((((((.........)))))))))....))))..(((((.....((..............))....)))))....(((.....((((((((((........((((((((..............))))))))..............))))))))))....)))))))))))))))))....)))))))).......))))))))...))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((((((......(((((((..........)))))))...............................................................(((((((...............................)))))))............................(((((((.....................)))))))...((((((((..............)))))))).........................)))))))..........................(((((.......)))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((........((..(((.(((((......(((((..............))))).................................(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((.........)))..))))....))))))).............................((((((.....................))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......................)))))....)))..))......))))))))....................))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.......)))....................(((.((((.....)))).)))........................................................((.........)).((((((((((((((((((((((((.........)))))))))....)))))...................((((..(((((....)))...)).))))...((((((((((........((((((((.((........)).))))))))..............))))))))))........))))))))))........(((((((((((((.......)))))..).))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((..............(((((((((......((((((............))))))........................................(((.........)))........((((((...(...((...........))...).......)))))).........................................................................................................................))))))...)))............))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.........(((((((.(((((......((((((............)))))).................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).............................((((((.((.(((........))))).))))))....((((((((..............)))))))).........................)))))....))))))).......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......)))))(.....((..........(((.((((.....)))).)))........((((.(.................................)))))...(((.........)))((((((((((((((((((((((((.........)))))))))....)))))...................((((..((((((()))))...)).))))...((((((((((........((((((((.((........)).))))))))..............))))))))))........)))))))))).))....)(((((((((((((.......)))))..).))))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.............(((((((((......(((((..............))))).........((((....)))).................(((((.........)))))....(.(((((((((((..(((.........)))..))))....))))))).)..............((((....((((......))))....))))..................((((((((((.((.(.....))).)))))))))).......................))))))...)))...........)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.......)))))..........((((((((......(((((.[[[[[[[.)))))....]]]]]]].................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.[[[[[[[.)))).))))...........]]]]]]]...((((((((..............))))))))..................................))))))))................(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.((..(((((((((((((((((((.........))))).........((((........))))...................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...((((((((((........((((((((.((........)).)))))))).((....)).....)))))))))).))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.((...((((((((((((((((((..{{{{{{.)))))....}}}}}}..................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................(((....(((.<<<<<<<.)))[[[))).....]]]...>>>>>>>...((((((((.((........)).)))))))).........................))))))...)))))))..)).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((.........(.((((((....((..(((....)))..))..(((((.((...))....)))))...........))))))............(((((.(((((((((.........))))).)))).(((((((((((..(((.........)))..)))))....))))))................((((....(((((....))).))...)))).......((((((..((.(((((((((((((.(.....)))))))))))).))...)...)..))))))........................)))))..))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.((..((((((((((((((......(((((((..........))))))).................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))....(((((.(((........((((((((.((........)).))))))))..(....)......))).)))))..))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((........(((((((((((((((((((.........)))))....((((((((.............................))))........))))......((((.......((((((((((((((((..[[[[[[[))))))))))....))))))))))...]]]]]]]...((((....................))))...((((((((((........((((((((..............))))))))..............)))))))))).)))))))...)))))))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((.((.....((((((((((((((..((..(((((((..........))))))).........((((....))))............((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).)))).................(((.((((((((.((........)).)))))))))))..................))..)))))))...)))))))....)))))))))...(((((.......)))))........... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.............(((((((.............((((((((((((((.........))))).......((((.........((((....))))............((....))....................(.(((((((((((..(((.........)))..))))....))))))).)................))))........(((((.....................)))))...(((.(((((((((........))).))))))))).......................))))))...)))...........)))))))....((((.......)))).))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((........((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(........................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((.........)))).)))......)))))).................(((((((..............)))))))...................(((((((((((((........)))))))))))))...................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((..(......((..(((.((((((((((.........))))).......((((.........((((....))))............(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..................)))).......((((((.....................))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......................)))))....)))..)).....).)))))))............................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((........((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(........................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((.........)))).)))......)))))).................(((((((..............)))))))...................(((((((((.(((........))).)))))))))...................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((..(......((..(((.((((((((((.........))))).......((((..........(((....)))((...........(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..............).).)))).......((((((.....................))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......................)))))....)))..)).....).)))))))............................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((..........(..((..((((((((((.........))))).......((((..........(((....))).............(((((..(.............)...)))))(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..................))))........(((((.....................))))).....(((((((((((........))))))))))).........................))))).....))..)........)))))))............................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.((..(((((((((((((((((((.[[[[[[[.)))))....]]]]]]]..................................(((((..((((((((((((((........((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..........)))))..........))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......(((((((((((((.((.....(((((((((((((((((((.{{{{{{{.)))))....}}}}}}}.................................((((((.(((.((....)))))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...((((((((((........((((((((..............))))))))..............)))))))))).))))))...))))))))....)))))))))...[[[[[.))))))]]]]]))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((........((((((((((((((......(((((((..........)))))))..................................(((((..((((((((((((((........((((((((((((((((.........))))))))))....)))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((..............))))))))..........)))))..........)))))))...)))))))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((..(((....(((...)))..........((((((............))))))..........)))................((((.......(((.........)))........(((((((((((...................))))....))))))).................(((......................))).....................((((((((..............)))))))).....................(((......)))..........)))).)))))))............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((....(((((((.............((((((((((((((.........))))).......((((.........((((....))))..................((((.........)))).......(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..................))))........(((((.....................)))))...(((.(((((((((........))))))))).))).......................)))))...))))...........))))))).......)))))........))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.((..((((((((((((((..((..(((((((..........)))))))..................................(((((..((((((((((((((......(.((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).)...............((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..........)))))......))..))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.........))(((((((.((.....((((((((((((((..((..(((((((..........)))))))..................................(((((..((((((((((((((........((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..........)))))......))..))))))...))))))))....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.((...((..((.(((.((((.....)))).)))))..)).((((((((((........))))...............((((((....)).(((((.....((((.......((((((((((((((((.........)))))))))....)))))))))))...............(((((.((((((((((.((.(((........))))).)))))))...((((((((.((........)).)))))))).)))))))).............)))))..))))))))))....)).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((((((((....(((((..))))).((((((((...)))))))).((((...(((((((.((.(((.......))).))....(((((((((((((((((((((......).))).)))))..(((((((((.(.(((((((......)))).).)).))))))))))....(((((...)))))(((((...((((..))))....).))))))))))))))))((.(((...((((((((.((.((...)))).))))))))........................))).)).).))))))...)).)).))))))))..((((((...)..)))))))))))))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((..(((((((..((.........(((.(((((......(((((..((...).)....))))).......((.((.....(.(((...........((((((.(((.........)))..))))))(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..(......((......(((.....(...........)....)))...........))....)...((((((((.((........)).)))))))).....)...))...)....)).)).)))))....)))....).)....))))))).....)))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.((..........(((..(((.....)))..)))..........((............................................((((((((((((((........((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..................................)).......)).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.......))))..................(((((((..((..((((((............)))))).................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).............................((((((.....................))))))....((((((((.((........)).)))))))).....................))..)))))))..........................(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.((.((..((((((((((((((..((..(((((((..........)))))))..................................(((((..((((((((((((((........((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..........)))))......))..))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....((((.......)))).((((.......)))).......((((.....))))..))).......((((.((((........))))......((((...........))))...))))...............((((.(((((((((((((.........)))))))))....)))).(((................((((..((((.........)))).))))..(((((((....)))))))..)))..((((((.(((....))).(((........................))).)))))).)))).(((....))).....(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.......))))).(((...........[[[......(((((..aaaaaa.)))))....AAAAAA.......)))..(((...................<<<<<<)))>>>.......((((.>>>]]]......((((((((((bbbbbb...))))))))))....BBBBBB)))).............((((..((((.........)))).))))..(((((((....))))))).((((((((.....{{{{{{...))))))))..............}}}}}}...((((.......))))..((((........))))..(((((.......)))))))))))).... |