RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00083

RNA: TMR_00083
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.((...((((((((.((((((..((..((((((..((((((....))))))...(((((...........)))))..((....((((((((....(((((....)))))))))).)))..)).))))))(((((.((((..(((((((.........)))...))))...........((..(((((...(((((....))))))))))...)).....))))...(((((((((..(((((......))))))))))))))...........))))).))..))))))....))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.((...((((((((.((((((..((..((.(((..((((((....))))))...(((((...........)))))..((((((...(((.(((....))).)))(.((((((.(((((((......))))))).(((....)))(((((....))))).)))))).).....(....)....(((((...((((((())))))))))))..........)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))..........))).)).))..))))))....))))))))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((.......)))).(((....)))....(((((....(((((.[[[[[..))))).......]]]]]...(((((...[[[.....)))))......]]]..(((.(((....))).))))))))....((((((.[[[[[[[)))))).(((....))).((((....)))).((...)).......]]]]]]]...(((((...(((((.[[[))))))))))................]]].....((((((((((..[[[[))).)))))))......(((...((((((.(((......)))..)))))).))).........]]]](((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((((.((.(((((((.(((((.(((((.((.((......)).)).((((((....)))))).....(((((.(((.((((......)))).))).((((.(((....))).)))).((((((.(((((((......))))))).(((....)))(((((....))))).))))))....)))))........)))))))).)).))))))).))...)))).))))).((((....(((((((((..(((((......))))))))))))))....((....((((((.(((......)))..))))))...)).)))).......(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((..((...((((((((.((((((.((((....[[[.)))).....................(((..((..((((((((((((.((((((((.(((....))).)))..((((((.(((((((......))))))).(((....)))(((((....))))).)))))).......((.(((.....{{))).)).........(((.((}}........)).)))......<<.)))))))))))).......))))).))>>))).........]]]........))))))....))))))))...)).))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(.(((((((.((.(((((((.(((((.(((((....(((((........))))).......................(((.((((......)))).))).((((.(((....))).)))).((((((.(((((((......))))))).(((....)))(((((....))))).)))))).................))))))))).).))))))).))...)))))))..).((((....(((((((((..(((((......))))))))))))))....((....((((((.(((......)))..))))))...)).)))).......(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((..(((((((((..(((((((((((((((......(((((.[[[[[[[)))))......................((((.((((......)))).......))))))))...)))))...((((((.((((.....]]]]]]])))).(((....)))(((((....))))).))))))...)))))).........)))))))))((((..)))))))))(((........((((....(((((((((..(((((......))))))))))))))..........((((((...............))))))......))))....)))(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((..((.((...((((((((.((((((..((..((.(((..((((((....)))))).......((((((((..((((((((((((.((((((((.(((....))).)))..((((((.(((((((......))))))).(((....))).((((....))))..)))))).......((..((....(((((...(((((....)))))))))).......))..)).........)))))))))))).......))))).))))))))........))).)).))..))))))....))))))))...))))..)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((((....(((((((.(((((.(((((....(((((........))))).................(((((.(((.((((......)))).))).((((.(((....))).)))).((((((.(((((((......))))))).(((....)))(((((....))))).))))))....)))))........))))))))).).)))))))......))))))).)).((((....(((((((((..(((((......))))))))))))))..........((((((.(((......)))..))))))......)))).......(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((......((((((((.(((((((((((........)))))...............(((((...........)))))..((((((...(((((....(((((....))))))))))......(((((((....((((.........(((((....)))))........))))..)))))))...(((((...(((((....))))))))))..........)))))).(((((((((..(((((......)))))))))))))).....................))))))....)))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.......)))).(((....)))((((((.((((((..((..((.(((..((((((....)))))).......((((((((..((((((((((((.((((((((.(((....))).)))..((((((.(((((((......))))))).(((....))).((((....))))..)))))).......((..((((..(((((...(((((....))))))))))..))...))..)).........)))))))))))).......))))).))))))))........))).)).))..))))))....))))))......)))))).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(..((((((((.((.(((((((.((.(.((((((..((.((((((.......((((((....))))))...........(((.((((......)))).)))..(((.(((....))).))))))))).)).......((((((((((..(.(((....))))((((....))))))).(....).....)))))))...)))))).).)).))))))).))...)))))))....((((..(((((((((((..(((((......))))))))))))))..........((((((.(((......)))..))))))..))..)))).)..)..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(...((..))(((((((.((((((((((((((.((((((((((........))))).......((......)).(((((((((((.(((((.....))).((.(((..(((..)))..)))))((((((.(((((((......))))))).((((..))))(((((....))))).)))))))).)))..).)))))))((((((..(.((((..)))))))))))..(((.((((..((.((((((((((((.((((..))))....)).)))))))).)).))..))))...)))..).))))...).)))))))))))))))))))).).((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((....((((((..(((((((((.(((((.(((((....(((((........))))).......................(((.((((......)))).)))..(((.(((....))).)))(.((((((.((((..(......)..)))).(((....)))(((((....))))).)))))).)...............)))))))).)).))))))).))...)))))).....((((....(((((((((..(((((......))))))))))))))..........((((((.(((......)))..))))))......))))...))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(..((((((((..(((((((((.(((((.(((((....(((((........))))).................(((((.(((.((((......)))).)))..(((.(((....))).)))..((((((.((((..(......)..)))).(((....)))(((((....))))).))))))....)))))........)))))))).)).))))))).))...)))))))....((((....(((((((((..(((((......))))))))))))))....((....((((((.(((......)))..))))))...)).)))).)..)..(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((.....)))).(((((....(((((........))))).......((((.....)))).((((..((((......))))......(((.........))).....((((((.(((((((......)))))))...........(((((....))))).))))))..........))))...)))))...(((((....))))).((((.....)))).(((.....(((....(((((((((......))).)))))).(((.........)))..(((((............))))).)))..)))........(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((..[[[..)))).((((.]]].)))).(((((.....((((.ccccc..))))........CCCCC...(((....dddd....ddd)))..DDD.......DDDD....(((((....)))))(((.(((((((..{{{{)))))))...........(((((....))))).)))...........}}}}.....)))))...(((((....))))).((((.....)))).((((........(((bbbbbbbb.))))...BB.BBBBBB((((.........)))).(((((........aaa.)))))..(((..AAA)))......<<<)))....>>>..)))))))....

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