RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00092

RNA: TMR_00092
Rfam family: tmRNA

			GGGGGCGUGUUUUGGAAUUCGACGGGGGCAGUCGGAUUCCAAAUAGCGGGUAGUGGUUUUCUCGGUACCACUAUAAAAAACCGAGAAGAAAAAUAACUGCAGACAAAGCUGAACUCGCUUUAGCUGCAUAAGAUAAGCAGCUAACGUCCGCCGGAGGUGCCCACGGCCUCCGAGUCGGGCGCCAACCCACGUGGGGCACCGAAAGUAAGGUCGCCUGAGCCUUACUUUUGGGUCAAAUCUCAGGCUGGGGAAGAAAAAGCCUGUCAGUGGGCGUUUUCUUCCCGAGAAUUUAAGUACACUGACUGCACCCGGAGAAGUUUGGAGUUCGAUGCCUUCGGACGGGGGUUCAAAUCCCCCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((...............((((((((.(.(((((((((((..((((((((((...aaaaaaa.))))).......AAAAAAA.................................(((((((...........)))))))((((((.((((((...[[[[[.))))))...))))))........]]]]]...(((.((((...{{{{....{........)))).)))....}....}}}}.(((((..(((..(..<<<<<<<)....))).))))).............>>>>>>>...))))).....)))))))))))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............(((((((.((((((((((((((..((((..((..((((((((((.............))))))))))...))...(((((.((.((((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((((((((((.......))))))).).)))))).........)))))...(((((((((((((.......)))))))))))))........))).))).(((((((((..(((((....)))))..)))))))))................)).))))))))).....)))))))))))))))))))))...((((((....)))))).)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((((((((.(((((((((((((..(((((.(...((((((((((.............))))))))))..........(((....(((.......)))((((((((.........))))))))((((((((((((((.......))))))).).))))))....(((....)))((.(((((((((((((.......)))))))))))))))..............((((((((((.(((((....))))).))))))))))...................))))))))).....)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((((((((.((..((((((((...((((.......................................................................((((((.........))))))...((((..(((((...........)))))....)))).......................................................................((((((.(((........))).))))))............................))))......))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((((((((.(((((((((((((..(((((.(((((.((((((((.............)))))))).................(((((.......)))))((((((.........))))))...(((((.(((((((.......)))))))...)))))(((..((.....))))).(((((((((((((.......))))))))))))).............((.((((((((((.(((........))).)))))))))).))...............)))))))))).....)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(.(((((((.((((((((((((((..((((((((..((((((((((.............))))))))))......)))((((.(..(((.......)))((((((((.(.....).))))))))((((((((((((((.......))))))).).))))))....((((()))))((.(((((((((((((.......)))))))))))))))...........((.((((((((((.(((((....))))).)))))))))).))..............).))))))))).....)))))))))))))))))))))..)(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((((((((.......))))))))))))).(((((((.((((((((((((((.............)))))))).......)))))).[[[........)))))))((((((((.........)))))))).]]].((((..[[[[[[[.)))).........]]]]]]]...........(((.(((((((((((((.[[[[[[)))))))))))))))).....]]]]]]..((((((((((.((((......)))).))))))))))..........(((..[[[..)))...]]]....((((((((........))))))))(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((((((((.......)))))))))))))..((((..((((.((((((((((.............)))))))))).......(((.(((...(((.......))).(((((((.........))))))).((((((((((((((.......))))))).).))))))(((.......)))(((.(((((((((((((.......))))))))))))))))...)))))).((.((((((((((.((((......)))).)))))))))).))..........))))..))))..(((((....))))).((((((.....))))))(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((((((((.(((((((((((((..(((((.((((((((((((((.............))))))))).................((((.......))))(((((((.........))))))).((((((.(((((((.......)))))))...)))))).............(((.(((((((((((((.......)))))))))))))))).............((((((((((.(((((....))))).))))))))))..................)))))))))).....)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((((((((.......)))))))))))))..((((..((((.((((((((((.............)))))))))).......(((.(((...(((.......))).(((((((.........))))))).((((((((((((((.......))))))).).))))))((.........))(((.((((((((((((((....).))))))))))))))))...)))))).((.((((((((((.((((......)))).)))))))))).))..........))))..))))..(((((....))))).((((((.....))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((.............)))))))).......))))))............)))))))((((((((.........))))))))......((((.(((((((.(((...)))....)))))))..((((..))))(((((((((((((((..[[[[[[[))))))))))))((((...]]]]]]]..((((((((((.((((((..)))))).))))))))))................)))))))..))))....)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(...(.(..((((((((......((((.(((.((((((.........(((((...............))))).........(...(.....................((.((((.........)))).)).((((((.(((((((.......)))))))...))))))...................((((((((.............))))))))..................((((((((((.(((........))).))))))))))...................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(...(.(..((((((((......((((.(((.((((((.(.......(((((...............))))).........(...(.....................((.((((.........)))).)).((((((.(((((((.......)))))))...))))))...................((((((((.............))))))))..................(((((((((..(((........)))..)))))))))...................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((..((((.(((((((((((((..(((((((((((.[[[[[[[[)))))))......]]]]]]]]..........(((((.((...((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((.(((((((.......)))))))...)))))).........)))))...(((((((((((((.......)))))))))))))........)))).((.((((((((((.((((......)))).)))))))))).)).............)).))))))))).....)))))))))))))))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((((((..[[[[[))))))))))))...((((..((((.((((((((((.............)))))))))).......(((.(((..((((.(....)))))(((((((.........))))))).(((((((((((((((....).))))))).).))))))(((.(....))))(((.((((((((((((((....).))))))))))))))))...))))))....((((((((((.(((((....))))).)))))))))).............))))..))))..(((((....))))).((((((]]]]]))))))((((((....).))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............(((((((.((((((((((((((..((((......((((((((((.............))))))))))........(((((...........(((((.((((((((.........))))))))((((((.(((((((.......)))))))...)))))).........)))))...(((((((((((((.......)))))))))))))......((((......((((((((((.(((((....))))).))))))))))))))...............))))))))).....)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((((((((.(((((((((((((..(((((.(..(((((((((((.............))))))))))..........(((......((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((((((((((.......))))))).).)))))).........)))))...(((((((((((((.......)))))))))))))........)))).((.((((((((((.((((......)))).)))))))))).))............))).)..)))))).....)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((((((((.(((..((((.((((((((..........((((.((....((((((((((.............))))))))))....)).))))..((....((((.(((((..(((((((.........))))))).((((((.(((((((.......)))))))...)))))).........)))))...(((((((((((((.......)))))))))))))........)))).((.((((((((((.((((......)))).)))))))))).)).......))...)))))))).))))..))).))))).....))))))))).((((((((........))))))..)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((..((.(((..((((.((((((((...((.....((((....(..((((((((((.............))))))))))..)....)))).(((...((.......((.((((((((.........)))))))).(((((((((((((.......))))))).).)))))))...(((....))))).(((((((((((((.......))))))))))))))))........))((.((((((((((.((((......)))).)))))))))).))............)))))))).))))..))).))..))((((((.....))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..)...((..)).(((((((((.(((((..(((((.......((((((((......).))))))).((.(((((...)..)))).))(((((((.(.(((...((..(.(.((((((((..((...))))))))))(((((((((((((...((..)))))))).).))))))...(((((..))))).(((((((((((((((.....))))))))))))))).(((........)))(((((((((((((((......))))))))))))))).))..))(((..))))))))))))))(((..))))))))..))))))))))))))..(((((.((..))))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((..((((.(((((((((((((..(((((.....((((((((((.............))))))))))...................((((...(((..(((((((.........))))))).((((((((((((((.......))))))).).)))))).........))).....(((((((((((((.......)))))))))))))........)))).((.((((((((((.((((......)))).)))))))))).))....................))))).....)))))))))))))))))..))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((..((((.(((((((((((((..((((..((..((((((((((.............))))))))))...))...(((((.((...((((...(((..(((((((.........))))))).((((((((((((((.......))))))).).)))))).........))).(((.(((((((((((((.......)))))))))))))))).....)))).((.((((((((((.((((......)))).)))))))))).)).............)).))))))))).....)))))))))))))))))..))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((.(((((((((((.......)))))))))))....((((.......((((((((((.............)))))))))).......)))).)))..(((.......))).(((((((.........))))))).)))))..(((((((.......)))))))..((((((.((..........)))).)))).((((((((.......))))))))...(((......))).((((...........))))....((((......((((.....))))........)))).(((...........))).(((((.((((.....)))).((((((........)))))).)))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((((((((.......)))))))))))))...(((([[[[[[[...))))..]]]]]]].........................((((....(((.......))).(((((((.........))))))).(((((((((((((..{{{{{{.)))))).)).)))))........}}}}}}...((((((((((((..<<<<<<<)))))))))))).......>>>>>>>..(((((((((..((((..aaaa))))..)))))))))..............AAAA.))))..(((((....))))).((((((.....)))))).((((.......)))).)))))))....

---