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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00093



RNA: TMR_00093
Rfam family: tmRNA

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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....((..((((.(((((.................................................................((((((((.......))))))))....................................................................................................................................................................)))))....))))..))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((((((.(((((..((((..(((((...(((((((............)))))))..........................(((((((..((((((((.......))))))))........(.((((((.(((((.(..........)))))).)))))).)...............((((((((((.....))))).))))).((.(((((.(...)))))).))................))))))).....((((((.......))))))...))))).....))))..))))).)))))))))....((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((....)))))))))).((.......)).....))(((((((............)))))))...((((.((((.......)))).)))).((((((((((((((.......))))))))..))..))))((((((.((((((.(.......).)))))).))))))(((....))).......((((((((((.....))))).)))))..........(((.((((((((((...(((..........))))))))))))).)))......(((((((.......)))))))((.......))............(((((.......)))))...))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((((....)))))..(((......[[[)))..]]]..(((((((...[[[[.....))))))).........]]]]................((((..((((((((.......))))))))......))))((((((.((((((.[[[[[[[[..)))))).))))))........]]]]]]]].(((((((((((...))))).))))))........((((..[[[[[[[[[[...........))))....]]]]]]]]]](((((((((((((((((.......))))))))...[[[..)))))))))...]]]((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.((((((((..(((((....)))))....(((.....))).(((((............))))).......(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....)))))))))).....)))))))).)).....((((..((((((((((...((((........))))))))))))))(((((((((((((((((.......))))))))........))))))))).)))).((((......)))).))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((((((.(((((..(((..(((((....(((((((............))))))).....(((((((((...............((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).................[[[[))))))))).........]]]]..............(((((((((.....................))))))))).....................))))).....)))..))))).)))))))))....((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((....))))).))...(((.....))).......(((((((............))))))).....((.((((.......)))).))...((((((((((((((.......))))))))..))..))))((((((.((((((...........)))))).))))))(((....))).......(((((((((((...)))))).)))))..............((((((((((...((((........)))))))))))))).(((..(((((((((((.......))))))))........)))..))).......((((......)))).))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((.((((((((((...((((....(((....(((((((..)))))))......))).........((((((((((......(((((((.((((..((((((((.......))))))))......))))....)))))))...((((((((.......................))))))))....)))))))))).))))((((((((........))))))))))))))))))................)))))).....(((((((((((((((((.......))))))))........)))))))))......((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(((((............))))).........(...(.................................(.((((........)))).)...((((((.((((((...........)))))).))))))..................(((((..............)))))...............((((((((((...(((..........)))))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((((............))))).........(...(.................................(.((((........)))).)...((((((.((((((...........)))))).))))))..................(((((..............)))))...............(((((((((....(((..........))).)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..((((..((((.((((((...(((((((............))))))).....(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((........(((.((((((((((...((((........)))))))))))))).)))...)))))))))))..))))))....))))..))))..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((....))))))))..((((.....))))......(((((((............)))))))...((((.((((.......)))).)))).((((..((((((((.......))))))))......))))((((((.((((((...........)))))).))))))(((....))).......(((((((((((...)))))).)))))........((((..((((((((((...((((........))))))))))))))(((((((((((((((((.......))))))))........))))))))).)))).((((......)))).))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((((((.(((((..((((.((((((((((((....))))))......((((...........((((.......))))...(((((((..((((((((.......))))))))..........((((((((((((..((((((((.......................)))))))).(((((((((((...)))))).)))))....((((((....))))))..)))))))))))).....)))))))...))))..(((((......)))))..))))))....))))..))))).)))))))))....((((......)))).))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((..(..(..((((.((((((...(((((((............))))))).....(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((........(((.((((((((((...((((........)))))))))))))).)))...)))))))))))..))))))....))))..)..)..)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...(((((....))))).....((((.....)))).)))))))).((..(((((((((((.((((.......(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((........(((.((((((((((...((((........)))))))))))))).)))...)))))))))))...................))))....))))))...(((((.......))))))))))...)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.((((((((..(((((....))))).....((.((((..(((((((............))))))).......(((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....)))))))))))).)))))))))).)).....((((..((((((((((...((((........))))))))))))))(((((((((((((((((.......))))))))((....))))))))))).)))).((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((((..))))))))))).)))...(((((..)))))((((((((((....))).).)))))).((((((((.((((((..(((..((....((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((((((((.(..........)))))))))))))(((....))).)).((((((((((((.(....))))).))))).(((((((..))))..((........)))))...((((((.(((.(........)...)))))))))...)))((..))..)))..))))))...))))))))..((((((((...)..))))).))....))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........(((((((((..(..(..((((.((((((.((.((((((............))))))......(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......))))))))..))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))...))...(((((((........(((.((((((((((...((((........)))))))))))))).)))...)))))))......))))))....))))..)..)..)))))))))....((((......)))).))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((..(((((..(..(..((((.((((((...(((((((............))))))).....(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((........(((..(((((((((...((((........)))))))))))))..)))...)))))))))))..))))))....))))..)..)..)))))..))....((((......)))).))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((...(((((....))))).....((((.....)))).))))).((((((............)))))).........((((.......))))....((((((..((((((((.......))))))))((((......))))...((((((...........))))))......((((....))))......((((((((((.....)))).)))))).....(((((....))))).(((((.......)))))..))))))....((((((.....)))))).(((.......)))..(((((.....))))).....((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((....)))))..(((((((.....)))....(((.{{{{{{...)))......}}}}}}.........((((.......))))....((((((..((((((((.......))))))))((((......))))...((((((...[[[.....))))))..(((.((((....))))]]]...((((((((((.....)))).)))))))))..(((((....))))).((((((.....))))))..))))))....((((((.....)))))).(((.......)))..(((((.....)))))......)))).((((.......)))).)))))))....