|
|
|
GGGAGCGACUUGGCUUCGACAGGAGUAAGUCUGCUUAGAUGGCAUGUCGCUUUGGGCAAAGCGUAAAAAGCCCAAAUAAAAUUAAACGCAAACAACGUUAAAUUCGCUCCUGCUUACGCUAAAGCUGCGUAAGUUCAGUUGAGCCUGAAAUUUAAGUCAUACUAUCUAGCUUAAUUUUCGGUCAUUUUUGAUAGUGUAGCCUUGCGUUUGACAAGCGUUGAGGUGAAAUAAGGUCUUAGCCUUGCUUUUGAGUUUUGGAAGAUGAGCGAAGUAGGGUGAAGUAGUCAUCUUUGCUAAGCAUGUAGAGGUCUUUGUGGGAUUAUUUUUGGACAGGGGUUCGAUUCCCCUCGCUUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((...(((..((((..((((((((((aaaaa.)))))......AAAAA...........................................(((..(((((........))))).)))((((((.(((((.({{{{{{{{..)))))).))))))........}}}}}}}}.((((((((((.[[[.))))).)))))........]]]...(((((..(((....(.(..<<<<<<<<).)))).))))).......>>>>>>>>.....))))).....))))..)))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((.(((((..(((..((((((...(((((((............))))))).....(((((((((((((..((((((...(((...((((((((.......))))))))..)))(((..((((((..(((((...........)))))..)))))))))..))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((............((((((((((...((((....))))....)))))))))).......)))))))))))..)))))).....)))..))))).)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.(((((....)))))))))).................))(((((((............))))))).....((.((((.......)))).))...((((((((((((((.......))))))))..))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).................((((((((((.....))))).)))))..........(((.((((((((((...................)))))))))).)))..................................................(((((.......)))))........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((..((((.(((((.................................................................((((((((.......))))))))....................................................................................................................................................................)))))....))))..))....)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((((((.(((((..((((..(((((...(((((((............)))))))..........................(((((((..((((((((.......))))))))........(.((((((.(((((.(..........)))))).)))))).)...............((((((((((.....))))).))))).((.(((((.(...)))))).))................))))))).....((((((.......))))))...))))).....))))..))))).)))))))))....((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((....)))))))))).((.......)).....))(((((((............)))))))...((((.((((.......)))).)))).((((((((((((((.......))))))))..))..))))((((((.((((((.(.......).)))))).))))))(((....))).......((((((((((.....))))).)))))..........(((.((((((((((...(((..........))))))))))))).)))......(((((((.......)))))))((.......))............(((((.......)))))...)))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((....)))))..(((......[[[)))..]]]..(((((((...[[[[.....))))))).........]]]]................((((..((((((((.......))))))))......))))((((((.((((((.[[[[[[[[..)))))).))))))........]]]]]]]].(((((((((((...))))).))))))........((((..[[[[[[[[[[...........))))....]]]]]]]]]](((((((((((((((((.......))))))))...[[[..)))))))))...]]]((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((.((((((((..(((((....)))))....(((.....))).(((((............))))).......(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....)))))))))).....)))))))).)).....((((..((((((((((...((((........))))))))))))))(((((((((((((((((.......))))))))........))))))))).)))).((((......)))).)))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((((((.(((((..(((..(((((....(((((((............))))))).....(((((((((...............((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).................[[[[))))))))).........]]]]..............(((((((((.....................))))))))).....................))))).....)))..))))).)))))))))....((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((((....))))).))...(((.....))).......(((((((............))))))).....((.((((.......)))).))...((((((((((((((.......))))))))..))..))))((((((.((((((...........)))))).))))))(((....))).......(((((((((((...)))))).)))))..............((((((((((...((((........)))))))))))))).(((..(((((((((((.......))))))))........)))..))).......((((......)))).)))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....((((((.((((((((((...((((....(((....(((((((..)))))))......))).........((((((((((......(((((((.((((..((((((((.......))))))))......))))....)))))))...((((((((.......................))))))))....)))))))))).))))((((((((........))))))))))))))))))................)))))).....(((((((((((((((((.......))))))))........)))))))))......((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(((((............))))).........(...(.................................(.((((........)))).)...((((((.((((((...........)))))).))))))..................(((((..............)))))...............((((((((((...(((..........)))))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((((............))))).........(...(.................................(.((((........)))).)...((((((.((((((...........)))))).))))))..................(((((..............)))))...............(((((((((....(((..........))).)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..((((..((((.((((((...(((((((............))))))).....(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((........(((.((((((((((...((((........)))))))))))))).)))...)))))))))))..))))))....))))..))))..)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((....))))))))..((((.....))))......(((((((............)))))))...((((.((((.......)))).)))).((((..((((((((.......))))))))......))))((((((.((((((...........)))))).))))))(((....))).......(((((((((((...)))))).)))))........((((..((((((((((...((((........))))))))))))))(((((((((((((((((.......))))))))........))))))))).)))).((((......)))).)))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((((((.(((((..((((.((((((((((((....))))))......((((...........((((.......))))...(((((((..((((((((.......))))))))..........((((((((((((..((((((((.......................)))))))).(((((((((((...)))))).)))))....((((((....))))))..)))))))))))).....)))))))...))))..(((((......)))))..))))))....))))..))))).)))))))))....((((......)))).)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((..(..(..((((.((((((...(((((((............))))))).....(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((........(((.((((((((((...((((........)))))))))))))).)))...)))))))))))..))))))....))))..)..)..)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((...(((((....))))).....((((.....)))).)))))))).((..(((((((((((.((((.......(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((........(((.((((((((((...((((........)))))))))))))).)))...)))))))))))...................))))....))))))...(((((.......))))))))))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((.((((((((..(((((....))))).....((.((((..(((((((............))))))).......(((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....)))))))))))).)))))))))).)).....((((..((((((((((...((((........))))))))))))))(((((((((((((((((.......))))))))((....))))))))))).)))).((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((..))))))))))).)))...(((((..)))))((((((((((....))).).)))))).((((((((.((((((..(((..((....((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((((((((.(..........)))))))))))))(((....))).)).((((((((((((.(....))))).))))).(((((((..))))..((........)))))...((((((.(((.(........)...)))))))))...)))((..))..)))..))))))...))))))))..((((((((...)..))))).))....))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........(((((((((..(..(..((((.((((((.((.((((((............))))))......(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......))))))))..))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))...))...(((((((........(((.((((((((((...((((........)))))))))))))).)))...)))))))......))))))....))))..)..)..)))))))))....((((......)))).)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...........((..(((((..(..(..((((.((((((...(((((((............))))))).....(((((((((((((..((((((...((((((((((((((.......)))))))..)))..))))((((((.((((((...........)))))).)))))).....))))))..)))....))))))))))..((((..(((((((........(((..(((((((((...((((........)))))))))))))..)))...)))))))))))..))))))....))))..)..)..)))))..))....((((......)))).)))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...(((((....))))).....((((.....)))).))))).((((((............)))))).........((((.......))))....((((((..((((((((.......))))))))((((......))))...((((((...........))))))......((((....))))......((((((((((.....)))).)))))).....(((((....))))).(((((.......)))))..))))))....((((((.....)))))).(((.......)))..(((((.....))))).....((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((....)))))..(((((((.....)))....(((.{{{{{{...)))......}}}}}}.........((((.......))))....((((((..((((((((.......))))))))((((......))))...((((((...[[[.....))))))..(((.((((....))))]]]...((((((((((.....)))).)))))))))..(((((....))))).((((((.....))))))..))))))....((((((.....)))))).(((.......)))..(((((.....)))))......)))).((((.......)))).))))))).... |