RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00101

RNA: TMR_00101
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((((((((..(((.((((((...(((((((............)))))))............(((((....((((((((((((((.((((((((.......))))))))..((((((((..(((((((((...((((((((.......................))))))))...)))))))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..))))..))))..)))..)))))))))))....((((...))))..)))))...))))))....)))..))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........((((((((((((((((.(((((.(((...((((..(((((((...................((((.((((.......)))).)))).((((((((((((((.......))))))))..))..))))(((((((((((((...........)))))))))))))..................((((((((.......))))))))................((((((((...(((............))).))))))))...........))))))))))))))....))))).))))))))))))))))....((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((.(.(((.((((.((((((..................................................................(((((((.......)))))))...................................................................................................................................................................))))))....)))).))).).))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........((((((((((((((((.(((((.(((((.(.(((((((............))))))).)........................................(((..(((((........))))).)))(((((((((((((.(.......).)))))))))))))...........(((...(((((((((.......)))))))))...))).(((.((......)))))......((((((((((((.................)))))))))..))))))))....))))).))))))))))))))))....((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......((..((((((((((((((((.(((((((((...((((..(((((((.(.................((((.((((.......)))).)))).((((((((((((((.......))))))))..))..))))(((((((((((((((.....))..)))))))))))))(((....))).......((((((((((.....))))))))))...............((((((((..((((((........))))))))))))))..........))))))))))))))))...))))).))))))))))))))))))..((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((......[[[[......)))).(((.....))).]]]]..(((((((...[[[[.....)))))))..........]]]]..........((((((((((..((((((((.......))))))))......))))..))))))......((((((((....[[[[[[[[[[.........))))))))..............]]]]]]]]]].................((((((((..........[[[[[[[[[...))))))))......]]]]]]]]].(((..[[[[)))....]]]]............(((((..[[[[)))))..]]]]............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........((((((((((((((((.(((((..((((.((((..(((((((.((.(((((.((.......((((.((((.......)))).)))).((((((((((((((.......)))))))..)))..))))(((((((((((((...........))))))))))))).((....)).((((...(((((((((((...)))))))))))...)))).........(((((((..((((((........))))))))))))).)).))))).)))))))))))))))))...))))).))))))))))))))))....((((......)))).))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........((((((((((((((((.(((((.......((((..(((((((.((..........................................((((((((((((((.......)))))))..)))..))))(((((((((((((...........))))))))))))).........................................................((((((((..((((((........)))))))))))))).........))))))))))))).......))))).))))))))))))))))....((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((..((.(.(((((..(((.(((.....))).....))).(((((............)))))......((((.((((.......)))).)))).))))).((((((((.......))))))))...).)).))).(((((((((((...........))))))))))).((((....)))).((...(((((((((((...)))))))))))...))..........((((((((..((((((........))))))))))))))...............(((..((((....))))...))).((((.......)))).((((......)))).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((((((((...(((((((..(((((((..)))))))...........((((((((((.............((((((((.((((..((((((((.......))))))))......))))(((((((((((........[[[[[[[))))))))))).......................)))))))).))))))))))...........((((((................(((((((((....]]]]]]]......))))))))))))))).......)))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.....(((((............)))))..........(...(.................................(.((((........)))).)...((((((.((((((...........)))))).))))))...................(((((((.......))))))).................((((((((((...(((........))).))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(...(((((............)))))..........(...(.................................(.((((........)))).)...((((((.((((((...........)))))).))))))...................(((((((.......))))))).................(((((((((....(((........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((..(((.((((.((((((...(((((((............)))))))............(((((....((((((((((((...((((((((.......)))))))).........((.(((((((((((.((((((((..(((........))).......))))))))(((((((.((((....((((((....)))))).)))).))))))).))))))))))).))..))))))))))))..((........))...)))))...))))))....)))).)))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((..((((.(((((..((((...............))))((((((.........{{{)))))).....((((.((((.......)))).)))).))))).((((((((.(....)))))))))...)))).)))(((((((((((((((...)))..))))))))))))((((....))))(((...(((((((((((...)))))))))))...))).........((((((((..((((((...[[[[[))))))))))))))....}}}..]]]]]..(((.((((....))))..)))..((((.......)))).((((......)))).))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........((((((((((((((((.(((((((((((((((((....))))))......((((((.....((((.((((.......)))).)))).......((((((((.......))))))))....))))))..(((((((((((...((((....((((........((((....))))......(((((((((((...))))))))))).......))))..))))...)))))))))))..(((((((((.................))))))))).....))))))...))))).))))))))))))))))....((((......)))).))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((..(((.((((.((((((...(((((((............)))))))............(((((....((((((((((((...((((((((.......)))))))).........((.(((((((((((.((((((((..(((........))).......))))))))(((((((.((((....((((((....)))))).)))).))))))).))))))))))).))..))))))))))))..((........))...)))))...))))))....)))).)))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...((((.(((((....))))).))))..))).(((((......((((..(((((((.((.(((((.(((..(((....)))...........((((((((((((...((((((((.......)))))))).........((.(((((((((((.((((((((..(((........))).......))))))))(((((((.((((....((((((....)))))).)))).))))))).))))))))))).))..))))))))))))....))).))))).)))))))))))))..(((((.((....))...)))))....(((((((((.......))))).))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((((..(((.((((.((((((...(((((((............)))))))............(((((....((((((((((((.((((((((((.......)))))))..))).....((.(((((((((((.((((((((..(((........))).......))))))))(((((((.((((....((((((....)))))).)))).))))))).))))))))))).))..))))))))))))..((........))...)))))...))))))....)))).)))..)))))))))))....((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((((((..))))))))))))))))).(((((..)))))((((((((((....))).).))))))..((((.((((.((((.((((.((((((((((((((((((((((.......)))))))..)))..))))..))).)))))))....(.(((((..((((((((((.(((........................)))))))))))))((..))..((.(.((((((..(..(..)((..))..(((((((.(........)..((..))))))))))))))))).))))))))...)).))))))))))))(((.(.(((((.............)))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((((((((((..(((.((((.(((((........(((((((.((..(((..((........................((((((((((((...((((((((.......)))))))).........((..((((((((((......................................................................................))))))))))..))..)))))))))))).....))..)))..)))))))))...)))))....)))).)))..)))))))))))....((((......)))).))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........((..(((((((..(((....((((((...((((..(((((((.((.((((..((.((((((((((.((((.......))))......((((((((((((((.......)))))))..)))..))))..(((((((((...((((((((..(((........))).......))))))))...)))))))))....))))))))))...............((((((((..((((((........))))))))))))))))..)))).)))))))))))))......)))))).)))..)))))))..))....((((......)))).))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((....))))).((((((....(((((....))))).(((((............)))))...........((((.......))))....))))))..((((((((.......))))))))((((......)))).((((((((...........))))))))....((((....))))....(((((....))))).(((.((((....))))...(((.((......)))))......))).((((((((.................)))))))).((((.((((....))))..)))).((((.......)))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((((....))))).((((((....(((((....))))).(((((............)))))...........((((.......))))....))))))..((((((((.......))))))))((((......))))..(((((((...{{{{....))))))).((((.(((....)))}}}}.(((((....))))).)))).(((....)))....(((.((...[[[)))))........]]].((((((<<<<<<....<<<<...))))))...>>>>>>((((.......))))..(((((.......)))))((((>>>>..)))).))))))))....

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