CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00082



RNA: TMR_00082
Rfam family: tmRNA

GGGGCUGUUUUUGGAUUUGACAAAAUUAUCAACAAAGUAAAGUGCAUGCCGAGGAACGGUUUGCCUCGAUAAAAGCCGUAAAAAAAUAAUUGCAAAUAAUAAACAAAACUACGCUUUAGCAGCUUAAAAAACUGAAUAAAGCCCUUCCUUCUUAUCCUCCUUCUCUUAGGAUGAGAAAACAGGAAGGUCAGAAAAAGAGAAAAACGUGGAUAUCAAGCUUGACGAUAACACGAAGUAGUUUUUUCAAGCUAUAUACCUAAUAUGUGUUUUUCCAAAUUAGGUAAUGAAUUCAAUAAAGAAAAAACUAAGCAUGUAGGGCUUUAUUAGUAGAAAUUUUGGACGCGGGUUCGAAUCCCGCCAGCUCCAAAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.............(((((((.(.....((...((((.((((((((((.<<<<<<..))))).....>>>>>>.................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((.(....{{.{.{..)..)))))....))))))).......}.}.}}....((((..((((.aaaaaaa.)))).))))...........AAAAAAA.(.((.....(.((.[[[[[[[))....).....)).).........]]].]]]]...)))))....))))..))....).)))))))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(..(.(((((.......))))).)..).......(...((....))...)..((((((............)))))).........((((....))))............((((((.(((.........)))..))))))(((((((((((..(((.........)))..)))))....))))))...................................................................................................................................((..(............).))..((((.........))))...........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((........((..((((((.((((((....(((((((....)).)))))...(((((.(((......((.(((....)))))........)))))))).))).))).....(((((.((((((((((((((((((((((.........)))))))))....))))..(((((.....((..............))....)))))....(((.....((((((((((........((((((((..............))))))))..............))))))))))....)))))))))))))))))....)))))))).......))))))))...)))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................(((((((......(((((((..........)))))))...............................................................(((((((...............................)))))))............................(((((((.....................)))))))...((((((((..............)))))))).........................)))))))..........................(((((.......)))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((........((..(((.(((((......(((((..............))))).................................(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((.........)))..))))....))))))).............................((((((.....................))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......................)))))....)))..))......))))))))....................)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.......)))....................(((.((((.....)))).)))........................................................((.........)).((((((((((((((((((((((((.........)))))))))....)))))...................((((..(((((....)))...)).))))...((((((((((........((((((((.((........)).))))))))..............))))))))))........))))))))))........(((((((((((((.......)))))..).)))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((..............(((((((((......((((((............))))))........................................(((.........)))........((((((...(...((...........))...).......)))))).........................................................................................................................))))))...)))............))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.........(((((((.(((((......((((((............)))))).................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).............................((((((.((.(((........))))).))))))....((((((((..............)))))))).........................)))))....))))))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.......)))))(.....((..........(((.((((.....)))).)))........((((.(.................................)))))...(((.........)))((((((((((((((((((((((((.........)))))))))....)))))...................((((..((((((()))))...)).))))...((((((((((........((((((((.((........)).))))))))..............))))))))))........)))))))))).))....)(((((((((((((.......)))))..).)))))))
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.............(((((((((......(((((..............))))).........((((....)))).................(((((.........)))))....(.(((((((((((..(((.........)))..))))....))))))).)..............((((....((((......))))....))))..................((((((((((.((.(.....))).)))))))))).......................))))))...)))...........)))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..........((((((((......(((((.[[[[[[[.)))))....]]]]]]].................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.[[[[[[[.)))).))))...........]]]]]]]...((((((((..............))))))))..................................))))))))................(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.((..(((((((((((((((((((.........))))).........((((........))))...................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...((((((((((........((((((((.((........)).)))))))).((....)).....)))))))))).))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.((...((((((((((((((((((..{{{{{{.)))))....}}}}}}..................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................(((....(((.<<<<<<<.)))[[[))).....]]]...>>>>>>>...((((((((.((........)).)))))))).........................))))))...)))))))..)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.........(.((((((....((..(((....)))..))..(((((.((...))....)))))...........))))))............(((((.(((((((((.........))))).)))).(((((((((((..(((.........)))..)))))....))))))................((((....(((((....))).))...)))).......((((((..((.(((((((((((((.(.....)))))))))))).))...)...)..))))))........................)))))..))))))..(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.((..((((((((((((((......(((((((..........))))))).................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))....(((((.(((........((((((((.((........)).))))))))..(....)......))).)))))..))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((........(((((((((((((((((((.........)))))....((((((((.............................))))........))))......((((.......((((((((((((((((..[[[[[[[))))))))))....))))))))))...]]]]]]]...((((....................))))...((((((((((........((((((((..............))))))))..............)))))))))).)))))))...)))))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((.((.....((((((((((((((..((..(((((((..........))))))).........((((....))))............((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).)))).................(((.((((((((.((........)).)))))))))))..................))..)))))))...)))))))....)))))))))...(((((.......)))))...........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.............(((((((.............((((((((((((((.........))))).......((((.........((((....))))............((....))....................(.(((((((((((..(((.........)))..))))....))))))).)................))))........(((((.....................)))))...(((.(((((((((........))).))))))))).......................))))))...)))...........)))))))....((((.......)))).)))))).....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((........((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(........................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((.........)))).)))......)))))).................(((((((..............)))))))...................(((((((((((((........)))))))))))))...................))..))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((..(......((..(((.((((((((((.........))))).......((((.........((((....))))............(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..................)))).......((((((.....................))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......................)))))....)))..)).....).)))))))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((........((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(........................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((.........)))).)))......)))))).................(((((((..............)))))))...................(((((((((.(((........))).)))))))))...................)).)))))))....))).))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((..(......((..(((.((((((((((.........))))).......((((..........(((....)))((...........(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..............).).)))).......((((((.....................))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......................)))))....)))..)).....).)))))))...............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((..........(..((..((((((((((.........))))).......((((..........(((....))).............(((((..(.............)...)))))(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..................))))........(((((.....................))))).....(((((((((((........))))))))))).........................))))).....))..)........)))))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.((..(((((((((((((((((((.[[[[[[[.)))))....]]]]]]]..................................(((((..((((((((((((((........((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..........)))))..........))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((((((((((.((.....(((((((((((((((((((.{{{{{{{.)))))....}}}}}}}.................................((((((.(((.((....)))))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...((((((((((........((((((((..............))))))))..............)))))))))).))))))...))))))))....)))))))))...[[[[[.))))))]]]]])))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((........((((((((((((((......(((((((..........)))))))..................................(((((..((((((((((((((........((((((((((((((((.........))))))))))....)))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((..............))))))))..........)))))..........)))))))...)))))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((..(((....(((...)))..........((((((............))))))..........)))................((((.......(((.........)))........(((((((((((...................))))....))))))).................(((......................))).....................((((((((..............)))))))).....................(((......)))..........)))).)))))))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((....(((((((.............((((((((((((((.........))))).......((((.........((((....))))..................((((.........)))).......(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..................))))........(((((.....................)))))...(((.(((((((((........))))))))).))).......................)))))...))))...........))))))).......)))))........)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.((..((((((((((((((..((..(((((((..........)))))))..................................(((((..((((((((((((((......(.((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).)...............((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..........)))))......))..))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........))(((((((.((.....((((((((((((((..((..(((((((..........)))))))..................................(((((..((((((((((((((........((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..........)))))......))..))))))...))))))))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.((...((..((.(((.((((.....)))).)))))..)).((((((((((........))))...............((((((....)).(((((.....((((.......((((((((((((((((.........)))))))))....)))))))))))...............(((((.((((((((((.((.(((........))))).)))))))...((((((((.((........)).)))))))).)))))))).............)))))..))))))))))....)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((((((....(((((..))))).((((((((...)))))))).((((...(((((((.((.(((.......))).))....(((((((((((((((((((((......).))).)))))..(((((((((.(.(((((((......)))).).)).))))))))))....(((((...)))))(((((...((((..))))....).))))))))))))))))((.(((...((((((((.((.((...)))).))))))))........................))).)).).))))))...)).)).))))))))..((((((...)..))))))))))))))))
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((..(((((((..((.........(((.(((((......(((((..((...).)....))))).......((.((.....(.(((...........((((((.(((.........)))..))))))(((((((((((..(((.........)))..))))....)))))))..(......((......(((.....(...........)....)))...........))....)...((((((((.((........)).)))))))).....)...))...)....)).)).)))))....)))....).)....))))))).....)))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.((..........(((..(((.....)))..)))..........((............................................((((((((((((((........((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..................................)).......)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))..................(((((((..((..((((((............)))))).................................((((((.(((.........)))..))))))((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).............................((((((.....................))))))....((((((((.((........)).)))))))).....................))..)))))))..........................(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((.((.((..((((((((((((((..((..(((((((..........)))))))..................................(((((..((((((((((((((........((((((((((((((((.........)))))))))....))))))).................((((..((((.........)))).))))...))))))))).)))))...((((((((.((........)).))))))))..........)))))......))..))))))...)))))))).)).)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((....((((.......)))).((((.......)))).......((((.....))))..))).......((((.((((........))))......((((...........))))...))))...............((((.(((((((((((((.........)))))))))....)))).(((................((((..((((.........)))).))))..(((((((....)))))))..)))..((((((.(((....))).(((........................))).)))))).)))).(((....))).....(((((.(((((.......)))))....)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......))))).(((...........[[[......(((((..aaaaaa.)))))....AAAAAA.......)))..(((...................<<<<<<)))>>>.......((((.>>>]]]......((((((((((bbbbbb...))))))))))....BBBBBB)))).............((((..((((.........)))).))))..(((((((....))))))).((((((((.....{{{{{{...))))))))..............}}}}}}...((((.......))))..((((........))))..(((((.......))))))))))))....